一九四九年四月，钱穆与江南大学同仁唐君毅一起应广州私立华侨大学校长王淑陶之邀，南下广州。十月，随华侨大学再迁香港。不久，钱穆答应了他的朋友在香港的亚洲文商学院出任院长。一九五〇年，钱穆在香港创办新亚书院使流亡学生得以弦歌不辍，而办学有成，亦获香港政府尊崇，于一九五五年赠予香港大学名誉博士学位。一九六〇年应邀讲学于美国耶鲁大学，又获颁赠人文学名誉博士学位。一九六五年正式卸任新亚书院校长，应聘马来亚大学任教。钱穆一生以教育为业，五代弟子，冠盖云集，余英时、严耕望等人皆出门下。
一九六七年十月，钱穆应蒋介石之邀，以“归国学人”的身份自港返台，筑素书楼于台北市士林区外双溪，一九六八年膺选“中央研究院”院士。晚年专致于讲学与着述，虽目力日弱仍随时提出新观点，赖夫人诵读整理出版，谦称为《晚学盲言》。
一九九〇年六月一日，钱穆先生不满当时身为“立法委员”的台湾地区前领导人陈水扁与台北市“议员”周伯伦指控他霸占政府建筑物，以九十六岁高龄之身毅然搬离素书楼，同年八月三十日逝于杭州南路寓所。中国学术界尊之为“一代宗师”。更有学者谓其为中国最后一位士大夫、国学宗师。
在政治倾向上，钱穆非常推崇孙中山先生的《孙文学说》和《三民主义》，认为孙中山的思想贡献是“能融会旧传统，开创新局面；对西方思想不仅能接受，还能批评，能在自己的思想系统里来接受、来批评；思想态度能承续近代中国思想所必然发展的客观路向”，使长期饱受清朝高压所摧残蹂躏的思想界开始重新上路，从宋明思想偏于个人内心的格物、致知、诚意、正心等虚静想象，挽回到先秦思想的修身、齐家、治国、平天下的人类共同大业上来，同时又汇进了世界新潮流，形成了博大的思想系统。钱穆还多次赞扬中山先生所创立的“五权宪法”和“五院制度”，尤其考试制度、监察制度，充分体现了中国传统精神。在上世纪四十年代，钱穆所着《国史大纲》风行全国，成为各大学通用的历史教科书——这在当时看来，意味着以三民主义同马列主义争夺年轻一代。
于是，在一九四九年八月十四日发表的《丢掉幻想，准备斗争》一文中，毛泽东就点了钱穆的名——“为了侵略的必要，帝国主义给中国造成了数百万区别于旧式文人或士大夫的新式的大小知识分子。
对于这些人，帝国主义及其走狗中国的反动政府只能控制其中的一部分人，到了后来，只能控制其中的极少数人，例如胡适、傅斯年、钱穆之类，其他都不能控制了，他们走到了它的反面，”这里，毛泽东将钱穆与胡适和傅斯年相提并论。对此，钱穆是不会服气的：当时胡适坚决跟国民党走，已经上了战犯的名单，傅斯年做过国民党政府的官，也不去算他，为什么要把自己划到反动派那里去呢？一九五〇年秋，他在给学生郦家驹的一封信中说自己抗战胜利后“足迹不到京、沪、平、津，不在公立学校教书”、“单枪匹马，一介书生”、“怎么找到我头上？”也因此，当二十世纪五十年代中期，他的老师吕思勉写信劝他回来教书时，他回了这么一封信：
老师一生劳瘁，无一日之余闲，现在年事已高，我做学生的不能为您尽一点孝心，不能为老师扫扫地，铺铺床，每想到此，心中总感到非常遗憾。老师劝我沪港两地自由来往，这是我做不到的，回来虽无刀镬之弄，但须革心洗面，重新做人，这是学生万万做不到的。学生对中国文化薄有所窥，但不愿违背自己的主张……愿效法明末朱舜水流寓日本传播中国文化，也很希望在南国传播中国文化之一脉。
所以，我们可以断言：以钱穆的基本思想和基本价值取向，和他对大陆的看法，他是不会轻易回来的。写信邀请他回来，几乎就是枉费心机。以钱锺书的见识，他不会看不到这一点。
说钱锺书不愿意写信邀请钱穆回来，除了基于钱锺书对钱穆的基本思想的了解外，还有一个重要原因，那就是：钱锺书的养父钱基成曾经作过类似的事，结果碰了壁，而且事后证明：钱穆是对的。
据钱穆《师友杂忆》一书记载：
