这样，一方面，9月25日，诏命荣禄即刻来京，后党废黜光绪的计划开始启动。另一方面，袁世凯告密的正效应也开始显现。首先，荣禄进京，诏命袁世凯护理直隶总督和北洋大臣的事务，相当于临时总督，而这没有荣禄的首肯是不可能的，表明荣禄已非常信任他了。其次，荣禄进京的第二天，就奏请奖叙协助袁世凯创设同文、炮兵、步兵、骑兵四个武备学堂的监督段祺瑞，其真实意图是为袁做铺垫。再次，在荣禄担任军机大臣的当天，“一再有人问荣相说：‘袁世凯曾奉有密诏吗？’回答说：‘有。’‘诏中可曾有杀公的话吗？’回答说：‘有的。’（于是）说：‘那么袁世凯先前是个同谋者了，既同谋又检举，首鼠两端，此人也无足可取嘛。’荣相说：‘袁乃我的人，无所谓首鼠两端。’”“我的人”，是官场上至今沿用不衰的典型用语，荣禄对袁下这种评语，说明他已将袁划入了自己的政治圈子。作为促成训政的核心人物，荣禄备受太后倚重，进京大用，政治上正在走红。与荣禄结成的这种更为紧密的关系，将成为今后袁世凯仕途上顺利发展的有力保障。
离开是非之地，一个明智的选择
1899年夏，多年积累的中外矛盾、内部矛盾不可调和，义和团运动终于在山东爆发。由于山东巡抚毓贤没有能力处理好这个事件，结果，义和团运动在山东境内迅速燃成了燎原之势，几乎每个村庄都建起了拳场。面对山东动荡的局势，袁世凯敏锐地意识到，此事非同寻常，可能会引发一场巨大的政治震荡。天津为洋人聚集的地方，弄不好就会危及自己的前途。识时务者为俊杰，应当赶快想出办法，早早离开这个是非之地。
于是，袁世凯屡次向荣禄陈述自己对于时局的看法和解决山东问题的意见，希望荣禄能帮助他将小站新军迁往山东。荣禄认为袁世凯有魄力，是解决棘手问题的能手，加上当时德人正在胶州半岛闹事，也需要派兵前往震慑，因此，荣禄竭力保荐袁世凯出任山东巡抚。这样，就有了1899年12月6日清廷发布派袁世凯接替毓贤，署理山东巡抚的上谕。12月26日，袁世凯率领其小站的军队开拔山东，及时巧妙地躲过了一场即将到来的灭顶之灾。
对于袁世凯和他的团体来说，1899年12月，是一个值得记忆的月份。这是因为：
1.在此之前，袁世凯仅仅是一个军人，袁氏集团也仅仅是一个刚刚初具雏形的军事团体。这之后，袁世凯成为封疆大吏，握有一省的生杀大权，袁氏集团也因此由一个军事团体开始发展成为一个全方位的军事政治团体。在此之前，袁氏集团仅仅局限于小站一隅，之后成为山东一省的主人，有了一块不小的根据地和势力范围，所有这些，对于这个集团的发展来说显然是非常重要的。
2.袁世凯及所部武卫右军开赴山东，直接使袁氏集团在不久发生的庚子事变中躲过了一场危及本集团生存与命运的严重危机。因为，此时袁世凯及所部如果还在天津小站，那么庚子年八国联军向中国开战，首当其冲之地便是天津与直隶。袁世凯如果不与洋人开战，就是奉旨不遵，官运不但没了，就是脑袋能不能保住还是个问题；如果奉慈禧太后之命与联军开战，则不但胜利没有把握，就是好不容易积攒下来的一点政治本钱也会在这场战争中损耗殆尽。况且即使自己没有战死，辛丑议和后自己还不是要充当清廷的替罪羊而被押上断头台吗？由此看来，袁世凯能于1899年督抚山东，就不仅是袁氏集团开始发展的一步，它更使这一集团躲过了一场即将到来的灭顶灾祸。从这一点上说，袁世凯及其北洋集团是多么幸运啊。
李剑农在评价这一事件对袁世凯及北洋集团的发展影响时说：“庚子五月二十一日，袁曾奉旨调新建陆军入都，这是袁与北洋军阀存亡的一个大关头。慈禧太后的意思，是要他入京帮助义民的；荣禄的意思，或者是要他去解散义民，或者是要他去保驾，不甚明了；东南各督抚，也有主张‘袁慰帅即由山东提兵由保定进京，以清君侧、护两宫为要义’的；但是袁将所部军队一部分开到直、鲁接境各处，却不前进了。假使袁果提兵北上，一定是那些义民的大敌；联军到了，恐怕也不认得他罢！他是打义民呢？还是打联军呢？所以他带兵出抚山东，与此次顿兵不进，又是幸运照临他的一点。”
