我不过是一个在海边玩耍的孩子，不时为拾到比通常更光滑的石子或者更美丽的贝壳而沾沾自喜，却全然没有发现展现在我面前的浩瀚的真理海洋。
——牛顿
（一）
基督徒相信，世间万物皆源于上帝的创造与安排。在欧洲大陆和英国，人们对这一观念深信不疑，牛顿也是其中之一。牛顿出生一周后，他的母亲便带着他到故乡伍尔兹索普附近柯斯特沃期教区的教堂接受了洗礼，成为一名天主教徒。
在成长过程中，牛顿深受清教仪式、观念和伦理的影响，心中的天主教信仰逐渐淡化。但这并不影响他对上帝的虔诚，因为清教徒只反对教会，并不反上帝。青年时代，牛顿几乎将全部精力都投入到科学研究和科学探索之中，对宗教并没有太多的热情。但告别科学之后，他也逐渐走向了神学。
牛顿处在一个复杂的时代里。一方面，自然科学得到了飞速的发展，对自然界的认识也越来越深刻；另一方面，神学依然统治着思想领域。作为一名基督徒，牛顿也相信世界是由上帝创造的，只不过需要人类进行探索罢了。
在《自然哲学的数学原理》一书中，牛顿只在一处不大显眼的地方提到了上帝，而且在描绘上帝时也不像后来那么神秘。他说：
“我们在不同时间、不同地点所看到的所有各种自然事物，只能发源于必然存在的上帝的思想和意志之中。我们可以用一个比方来说，上帝能见、能听、能言、能笑、能爱、能恨、能有所欲、能授予、能接受……于是，上帝将各行星安置在离太阳的不同距离上。”
由此可以看出，直到17世纪80年代末，上帝在牛顿的眼中也不过和普通人差不多，其身上的人性远远多于神性。正因为如此，他的《自然哲学的数学原理》遭到了宗教界保守势力的猛烈抨击。他们认为，牛顿企图反对上帝创世说。
面对强大的反对浪潮，牛顿不得不痛苦地思考科学与宗教的关系，以及上帝的存在等问题。善于接受别人的质疑是牛顿良好的治学态度之一，但这一优点有时也会成为缺点，因为自幼缺乏自信的牛顿并不善于分辨哪些质疑是值得接受的，哪些质疑是无需考虑的。就这样，牛顿在一片质疑声中逐步走向了神学的故纸堆之中。再加上在研究过程中遇到的困惑日益增多，牛顿越发虔诚了。他认为，唯有承认上帝的存在，才能解释世界的完美与缜密。
1692年，时任三一学院院长的理查德·本特雷神父根据着名科学家波义耳的遗嘱，举办了一个反对无神论的讲座。该讲座一共开设了8次，总题目是“对无神论的反驳”。为了证明上帝的伟大作用，本特雷打算以牛顿的《自然哲学的数学原理》作为最后两讲的依据。
在整理讲稿时，本特雷才发现，他根本无法透彻地理解万有引力定律。于是，他便给牛顿写了一封信，寻求帮助。牛顿非常热情，立即给本特雷神父写了一封回信。
在这封回信的开头，牛顿就开宗明义地说：
“我在撰写关于宇宙体系的着作时所关注的就是让那些有思想的人信仰上帝。当我发现我的着作对这个目的有用处时，我高兴极了。实际上，再也没有什么事情能比这更让我高兴了。”
随后，牛顿告诉年轻的牧师说：
“空间发生的事情，即行星运行不是由于自然原因，而是由于理智的上帝。如果没有神臂之助，我不知道自然界中还会有什么力量竟能引起这种横向的运动。”
在这里，牛顿已经将他的思想表述得很清楚了。他相信，行星围绕太阳运动的初始动力来自于上帝的推动。也就是说，上帝在创造宇宙万物之时，对行星进行了第一次推动，这些行星而后便在万有引力的作用下，沿着既定的轨道不停地运转下去了。
1703年之后，牛顿在皇家造币厂的工作日益减少。在业余时间里，他除了修订已经出版的《自然哲学的数学原理》和整理即将出版的《光学》之外，几乎将所有的时间都用来研究神学了。他是如此虔诚，以至于任何一位神学家都不能与之相提并论。
（二）
作为一名思维缜密的学者，牛顿经过十余年的刻苦钻研，终于在神学上达到了相当的高度。他以一种诚挚和执着的精神，热切地表达自己的观点和看法。在《圣经》和神学方面，牛顿晚年撰写了130-140万字的论着，但发表的并不多。
牛顿的好朋友、着名的哲学家约翰·洛克就曾对牛顿在神学方面的造诣给予了高度的评价。在他看来，牛顿不光是一个伟大的科学家，还是一个伟大的神学家。他说：
“牛顿确实是一位大学者，不仅在数学上作出了惊人的贡献，在神学上也作出贡献。他精通《圣经》，在这方面没有人可与之匹敌。”
