淳熙十二年(公元1185年)，叶适被召，“自姑苏入都”(《水心别集》卷十五)，授职太学正。这虽是正九品(低于原任幕职品级)的小官，但已改为京官，以后升迁较快，不久就改为大学博士(从八品)。
叶适这次入都改任京官，是出于宰相王淮的推荐。在此之前，陈亮致信王淮，竭力保举叶适。其中说：
亮向尝言叶适之文学与其为人，此众所共知，丞相亦尝首肯之矣。此人极有思虑，又心事和平，不肯随时翻覆，既有时名，又取甲科。今一任回改官，于格例极易拈掇。丞相若拔擢而用之，必将有为报效者。但秀才要索事分，若使之随例文候于逆旅，恐非其所能。今已余两月，丞相若干半月间那辍一差遣与之，徐议拔摧，亦无不可。
薛叔似文学虽不及适，然识虑精密，心事和平，盖亦不减。向因面对，上亦意其可用。丞相盖已将顺上意矣。若并收此人，更与一迁，而适代之，上必不以为难。是丞相一举而得两士，亦足以厌满天下之公论。亮当以五十口保任其终始可信也。(《与王季海丞相》，《陈亮集》卷二十七)这个建议很具体：将薛叔似升迁，而以叶适代之。薛由太学录升至太常博士，叶适为太学正(太学正，录皆为正九品)，大概就在此时。这在王淮来说不过是举手之劳。而陈亮在淳熙十一年冤案出狱后，曾致王淮一信(《谢王丞相启》，《陈亮集》卷二十七)，表示感谢，彼此皆有好感，王淮也会给陈亮这个面子的。叶适在任满改官的过程中，同陈亮，朱熹都有书信往来。陈亮在给朱熹的信中说：“正则学识日以超颖，非复向时建宁相见之正则也。”(《又乙已春书之一》，《陈亮集》卷二十八)而朱熹的看法，则与陈亮不同，他说：
正则闻甚长进。比得其书，甚久不甚答得，前日有便，已写下而复遗之，今以附纳，幸为致之。观其议论，亦多与鄙意不同，此事尽当商量，俱卒乍未能得聚，便得相聚亦恐未便信得耳。(《寄陈同甫书》，《朱文公文集》卷三十六)由此可见，此时叶适的观点同朱熹的分歧已很显然。谨记此点，对了解后面叶适为朱熹辩护的意义，会很有帮助。
这年陈亮在老家起新屋数间，其中有三间柏屋，名“抱膝”，请叶适，陈傅良，朱熹等人作诗。叶适作《抱膝吟》二首，陈傅良作一百。
叶适之吟如下：
昔人但抱膝，将军拥和銮；徒知许国易，未信藏身难；功虽愆岁晚，誉已塞世间。
今人但抱膝，流俗忌长叹；儒书所不传，群士欲焚删；讥诃致囚棰，一饭不得安。
《宋史》本传有“参知政事龚茂良荐之，召为大学正，迁博士”的记载，有关叶适的着述多所引用，实误。按龚茂良于淳熙元年任参知政事，淳熙四年六月罢。叶适到淳熙五年才考中进士，是年龚茂良卒于英州贬所。故这次叶适改官，推荐者不可能是龚茂良，而是王淮。
第一，淳熙八年史浩荐叶适等16人时，王淮已是枢密使，奉诏都堂审察，王淮当与其事；第二，是由于陈亮向王淮作了荐举。
珠玉无先容。松柏有后艰。
内窥深深息，仰视冥冥翰；勿要两髀消，且令四体胖。
徘徊重徘徊，夜雪埋前山。
音骇则难听，问骇则难答；我欲终言之，复恐来噂沓。
培风鹏未高，弱水海不纳。
区夫负独志，经丈考离合；手捩二千年，柔条起衰飒。
念烈傥天回，意大须事匝；偶然不施用，甘尽斋中榻。
宁为楚人弓，亡矢任挽踏；莫作随侯珠，弹射坠埃。
(《水心文集》卷六陈亮曾将叶适和陈傅良的《抱膝》诗寄朱熹，朱熹回信评论说：
“二公诗皆甚高，而正则摹写尤工，卒章致意尤笃，令人叹息。”(《朱文公文集》卷三十六)叶适从姑苏入都时，曾准备了奏稿凡四十余篇，以应皇帝召对，但未得机会。到了淳熙十四年(公元1187年)才有机会上殿轮对。叶适向孝宗皇帝进言道：
臣窃以为今日人臣之义所当为陛下建明者，一大事而已：二陵之仇未报，故疆之半未复。此一大事者，天下之公愤，臣子之深责也。
或知而不言，或言而不尽，皆非人臣之义也。
方今之虑，正以我自有所谓难，我自有所谓不可耳。夫我自有所谓难，而不知变其难以从其易；我自有所谓不可，而不知变其不可以从其可。于是力屈气索，甘为退伏，常愿和好，抽兵反戍，拱手奉虏，而暂安于东南。臣以为此今日之大患，所当先论者也。
接着叶适分别分析了所谓四难变和五不可：“国是难变，议论难变，人材难变，法度难变，加以兵多而弱不可动，财多而乏不可动，不信官而信吏不可动，不任人而任法不可动，不用贤而用资格不可动。”其中国是难变一条中，叶适特别批评了“重誓约，畏先事，以金币啖虏，本景德(宋真宗年号)以来立国之素规”，直到“绍兴既和，则细损不较；册命行于至尊，陪隶施于宰辅”的“屈意损威以求和好”的国策，指出“置不戴之仇而广兼爱之义，自为虚弱，既已久矣”。在议论难变一条中，叶适批评了当时议论混乱的状况：“小人之论如彼，君子之论如此。陛下欲询众谋，则流言成市，互为废兴；若断以独志，则虑之不尽，事难轻发。”在论述人材难变一条时，叶适尖锐地指出：
