沈钧儒等人领导的抗日救亡活动，在人民群众中产生了极大的影响，自然也就引起了国民党反动派的极大恐慌。早在救国会成立初，国民党政府就非常不安。当时国民党上海市长吴铁城在召集全市大中学校校长会上，已经开始对救国会进行攻击和诬蔑，说是少数阴谋家组织的反动团体，并要求该组织马上解散。然而沈钧儒等人并不屈服，顶住了国民党当局的压力。市长不行，委员长又跃到了前台。蒋介石邀沈钧儒、章乃器、李公朴到南京谈判，目的是只要救国会接受国民党的领导听从国民党的指挥，就可以继续存在。沈钧儒等人看出了国民党政府的用心，是要把救国会变成他们手中的工具、王牌，实际上是在扼杀广大人民群众的救亡运动。沈钧儒等人坚决表示：只要你们停止内战、发动民众、坚决抗日，也就是领导救国会了。救国会是反映全国人民意志的，要求停止内战，一致抗日，救国图存，谁这样做我们就团结谁。救国会在沈钧儒的领导下顶住了国民党的威胁利诱，继续领导全国救亡运动走向高潮。中国人民的抗日活动，使日本侵略者也感到不安。日本的驻沪机构领事馆，早就派特务注意监视沈钧儒等爱国领袖的活动，并对国民党政府施加压力，要求取缔救国会，逮捕领袖人物。11月18日日本驻沪总领事命令手下寺崎去找上海市府秘书长俞鸿钧，不加掩饰的要求逮捕章乃器、沈钧儒、李公朴等人。俞表示这些人都在监视之中只是目前尚无确凿证据，不可操之过急。寺崎听后大怒说：要等有证据，那就是遥遥无期的，必须立即动手抓人。并且还以正在上海待命的日本陆战队相威胁。于是在日本的压力下，由蒋介石和南京政府直接下命令，对救国会领袖的大逮捕行动开始了。
早在事发前一个月形势就很紧张，有很多人劝沈钧儒离开上海去躲避一下，然而他没有惧怕，冷静地说：“我不打算走，我准备被捕，什么时候拘票送到，我就什么时候上法庭去，南京也好，上海也好，我都得去。现在正需要像我这样的老人吃点亏，使大家可以激励一下。”其实在投身于救亡运动之初，他就将个人安危置之度外，他曾表示：“要参加（救国会）就要准备坐牢房，甚至砍头，否则就不参加。”
1936年11月23日2时国民党政府上海市公安局派出8个特务小组，会同英、法两租界的巡捕，分别到沈钧儒、章乃器、邹韬奋、李公朴、王造时、史良、沙千里和陶行知家抓人。陶行知因先期出国未被抓到。沈钧儒等7个同时被捕。这天夜里沈钧儒和李公朴、王造时被关押在敬安寺巡捕房。此时已是深秋，60多岁的沈钧儒就在冰冷潮湿的地上坐了一夜，他丝毫不在乎。天亮后沈钧儒等7人被押送到江苏高等法院受审。由于抓人者拿不出任何犯罪证据，法院只得宣布无罪释放。就在沈钧儒等被放出几个小时后又以共产党嫌疑犯为借口再次将7人逮捕。12月4日将7人解送到吴县（今苏州）横街江苏高等法院看守分所羁押。国民党政府制造了一起中华民国史上最大的冤案——震惊中外的“七君子事件”。他们被捕的罪名就是爱国。“抗日非法”、“爱国有罪”这就是国民党反动派的逻辑。沈钧儒和他的战友们，坚持爱国无罪的正义立场同反动派进行斗争。
沈钧儒等人虽暂时失去了自由，但他们并没有沉沦和气馁，也没有放弃斗争。就在他们由上海被押解苏州的汽车上，透过玻璃窗看到祖国的山、祖国的水、祖国的一草一木，祖国勤劳善良的人民，他们心情难以平静，决不能让祖国大好河山落入日寇铁蹄之下，更增加了同妥协退让卖国的政府斗争的决心。于是车厢里没有叹气声，有的是高昂的《义勇军进行曲》的歌声。
在被关押日子里，他们还成立了临时组织。在七人中以年纪而论，沈钧儒居长，且年高德劭。大家一致推他为“家长”。为什么称“家长”呢？邹韬奋说：“我们都完全是纯洁爱国，偏有人要误会我们为‘反动”，所以不用‘领袖”，或其他含有政治意味的什么‘长’来称我们所共同爱戴的沈先生，却用‘家长’这个名称来推崇他；我们想无论如何，总没有人再能不许我们有我们的家长吧！”还有他们推沈钧儒为“家长”的原因是沈先生对他们这班“难兄难弟”无微不至的关心和爱护，就如同慈父一样，使人体验到温暖。在沈钧儒这个“家长”领导下，他们六个人如一个人（史良在女监）同甘共苦。既然六个人一起被捕，有罪大家有罪，无罪大家无罪；羁押大家羁押，释放大家释放；还要求关在一起，如果当局要把六个人分开，大家就以绝食来抗议。在谈到绝食时，大家认为沈老年纪大了可以除外。但沈钧儒无论如何不肯，他说“六个人是一人”，果有实行绝食抵抗必要的话，他必须一同加入。虽然绝食后来没有实行，但是沈钧儒大无畏的精神令大家深为感动。
