一、全党整风的开始
1、号召加强马克思主义理论学习
整风运动是从党中央一级的高级干部进行马克思主义理论的整风学习和党的历史上路线问题的研究开始的。对党的历史上路线问题的研究，是在1941年秋毛泽东主持编辑《六大以来》的过程中进行的，但号召开展马克思主义理论的学习则可以追溯到1938年10月的六届六中全会。
在党的六届六中全会上，毛泽东专门论述了学习问题，强调“使马克思主义在中国具体化，使之在其每一表现中带着必须有的中国的特性，即是说，按照中国的特点去应用它，成为全党亟待了解并亟待解决的问题”。
六中全会以后，毛泽东把加强马克思主义理论学习作为“有头等重要的意义”的工作来抓，从1939年开始有组织地掀起了一个学习运动。2月，中央特设干部教育部，以张闻天为部长，李维汉为副部长。5月20日，在陕北公学大礼堂召开延安在职干部教育动员大会，到会的有延安机关学校团体的代表一千多人。毛泽东出席大会并发表了演讲。他说，我们要建设一个大党，一个独立的有战斗力的党，就要有大批的有学问的干部做骨干，就非学习不可。现在中央设了干部教育部，建立起学习制度，要在全国共产党力所能及的地方造成一个热烈的学习潮。
也就是在这次会上，毛泽东讲了坚持学习碰到困难怎么办？“工作忙就要‘挤’，看不懂就要‘钻’，用这两个法子来对付它。”毛泽东号召全党同志研究学问，把全党变成一个大学校。大家听了毛泽东的报告很受鼓舞。在延安参加学习的同志达到四千多人。中央组织部、中央宣传部都带头成立了学习小组。陈云领导的组织部学习哲学小组坚持了5年，影响较大。在1940年这一年，中央关于干部教育先后发出了7个指示文件，初步建立和健全了一套干部理论学习的制度和方法。
但是，这两年的学习运动也有缺点，主要是存在理论脱离实际的倾向。尤其在国共两党关系日趋紧张的情况下，毛泽东深深感到，一些干部包括一些高级干部不会运用马列主义的立场与方法来具体地分析和解决中国革命的问题。在1940年12月4日和25日的政治局会议上，毛泽东从打退第二次反共高潮的形势，检讨抗战以来党的方针政策，决定以中央名义发出关于时局与政策的若干问题的指示，提出了要总结党的历史上特别是苏维埃运动后期的政策错误问题。
毛泽东认为苏维埃运动后期的“左”的政策使军队损失9/10，苏区损失不止9/10，所剩只有陕北苏区，实际上比立三路线时的损失还大。遵义会议的决议只说那时是军事上的错误，没有说是路线上的错误，实际上是路线上的错误，遵义会议的决议须有修改。毛泽东说，大革命末期陈独秀主张“联合一切”，苏维埃运动末期又走到“打倒一切”。“联合一切”、“打倒一切”都不是马列主义，而当时党的很多领导人都认为是马列主义。
这都是绝对主义。我们要以这样的历史主义态度来认识过去的问题。但是在会议讨论毛泽东的意见时，有的同志不同意提苏维埃运动后期的错误是路线的错误。
在这种情况下，毛泽东在为中央起草的关于时局与政策的指示(其主要部分后来收入《毛泽东选集》第3卷，题名为《论政策》)时，说到土地革命战争后期的许多过“左”政策时，没有用路线错误的提法。一些同志表示，以后要专门研究这段历史问题，为党的七大作准备。毛泽东同意对过去的经验教训作专门的研究，没有急于统一思想认识。
1941年1月的皖南事变使新四军遭受极其惨重的损失，是毛泽东事先未估计到的。这使他不仅思考苏维埃运动后期的“左”倾错误，而且对抗战初期的右倾错误也有了深切认识。在1940年12月4日的政治局会议上，毛泽东在批评苏维埃运动后期的“左”倾错误时就批评了抗战初期的右的错误。他说：在武汉失守前，国军溃退，我们可以猛烈发展，对蒋介石的办法应该是先斩后奏和斩而不奏，在日军进攻时和靠近日军的地区，我军可以大发展。这个观点现在只有项英没有了解，因此军队少，而且说没有钱用，这就是没有了解夺取政权的重要性。
