台湾问题是中日关系中最为敏感的问题之一。日本曾统治台湾50年，对台湾有着特殊的“感情”。至今日本仍然有人坚持“台湾归属未定论”，他们只是说“只有一个中国”，但从不讲台湾是中国的一部分。1988年，一位日本前驻华大使发表的观点颇具代表性。他说：日中正常化时存小异的问题之一是“台湾问题”，中国说台湾是中华人民共和国不可分割的一部分，日本政府表示充分理解，尊重中方的立场。然而，理解、尊重与完全承认并非一码事，日本称要坚持波茨坦公告第八条的立场，其中只写有“应履行开罗宣言的条款”，“因开罗宣言发出时还没有中华人民共和国，所以写的是应归还‘中华民国’”。“日本因接受波茨坦公告而放弃了台湾、朝鲜半岛、南桦太（库页岛）和北千岛的主权。日本的主权被扭掉了手足，只剩了躯干。台湾因日本战败而被战胜国扭掉，所以即使让日本说这一扭掉的东西是谁的，赤身裸体的战败国也无表态的权利。我们放弃了权利。”按照这位官员的说法，虽然日本放弃了对台湾的主权，但台湾不一定要归还给中华人民共和国，而且好象台湾并不是中国所固有的领土，而是战胜国从日本那里剥夺来的。这种论调表明，日本一些人仍然对台湾抱有野心。而日本政府在处理某些涉及台湾问题的事情上也是态度暧昧。最为典型的是光华寮事件。
光华寮是建于1931年的位于日本京都市的五层建筑，曾为中国留学生宿舍。50年代，台湾当局作为国有财产将其重新购买；1960年，京都地方法院判决光华寮所有权归“中华民国”。1977年，京都地方法院判决：既然日本承认中华人民共和国政府是中国唯一合法政府，“便已将作为中国公有财产的本项财产的所有权和支配权转交给中华人民共和国政府”。次年，台湾当局不服判决，上诉大阪高等法院重审此案。1982年，大阪高等法院驳回京都地方法院的一审结果，命其重新审理。1986年，京都地方法院在重新审理后，推翻了1977年的原判，判定光华寮的所有权属于台湾，并声称：“分别存在的中国大陆和台湾政府，是众所周知的事实，所以台湾在日本国内可以成为权利主体是当然的。”公然在司法上制造“一中一台”两个政府。事发后，当中国外交部门就此事与日方交涉时，日本政府竟以日本政治体制“三权分立”为由，强调行政不能干预司法，事实上拒绝了中方的正当要求。此事引起了中国政府和人民的极大关注。在1987年6月27日举行的第5次中日部长级会议上，光华寮问题成为重要的讨论内容。邓小平在会见日方代表时也强调：“光华寮是关系到是一个中国还是两个中国的问题”。然而，日本政府并未解决这一问题，日本东京最高法院也未对此案做出终审判决，实际上是将该案“冷冻”起来。
中日邦交正常化后，日本政府曾表示不与台湾发展官方关系，而只是在民间层面上与台开展经济、文化交流，外务省也努力对中方做出这种姿态。但是实际上，日台交流的渠道在暗中不断扩大。进入90年代后，日台交往更是明显发展，越来越具有“准官方性质”。1991年，日本外务省首次决定派课长级官员以“长期休假”方式出任驻台“交流协会”总务部长，并允许副部长以下官员以“私人身份”与台湾当局接触。1992年，日本先于美国两年正式同意将台湾当局驻日本的“亚东关系协会”易名为“驻日台北经济文化代表处”。1993年2月，台湾“外长”钱复假借观光名义访日，并与日本自民党要人频繁接触，其中包括自民党前干事长小渊惠三、前副总裁金丸信、前首相竹下登。这是台湾“外长”的首次访日。随后，一些日本官员也对台湾进行了访问。1994年广岛亚运会期间，日本政府不顾中国政府的反对和中方的一再交涉而同意台湾“行政院副院长”徐立德访日，使日台交往规格进一步提高。
日本发展对台关系，一方面与台湾当局所开展的“弹性外交”、“实质外交”的攻势有关，但更主要的还是在于日本政局的的变动以及外交战略的调整。在日本政界一直有一股力量不小的亲台势力，并主要集中在自民党和民社党内，因此中日邦交正常化以来，任何一届日本内阁都不能不在日台关系问题上慎重行事。90年代以来，日本政局多变，内阁相对比较软弱，难以抵制亲台势力的攻势。苏联解体后，美欧与台湾的关系都有所升温，1992年布什总统宣布对台出售F16战斗机，法国也对台提供幻影式战斗机，对台关系越走越远。日本在对华政策上与美国有很强的一致性。