“诸生为学，必先立志”。这个志，就是天理。他说：“天理是一大头脑，千圣千贤，共此头脑，终日终身，只是此一大事，更无别事。立志者，立乎此而已。”由于他主张“心即天理”，因而其所谓志于天理，也即是立乎本心。在他看来，个人精神的发展过程，乃是志向的确立、实践和实现的过程：“孔子十五志于学，即志于此也。此志一立，三十、四十、五十、六十、七十，直至不逾矩，皆是此志。变化贯通，只是一志。”在立志的问题上，湛若水提出了一套比较系统的理论。
首先，他把“立志”和“知本”联系起来，认为志向的确立是学、问、思、辨的结果，要以认识天理为前提：
夫学以立志为先，以知本为要。不知本而能立志者，未之有也；立志而不知本者有之矣，非真志也。志立而知本焉，其于圣学思过半矣。夫学问思辨，所以知本也。知本则志立。
这就是说，没有对天理的认识，就没有以天理为己任的志向；脱离认识的志向，是盲目的甚至是错误的。主张通过学习立志，重视认识在立志上的作用，表现出甘泉学与陆王之学的殊异，是一个有价值的思想。归根结蒂，湛若水不是要人们通过学习选择志向，而是要求人们通过学习来巩固天理，并把天理作为立志的根本依据。因而，从纯逻辑的角度来看，它似乎更加合理一些；但从思想内容来看，同陈献章学宗自然，重视怀疑和批判的主体精神相比较，则是一个明显的倒退。
其次，志向一经确立，就应该付诸行动。在学习和修养的具体实践中，志的具体作用就表现为“敬”。他说：“志者，志于道也；立之是敬。”又说：“敬是格物工夫。”单就“敬”字本身的涵义来讲，它有恭敬、尊重、警戒等几重意思。不过，湛若水并非在普通意义上使用它的。他是把敬当作联结天理和事物的心理态度、精神品质这样一种中介物来加以把握的。要弄清其确切含义，我们先看看如下一些说明和描述：
主一个天理，阳明常有些言。殊不知无适之谓一，若心生一个天理在内，即是物，即非一矣。惟无一物，乃是无适，乃是主一。“云‘敬者心在于事而不放之谓’，此恐未尽程子云‘主一之谓敬’。主一者，心中未有一物也，故云一，若有一物则二矣。勿忘勿助之间，乃是一，今云‘心在于是而不放’，谓之勿忘则可矣，恐不能不滞于此事，则不能不助也，可谓之敬乎？”
“敬”确实是一种心神专注、凝聚的状态。但是，这既不是专注于事物(行动的对象)，也不是专注于天理(行动的目标)。如果仅仅专注于事物，那就容易为外物所引诱，从而玩物丧志、失却本心、违背天理；如果仅仅专注于天理，就会心有阻隔，不能有效地去应接事物，从而使心陷入三头两绪之中，最终也不能在行为上充分地体现天理。
这样的话，左也不行，右也不是，那么应当究竟怎样来理解敬呢？湛若水认为，所谓敬，其实就是保持心灵的空明澄彻，使心中没有一物、一事的阻隔存在。在他看来，因志于天理而为学与在为学过程中摆脱一切特殊感受的干扰是完全一致的。这并不是说天理在这个时候不起作用了，恰恰相反，天理是通过以“虚灵”为本性的心来自发地调节人的行动的：“虚者，心之所以生也；灵者，心之所以神也。”这时的敬，就表现为人对自己的行为有清醒的知觉，处于高度集中、警觉的状态，从而使行为不断地得到修正和完善，使其达到无过与不及的“中”的境地，“是故始之敬者，戒惧慎独以养其中也。”由于上述过程乃是自然而然进行的，不需过分用力，因而湛若水也把这一心理状态描述为“勿忘勿助”。它是明本体之善的工夫，而不是求客观之真的方法。不过，对“敬”的这种描述和说明，表现出湛若水对心理分析的谙熟，并对此作出了一定的贡献。
第二，志向的实现，表现为从心所欲不逾矩的修养境界。即：目的变成了自愿、自觉、自然的道德行为，从而形成了习惯与能力。它标志着圣贤地位的达致，却不意味着为学活动的终结，它只表明学习、修养过程已在一个更高的水平和阶段上进行：“终之敬者，即始之敬而不息焉者也。”
