俄罗斯独立后，在它的民族关系中又出现了一个新的所谓“俄罗斯人”问题。在苏联解体过程中，作为俄罗斯的主体民族，俄罗斯人的民族自我意识也膨胀起来，他们抱怨在整个苏联时期俄罗斯人充当了哺养其他少数民族的“奶牛”角色，为其他民族的发展做出了巨大的牺牲，同样受到不公平待遇，要求改变这种状况。
在各自治实体争取主权的同时，部分非自治实体——边疆区和州也提出了扩大权力的要求。1990年在“民主派”取胜的俄罗斯第一次人民代表大会上，边疆区、州的代表强烈要求改变自己在联邦中的法律地位，争取实现与共和国平等的权利，甚至还有俄罗斯人提出要建立俄罗斯人自己的共和国。在此之前，俄罗斯联邦宪法只承认自治实体是联邦的主体，以俄罗斯人为主要居民的边疆区和州只是联邦行政区划的一级，不具有联邦主体的性质。边疆区和州提出的平权主张向70多年来以民族因素为基础建立起来的俄罗斯联邦体制提出了挑战。1990年6月12日在《俄罗斯联邦主权宣言》，提出“不仅民族自治实体可以成为联邦主体，按地域划分的行政地区同样可以作为联邦主体”，边疆区和州在争取权力方面取得了第一步胜利。1992年，所有的边疆区和州都作为联邦主体参加了《联邦条约》的签订，取得了与自治实体同等的法律地位。但是，《联邦条约》的签订并没能阻止某些边疆区和州的地方分立倾向。1993年9月乌拉尔地区5个州的立法和行政机关的首脑在叶卡捷琳堡召开会议，宣布建立统一的乌拉尔共和国。相类似的地方分立组织还有“远东共和国”、“西伯利亚联盟”等。虽然宣布成立的这些组织始终没有得到联邦的承认，但它们的存在严重削弱了联邦中央的权威，对其他民族地区也产生了十分不好的影响，更加剧了俄罗斯民族关系的紧张与民族间的隔阂。
在1998年政府危机期间，个别联邦主体趁火打劫，借机要求扩大自己的权力，又出现了新一轮地方分立浪潮。其中，卡尔梅克共和国总统向中央提出退出俄罗斯联邦的要求；鞑靼共和国总统表示不允许中央从鞑靼收回赋予它的任何权力，鞑靼将在联邦体制的范围内成为俄罗斯联邦的一个联系国。为争取主权，许多地方政权机关公然蔑视联邦法律，将本地法律置于联邦法律之上。据俄罗斯司法部披露，在89个主体制定的地方法律中，约有1/3违反了联邦法律。可以说，俄罗斯独立十年来，俄罗斯国家的民族关系并没有多少实质性的改变，民族因素对俄罗斯联邦关系的消极影响依然无法消除。
1996年6月25日颁布的《俄罗斯联邦国家民族政策构想》指出：“在国家生活正处于过渡时期的条件下，有一系列相互联系的社会发展趋势直接影响着俄罗斯的民族关系。这些趋势包括：各族人民要求自决和俄罗斯社会一体化的客观过程；俄罗斯各主体的独立性越来越强和公民要求加强全俄罗斯的国家制度；贯彻统一的经济政治改革政策和各个地区由于其历史与经济文化特点决定的不同社会经济条件；保持和发展民族文化独特性和忠于俄罗斯各个民族的精神共性。”《构想》
非常准确地分析了当前俄罗斯民族关系的现状与特点，以及这种民族关系与俄罗斯社会未来发展方向的矛盾性。对俄罗斯联邦体制来说，只有使俄罗斯民族关系与社会发展方向做到和谐统一，才可能得到最终确立与发展，然而要达到这一目标不是短期内可以做到的。所以，目前俄罗斯民族关系的特点仍会成为俄罗斯社会政治经济发展进程中的主要制约因素，也是联邦中央制定国家政策与策略时必须要认真考虑的实际问题。
（第二节）联邦关系的调整