另外，90年代以来，日台经贸关系日益加深。据日本官方统计，1993年日本对台出口221亿美元，是对中国大陆出口（173亿美元）的1.27倍，日本对台出超124亿美元。1994年，日本对台出口上升到228美元，出超131亿美元。日本对台投资规模十分可观，金融领域的相互渗透在发展。1952-1994年，日对台投资累计达2205项，共计505.2亿美元，占台吸收海外投资的30%以上。80年代中期以来，日对台投资超过美国，成为对台第一投资大国。巨大的经济利益也是日本重视对台关系的重要因素。不过，影响日本对台政策的最为重要的因素还是特殊的“台湾情结”。1997年制定的新日美防卫合作指针，范围涉及到台湾地区，是这种“台湾情结”的充分表露。
上述这些因素虽然还不会影响中日关系的大局，但是随着日本走向政治大国进程的加快和中日之间利益关系的变化，它们会成为诱发中日冲突、磨擦的敏感点。
三、新的定位：友好合作伙伴关系
由于中日之间在利益上既有矛盾的一面，也有一致的一面，因此，冷战结束后，两国关系明显复杂化。两国之间的分歧和磨擦明显增多，但是向前发展仍然是主流。
1989年“六·四风波”后，日本也参加了西方国家对中国的制裁。6月7日，宇野内阁颁布日本人赴华禁令。不过，日本是西方七国集团中最先解除对华制裁的国家。8月8日，日本政府决定向中国南方水灾地区提供价值约200万美元的紧急物资援助；9月11日和25日，海部内阁决定解除因“六·四风波”对日本人访问中国和北京的限制；11月20-21日，第四届中日友好交流会议在东京举行；12月5日，日本政府向中国政府提供近50亿日元的无偿援助协议在北京签署；1990年1月16-25日，中国国务委员兼国家计委主任邹家华访问日本，这是“六·四风波”后中国要人首次访日……1991年8月10-13日，日本首相海部俊树访华；1992年4月6-10日，江泽民总书记访问日本。两国最高级互访的实现不仅把中日邦交正常化20周年的纪念活动推向高潮，而且成为中日关系发展的一个里程碑。
但是此后不久，中日关系便逐渐表现出新的特点，进入了重新定位的新时期。其中一个重要特点就是随着日本政治的右倾化，中日之间的磨擦增多。1993年初，日本要求中国削减军费，并于1994年对第四次日元贷款的运作程序进行了调整，以保证其符合“对外援助四项原则”的要求。1994年，日本政府不顾中国政府的一再交涉和强烈反对，允许台湾“行政院副院长”徐立德参加广岛亚运会开幕式。1995年，日本政府开始公开在台湾问题上对中国说三道四；日本首相、外相、官房长官等高层官员多次就“台海安全”问题公开发表意见；8月，日本因中国进行核试验而冻结除人道主义和紧急援助以外的对华无偿资金援助，此后又拖延实施第四次对华日元贷款项目。1996年1月，自民党鹰派人物桥本龙太郎就任日本首相，虽然他一再声称要继续执行村山内阁的外交政策，认为日美关系是基轴，日中关系也同样重要，但自他上台后，影响中日关系的事情却接连发生。3月，中国在台湾海峡进行军事演习时，桥本内阁积极配合美国的行动，向中国施加压力，这在亚洲、甚至西方发达国家中，也是少见的。4月，美国总统克林顿访日期间，克林顿与桥本签署了《日美安全保障联合宣言——面向21世纪的同盟》这一文件，把日美军事同盟由“保障日本安全”改为由日美“保障远东地区安全”，其矛头所向，也由苏联改变为“朝鲜等”。1996年度的日本防卫白皮书，公然将中国列为最大的“假想敌”。除此之外，桥本公然以首相身份参拜供奉着战犯牌位的靖国神社，打破了10多年来的惯例。同时，日本还在钓鱼岛问题上大作文章。1997年9月，日美出台《日美防卫合作指针》，拒不明确排除“周边事态”的范围包括台湾和台湾海峡这一理解。
不过，经过一段时间的磨合，两国对相互的利益关系有了更客观的认识，两国关系逐步恢复稳定。中国强调以《中日联合声明》和《中日和平友好互助条约》两个文件确立的各项原则为基础维护和发展双边关系，为维护两国友好关系付出了巨大努力。日本的对华外交姿态虽一度强硬，但也逐渐面对现实。1997年8月28日，桥本首相宣布了今后处理对华外交的四项原则：相互理解、加强对话、扩大合作关系和建立共同秩序。9月，桥本首相对中国进行了国事访问；11月，李鹏总理对日本进行了回访。两国总理的互访，为两国关系的稳定发展奠定了新的基础。双方确认《联合声明》和《和平友好条约》的原则是处理两国关系中存在问题的基本原则。桥本还重申日本决不搞“两个中国”，不支持“台湾独立”；对历史问题则坚持村山富士首相1995年8月15日正式谈话的精神。两国关系经过一段波折又在新的基础上恢复稳定。