正因为袁世凯及其团体及时离开了当时政局的是非之地天津，才使他能够在复杂的局势面前有条件从容考虑与应变，做到慈禧太后与列强两边都不得罪，从而为日后他的官星高升及其集团在万难境地中争取到了一片生存的空间。单就这一点来说，袁世凯及其团体的发展实际上也不是如常人认为那样来之容易的。即时设法离开天津小站这一事件，说明袁世凯确实具有异于常人的预见力和行动力。
勤王或是和洋，这又是一个问题
戊戌政变之后，袁世凯官运亨通，由于山东等地发生了义和团运动，他被任命为山东巡抚，带领新建陆军前往山东平定局势。义和团运动的发展是由于洋人和当地百姓的矛盾激化而引发的。朝廷要袁世凯公平处理。但是，一边是惹不起的洋人，一边是无权无势的平民百姓，袁世凯自然知道避害趋利，镇压义和团以讨好洋人。而最高当权者慈禧太后则因为多年受洋人的欺压，挟私泄愤，想用义和团对抗洋人，最终引来八国联军的入侵。在这场战争中，袁世凯再一次洞观全局，避害趋利，选择了可以预测到的胜者的一方。当八国联军兵临北京城下，袁世凯不顾清廷发出让他带兵北上勤王的召令，虚与委蛇，保存了实力。在南方，袁世凯致电上海英国代理领事华伦，表示愿与李鸿章、刘坤一、张之洞采取一致坚定的立场，维护和平。同时，他仿照东南互保的办法，与列强驻烟台的领事达成协议，派兵保护教堂，将“内地各国洋人均派兵妥为护送到烟台暂避”。在这场动荡中，由于袁世凯处置得当，不仅躲过了一场灭顶之难，而且得到了列强的欣赏和瞩目，为他此后在政坛上的驰骋进一步奠定了基础。
1899年，北方数省发生旱灾，粮食歉收，疾病流行，而洋人在内地传教，教民欺压当地百姓，导致老百姓对洋人的仇恨情绪越来越厉害。原来在山东秘密活动的义和团趁时而起，他们喊出“扶清灭洋”的口号。
义和团的举动，得到了执掌大清最高政权的慈禧太后的支持。
原来，戊戌政变之后，慈禧对光绪皇帝想发动兵变囚禁自己耿耿于怀，再加上守旧派大臣成天在慈禧面前攻击光绪，慈禧于是谋划另立皇帝。但是，废立一事却遭到朝中大臣和地方实力总督刘坤一等的坚决反对，由于光绪皇帝思想趋向西方思想，列强也很喜欢这个年轻皇帝，慈禧只好宣布光绪病危。驻北京的各国公使联合推举了一位法国医生入宫为光绪诊治。法国医生为光绪做了全身检查，认定“光绪皇帝健康，无病”。这让慈禧大为震怒，加上她最痛恨的“逆党”康、梁分别受到英国和日本的保护，慈禧恼羞成怒，觉得洋人处处和自己作对，干预清朝内政。恰巧谣传英国人要派兵到北京，逼迫慈禧还政于光绪。慈禧听到这个消息时正在喝茶，一气之下便把绿玉茶壶掷碎在地上，狠狠地说：“洋鬼子实在太可恨，太欺我，此仇非报不可。”多年被洋人欺辱的恶气终于变成一团怒火。怒气冲冲的慈禧和义和团对洋人的仇视一拍即合。于是清廷对义和团从原来的严办改为安抚。
山东巡抚毓贤上任之初严禁义和团活动，他接连发布8道禁令禁止义和团活动，屠杀拳民。但是毓贤渐渐变得同情义和团，认为民心可用。他的主张得到朝中顽固派的支持。义和团于是以“扶清灭洋”为口号，就像一粒火星落在冬天大风中的草原，很快成为燎原之势。
列强对山东义和团的活动非常关注，他们强迫清廷撤换毓贤，推荐袁世凯到山东继任。
英国驻华公使窦纳乐说：“关于今后山东北部的局势，我认为，最有希望的前景是挑选袁世凯充任巡抚。这位官员曾担任多年中国驻朝鲜大臣的职务，并且最近统率驻天津附近受外国人训练的军队约8000人。他已经宣布，必须将全军随他调往该省；同时，他性格果断，而且在必要的时候立即使用武力，这是他一生中在各种危急形势下进行活动的特点，所以使人们有可能期望，在他所管辖的省份中，他将顺利地迅速平定叛乱。”
1899年12月6日，袁世凯代替毓贤署理山东巡抚，武卫右军仍归他统辖。袁世凯在山东巡抚任内，大力剿灭义和团，保护外国在山东的教会和教士。