在接到新四军惨遭失败的消息后，在1941年1月15日的中央政治局会议上，毛泽东总结新四军失败的教训时指出：项英过去的路线是错误的，不执行独立自主政策，没有反磨擦斗争的思想准备。过去我们认为是个别错误，但现在错误的东西扩大起来，便成了路线的错误。抗战以来一部分领导同志的机会主义，只知片面的联合而不要斗争。有些同志没有把普遍真理的马列主义与中国革命的具体实际联系起来，项英同志便没有了解中国革命的实际。耐人寻味的是，尽管在苏维埃运动后期和抗战初期错误路线的内容很不相同，但是这两个时期的错误项英都有份。“左”和右看似两个极端，但像项英同志这样由“左”转到右，则说明了“两极相通”。非“左”即右都根源于一个思想方法，即不了解中国具体实际或不能揭示中国革命的客观规律的主观主义。
基于这些情况，在1941年春天打退国民党第二次反共高潮以后，从3月开始，毛泽东接连采取了一些重要措施来解决理论教育如何联系中国社会和革命实际的问题。
首先他把1937年10月就已编好的《农村调查》文集于1941年3月17日和4月19日分别加写了“序”和“跋”，付梓出版。这些农村调查报告写于土地革命时期，那时的情况和政策与抗日战争以来的情况和政策相比有很大不同。毛泽东出版这些调查材料的目的，正如他所说，“不是要同志们去记那些具体材料及其结论”，而“在于指出一个如何了解下层情况的方法”。他指出：“现在我们很多同志，还保存着一种粗枝大叶、不求甚解的作风，甚至全然不了解下情，却在那里担负指导工作，这是异常危险的现象。对于中国各个社会阶级的实际情况，没有真正具体的了解，真正好的领导是不会有的。”他又指出：“实际工作者须随时去了解毛泽东《改造我们的学习》手稿。变化着的情况，这是任何国家的共产党也不能依靠别人预备的。所以，一切实际工作者必须向下作调查。对于只懂得理论不懂得实际情况的人，这种调查工作尤为必要，否则他们就不能将理论和实际相联系。‘没有调查就没有发言权’，这句话，虽然曾经被人讥为‘狭隘经验论’的，我却至今不悔；不但不悔，我仍然坚持没有调查是不可能有发言权的。”
这是为整风学习作舆论准备。接着，1941年5月19日，毛泽东在中央宣传干部学习会上作《改造我们的学习》的报告。实际上，这是整风学习的动员。
他在报告中说，研究理论有两种互相对立的态度：一种是马克思列宁主义的态度，就是有目的地去研究马克思列宁主义的理论，为着解决中国革命的理论问题和策略问题而去从中找立场，找观点，找方法。另一种态度是主观主义的态度，就是抽象地无目的地去研究马克思列宁主义的理论，许多做研究工作的人对于研究今天的中国和昨天的中国一概没有兴趣，许多做实际工作的人往往单凭热情，把感想当政策。他们都凭主观，忽视客观实际事物的存在，夸夸其谈，自以为是。毛泽东说：“这种作风，拿了律己，则害了自己；拿了教人，则害了别人；拿了指导革命，则害了革命。”这种反马克思列宁主义的主观主义的方法，“是共产党的大敌，是工人阶级的大敌，是人民的大敌，是民族的大敌，是党性不纯的一种表现”。
毛泽东在报告中突出地强调了“实事求是”的重要性，说明只有这种态度才是马克思列宁主义的态度。实事求是的态度，要求对周围环境作系统的周密的调查研究；要求不单懂得外国还要懂得中国，不单懂得中国的今天，还要懂得中国的昨天和前天；要求有目的地研究马克思列宁主义的理论，使马克思列宁主义的理论和中国革命的实际运动结合起来。
他对“实事求是”作了精辟的阐述：
“‘实事’就是客观存在着的一切事物，‘是’就是客观事物的内部联系，即规律性，‘求’就是我们去研究。我们要从国内外、省内外、县内外、区内外的实际情况出发，从其中引出其固有的而不是臆造的规律性，即找出周围事变的内部联系，作为我们行动的向导。而要这样做，就须不凭主观想象，不凭一时的热情，不凭死的书本，而凭客观存在的事实，详细地占有材料，在马克思列宁主义一般原理的指导下，从这些材料中引出正确的结论。这种结论，不是甲乙丙丁的现象罗列，也不是夸夸其谈的滥调文章，而是科学的结论。这种态度，有实事求是之意，无哗众取宠之心。这种态度，就是党性的表现，就是理论和实际统一的马克思列宁主义的作风。这是一个共产党员起码应该具备的态度。”