1998年11月，在《中日和平友好条约》缔结20周年之际，江泽民主席作为中国的国家元首访问日本，获得圆满成功，有力地推动了中日关系进一步发展。这次访问最大的成果是，中日两国发表了关于建立致力于和平与发展的友好合作伙伴关系的《联合宣言》，确认《中日联合声明》与《中日和平友好条约》今后将是两国关系最为重要的基础。《联合宣言》是面向21世纪、规范中日关系发展框架的第三个重要文件，为21世纪中日关系的健康发展提供了有力的保证。小渊惠三首相在日本国会发表演说称，江主席访日和发表联合宣言“为中日关系开辟了一个新的阶段”。经过两国首脑的会谈，双方在一系列问题上达成一致，为友好合作伙伴关系注入了充实的内容。双方都明确，将发展两国长期稳定的睦邻友好关系作为各自的一项重要国策；确认和平共处五项原则和《联合国宪章》的准则是处理国家间关系的基本准则；在地区和全球问题上要加强协商合作。为了实现上述目标，双方决定两国领导人每年交替互访，建立政府间热线电话，加强各层次、各级别的交流等。
历史问题和台湾问题得到了较好的处理是江泽民访日的另一个重要成果。关于历史问题，日方在《联合宣言》中表示，“遵守1972年的中日联合声明和1995年8月15日内阁总理大臣的谈话，痛感由于过去对中国的侵略给中国人民带来重大灾难和损害的责任，对此表示深刻反省”，在首脑会谈时小渊首相代表日本政府“再次向中国表示反省和道歉”。这表明日本政府对历史问题的认识比过去前进了一步。在台湾问题上，日方表示，继续遵守日本在《日中联合声明》中表明的立场，重申中国只有一个，继续只同台湾维持民间和地区性往来，日本不支持台湾独立，日本对台湾也没有野心。但是，日本没有明确表明“三不”（不支持“两个中国”，不支持台湾独立，不支持台湾加入联合国），这比1997年桥本首相访华时的表态有所后退，而且也不如1998年克林顿访华时的表态。
除了上述成果外，江主席访日还使双方就今后进一步开展经济技术合作达成共识；促进了两国人民的相互了解，为下世纪大力推进两国人民的交往创造了有利的环境。
特别值得注意的是，江主席访日使双方在许多国际问题上取得共识，确认“中日两国作为亚洲和世界有影响的国家，在维护和平、促进发展方面负有重要责任”，并表示“双方将在国际政治、经济及全球性问题等领域加强协调与合作，为世界和平与发展及人类的进步事业作出积极贡献”。这表明，中日两国作为地区大国和在世界上有影响的国家，两国关系的好坏不仅影响各自的利益，而且会影响到亚太地区和整个世界的和平与稳定，所以两国应该建立致力于和平与发展的友好合作伙伴关系。这是站在新的战略高度，对中日关系的跨世纪定位。
§§§第三节美日关系：新基础上的盟友
1960年，日美两国重新修订并签署了《日美安全条约》，将双方的同盟关系固定下来。此后，日本历届内阁均把日美关系作为其对外关系的基轴。1981年铃木首相访美时，日美两国发表共同声明，第一次用文字形式确认了日美属于“同盟”关系。1983年中曾根首相进一步表明，这种同盟关系包括军事。日美同盟关系的基础是共同对付苏联的威胁。冷战结束，苏联解体，使日美同盟失去了原有的基础，日美关系一度紧张，险些成为战略对手。以后，随着亚太地区形势的变化，特别是中国经济的迅速发展，日美两国开始重新调整双边关系，日美同盟又在新的基础上得以巩固和发展。
一、“下一次美日战争”：到底谁该说“不”
第二次世界大战后，美国出于遏制苏联，维护其在太平洋上的霸权的需要，没有将它所占领的日本彻底搞垮，而是积极扶持日本，使其成为对付苏联的堡垒。作为美国驯服的盟友或俘虏，日本为美国的战略利益作出了极大的贡献。在朝鲜战争时，日本成为美军的主要补给站，又是生产战争物资的后备工厂。更重要的是，如果美苏开战，日本就成了能有效阻挡苏联远东舰队进入太平洋的要冲，而且还能为美国空袭苏联提供一个基地。