1704年，当《光学》出版之时，牛顿又描绘了上帝神奇的另一面。他说：
“从自然现象中难道看不出有一位上帝吗？他无实体却生活着，有智慧，而且无所不在。他在无限的空间中，正像他在感觉中一样，看到万物的底蕴，洞察万物……”
1713年，《自然哲学的数学原理》第二版出版了。牛顿在书中大谈特谈上帝，甚至为此增加了一篇《总论》。在《自然哲学的数学原理》第二版中，不但上帝一词出现了几十次之多，而且字里行间里也透着肉麻的吹捧。他说：
“我们只是通过上帝对万物最聪明和最巧妙的安排，以及最终的原因，才对上帝有所认识。我们因为他至善至美而钦佩，因为他统治万物。我们是他的仆人，我必须敬畏他，崇拜他！”
有学者指出，牛顿在晚年一头钻进神学之中的另外一个原因是他太寂寞了。撇开科学和仕途上的成就，牛顿的一生都没有获得世俗的幸福。未出生，他的父亲便去世了；童年时，母亲的改嫁给他的心灵造成了无法弥合的伤痛；青年时期，他唯一爱恋的少女斯托瑞又嫁给了别人；后来，他的朋友和对手们又一个接一个地去世了。
1719年，牛顿生前最后一个争吵对象也离开人世。他就是格林尼治皇家天文台第一任皇家天文学家约翰·弗兰斯蒂德。弗兰斯蒂德是一位自学成才的天文学家，他和他曾经的助手哈雷之间的敌对情绪十分严重。
1681年，他曾向牛顿请教彗星的问题。当时，牛顿错误地认为这一年会出现两次的彗星是两颗，而不是弗兰斯蒂德认为的一颗。这一分歧为两人以后的不和埋下了种子。
1699年之后，牛顿在科研上投入的精力越来越少，但依然在关注月球运动的问题。当时，弗兰斯蒂德也在研究这一问题。因此，两人之间经常通信，交流看法。
然而，患上忧郁症的牛顿脾气变得越来越古怪、越来越偏执了。他不但不耐心地等待弗兰斯蒂德的最新观察结果，甚至完全不把这位皇家天文学家放在眼里。在给弗兰斯蒂德的一封信中，牛顿极为傲慢地写道：
“我要的不是你的计算，只是你的观测！”
弗兰斯蒂德委屈极了。他给牛顿写了一封大鸣不平的回信：
“我承认，金属丝比制成它的金子要值钱。但是，我把这种金子收集起来，加以提炼和清洗，因此我并不希望您由于轻易地得到我的辅助劳动而瞧不起我！”
弗兰斯蒂德的抱怨并没有引起牛顿的重视。当时，牛顿几乎已成为英国科学界的神明，没有任何人敢于反对他。1712年，牛顿和他的忠实支持者哈雷公布了弗兰斯蒂德在皇家天文台的观测成果。应当指出的是，牛顿在这件事情所做的决定太武断了，他根本没有征得弗兰斯蒂德的同意，就将这些宝贵的第一手材料印了出来。
弗兰斯蒂德非常愤怒。他大量收购牛顿私印的这些书籍，将其在伦敦郊外付之一炬。为了缓和这种紧张的关系，牛顿向皇家学会推荐弗兰斯蒂德的恒星表——《英国天体史》。可时间不久，就在弗兰斯蒂德着手准备出版该书之时，他和牛顿又闹翻了。从此，两人之间的的争吵和猜忌便一直持续了下去，直到弗兰斯蒂德逝世为止。
弗兰斯蒂德逝世之后，牛顿感到了前所未有的孤独。环顾周围，朋友没几个了，敌手也没几个了。数十年沧桑往事都已成为过眼烟云，比他年长和他同辈之人大多都不在人世了，就连他的晚辈中也有相当一批走在了他前面。
尽管社会各界依然向伟大的艾萨克爵投来尊敬、崇拜、谄媚的话语和目光，但谁又能了解他内心的孤寂呢？晚年的牛顿经常一个人在那豪华的宅邸里踱来踱去，摸摸这，看看那，喃喃自语道：
“我拥有什么呢？我几乎什么都没有，就连自己也快要走到生命的尽头了！”
（三）
古今中外的大作家们曾不厌其烦地宣称：时间最公平的便是衰老与死亡。它们不会因为你是帝王贵胄而怜惜你，也不会因为你是普通百姓而刻意折磨你。每个人在它们的面前都是平等的。在朋友和对手一个接一个离开人世之时，牛顿也不可避免地走向了衰老与死亡。
幸运的是，牛顿的身体还不错。虽然年事已高，但并没有得过什么严重的疾病。每天一大早，他都会按时起床，匆匆吃完凯瑟琳为他准备的早餐，然后坐上漂亮的四轮马车去皇家造币厂上班。
1722年，年届80岁的牛顿遇到了一点小麻烦。一天早晨，他从床上爬起来，漫步踱向厕所。通常，他几分钟就会从里面走出来。但那一天，他的外甥女凯瑟琳发现，牛顿足足在厕所里呆了一个小时的时间。凯瑟琳有些着急了，在厕所门外高声叫道：
“艾萨克舅舅，你怎么了？”