普京当选俄罗斯总统后，在国家的各个领域开始实践他的“强国”主张。其中加强中央权力、建立统一的国家垂直权力体系是他整顿俄罗斯社会的首要任务。为此，普京上任伊始便采取了一系列措施，对俄罗斯联邦体制进行改革。
一、联邦关系改革的主要内容
俄罗斯联邦复杂的联邦结构为联邦中央在其职权范围内实施对地方的统一管理设置了很多障碍。普京的改革正是从“改革联邦结构”开始的。
2000年5月13日和18日，普京连续颁布了关于在俄罗斯按地域原则成立七个联邦区及任命驻联邦区全权代表的总统令，89个联邦主体被全部划归这七个联邦区，总统通过向联邦区派驻全权代表的方式直接管理联邦区内事务。尽管总统令没有对联邦区全权代表的职权范围、法律地位、与联邦主体权力机关的关系做出明确说明，仅笼统地提出建立联邦区的目的在于“简化中央与各主体之间复杂的关系结构”，但从普京任命的七位全权代表中有六位是军界人士这一点来看，普京建立联邦区的意图是要加强对各联邦主体权力机关的监督。
与此同时，普京向联邦议会提交了一整套有关改革联邦体制的法律草案，包括：《联邦委员会组成原则修正法案》，《俄罗斯联邦主体国家立法与执行权力机关基本原则的修改与补充法案》，《俄罗斯联邦地方自治设置原则的修正法案》。其中的主要变化是：（1）联邦委员会成员将不再由各联邦主体行政长官和立法机关的领导人兼任，而改由各联邦主体行政机关和立法机关的代表组成。（2）当联邦主体的法律或法规违反联邦宪法或联邦有关法律时，联邦总统有权将该联邦主体法律提交相关法院审理。对在规定期限内拒不执行法院裁决的联邦主体立法机关，国家杜马可以根据总统提出的法律动议，宣布其解散，并限其在一定期限内重新举行选举。（3）当联邦主体行政长官触犯了刑法，或其发布的命令违反了联邦宪法或联邦有关法律时，根据俄罗斯联邦总检察长的提议或相关法院的决定，联邦总统有权按照规定程序解除其行政长官的职务。（4）联邦主体政权机关领导人有权按照规定程序解除地方自治机关领导人的职务。普京的目的十分明确，即削弱地方领导人的实权，改变中央对地方事务进行管理的失控局面，将管理国家各级权力机关的主动权掌握在联邦中央尤其是总统的手中，消除大量地方法规严重违反联邦宪法和联邦法律的现象，为建立一套有效的国家垂直权力体系奠定必要的法律基础。这三个法案遭到联邦委员会的强烈反对。在国家杜马多数代表的支持下，三个法案最终顺利通过。
为安抚地方领导人，根据部分地方行政长官的提议，2000年9月1日普京总统发布了组建联邦国务委员会的总统令，规定国务委员会属于总统下设的咨政机构，成员主要由联邦主体的行政负责人组成，其主要任务是协助总统解决中央权力机关与各联邦主体权力机关之间的矛盾，并对重要的联邦法律和总统令草案、国家建设和巩固联邦制原则及国家主要人事政策等问题进行讨论。经过短时间的筹备和组织，2000年11月22日在莫斯科召开了国务委员会的第一次大会，会上讨论了“2010年以前国家的发展战略”。目前国务委员会的职能和法律地位还有待进一步明确，它在俄罗斯国家权力体系中的作用也有待观察。
二、联邦改革的意义与影响
叶利钦时期在联邦关系上的最大失误就是未建立和健全中央统一的协调机制，导致地方权力的肆意膨胀，中央政令不畅，难以形成全国统一的经济和法律空间。联邦中央多次推行的社会、经济改革计划均因地方贯彻不力而半途而废。近年来俄罗斯社会要求改变这种现状的呼声越来越高。普京上台后推行的联邦体制改革得到社会广泛支持。国家杜马多数党团在整顿国家秩序方面与普京政府积极合作，这与叶利钦时期形成鲜明对照。普京注意听取议会各党团的意见，增加了彼此的信任。没有国家杜马的大力支持，普京的联邦改革计划也不可能有大的进展。
