人类在道德文化方面最高级的阶段，就是当我们认识到应当用理智控制思想时。
——达尔文
（一）
达尔文的《物种起源》用大量的事实，说明了一个令人惊异的事实，
生物界是在不断变化的，有着自己的发生和发展过程。现在世界上形形色色的生物都不是上帝创造的，而是“若干少数生物的直系后代”，生物进化是客观存在的事实，且有规律可循。它们从简单到复杂，从低级到高级，不断发展、进化。这种发展和进化不是什么超自然力量干预的结果，而是自然界内部斗争的结果。也就是说，生物的发展和进化并不是由上帝的意志或生物本身的欲望决定的，而是变异遗传、生存斗争和自然选择的结果。
在书中，达尔文还对自然界进行了忠实的论述，并提出了许多论据、观察、评论和思考，从而让读者根据这些事实来自己考虑，得出自己的结论。这些大胆、新奇的观点的确让人耳目一新。
《物种起源》的出版，在生物界领域产生了巨大的影响，“达尔文推翻了那种将植物种看成彼此毫无联系的、偶然的、神造的、不变的东西的观点，第一次将生物学放在了完全科学的基础上”。
其次，《物种起源》在博物学界也产生了巨大的反响。除了胡克和赫胥黎外，一些进步的学者，像葛雷、华莱士等，也都纷纷表示拥护这个理论。当然，对这一理论的反对者和抨击者更是层出不穷，除了莱尔和赛奇维克教授外，1859年11月，在《英国科学协会会报》上还刊登了一篇攻击达尔文理论的评论文章。
在这篇文章的一开始，就将问题的焦点集中在“人的起源”这个最困难、最容易激怒人情感的问题上。文中说：
“……如果猿猴变成了人，那么人又将变成什么呢？”
随后，文章又对自然选择进行了恶意的歪曲和攻击，并污蔑达尔文的理论完全是凭空捏造出来的。
这篇文章的用意，就是要挑起那些上帝的信徒们对达尔文发起攻击。
其实，根本不需要再用这种文章的挑唆，一些卫道士们早就已经开始对《物种起源》进行攻击了。该书刚刚出版发行，就已经有专门发对达尔文进化论学说的杂志《雅典神坛》出现了。该杂志对达尔文的观点进行了激烈的反驳和恶毒的咒骂，牛津大主教威尔伯福斯甚至率领门徒在英国各地巡回布道，严厉斥责达尔文的理论是异端邪说，“如果像他所说的那样，势必导致没有上帝，而猴子反倒成了我们的亚当了”。道貌岸然的教会首领甚至强烈要求英国当局停止出版《物种起源》。
事实上，大部分的教士根本就没有看过《物种起源》，只不过通过道听途说对其中内容略知一二而已。甚至那些已经将它翻过一遍的先生们，也不能真正理解它的含义。
对于这些攻击，达尔文早就做好了心理准备，因此根本不在意。而让他最心痛的，是身边的一些友人也不断反对和攻击他。着名古生物学家理查德·欧文，一位与达尔文有着20多年交情的老朋友，在《物种起源》出版后也写文章攻击达尔文。他还利用莱尔对达尔文理论的犹豫态度大做文章，故意制造莱尔反对达尔文的假象，并在《爱丁堡评论》上匿名发表故意歪曲《物种起源》内容的文章，阻碍人们接受达尔文的理论。
从出版到引起争论，达尔文与《物种起源》一下子成为当时英国公众关注的焦点，各种报刊和杂质也都纷纷登载评论达尔文和《物种起源》的文章。在这些文章当中，大部分都维护旧有思想而否定达尔文的观点。
然而有一天，在英国着名的《泰晤士报》上却刊登出一篇未署名的文章。
这篇文章的一开头就明确提出，人们议论《物种起源》是依据事实还是依据正统观点？如果依据正统观点，那么动植物学家就应该停止他们的所有研究，因为一切都是上帝创造出来的，研究它们有什么必要呢？显然，大多数动植物学家是不会停止他们的研究的。既然如此，就不能将物种起源问题排除在科学研究之外。而对于物种起源思想，只能根据事实来评判，看其能否解释我们周围众多的事实。
最后，文章针对赛奇维克将达尔文的理论说成是“肥皂泡”的攻击，称达尔文的理论不是“吹”起来的，而是肯定地评论说：