因为湛若水把学习过程视为志向的确立、实践和实现的过程，所以他声称自己所说的立志与别人不同：“吾之所谓立志，异乎人之所谓立志。人之所谓立志者，谓有必为圣贤之心；吾之所谓立志者，即孔子所谓“志于学”、“志于道”，则志必有实功教人入途辙去。”
“志”既不在学习过程之先(立志离不开学习)，也不在学习过程之外(不仅仅是一种意向)，而在学习过程之中。它应该通过学习并在学习过程之中体现出来。他强调的重点，是要求人们按照有效的方法在实际的学习与修养中实践志。
3.学习即“警觉”的学习本质论早在汉代，人们对“学”字就有两种不同的解释。“学之为言，觉也，悟所不知也。”“教(古教、学通用——引者)者，效也。上为之，下效之。”只是到了宋明理学那里，随着主观唯心论与客观唯心论之间斗争的日益尖锐，这种不同才导致了儒学内部两种学习观的对立与冲突。简而言之，朱熹主要是依据后一种提法、陆九渊主要是依据前一种提法展形论证的。湛若水在总体上倾向于陆王，但与陆王又不尽相同。他不用“觉”而用“警觉”来概括自己对学习本质的看法。他说：“经也者警也，以警觉乎我也夫学，觉也，警觉之谓也。”“学其觉也。觉其心之神明也。神明之昏，习心蔽之耳。乃其感于书册，警于人言，本然之觉如寐者之唤寤而神全焉，知斯至矣。”所谓“警觉”，乃是指学者在教者(包括圣贤垂世之经以及别人的言谈教诲等)警发激励之下的自我觉悟。显然，湛若水把朱熹的效法对象改造为警发之物，并用它来修饰和限定“学者，觉也”的命题。因而，一方面他主张聪明、良知是我心中固有的，不是别人从外面送给我的；另一方面，良知之发现、聪明之扩充，又离不开外来的启发感通。他以“梦者、醉者呼而觉之”为喻，既反程朱，又反陆王：
今之谓聪明知觉不必外求诸经者，不必呼而能觉之类也；今之忘其本而徒诵六经者，辗转丧志于醉梦者之类也。
不呼而觉之类也者，孔子不能也；丧志于醉梦之类也者，孔子不为也。
我们知道，陆九渊虽讲“发明本心”，也并非绝对反对读书，但他从“学者觉也”的命题出发，始终不能对读书、外求给出一个理论上有根有据的说明。湛若水以“警觉”释学，即是援朱入陆以补陆学之阕。同时，它也暗含着对陈献章“吾能握其机，何必窥陈编”思想的扬弃。
4.“事上磨炼”、“煎销习心”的学习修养方法与陈献章主张“凡学于仆者辄教之静坐”不同，湛若水主张“动静合一”，反对脱离读书、日用常行专讲静坐，认为以静为主，片面强调静，违背了儒家重人事、尚践履的传统精神，滑向了习静打坐的异端邪说：“古之学者未有以静为言者，以静为言者皆禅也。”当然，湛若水并没有指名道姓地批评自己的老师，而是为陈献章的静坐之法进行辩解，并加以限定。他解释说，陈献章提倡静坐，只不过是为了补偏救蔽，是对初学者而言的，而且不是一定不易之规。这样，他就把静坐收敛纳入了自己的思想轨道，使其变成了为学过程中的一个环节，他认为：
初学切于读书时，调习此心，随其心力所及，如读之一二行，稍觉心为所引，即停卷收敛，少俟有力再读，或有力足以胜之，不至失己，验知得力，渐渐接续，至于不息，亦从此始。其应事亦复如是。
其中的“停卷收敛”，即相当于静坐。它是初学时调习此心的一种方法。但不是一开始即行采用，只是在应事时，觉得精力不足、精神难以集中，才暂时放下手中的活计，进行收敛。当心境和缓、精力集中之后，再接续下去。经过这样一番改造，“静坐”就成了湛若水为学之方中的一个补充性成份。其理论重心已由主静变成了读书应事，“一部《论语》，皆教人从事上求。”作为应事时的主观态度、精神品质，“敬”已取代了“静”，它包含了静又高于静，它静中有动、动中有静，使二者重新统一起来：“故善学者必令动静一于敬，敬立而动静混矣。此合内外之道也。”为了与其他学说区别开来，湛若水称此为学之方为“事上磨炼。”其所谓事，以读书和日用常行为主要内容。
