壬戌（康熙二十一年）
正月，施将军出京至闽，于厦门各处调兵整船。刘国轩以铳船十九号、战船六十余号、兵六千人，拨诸将守澎湖；亲身往来督视。
五月，姚总督率官兵至铜山候风。刘国轩至澎湖，台湾列兵守各港澳。
六月，姚总督官兵回汛。
七月，刘国轩归自澎湖。安平镇火。施将军题请专征，奉旨相机进取。
十月，岁饥。
十一月，国轩赴澎湖。
十二月，台湾伪承天府火灾，沿烧一千六百余家，米价腾贵，民不堪命。国轩归自澎湖。
癸亥（康熙二十二年、台湾称永历三十七年）
正月，冯锡范备兵鹿耳门。
二月，米价大贵，人民饥死甚多。
五月，刘国轩率师至澎湖。
六月十四日，施将军自铜山开船，大小五百余号，姚总督拨陆兵三千随征。十五日，到八罩。十六日，进攻澎湖。国轩列炮架巨舰各数十以待。诸将士皆望风逡巡，惟提标游击蓝理、曾成、张胜、正黄旗侍卫吴启爵、同安游击赵邦试、海坛游击许英、铜山游击阮钦以七船冒险深入鏖战。国轩分两翼，海艘齐出，四面合围我师。施将军琅恐数船有失，自将坐驾冲入，内外夹攻，敌稍却。施将军遂同七船随流而出。时天色将晚，遂于西屿头洋中抛泊。
十八日早，次于八罩，以收诸军。国轩闻而喜曰：『谁谓施琅能军！天时地利，莫之能识，诸君但饮酒以坐观其败尔』！遂不设备。盖澎湖自六月数起台飓，无三日晴，而近澎诸岛下有老古石，嵯枒若铁树，刚利无比，凡泊舟下札，遇风起立刻而覆，乘船者莫不危之。然停泊数日，浪静风恬，亦天幸也。
十八日，移至虎井。施将军泊小舟于内外堑峙间，密觇形势。于是再申军令，严明赏罚，令总兵陈蟒等领船五十号，从东畔峙内直入四角山；又令总兵董义等领船五十号，从西畔内堑直入中心湾，以为疑兵，示以若欲登岸者。将军身率诸镇将，部署大鸟船五十六号居中，分为八股排入，余船以次而进，以为后援。指画既定，俟风而举。
二十二日已刻，南风大发，南流涌起，遂下令扬帆联进。风利舟快，瞬息飞驶，居上流上风之势，压攻挤击，无不一当百。又有火器、火船乘风纵发，烟焰弥天，大小海舟二百余艘烧毁殆尽。国轩见势蹙难支，遂乘小舟从北门孔道逸去，而全军覆没矣。是役也，惟前锋林贤、朱天贵二船初入湾澳，天贵倏中炮而死，林贤被伤两箭，余军皆无恙。
国轩败回，群情汹汹，魂魄俱夺，惟有束手待毙而已。于是施将军驻师澎湖，休劳士卒，收拾船只，为进取台湾之计。下令戮一降卒抵死。诸岛投戈者数千人，皆厚恤之。有欲归见父母、妻子者，令小船送之。降亲相谓曰：『军门恩泽，及我骨肉矣，死难报也』。归共传述之，台湾兵民莫不解体归心，惟恐王师之不早来也。
世子克塽与锡范、国轩泣相谓曰：『民心既散，谁与死守？浮海而逃，又无生路。计惟有求抚之着耳』。于是遣郑平英、林惟荣、曹蜚、朱绍熙赍乞抚书表，于闰六月初八日至军前，且求听居台湾。将军曰：『削发登岸，煌煌明旨也，何敢不遵！且若辈不亲到军门，而遣人代赍书表，诈也，为缓兵计耳』。复令曾蜚、朱绍熙回谕之。
七月十五日，世子复遣冯锡珪、陈梦炜、刘国昌、冯锡范、韩同、曾蜚、朱绍熙再至军前，一遵严令焉。
故明宁靖王术桂，衮冕拜告祖宗，从容投环死。
施将军令侍卫吴启爵及笔帖式常在同冯锡范等前往台湾宣布德意，且密察台湾虚实情形。吴启爵于七月十九夜再至安平镇，翌日见世子克塽，谓之曰：『足下远居岛屿，原与三王不同（三王谓吴与耿、尚也）。三王，国家叛臣也，罪在不贳。足下三世仗义于海澨，亦人之所难也；今若向化归德，使海宇廓清，朝廷必有格外殊恩，当不失爵禄也』。克塽曰：『使君惠及宗佑，敢不唯命是听』。启爵见国轩曰：『澎湖之役，天也，非人也。君虽挫衂以归，而雄迈之风不衰。岛上英杰，惟君一人耳！然所谓英杰者，在识时务，今大师临门，或战或降，决之一心足矣；何必迁延观望，致误大计乎』？国轩曰：『天威远震，波臣革面，谁敢复有贰心？使君但安坐以待，必得契约以报军门也』。盖台湾世子年幼，内政冯锡范主之，外政刘国轩主之。锡范庸懦竖子，进退无据，故相持未决焉。侍卫复谓国轩曰：『筑舍之谋，终无成日。君但令兵民遵制薙发，则大事可定矣』。国轩曰：『谨奉教』。遂下令兵民薙发。锡范亦遂与世子遵缴册印，而举国归降焉。侍卫回报将军，将军喜曰：『不待劳师而倾国效顺，朝廷之福也』。即令侍卫驰驿入奏，并缴归诚册印。
