与此同时，袁世凯还大力发展新式教育，推广学校，提倡实业教育，重视师范教育，重视出国考察及留学教育。据学部1907年统计，直隶办有：专门学堂12所，实业学堂20所，优级师范学堂3所，初级师范学堂90所，师范传习所5处，中学堂30所，小学堂7391所，女子学堂121所，蒙养院2所，总计8723所，学生16.4万余人，位居全国第二；而直隶学务资产480万两，则名列各省之冠。又据1909年学部统计：直隶小学堂数目居全国各省第一位，小学生数目居第二位，中学堂数目和学生数目均居第三位，高等学堂数目及学生数目居第一位；小学教员毕业于师范学堂和外籍教师均居第一位，中学教员毕业于学堂和外籍教员均居第二位，高等学堂教员在本国和国外高等学堂毕业者，均居第一位；劝学所、劝业所总董均居全国第一位。直到民国三四年，直隶的教育还较全国其他各省保持着优势，这与袁世凯督直期间打下的基础是分不开的。
袁世凯在直隶总督任内的作为是他一生中业绩最辉煌的一段时期，这段时期的政绩为他赢得了良好而又广泛的声名，从而使他得到了全国各阶层的拥护和瞩目。辛亥年袁世凯出面收拾时局，能得到全国人民甚至革命党人的拥护，和他在这一时期表现出来的政治能力与政治艺术息息相关。
退却也是一门艺术
1906年11月6日，清政府公布了官制改革方案，袁世凯在这次改革中，所力争的责任内阁制没有实现，他所企求的内阁副总理大臣的如意计划全盘落空。不仅如此，他还失去了所有的兼职。他所掌管的军权、交通运输大权也要上交中央，所以，在这次官制改革过程中，袁世凯丧失了不少权力。
在官制改革方案确定后，袁世凯于11月18日被迫奏请开去八项兼职，交出北洋新军统辖权。
他在奏折中，虽然含有愤愤不平的情绪，但也不失大体。他说：“臣自先世，受国厚恩，复受朝廷特达之知”，委以重任，“即使赴汤蹈火，肝脑涂地，亦不足为万一之酬”，“无如心虽有余，力常不足”，恳请开去各项兼差，“若重寄常加于臣身，则疑谤将腾于众口，使臣因此获贪权之名，臣心何以自明，使旁观者因此启猜嫌之渐，政界亦云非幸。昔曾国藩尝奏称：‘臣一人权位太重，恐开斯世争权竞势之风’等语，臣区区之愚，窃亦虑此。此则非为臣一人计，兼为大局计”。以此表明他不争权，且为整个国家考虑而辞去各项兼差。
袁世凯辞去的职务计有：
1．督办政务处大臣。因该处已改为会议政务处，规定由军机大臣和各部尚书为会议大臣，袁为地方官，当然不得兼任。
2．练兵处会办大臣。改革后，练兵处已并入陆军部，袁的会办大臣也告终结。
3．招商大臣、电报大臣、督办关内外铁路大臣、督办津镇铁路大臣。邮传部已经设立，接管全国交通事业，因此，袁所兼任的招商局、电报局、关内外铁路、津镇铁路大臣差使同样等于自行撤差。
4．商约大臣。订约已告完竣，此职早就是空衔了。
5．督修正阳门工程大臣。此职本无权势可得，而且已经筹备就绪，去掉此差，只是省点麻烦。
事实上，清廷早已商议要袁世凯辞去电政、铁路、轮船招商局差使，只是袁世凯恋权，不肯交出。军机大臣瞿鸿裰曾嘱托张百熙先赴奕劻处请示，而后赴天津劝袁辞去兼职差使。与袁世凯穿一条裤子的奕劻对张百熙说：“慰庭本欲辞兼职，我说且至各设专部再议，渠不致不交。汝可告他，既设专部，部中应有全权。”奕劻为袁粉饰了一番。张百熙这才专程赴津，规劝袁辞去各项兼差。
好在官制改革后，袁的党羽在中央各部仍然占有优势，就是说，他有所失，亦有所得。如那桐为外务部尚书兼会办大臣；徐世昌为民政部尚书，赵秉钧为侍郎；陈璧为度支部侍郎；严修为学部侍郎；荫昌为陆军部侍郎；载振为农工商部尚书，杨士琦为侍郎；张百熙为邮传部尚书，唐绍仪、吴重熹为邮传部侍郎；等等。可见，袁世凯对于政府仍然具有强大的影响力量，不过他只能间接控制而不能直接指挥。
