进入1999年，随着新一届议会选举和总统选举的临近，俄罗斯政治发展又到了一个转折时期，在政治力量大体上仍然保持着原有格局的状态下，出现了一种明显的趋势：由于改革的失败，右翼自由派已威信扫地，中派逐渐得到社会多数的支持，预示着中派将主导俄罗斯未来发展方向。在此情况下，以普里马科夫、卢日科夫为首的“祖国—全俄罗斯”中左联盟影响日增，出现了中左力量主宰未来、中左派代表人物在未来总统选举中取胜的可能性。
在此并不有利的形势下，叶利钦总统为保障他所“开创”
的事业得以继续、为确定自己的接班人施展出一系列卓有成效的战术手段。他充分利用宪法赋予总统的权力，于1999年5月解散了具有中左派色彩的普里马科夫政府，将有望竞选总统的普里马科夫从向总统职位发起冲刺的最好位置上拉下来，以降低他的政治影响力；接着又于8月解除了斯捷帕申的总理职务，最终把自己选定的接班人——普京推举到政府总理的位置上，使其在未来的总统竞选中占据有利地位。与此同时，叶利钦利用自己的影响力竭力培植“亲政府”、“亲普京”的社会政治力量，推动“团结”联盟的形成；利用凸现出来的车臣问题，为普京提供展示其才能的机会，使普京的支持率稳步上升。当“亲政府”、“亲普京”的政治力量取得了1999年12月国家杜马选举胜利、普京通过自己的努力支持率一路走高的时候，叶利钦认为时机已经成熟，为使其他总统候选人无法再与普京较量，于1999年12月31日宣布辞去俄罗斯总统职务，从而使普京总理顺理成章地成为俄罗斯代总统。
1999年8月担任政府总理职务的普京此前并未引起人们的太多注意，当时久加诺夫、普里马科夫、卢日科夫等左派、中左派领袖的社会支持率远远高于他，他几乎从零开始，通过一系列卓有成效的“踏实实干”，逐步扭转了局势。任政府总理以来虽然其他方面的政绩不算突出，但在处理车臣问题上表现出的果断、干练的领导才干，在面对西方压力时表现出的维护国家利益的坚定性和灵活性，给民众留下了深刻的印象。这些是其他竞争对手望尘莫及、无法做到的。
普京虽然是叶利钦“一手提拔”起来的，但在民众和大多数党派看来，他无论是在年龄、经历方面，还是在工作作风、对待国家杜马各党派的态度方面，显然都与叶利钦大为不同。而正是由于普京谜一般的“政治身份”，使几乎所有主要党派都把他看成“自己人”，或者是可以合作、共事的人。而他稳健、务实、处事果断的作风更使普通选民从他身上似乎看到了国家的希望。在此背景下，普京的威望和社会支持率一路攀升。随后，1999年12月新一届国家杜马选举使左派和中左派力量失去了绝对多数地位，包括一部分左派、中左派力量在内的绝大多数进入国家杜马的政治派别都不同程度地表现出对普京及其政府的好感，可以说亲政府的政治力量第一次在国家杜马中占据了优势。就这样，俄罗斯国家最高权力的交接在国家上层的精心安排下，在带有强烈的“排他”特点的情况下在平和气氛中顺利进行。在2000年3月26日俄罗斯总统选举中，普京以52.94％的选票击败其他10位总统候选人，当选第三任俄罗斯联邦总统。
俄罗斯历史上第一次国家最高权力的和平交接意义重大，它使俄罗斯宪政制度经受了考验。这不仅保持了国家的政治稳定，而且为以后的政治发展奠定了基础。
二、整顿政治秩序与加强政权建设
以普京执掌国家政权为标志，俄罗斯进入一个新的时期。
对于新一任总统来说，巩固已经取得的成果，同时更重要的是纠正其前任当政时期的错误、失误，成为当务之急。这不仅是巩固宪政制度和国家权力的需要，也是国家和社会发展的客观需要。普京在治国之道上与叶利钦有着明显的不同，这不仅反映在他对叶利钦时期俄罗斯各个领域一系列重大问题的不同看法，对叶利钦所采取的政策主张的批评态度上，而且突出反映在他扭转俄罗斯政治形势的具体方针政策上。
普京提出振兴俄罗斯的战略目标，重新审视了俄罗斯曲折的改革之路，提出必须校正改革的方向。同时，大力弘扬“俄罗斯思想”，以爱国主义作为动员、团结人民、加强民族凝聚力的旗帜。
面对叶利钦时期遗留下来的错综复杂的社会政治问题，面对大众传媒被寡头所控制、国家政权为各种势力牵制、左右的政治现实，普京着力整顿政治秩序，恢复国家政权机关的权威，加强中央对地方的控制。为此，普京在并未对权力上层及其工作班底进行大改组的情况下，依靠较为广泛的社会支持，以强力部门为依托开始着手整顿宪法秩序：
