于是，在这些方面的决战，便被称为“捷号作战”，而实行“捷号作战”的时间，则由大本营决定。小矶、米内、梅津、及川等日军军政要员迫不及待地想在国防圈上的某一点与美军决战。
但是，及川突然想起自战争爆发以来一直存在的陆海军间争夺航空部队指挥权的问题，这个问题如不解决，对“捷号作战”将产生极大影响。
梅津对此表示赞同，他说：“此次作战设想所要求的是陆海军应协调一致地使用航空兵力，陆海军可就此问题做专门研究。”
当时，空军在日本军队中还不是一个独立的军种，航空兵力分属陆海两家。陆军航空兵的基本编制是飞行师团或航空军，海军航空兵主要编在航空母舰舰队中。
根据梅津和及川的指示，日军大本营陆海军部立即研究对策，很快搞出了一个《关于捷号航空作战的中央协定》，详细区分了陆海军航空兵力的配备，明确了陆海军航空部队的指挥关系和作战分工。
这时，日本军政要员已经感觉到菲律宾之战已迫在眉睫，深感事态危急。如果菲律宾失守，那么日军同南洋的运输线路则全部断绝。因此，梅津决定调整菲律宾的兵力部署。
7月28日，日本大本营陆军部下令解除第14军的战斗序列，成立第14方面军（9月26日任命在中国东北担任第1方面军司令官的山下奉文大将为第14方面军司令官），并为防卫南部菲律宾编成第35军（8月11日任命铃本宗作中将为该军司令官），列入第14方面军编成内。
8月上旬，其第14方面军内共计有：第35军（辖第16、第30、第100、第102师团及独立混成第54旅团）、第8、第26、第103、第105师团以及坦克第2师团、独立混成第55、第58、第61旅团。
到了9月22日，日本大本营又将驻上海的第1师团编入第14方面军战斗序列，并命令第23师团在集结后准备调往菲津宾。
菲律宾群岛位于东南亚地区，是一个由7100多个岛屿组成的岛国，其中吕宋、比萨扬、棉兰老和已拉望等11个岛屿的面积超过1000平方公里，占全国面积的94％。菲律宾境内群山起伏，多丛林和火山，常发生地震，全国海岸线长达18533公里，多天然良港。
日本南方军总司令官寺内寿一接到大本营下达的作战命令后，即研究制定具体作战计划。
寺内寿一出身军人世家，其父寺内正毅曾是明治天皇的重臣，先后任过陆军大臣、参谋本部次长、朝鲜总督、首相等职务，寺内继承父业，曾任过师团参谋长、朝鲜军参谋长、师团长、台湾军司令官、陆军大臣和华北方面军司令官，太平洋战争爆发后，即为南方军总司令官，率日军攻占东南亚及西南太平洋地区岛屿。
同时，寺内又是日军中少见的精通参谋、指挥与军政业务的军官。寺内寿一和他的参谋们根据菲津宾的地理环境，认为美军随时随地都可能在菲律宾登陆，最有可能的登陆点是在菲律宾南部。
寺内寿一认为日军应集中兵力于南部抗击。而日本大本营仔细研究了南方军的意见后否决了它。
日本大本营认为，菲律宾任何一个岛屿都适合登陆作战，因此不可能准确预言敌人先在什么地方发起攻击，与其把军队分散在南部各岛，不如集中兵力于吕宋，因为吕宋岛交通便利，最易于防守。
寺内接受了大本营的建议，他很快制定出了在菲律宾固守的“捷1号作战计划”，这一计划的主要内容如下：
1.南方军和海军协同，击溃向菲津宾方面进攻的美军，摧毁其继续作战企图；
2.决战以和海军协同进行的航空作战为主，在海上歼灭敌进攻主力；
3.地面决战，力求在吕宋地区；
4.迅速整备菲律宾岛上的机场，使之适应航空部队的灵活作战。机场的整备，主要由第14方面军担任，由第4航空军协助。
5.地面作战准备，应依照下列各项进行：其一，巴坦岛、巴布延地区以一部分兵力确保重要地区，摧毁敌军推进航空基地的企图；其二，吕宋地区作为地面部队的主决战场，集结方面军的主力，歼灭企图进攻的敌军主力；其三，中南部菲律宾确保其重要地区，以支援由海军及航空部队进行的决战。