早在酝酿改革之前，成立农工商部就已成定论。袁世凯害怕盛宣怀走李莲英、奕劻的路子，谋取农工商部尚书。因为盛宣怀是修订中英、中美、中日商约的主要负责者，有了这个前提，盛宣怀是可能如愿以偿的。袁世凯有见于此，就直接找到奕劻，推荐奕劻的儿子、袁的把兄弟载振为农工商部尚书。奕劻怕他年纪太轻，阅历不多。袁说，不要担心，明年（1906年），日本大阪开商品博览会，贝子不妨去参观，借以了解情况，为保荐他垫底。于此，袁世凯奏请派载振为观会大臣前往参观，并奏请与奕劻、载振、袁世凯穿一条裤子的那桐同为观会副大臣，陪同载振一同赴日本参观。及至载振上任，其下属均为袁氏所荐，农工商部也落入袁的势力范围。
开去兼职虽然心疼，但对袁世凯说来，最为心疼的莫过于夺走他的军队领导权。铁良主管的陆军都要接管全国新军。袁世凯苦心经营的六镇，首当其冲。其时，第一、三、五、六镇分别驻扎在北京、山东、奉天等地，第二、四两镇分别驻扎在直隶永平与小站。在此情况下，袁世凯在奏请辞去兼职的同日（11月8日），以“直境幅员辽阔，控制弹压须赖重兵”为由，请求将第二、四两镇仍旧归他“统辖督练”，其他四镇则上交陆军部统辖。袁世凯抓住军队不放，当然逃不过铁良辈的目光。不过，慈禧太后为了平息袁世凯的不满，部分地答应了他的要求，谕令第二、四两镇“暂由该督调遣训练”。袁要求是“统辖”，得到的只是“暂时调遣”之权。并且，辞去兼职与交出四镇，上谕连一句官样文章的慰勉都没有，只是冷冰冰地“著照所请”四字。与此同时，他推荐王士珍为陆军部侍郎，也为铁良所拒绝。
总之，不管从哪方面来说，袁世凯遭受了一定的挫折是毫无疑问的。面对此时此景，他的心情颓丧也是可想而知的。在免去兼职命令发布的当天，他没有离开房间。那一天他本来已经安排去参加天津新桥的开放典礼，但借口有病，没有参加。他谢绝了一切约会，待在家里，颓丧之至，终日在楼上，非要客不见，非要事不办，心境恶劣到了极点。
对于清廷剥夺袁世凯的兵权，袁氏集团上下一片惊慌。他们担心军权一旦柄移，将有弓藏之危。其时，袁世凯的次子袁克文深自愤郁。他建议其父，趁兵符未解，军权没有上交之时，高举清君侧旗帜，利用诸将领激愤情绪，亲率诸镇直捣京师，清君侧，斩铁良诸奸头。如果慈禧太后违逆，就干脆顺应天心民命，驱除满洲政府，一鼓作气取而代之。
袁世凯听到克文的话，怒目叱责曰：“小子无知，敢妄语，灭族无日矣！”将克文拘禁于内室者累月，恐其出言不慎将构大祸。由此可以看出，第一，袁世凯去掉兼职，特别是夺去他的军权，不只是对他本人的一个沉重打击，对其家人、部属也是一个打击。年方16岁的袁克文居然想到“清君侧，进可成王”，谋求“千秋大业”的问题，这与平常袁世凯的言谈、举止不能说没有丝毫影响。实际上，袁世凯并不是不想取清室政权自代之。只是以他对自己实力的估计，认为取胜的把握不大，因此才违心交出兵权，向清廷妥协屈服。在袁世凯看来，清朝如同一棵数百年的大树，虽然腐朽，但百足之虫，死而不僵，其根基犹在，如果一着不慎，很可能就会导致自己全盘皆输。第二，慈禧太后掌柄咸丰、同治、光绪三朝，经验丰富，权威俱在，深入官吏民心，不是轻易可以撼得动的。第三，北洋六镇将士虽然由自己一手拔擢起来，但平日还并未灌输造反思想。一旦真要与清廷撕破脸皮，未必真能团结一心，众志成城。第四，慈禧太后虽然剥夺了袁世凯的兵权，但并没有赶尽杀绝，相反，在夺权之后，安抚有加。她提拔袁世凯之子袁克定以示恩宠，馈赠礼物以安其心，在人事安排上也仍然借重袁世凯的意见，使袁安心感戴，继续努力为她效劳。第五，袁世凯表面上是一个豪放豁达之辈，但性格中却并不是一个赌徒、冒险之人，没有八九成把握的事情，他是不会做的。能进能退，是大英雄。在时机不成熟的情况下，袁世凯是不会动用他好不容易积攒起来的家本去孤注一掷的。因此，在官制改革中，袁世凯交出了他的兵权。在宣统朝载沣打算剪除他时，他再一次缩头屈服，离开京师回到家乡“颐养天年”。他不是真的甘心屈服，只是认为时机对自己不利，暂时韬光养晦罢了。识时务者为俊杰，退一步是为了进两步，袁世凯不是一个傻瓜。