一九四九年，解放军以排山倒海之势越过天堑长江，开始向江南挺进，知识分子面临去与留的两难抉择。以研治古典文学着名的钱基博先生的孪生兄长钱基成，劝钱穆留下来。钱穆问，君治古文辞，看军队渡江的那篇布告，有无大度包容之气象？基成先生不语。我们现在知道，那篇文告正出自毛泽东的手笔。毛早年曾在湖南一师从袁吉六先生学古文辞达六年之久，造诣非同寻常。就连胡适也认为，中共的白话文以“我的学生”毛润之为第一。但是这篇布告，辞气却颇为严厉。钱穆先生从中读出了世路英雄不能涵容万有之气，颇疑作为史学家的自己不能见容，所以转赴香港去了。而钱基博先生大约受乃兄影响而留了下来。结果，由于对一篇文章的解读不同，他们其后的命运也大相径庭。钱穆先生不但在港创立新亚书院，绛帐春风，桃李满天下，而且着作等身。钱基博先生心血所凝的着作手稿，却在一九五九年的学界“拔白旗”运动中被大量焚毁，他自己也被划为“右派”，最终郁郁而亡。
有这样一段家族史，又有钱穆以前那些言行，钱锺书怎么会愿意给钱穆写那注定会碰壁的“邀请信”？然而，虽然不愿意，可因为职务需要，也是众望所归，最后，钱先生还是无奈地给钱穆写了一封邀请信，这封信在杨绛的《车过古战场——追忆与钱穆先生同行赴京》一文中有载：
宾四宗老大师道座：
契阔暌违，忽五十载。泰山仰止，鲁殿岿存。远播芳声，时殷遐想。前岁获睹大着忆旧一编，追记先君，不遗狂简，故谊亲情，感均存殁。明年苏州市将举行建城二千五百年纪念大会，此间人士佥以公虽本贯吾邑，而梓乡与苏接壤，处廉让之间，又卜宅吴门，乃古方志所谓“名贤侨寓”。且于公钦心有素，捧手无缘，盛会适逢，良机难得，窃思届时奉屈责临，以增光宠，俾遂瞻对。区区之私，正复齐心同愿。旧国旧乡，望之畅然，而况于闻闻见见，庄生至言，当蒙忻许，渴盼惠来。公家别具专信邀请，敬修片楮，聊申劝驾之微忱。衬拳边鼓，力薄而意则深也。即叩春安不备。
宗末锺书上杨绛同候
一九八五年二月三日
据杨先生说，起先钱锺书在信里写错了几个数字，“主办单位把信退回，请他改正重写。我因而获得这封作废的信。我爱他的文字，抢下没有让他撕掉默存写信不起草稿，也不留这类废稿）”，于是这封信才得以留存。后来杨先生遂将此信作为追忆钱穆先生文章的附录发表了出来。
其结果，用杨绛的话来说，就是“宾四先生没有回信，也没有赴请”，对此无奈的结果，杨绛先生有这样意味深长的一句话“如果他不忆念故乡，故乡却没有忘记他”。
那么，在邀请钱穆回来这件事上，钱锺书的尴尬与无奈除了以上带推理性质的证据外，还有没有更直接一点的旁证呢？有的，有的。
在张世林先生最近出版的《大师的侧影》中《怀念钱锺书先生》一文，有这样的文字，“有一次谈到钱穆先生，却给我留下了深刻的印象。他指钱锺书——笔者）说：‘他（指钱穆——笔者）岁数比我大，但若按家谱算，我辈分比他高。今年（张先生原注：可能是1989年——错了，应该是1985年。笔者）正值苏州建城二千五百年，中央出于统战工作的需要，想请他回大陆看看。由谁去信邀请呢？于是便想到了我。一位领导出面，要我写这封信。
依我对他的了解，我相信他接到我的信也是决不会回来的。有可能还会来个反统战。我说出了我的考虑，但来人坚持要写。
没办法，我只好写了信。可是，果不其然，没过多久，我给他的信连同他的声明就在香港的一家报纸上发表了。我知道他是决不会和中共合作的。’我想，依先生之世事洞明，他是不愿意写这封信的。”
这就是钱锺书的尴尬与无奈——明明自己知道对方“接到我的信也是决不会回来的。有可能还会来个反统战”、“我知道他是决不会和中共合作的”，可是因为“中央出于统战工作的需要”、“一位领导出面，要我写这封信”，最后“没办法，我只好写了信”，结果却是不仅人没有来，“我给他的信连同他的声明就在香港的一家报纸上发表了”！