可是，就在袁世凯在山东大力剿灭义和团的时候，当权的慈禧太后对义和团越发纵容，对洋人的攻击愈演愈烈。
到1900年夏初，义和团进入京津地区。清廷在对待义和团的态度上，出现“主剿”和“主抚”两派，军机大臣荣禄、奕劻、王文韶，封疆大吏李鸿章、刘坤一、张之洞等主张镇压义和团；而端王载漪、吏部尚书刚毅、大学士徐桐等主张招抚义和团，最后主抚派占了上风。
由于慈禧太后的招抚，各地义和团纷纷拥入北京，拳民在北京焚烧教堂，砍杀教民，矛盾迅速升级与激化。
1900年5月，在北京的拳民对洋人的攻击达到登峰造极的地步，他们大举攻击教堂、教民，各地的义和团纷纷响应。
山东的局势也很复杂，山东原来就是义和团的主要活动区域，加上胶州湾的德国人正虎视眈眈。这时，北京的局势进一步恶化，出现了外交史上罕见的一幕：德国公使克林德到总理衙门办事却被载漪的“虎神营”枪杀，清廷居然不顾国际公约派兵围攻西交民巷的各国使馆，号令“杀尽使臣”，天真地认为“使馆一破，夷人从此无种，天下因而太平”。列强正愁找不到借口侵略中国，清政府公然挑衅，这下可有了借口，于是，列强诸国联合组成八国联军从天津登陆，辛丑之役爆发。
清廷和八国开战，无异于以卵击石，只要是头脑清醒的人都会看到清政府失败的结局，袁世凯看得更是清楚。清廷想利用义和团来对抗洋人必将遭到失败，当时国家积弱已久，甲午战争对付一个东亚“蕞尔小国”日本尚且遭到惨败，公然开衅各国列强，败局已经可以预见。袁世凯既看准这一点，就绝不会与朝廷站在一起，拿自己刚刚积攒起来的资本——新军去做清廷错误决策的牺牲品。在庚子年和袁世凯持同样态度的还有几位地方实力督抚。从另一种角度说，他们这种阳奉阴违的做法避免了整个国家一起成为统治者错误决定的牺牲品，为国家保全了部分实力。
作为一个既隶属于朝廷又拥有实力的地方官员，是无条件地执行朝廷的旨意，作为朝廷错误政策的陪葬品，还是违抗上级命令保存实力？成了摆在每一个地方实力派督抚面前的两难选择。作为一个权谋家，袁世凯当然选择了保存实力，但是日后还要直接受到朝廷的管辖，因此既要保存自身实力，不听从朝廷的调遣，又不能给朝廷留下不奉行旨意的恶劣印象，处理好这个问题，是袁世凯面临的一个难题。
两江总督刘坤一、湖广总督张之洞等封疆大吏深知慈禧的这次政治冒险凶多吉少。他们反对朝廷和洋人为敌，如今见到朝廷真的和洋人闹到兵戎相见的地步，预知到这场战争清廷必败无疑，他们为了使富庶的江南免遭兵火之灾，也为了保存自身的实力，谋划“东南互保”，后来两广总督李鸿章也加入进来。这个联盟里山东巡抚袁世凯赫然和大清朝声名赫赫的几位重臣的名字并列，“东南互保”公开声明：“遵守外国条约，保障外人生命财产。”上海租界归各国共同管理，长江流域等内地归各督抚保护，两不相扰。这样一来，清朝名义上与各国列强宣战，实际上真正与八国联军对抗的是拱卫京畿的武卫军、禁卫军与义和团的拳民，可见，战争的结局不待明眼人便可预料清楚了。
当时，朝廷不断下达对外开战、奖励拳民、焚毁洋人教堂的指令，最初袁世凯接到奖励拳民焚教堂，仇外人的诏令，准备遵旨而行，他立即命令山东各州县办理。但多亏有一个名叫徐抚辰的幕僚出面阻止，袁世凯才又躲过了一场灭顶之灾。
6月10日，八国联军以英国海军将领为帅，向北京进发。慈禧太后见势不妙，慌忙命令袁世凯带兵勤王。17日，北京的门户、天津的军事要塞大沽炮台失守。怎么应付错综复杂的局势，变成袁世凯必须解决的棘手问题。现在，慈禧太后直接和洋人开战了，而且还命令袁世凯和列强交战，两方面他都不敢得罪，他知道拿自己手里的军队和洋人打，结果实在很难预料，但是不派兵勤王，慈禧怪罪下来，丢了官职不说，自己以后也别想在政坛上有所作为。
袁世凯经过权衡，最后决定两边都不得罪，他要用欺上瞒下的手腕来渡过当前的危局。