6.航空作战依照下列计划进行：严密巡逻搜索敌人，及时识破敌军进攻。对于敌军机动部队，应掌握良机，以一部分兵力促使其逐渐削弱，另一方面，力求保存我方兵力，防止逐渐消耗。对于敌军基地航空部队，应利用我战略态势的优越，以一部分兵力在黄昏、夜间和拂晓进行果敢的奇袭进攻，力求打乱其进攻企图。敌军企图在菲津宾数处登陆时，应先将吕宋或接近吕宋地区之敌，各个击破。当敌军登陆兵团进攻时，应不失战机地统一使用各种军事力量，在海上将其歼灭，粉碎其企图。当菲律宾方面决战时，第3航空军应准备能够随时调动必要的兵力。
8月5日，寺内为了把根据上述作战计划制定的作战指导要领贯彻到所属各军，并和担任协同作战的海军部队统一作战思想、在马尼拉进行了陆海军联合图上模拟演习。同时命令第14方面军、第4航空军做好“捷1号作战”准备。
8月中旬，寺内为加强菲律宾方向的防卫力量，将南方军兵站部拨归第14方面军司令官指挥，并派特别视察小组，巡视菲律宾各地防御情况。
在视察中，他发现按确保空海的支撑要求，菲律宾中、南部的地面战备还不充分。于是，寺内命令第14方面军把一部分兵力从吕宋岛调往菲律宾中、南部，以加强莱特岛及达沃地区的防御力量。
大战在即，寺内要求各级指挥机构都要对敌情做出判断，并根据敌情和大本营的意图，制定出各部队实施的作战计划。
第14方面军司令官黑田中将本来认为，美军攻占马里亚纳之后，必然要攻取菲律宾。但他估计美军最可能先在莱特岛和棉兰老岛登陆，而不是在吕宋岛登陆。
但是，寺内根据大本营的指令，要求黑田将防御重点放在吕宋岛。黑田虽觉不妥，却也不敢违抗上级指令，便立即对原作战计划进行了修正。
黑田指令第35军司令官铃木宗作根据南方军和方面军意图，立即制定出菲律宾中、南部的防御计划。不过，私下里他对南方军制定的“决战以和海军协同进行的航空战为主，在海上歼灭进攻的敌主力”的原则也颇有微词。
黑田认为：“这个设想很好，但打仗不能凭设想，语言不能击沉美国军舰，我们的飞机已不能同敌军的相比了，怎么能在空中战胜敌人？这一仗只有立足于在陆地上打才能赢。”
铃木在日军中以脾气随和且精干谋算著称。他到任后发现第35军担任防卫的地域包括棉兰老岛及萨马—内洛罗斯、莱特、宿务等大岛以及数千个小岛。他根据经验及地理条件，判断美军很可能在棉兰老岛的达沃地区和莱特岛登陆，认为只有适度集中兵力才能守住。
于是，铃木于8月17日在宿务市司令部召集高级军事会议，又宣布了“铃号”作战方案：
1.以第100师团坚守达沃方向、以第16师团坚守莱特湾方向、以第30师团主力及第102师团一部作为机动兵力，随时用在重点方向，乘敌登陆时将其歼灭；
2.敌以主力在达沃登陆时，调用第30师团主力、第102师团的一部（步兵3个大队）及其他兵力，从卡加延、马莱巴莱方向歼灭达沃方向之敌。这个方案称为“铃1号”。
3.敌以主力在莱特湾方向登陆时，则使第30师团主力、第102师团的一部（步兵2个大队）及其他兵力在乌目方面登陆，歼灭当前之敌。这个方案称为“铃2号”。
4.敌在达沃和莱特方向各以较强兵力登陆时，其作战根据情况而定，但预定以第30师团主力指向达沃方向，以第102师团的一部及其他兵力指向莱特方向。
而在日本海军方面，1944年3月31日9时，联合舰队司令长官山本五十六海军大将的继任者，以冷静而保守著称的古贺峰一搭乘一架水上飞机赴棉兰老岛视察，途中遇暴风雨失踪。于是，古贺的职务由前横须贺海军基地司令丰日副武海军大将接替。