1936年12月12日，发生了张学良、杨虎城扣压蒋介石的“西安事变”。自九·一八事变后，张学良在蒋介石的命令下放弃东三省，调到西北和西北军杨虎城一起攻打红军。国难当头不打日本反而打红军，这使张、杨深感到前途的渺茫，同时全国人民抗日救国的热情又深深打动了他们。就在蒋介石亲抵西安进行“剿共”督战时，张、杨扣压了蒋介石，强迫其抗日。事件发生后张、杨通电全国，提出八项主张，其中之一就是立即释放上海被捕的爱国领袖，加之他们的抗日主张和救国会的相同，于是国民党反动派就迁怒于七君子，有人要枪杀沈钧儒等人，借以警告张学良、杨虎城。苏州看守所形势一下子紧张了。增加了岗哨，限制他们的活动，不允许探望。沈钧儒等人分析形势，认为在混乱情况下，很可能有意外牺牲发生，然而他们并不惧怕牺牲，表示：如果被枪毙，也要高唱《义勇军进行曲》，高呼“打倒日本帝国主义”“民族解放万岁”的口号从容就义。
“西安事变”在中国共产党努力下和平解决了。蒋介石和国民党同意停止内战，联共抗日，抗日民族统一战线形成。然而对沈钧儒等7人仍坚持他们的行动是“危害民国”的老调子，继续关押。同时他们又大搞劝降活动，让杜月笙等人前去劝降，提出只要沈钧儒等保证不再从事救国活动，留京或去国外就可获得自由。而沈钧儒等人坚决抵制，认为个人自由事小，争取救国无罪事大，宁可不出狱，也决不丧失原则立场和有损国格。碰了一鼻子灰后国民党政府又使出新的花招，对沈钧儒7人提起公诉。为了壮大力量使更多人认识国民党真面目，也为了便于同国民党当局进行合法斗争，沈钧儒等人商定聘请律师进行辩护。根据当时法律规定每一个被告可以请律师3人作为辩护人，于是他们7人共请了21位律师，其中大都是社会上极有威望的知名人士。如此之多的著名律师出庭辩护，这在中国司法史上是空前的。
1937年6月11日开庭，沈钧儒作为第一被告首先受审。审判长问：“你赞成共产主义吗？”沈理直气壮地说：“赞成不赞成共产主义，这是很滑稽的，……我们从不谈所谓主义，如果一定要说我宣传什么主义的话，那么，我们的主义就是抗日主义，就是救国主义。”审判长又问：“抗日救国不是共产党的口号吗？”沈安详而机智地回答：“共产党吃饭，我们也吃饭；难道共产党抗日，我们就不能抗日吗？”审判长问：“你知道你们被共产党利用吗？”沈以幽默的口吻答道：“假使共产党利用我抗日，我甘愿被他们利用；并且不论谁都可以利用我抗日，我都甘愿被他们为抗日而利用。”在与国民党政府进行面对面的斗争中沈钧儒大义凛然，一身正气。
就在沈钧儒七君子因“爱国罪”而被捕后，全国各界人民立即开展声势浩大的营救运动，强烈要求释放他们并宣布无罪。救国会首先在11月24日和27日的《紧急宣言》《告当局和全国国人书》中严正指出：将救国会领袖无辜加以逮捕，实在是一种对全国人民爱国运动的一种公开的无理摧残，在这日本帝主义进攻绥远的今天，更完全是一种客观上助长敌人势力的行动。旅居欧洲、美国和东南亚各国的华侨，以及国际知名人士罗曼·罗兰、爱因斯坦、杜威、罗素、孟禄等，都致电国民党政府，要求恢复“七君子”的自由。中国共产党《红色中华》报也发表社论，反对国民党政府对爱国者的迫害。6月25日，就在江苏高等法院第二次开庭的当天，宋庆龄、何香凝等人发起了名震一时的救国入狱运动。他们发表宣言说：“沈钧儒等七位先生关在牢里已经七个月了。现在第二次开审，听说还要判罪。沈先生等犯了什么罪？就是犯了救国罪。救国如有罪、不知谁才没有罪……我们也爱国，我们就应该和沈先生等一起坐牢。”宋庆龄倡导的救国入狱运动，在社会上引起强烈的反响，大学教授、学生、职员、工商界人士、知名演员等等都签名要求爱国入狱，给国民党政府致命的一击，使其狼狈不堪。
由于沈钧儒等七人坚定的爱国立场及全国各阶层人民的营救，加之“七·七”事变后国内政治形势的变化，1937年7月31日，被关押了7个月零27天的沈钧儒、章乃器等七人同时出狱。下午2点沈钧儒等七人走出监狱大门，门外几百名民众已在火辣辣的太阳下等着迎接他们，此情此景令七君子感动得热泪盈眶。沈钧儒代表大家对各报记者说：“当不改初旨，誓为国家民族求解放而奋斗。”国民党政府直到1939年才由四川高等法院第一分院检察处撤回对“七君子”的起诉。救国无罪最终由历史作出了正确结论。