——通过法律程序逐步强化国家垂直权力体系，实行“法律专政”；建立直属中央行政权力管辖的联邦区，试图尽快降服自行其是的地方势力，加强中央对地方的控制，改变中央政令不能顺利下达到俄罗斯各地方的状况。
——明确政治游戏规则，与叶利钦“家族”势力拉开距离，清理叶利钦时期遗留下来的“关系网”。
——排除“寡头”对政治的干扰，试图以打击犯罪、追究违法乱纪的刑事责任等方式削弱寡头的影响，改变寡头控制大众传媒的状况。
——为使自己的政权拥有牢固的社会基础，积极推动形成成熟的政党体制，鼓励形成新的、真正意义上的“政权党”。
以上几方面的内容相互关联，核心是加强国家政权建设、恢复并强化政治秩序。普京旨在强化国家政权体系的一系列政策主张得到了多数党派的支持，有较为广泛的社会基础。除以前作为叶利钦政权的主要支持力量的右派对普京的做法怀有疑虑，担心他会使“民主进程”倒退外，其他绝大多数党派，包括左派、中左派，中右派力量对普京的认同程度不断增强。普京的社会支持率保持在70％左右相当高的水平上。在此背景下，各党派之间的政治斗争趋于缓和，社会政治形势稳定。
普京在一系列政策主张上采取了不同于叶利钦的做法，基本特点是抛开空泛的“民主”口号，突出强调法制和秩序；针对叶利钦时期的各种弊端，就具体问题展开具有针对性的务实、积极而果断的措施，力图一举扭转叶利钦执政后期国家政权软弱、政治秩序混乱、地方精英为所欲为的状况。
进入“普京时代”，俄罗斯政治形势的突出特点是，政权内部各种势力的明争暗斗取代原有的党派斗争成为决定俄罗斯未来走向的首要因素。尽管普京的政策得到了多数党派和广大民众的拥护，然而决定其成败的关键在很大程度上取决于国家政权上层的态度。由于叶利钦时期国家政权上层与寡头、各种黑势力之间盘根错节的复杂关系网不可能在短时期内被打破，普京的整顿措施又直接触及了某些利益集团的利益，使他们感到了威胁，从而增加了普京推行其“新政”的难度。面对自行其是的地方势力、寡头和灰色经济势力、政权机关的官僚腐败分子设置的重重障碍，加之一时难以解决的车臣问题随时都有再度激化，成为影响政局稳定的导火索，在仍然保持着战略主动权的同时，普京也的确面临着很大的风险。
普京当政以来，俄罗斯政坛上出现了一个十分有趣的现象：先前国家杜马、绝大多数党派和著名政治家对叶利钦的“总统集权制”忍无可忍，表现出极大的愤慨，迫切要求加以改变，但现在对普京加强国家权力体系的做法却表示了充分的理解和支持，主张限制总统权力的修宪要求也明显淡化了。强化国家政权、恢复秩序似乎成了一种广泛的社会共识。尽管也有个别不同声音，但显然不是主流。在这里，不免有“因人而异”的成分，即叶利钦不管如何表白自己是“全民的总统”，但在许多党派特别是左派共产党人看来他仍然是一个代表右派利益的总统，并对苏联剧变和解体负有主要责任，而普京则不同，他有望成为“真正意义上”的“全民总统”而得到大多数党派的拥戴。有不少政治家、学者自己相信，同时也在努力使民众相信，普京是不同于叶利钦的一个难得的好总统，这种宣传的确也收到了一些效果。然而，不能忽视的是社会情绪、社会意识的变化。这说明俄罗斯普通老百姓经过不无痛苦的“民主改革”历程，社会主流思想发生了变化，由求变转向了向往安定，因而也就为普京式的“强力”总统以“铁腕”治理国家提供了坚实的社会基础。与此同时，反映出当今俄罗斯还是一个崇尚“人治”的社会，这恰如其分地印证了当前俄罗斯制度建设的实际状况，显示了俄罗斯政治转型和政治发展所达到的实际水平。
普京对待议会上下两院的态度与叶利钦时期明显不同。叶利钦是利用上院来制约下院，而普京则是团结、依靠下院，集中力量解决上院存在的问题以及由此反映出的国家垂直权力体系方面的问题。这一方面说明在国家杜马中普京得到了绝大多数议会党团的支持，可以着力解决联邦体制问题。另一方面反映出普京对当前主要问题的认识有别于叶利钦，即党派之间的斗争已经退居次要地位，而中央与地方的关系问题、联邦体制的问题上升为第一位的政治问题。
经过新一届国家杜马选举和总统选举，俄罗斯政党阵线更为清晰，随着左、中、右三大联盟的出现，逐渐显露出未来三党政党体制的雏形，政党体制趋于成熟。而各主要政党在作为政党活动重要舞台的国家杜马中的地位也清楚地反映着这种新的变化。尤其是，如今在国家杜马中亲政府、亲普京的政治势力逐渐占据了优势地位。
显然，经过多年的政治动荡，从普京当政时起俄罗斯开始了由乱到治的治理时期，政治形势具有了新的特点，基本发展趋势是政局保持稳定、宪政制度进一步巩固、国家政权日益强化。