丰日副武海军大将为人刻薄，处事谨慎。由于他一直在陆上基地服役，所以大本营海军部任命有丰富海上作战经验的海军中将草鹿龙之介任他的参谋长。当丰日副武接到“大海令”时，正埋头于在马里亚纳海战中遭到毁灭性打击的联合舰队的重建和整顿工作。
此时，日军第1航空舰队的兵力己在塞班、提尼安和关岛作战中丧失大半，自2月以来，该舰队一直在达沃港进行重建和训练，到8月份，他们可以作战的飞机只有257架，而这距重建目标的400架飞机还差许多。
日军第2航空舰队4个航空队是塞班岛登陆战役发生不久前编成的，正在九州进行训练，主要训练内容是攻击航空母舰，特别致力于训练在夜间或台风不良气候条件下进行奇袭攻击的能力。
当时，联合舰队预计参加菲律宾决战的日本舰队有3支：一支是栗田健男海军中将指挥的第2舰队，又称第1游击部队，拥有7艘战列舰、11艘重巡洋舰、22艘轻巡洋舰和驱逐舰，泊在新加坡附近的林加锚地；一支是志摩洁英海军中将指挥的第5舰队，又称第2游击部队，拥有3艘巡洋舰和7艘驱逐舰，泊在日本内海；一支是小泽治三郎海军中将指挥的第3舰队，拥有6艘航空母舰、2艘重巡洋舰、21艘轻巡洋舰和驱逐舰，泊在日本内海。
这样一来，丰田在高级海军军官参加的菲律宾决战作战会议上，根据联合舰队的任务、兵力及敌情判断，宣布了由草鹿龙之介制定的《联合舰队的捷号作战计划》。
★联合舰队的捷号作战计划
《联合舰队的捷号作战计划》的主要内容如下：
作战方针：
联合舰队配合陆军，根据大本营的“捷号作战”指导要点，在“捷号决战”海面，迎击消灭来犯之敌，确保战略上不败之势。
作战要领：
1.迅速整备菲律宾航空基地，以使第1、第2航空舰队得以全力展开。为此，迅速整备克拉克、巴哥洛方面的基地群。海上部队的前进停泊地，预定在文莱、哥伦或吉马拉斯水道，迅速加以整备。
2．基地航空部队开始时回避敌机动部队的攻击，菲律宾以外的基地部队准备开进菲律宾。海上部队随时开进，一齐拥向敌登陆地点，基地航空部队对此予以策应。海上部队对敌登陆地点的冲击时机，以敌登陆开始后2日以内为原则。航空歼灭战以在海上部队冲进2日以前开始为原则。
航空部队方面：第1和第2航空舰队的全部兵力集中于菲律宾，敌来攻前，第2航空舰队在日本本土西部保持经过1—2次跃进就能开进菲律宾的态势；第3、第12航空舰队作为第2线兵力在国内待命，其加入战斗时机由特别命令规定。敌不携带运输船队，仅进行机动空袭时，以机警、短暂有力的攻击，奇袭敌军，力求逐渐削弱之，并尽量避免我方损耗兵力。但把握足以歼灭敌军的战机时，基地航空部队应独立击溃敌航空母舰。
水上部队方面：第1游击部队（第2舰队的大部）在林加停泊地待命；第2游击部队（第5舰队的全部）及机动部队本队（第3舰队的全部）在内海西部待命。估计敌军即将来攻时，第1游击部队开到文莱或哥伦、吉马拉斯方向待命；第2游击部队开到内海西部或西南诸岛方向待命。机动部队本队在内海西部做好出击准备，听候特别命令出击。敌人登陆时，第1游击部队应策应基地航空部队的空中歼灭战，对敌登陆点实施冲击作战。第2游击部队以及机动部队本部，大体上以牵制敌人于北方为原则。
潜水部队方面：潜水部队听候特别命令，开到指定海面，在敌登陆前主要攻击运输船队，以切断敌人的增援运输。
当丰田宣布完作战计划后，向其他将军问道：“诸位还有什么问题需要解释的吗？”
大家都意识到一场恶仗即将来临，孰胜孰败很难断言。而实际上，就现在联合舰队的实力来说，日军想取胜是困难的。但他们也提不出什么妙策，便只得回答：“愿为天皇陛下效忠死战！”
如此一来，感到满意的丰田点点头说：“敌军登陆前，会对菲律宾实施空中袭击，而我们的作战准备可能尚未就绪，希望诸位做好边作战边准备的打算。那就拜托了！”。