九月初一日，侍卫至京。朝廷召见，特加慰劳。因问澎湖克捷事情，侍卫披图指画，备言渡海艰难，蓝理等冒险进攻，凡两举而后得之。又言诸将士竭力用命，摧锋血战之苦；朝廷为之挥泪。因谕部臣曰：『闽师远出海疆，冒险剿寇，非滇黔陆地可比，论功再加一等』。朝廷又问台湾事，对曰：『臣至其地，视伪幼子未谙事，国事尽委于冯锡范、刘国轩。锡范懦而无断，低徊犹豫，其实无能为也。刘国轩倾心归命，挟以必从之势，故臣得毕事而归』。又问台湾形势，侍卫条对甚悉。问『提督重兵入险，得无有虑否』？对曰：『台湾兵既败之后，莫与共命者，但恐提督后至，〔议论不一，或至中变耳。若总督与提督能一心共济，事可万全。今提臣系督臣保举，必无异心，指日可定；如谓奔败之余，再奋螳臂，敢拒巨辙，必无之理』。上悦，自解所御龙袍并赋诗以赐提督，加授靖海将军，封靖海侯，以示酬庸焉。
八月十五日，施将军统率大师至台湾，百姓壶浆相继于路；海兵皆预制清朝旗号，以迎王师。十月十七日，侍卫自京回至军前，衔命申告，军民莫不以手加额。
部议以台湾番民杂处、山海要津，设总兵一员、副将二员统水陆官兵一万镇守之。设道官一员、一府、三县，以统治百姓及番众。府曰台湾府，附郭为台湾县，〕（馆藏抄本原缺数行，用海上见闻录之文补之，并加〔〕以示区别）。南路为凤山县，北路为诸罗县。建置既定，经画事竣。
十月初六日，世子克塽、冯锡范、刘国轩、何佑等并眷口登舟。
十一月初六日，至泉州。初七日，往福省进京。
十二月，总督姚启圣病死。
克塽至京，封为汉军公；弟克■〈与上土下〉准开牛彔；叔郑聪等俱以三品、五品官食俸，随旗。冯锡范、刘国轩俱封伯。国轩随补天津卫总兵，其子准开牛彔。
郑氏自丁亥年起，至癸亥年亡，共三世，三十七年。
附录一郑芝龙受抚（谷应泰「明史纪事本末」卷七十六）
熹宗天启七年六月，海寇郑芝龙等犯闽山、铜山、中左等处。
芝龙，泉州南安县石井巡司人也。芝龙父绍祖为泉州库吏，蔡善继为泉州太守。府治后衙与库隔一街相望。芝龙时十岁，戏投石子，误中善继额，善继擒治之，见其姿容秀丽，笑曰：『法当贵而封』，遂释之。
不数年，芝龙与其弟芝虎流入海岛颜振泉党中为盗。后振泉死，众盗无所统，欲推择一人为长，不能定，因共祷于天，贮米一斛，以剑插米中，使各当剑拜，拜而剑跃动者天所授也。次至芝龙，再拜，剑跃于地，众咸异之，推为魁。纵横海上，官兵莫能抗，始议招抚。以蔡善继有恩于芝龙，因量移泉州道，以书招之。芝龙感恩，为约降。
及善继受降之日，坐戟门，令芝龙兄弟囚首自缚请命。芝龙素德善继，屈意下之。而芝虎一军皆哗，竟叛去。六年春，遂据海岛，截商粟。闽中荐饥，望海米不至，于是求食者多往投之。七月，劫商民船，势浸大，其党攻广东海丰嵌头村以为穴。芝龙乃入闽，泊于漳浦之白镇，时六年十二月也。
巡抚朱一冯遣都司洪先春率舟师击之，而以把总许心素、陈文廉为策应。鏖战一日，胜负未决。会海潮夜生，心素、文廉船漂泊失道。贼暗度上山，诈为乡兵出先春后。先春腹背受敌，遂大败，身被数刀。然芝龙故有求抚之意，欲微达于我兵，乃舍先春不追，获卢游击不杀。又自旧镇进至中左所，督师俞咨皋战败，纵之走。中左人开城门求不杀，芝龙约束麾下，竟不侵扰。
警报至泉州，知府王猷知其详，乃曰：『芝龙之势如此，而不追、不杀、不焚掠，似有归罪之萌。今剿难猝灭，抚或可行。不若遣人往谕退舟海外，仍许立功赎罪，有功之日优以爵秩』。兴泉道邓良知从之，遣人谕意。
怀宗崇祯元年春正月，工科给事颜继祖劾福建总兵俞咨皋下狱。初，巡抚朱钦相招抚海寇杨六、杨七等。郑芝龙求返内地，杨六绐其金不为通，遂流劫海上。继祖上言：『海盗郑芝龙生长于泉，聚徒数万，劫富施贫，民不畏官而畏盗。总兵俞咨皋招抚之议，实饱贼囊。旧抚朱钦相听其收海盗杨六、杨七以为用。夫抚寇之后必散于原籍，而咨皋招之海，即置之海。今日受抚，明日为寇，昨岁中左所之变，杨六、杨七杳然无踪，咨皋始缩舌无辞。故闽帅不可不去也』。疏入，逮咨皋下于理。