“达尔文厌恶抽象的推论，就像自然厌恶真空一样。他对现例和前例的追求正如一个依据宪法行事的律师一样，并且他所提出的一切原理都可以用观察和实验来证实。他让我们跟着他走的那条路，并不是一条空想的蜘蛛网构成的虚路……”
（二）
达尔文在读到《泰晤士报》上所刊载的这篇文章后，十分高兴。他立即写信给好友赫胥黎，询问作者是谁？
在写给赫胥黎的信中，达尔文称赞该文的作者一定是一位在文学上颇具修养的人，而且认真仔细地读了自己的书。同时，这个人还一定是个知识渊博的博物学家，因为他的文笔和思想十分清晰。达尔文多次询问赫胥黎这篇文章的作者是谁，其实他已经推测出来了，能写出这样文章的人就是赫胥黎。
赫胥黎曾对古生物学进行过大量的研究，并在矿业学校建立了一个地质博物馆，经常给工人们普及科学知识。对于物种起源问题，赫胥黎一直持观望的态度。一方面，他不相信创世论，不相信有所谓的神灵超自然地干预自然界的自然过程；另一方面，他又不相信类型的进化，因为他不能接受进化方式和进化原因的解释，毕竟能证明进化论的证据太少了。
在《物种起源》出版后，达尔文首先给自己制定了三位评判者：莱尔、胡克和对自然史方面提出的每一个新思想都能积极响应的赫胥黎。
后来赫胥黎回忆说，《物种起源》一书给他的印象是：
“……闪电的闪光，突然间为在沉沉黑夜中迷路的人照亮了他回家的路，或者去别的地方的路，但一定是他要去的地方。”
为此，赫胥黎与《泰晤士报》的优秀记者卢克斯共同完成了达尔文所看到的那篇文章：由赫胥黎写一篇书评，再由卢克斯加以润色，并加上几句开场白，然后在《泰晤士报》上发表了这篇文章。这篇文章无疑对提高《物种起源》的声望起到了极大的作用。
但是，卫道士们并不会因为《泰晤士报》发表了扞卫真理的文章就停止对达尔文和《物种起源》的攻击。《物种起源》所激起的波浪还只是刚刚开始，更加激烈的大浪正在酝酿着再次袭来。
1860年6月，英国科学学会在牛津召开代表大会。在这次会议上，达尔文的《物种起源》成为与会者谈论的主要话题。一些从未与达尔文谋面的人，都纷纷向别人打听哪位是达尔文先生。不过，达尔文由于身体原因并没有来参加会议，而是外出养病去了。
达尔文没有料到，在这次会议上，守旧派们再一次对他和他的理论发起了大规模的攻击，反对《物种起源》同扞卫达尔文理论的斗争也从书面的对战发展成为面对面的斗争。
6月28日，牛津大学的英国植物学家多宾尼博士作了报告，题目为《论植物性别的终极原因——兼评达尔文先生的（物种起源）》。文章坚持上帝创世论，反对达尔文的物种起源理论。大会主席亨斯洛教授担心这篇论文会挑起辩论不好处理，便请赫胥黎教授对此发表意见。
但赫胥黎拒绝发言，他认为，“大部分听众都过于感情用事，这会影响他们进行理智的分析和判断，所以不可能在他们面前展开科学的讨论”。
这时，欧文教授发言了。他表示愿意从哲学的意义上来讨论这个问题，他相信有些事实能让公众判断出达尔文的学说正确到什么程度。他说：
“达尔文说世界上各种动植物都是从一种简单的原生生物变化来说，还说我们人类是由无尾猿变来的。达尔文这样说有什么事实根据吗？没有。我曾从事过多年的解剖学研究。如果人是从无尾猴猿变来的，那大猩猩的解剖结构就应该同人接近，而不是同有尾巴的猕猴更接济。事实如何呢？大猩猩的脑同人脑的差异远比猕猴的脑的差异大得多，大猩猩的脑明显更接近猕猴的脑。这怎么能说人是从大猩猩变来的呢？事实表明，达尔文先生的理论是不可靠的。”
这时，赫胥黎忍不住了，他站了起来，表示要问欧文教授一个问题。
“您是根据什么说大猩猩的脑同人的脑的差别要比同猿猴的差别大呢？”赫胥黎问欧文教授。
“这是事实。”欧文教授肯定而用力地回答说。