在提出联邦改革计划及其具体措施过程中，普京的行动周密且方法得当，表现出了很强的原则性和灵活性，形成了自己的一套总体联邦改革方案。
首先，以总统令的方式宣布设置联邦区和任命驻联邦区全权代表为联邦中央控制地方局势提供了一个有效机制，建立起了一套国家垂直权力体系，成为普京管理国家和推行其他联邦改革措施的直接保障。
叶利钦时期，是否解除地方领导人的职务属联邦主体职权内事务，联邦中央无权过问，联邦中央对地方违反联邦宪法和联邦法律并拒不执行法院裁决的行为几乎是无能为力，实际上在俄罗斯国家权力体系中形成了中央与地方互不关联的两套机制。正如普京所说，俄罗斯的联邦体制“建立的是一个个权力的小岛，却没有桥梁将它们连接起来”。普京联邦改革的最主要成果就是将法院裁定地方领导人违宪行为的执行权收归到联邦中央手中，建立了一套有效可行的国家干预机制。
其次，普京彻底改变了以往向地方领导人作出让步以换取国家完整与政局稳定的治国方法，将地方领导人的职权范围严格限定在管理本地区事务上，并接受联邦中央的监督。同时，改变联邦委员会组成法，使联邦委员会有可能朝着建成职业化的国家立法机构方向发展，有利于提高国家立法机关的权威性。
第三，普京坚持在法律范围内行事，使其行为具有合法性。在谈到改革联邦体制的行动时，普京多次强调指出，他推行的所有改革措施都是以俄罗斯宪法为依据，目的在于实现联邦中央对地方的有效监督，理顺中央与地方的权力关系。上述三个法案的顺利通过基本达到了普京设想的这一目标，而有关建立联邦区和国务委员会的总统令也没有涉及需要修宪的内容，因而避免了一系列违宪或修宪之争，使改革联邦关系的进程没有遇到多大阻力。
第四，为联邦关系的进一步改革奠定了基础。有关减少联邦主体的数量，组建大的联邦区及地区联合会的问题在俄罗斯已经争论了很多年，也曾提出过各种改革方案和建议，个别联邦主体之间还曾自发地成立过类似地区联合会的地方政治或经济联合组织，但因其直接涉及改变联邦结构的问题，在叶利钦时期还不具备实施这些方案的社会政治环境，所以当时这一改革思想并没有提上议事日程。普京建立联邦区的总统令表明，长期争论不休的有关改革俄罗斯联邦结构问题已有可能投入实际运作。
由于建立联邦区和任命驻联邦区全权代表是普京以总统令的方式在其总统职权范围内对国家权力体系所作的一次调整，主要目的是加强中央对地方的监督和统一管理，所以严格说，联邦区及总统全权代表仅有权对国家执行权力体系内的事务进行监督，其职权不能超出联邦法律规定的范围。如果联邦区及其全权代表的实际权力超出了“监督职能”范围之外，那么联邦区就将由总统的下属机构变成国家一级新的权力机关，于是也就产生了联邦区与地方权力机关划分职权以及重新修改宪法等一系列问题，联邦中央与联邦主体之间为争夺权力又会产生新的矛盾。因此，目前联邦区及其全权代表在职权和法律地位上的不确定性将成为未来联邦关系变化的焦点之一。
总的来看，尽管普京的联邦体制改革还处在起步阶段，有些内容还需要进一步明确，但俄罗斯的联邦关系在很大程度上已经发生了质的变化，开始向着加强中央权力的方向发展。