1941年冬，毛泽东为中共中央党校题词。然而，毛泽东这篇观点鲜明措词尖锐的重要讲话在党的高级干部中竟没有引起多少反响，宣传部门也没有在报上报道，好像什么事情都没有发生。这使毛泽东进一步意识到问题的严重性，他决定先从统一高级干部的思想入手。
2、九月会议
在毛泽东看来，整风运动的重点既然是高级干部，那末做好以上准备之后，首先在中央领导层开展整风，便是水到渠成的事情了。1941年9月10日到10月22日，中央政治局召开扩大会议，讨论党的历史上特别是土地革命战争时期的路线问题，批判主观主义和宗派主义，拉开了中央领导层整风运动的帷幕。这也是党在准备整风时期一次极其重要的会议。
九月会议的时间虽长，但实际上只在9月10日、11日、12日、29日和10月22日5天开会集中讨论。到会的政治局成员有在延安的毛泽东、任弼时、王稼祥、王明、朱德、洛甫、康生、陈云、凯丰、博古、邓发；列席者有李富春、杨尚昆、罗迈、陈伯达、高岗、林伯渠、叶剑英、王若飞和彭真；王首道和胡乔木担任会议记录。
毛泽东在第一天的会上作了反对主观主义和宗教派主义的主题报告。内容可概括为这样三点：(一)指出苏维埃运动后期的“左”倾机会主义是主观主义的统治，比立三路线的危害更为严重。他说：过去我们的党很长时期为主观主义所统治，立三路线与苏维埃运动后期的“左”倾机会主义都是主观主义。苏维埃运动后期的主观主义表现的形态更完备，统治时间更长久，结果更悲惨。这是因为他们自称为“国际路线”，穿上马克思主义的外衣，其实是假马克思主义。他们提出不合实际情况的任务，要求扩大百万红军，进攻中心城市等，在政治上、军事上、组织上都比立三路线更厉害。这种主观主义与实事求是的马克思主义是相对抗的，对这段时期的路线要准备在七大作总结。
(二)分析了主观主义的根源和遗毒。毛泽东说，遵义会议虽然变更了错误的政治路线，但思想上主观主义的遗毒仍然存在。这在延安的各种工作中，学校教育中和文化人中都有表现。现在的延安，学风上存在着主观主义，党风上存在着宗派主义。它们的来源是：过去党内“左”的传统，苏联的德波林等的影响，以及中国广大小资产阶级的影响。
(三)提出了克服历史和现实中的主观主义和宗派主义不正之风的十六条办法。基本精神是，首先在理论上要分清创造性的马克思主义与教条式的马克思主义，宣传前者，批判后者，要用马克思主义观点研究实际问题，使中国革命丰富的实际经验马克思主义化；要实行两条路线斗争，反对主观主义与宗派主义，反对教条主义与事务主义；要实行干部教育制度的改革，把过去的一套彻底打碎，研究马、恩、列、斯的方法论，奖励写辩证唯物论反对主观主义的文章；组织方法论的研究小组，首先从政治局做起，中央研究小组一方面研究马列主义的思想方法论，一方面研究六大以来的中央决议；政治局以思想、路线、政策、军事、组织五项为根本业务，掌握思想教育是我们第一等的业务；在延安开一个动员大会，中央政治局全体出马，大家都上台讲话，集中力量反对主观主义和宗派主义，但是“打倒两个主义，把人留下来”，把犯了错误的干部健全地保留下来。
毛泽东在报告的最后还宣读了王稼祥拟就的从四中全会到遵义会议这段历史的16个研究题目，包括四中全会的历史估价，主观主义与中国革命的理论问题，主观主义与政治策略路线、军事路线、组织路线问题，主观主义在各个地区及各个方面工作的表现，以及遵义会议后主观主义的遗毒等问题。这些题目分别由在延安的政治局委员及有关方面负责人准备研究。毛泽东的报告和王稼祥拟的研究题目，为这次会议，也为中央领导层的整风运动奠定了基调。
在政治局的5次会议上共有28人次发言，他们都表示拥护毛泽东的报告，认为在中央内部开展反对主观主义和宗派主义的斗争对于党的路线的彻底转变有极大的意义。不少同志列举了历史上和延安工作中的主观主义和宗派主义的种种表现和危害，认真、尖锐地开展了批评与自我批评。特别是一些曾经在历史上犯过错误的同志，本着对中国革命高度负责的态度，在会上进行了沉痛的检讨，不少同志是两次发言，有的同志甚至作了三次发言，诚恳检讨自己的错误。
这次会议还提出了两个重要问题，对后来的历史决议产生了较大影响。