所谓事上磨炼，是指通过读书和为人处事来开发知见、培养伦理感、形成道德习惯。
首先，事上磨炼是开发知见的必要途径。湛若水认为，古人垂世之经是人类思想的精华、前人智慧的结晶。只有学习古训，才能“以精发精”，用人之智慧开发我之聪明，因而“学则聪明日开，不学则聪明日窒。”
人的聪明体现为发现问题和解决问题的能力：“学贵疑，疑斯辩，辩斯得矣。”虽说人生道理合下完具、良知良能我所固有，但问题的发现与解决始终离不开学习实践：“夫学而后知所疑也。学之进也如行路然，行而后见多歧，见多歧而后知所从，知择所从者，进乎行者矣。”学习如同智慧的磨刀石，愈是砥砺，智慧之刃就愈是锋利。当然，学习并非一定有利于智慧的发展，见多识广与愚笨无能有时亦能匹配成双。关键取决于能否从事有效的学习，即充分运用心的思维能力辨其异同、决其取舍。这就要求学习者既不盲目从人、又不固执己见，而是以天理为准绳衡人量己。“门人问：‘子于诸儒之说何如？’甘泉子曰：‘吾不必乎信，不必乎不信，信斯理焉尔矣。必信则泥人，必不信则执己。’”在他看来，释老之学甚至于王阳明的“致良知”之学，都是任其私智，实际上是不学；当世那些诵程朱之训以应科举的人学而不思，与不学同类。既然要学，就不能不从人；既然要使学为己有，又不能尽从人。从与不从，不取决于人言，也不取决于己意，而取决于以理思之的自我判断。
从一般方法论的角度来看，上述思想不为无见，但因一理障目，湛若水不承认释老之学的智力价值，在书院教育内容上，他明确规定：“诸生读书，务令精熟本经四书，又须随力旁通他经性理史记及五伦书，以开发智见其仙、佛、《庄》、《列》诸书，不可泛滥，以乱名教、坏心术、散精神。”儒家之外的其他学说，一概被目为异端邪说，像逃避瘟神一样加以摒绝，把知见的开发仅仅控制在儒家道德规范领域之中。因此，其所谓“知”，乃伦理之知；其所谓“智”，乃道德智慧。为了伦理的理由，既肯定知见又限制知见，这是伦理中心主义表现在教育观上的一个致命弱点。
其次，事上磨炼是培养伦理感、形成道德习惯的方式和途径。
湛若水用“博约论”来阐发事上磨炼的伦理意义。“博约论”历来有两种含义，一是指知识的广度与深度；二是指伦理的本质与实践。湛氏主要在后一种意义上使用它。因此，当有人问他什么是“博”、什么是“约”时，他回答说，是“知之一致”、是“知博而存约。”在他看来，心是一心，理是一理，而作为一理、一心之显现的事事物物却是无穷无尽的。他说：“未应事时只一理，及应事时才万殊。”这时的事上磨炼，就是在理的具体化样态中“精于理”、“熟于仁”。
所谓“精于理”，主要不是加深对理的认识，而是加强对天理的主观感受，即培养伦理感。他说：“天理亦不难见，亦不易见，要须切己实用，必有事焉而勿正工夫，乃可真见，都是鸢飞鱼跃，不然亦只是说也。”总之，理不是认识的对象，而是体验的对象。这种体验应达到这样一种境界：自己的行为发自性情，真实无妄；己与理相合为一，亲密无间；生动活泼，像“鸢飞鱼跃”般自由自在。一句话，在伦理规范之内实现精神自由。他认为，这是伦理自觉的一个重要条件。惟有如此，方可衷心向往而不能自己。此外，事上磨炼还有练习、训练的意思，即在实际生活中运用天理之规矩，来规范自己的行为，所谓“以规发圆，以矩发方，”通过对规矩的实际运用，掌握其使用方法，从而达到熟练化、习惯化的程度，也即他所说的“熟于仁”：“君子之学也，犹之锻金也。不炉不锤，则金不精。事也者，学之炉锤也，不历事则仁不熟。不熟，仁之弃也。夫仁也者，贵熟之。”