“当艰难鼎峙之时，岂无杰材异禀，克就勋绩者乎今环视诸臣，前者后者，迭进迭退，其知此事本而可以反覆议论者谁乎其抱此志意而可以策励期望者谁乎”在法度难变一条中，叶适批评了“徒鉴五代之致乱而不思靖康之得祸”的偏颇，“陛下循守旧模，而欲驱一世之人以报君仇，则形势乖阻，诚无展力之地”。在五不可动中，“今营，屯，厢，禁，见卒至六十万，群校贵将，廪禄无算，外虚州县，内困朝廷，盖兵以多而遂至于弱矣”。南宋苛捐杂税繁多，人民负担沉重，困苦特甚，“岁入于官者八千万缗，而支费常不足，盖财以多而遂至于乏矣。”
叶适接着提出了“变国是，变议论，变人材，所以举大事”的变革主张。他建议：“讲利害，明虚实，断是非，决废置，在陛下所为耳。
大义既立，则国是之难者先变矣；陛下之国是变，则士大夫议论之难亦变矣；群臣之在内者进而问之，在外者举而问之，其任是事者亲用之，其不任是事者，斥远之，则人材之难亦变矣。”四难既变，“则兵以多而弱者，可使少之而后强也；财以多而乏者，可使少之而后裕也”，如此等等。只要进行一番改革，“期年必变，三年必立，五年必成，二陵之仇必报，故疆之半必复，不越此矣。”(以上引文均见《上殿札子》，《水心别集》卷十五)。
显然，叶适在多年的幕僚生涯中，对国家的政治，经济，军事等方面的实际情况都有比较深入的考察，因此这个奏札论事皆能切中时弊，所提建议也较切合实际，因此能够打动孝宗这个有志于恢复的皇帝的心。孝宗看了这个奏札，“惨然久之”(见《宋史》本传)。在此之后，叶适改任太常博士兼实录院检讨官。
然后，叶适又上书丞相，荐举“近岁海内方闻之士，志行端一，才能敏强，可以卓然当国家之用者”，凡三十四人。有：陈傅良，刘清之，勾昌泰，祝环，石斗文，陆九渊，沈焕，王谦，丰谊，章颖，陈损之，郑伯英，黄艾，王叔简，马大同，吕祖俭，石宗昭，范仲黼，徐谊，杨简，潘景宪，徐元德，戴溪，蔡戡，岳甫，王楠，游九言，吴镒，项安世，刘烩，舒璘，林鼐，袁謇，廖德明。(《上执政荐士书》，《水心文集》卷二十七这些人“后皆召用，时称得人”(《宋史》本传)。
叶适的这些上书，荐士的举动，在当时的知识分子中反响较大。
如朱熹在致陈亮的信中，就曾赞赏说：“承谕正则自以为进，‘后生可畏’，非虚言也。想已相见，必深得其要领，恨不得与闻一二。”(《朱文公文集》卷三十六《辩兵部郎官朱元晦状》
在叶适的文章中，《辩兵部郎官朱元晦状》是一篇颇具特色的辩论文。叶适是南宋永嘉学派的主要代表人物之一，朱熹是南宋道学的主要代表人物，这两派在学术观点上是根本对立的，但是为什么在兵部侍郎林栗弹劾朱熹时，叶适要挺身而出，为朱熹辩护呢叶适为朱熹辩护有什么意义呢这首先要从这篇辩护状本身的内容上分析起。
《辩兵部郎官朱元晦状》的内容大体上可分为两个部分：一部分是对朱熹被任命为兵部郎官后，因脚疾而未供职，林栗因此而给朱熹定以罪名，要求停罢朱熹所作的辩护。在这个问题上，叶适据实力争，仗义执言，驳斥林栗对朱熹指斥的“不实”，从而证明朱熹无罪。
另一部分是针对林栗指责朱熹“本无学术”，以朱熹聚徒讲学为“乱”，以“道学”为罪，所作的批驳。
在这个问题上，叶适不但为朱熹辩护，而且对以“道学”为罪这种做法的后果作了论述，其意义超出了为朱熹辩护本身。
叶适向孝宗皇帝说明了他上书为朱熹辩护的原因。他说：“今以郎官去留，何至上封事，徒溷宸虑哉！盖见大臣以下，畏栗凶焰，莫敢明辨，积在厉阶，将害大体尔。”林栗官职比叶适高，在朝中相当有势力，连大臣都怕他，叶适以一个太常博士的小官，敢于挺身而出与之相抗，这种精神是可嘉的。
叶适在反驳林栗指责朱熹“本无学术”时，明确指出其不实：“使熹果无学术欤人何用仰之果有学术欤其相与从之者，非欲强自标目以劝人为忠为孝者，乃所以为人材计，为国家计也。”叶适指出贬斥朱熹“本无学术”之不实，所说极是。即使是从今天看来，朱熹也无疑是他那个时代学识渊博的学问家，他所集其大成的道学思想，也是一个博大精深的思想体系，可备一家之言；叶适作为永嘉事功学派的代表，在学术观点上是同朱熹根本对立的，他同朱熹在观点上的对立，是一种学术观点同另一种学术观点的对立，这种对立，以互相承认其学术价值为前提，而林栗全盘否定朱熹，贬斥朱熹根本“无学术”，叶适不能容忍这种贬斥是可以理解的，因为这种贬斥根本不符合事实，是从偏见出发的。叶适指出，朱熹授徒论学，有那么多人“相与从之”，正说明朱熹并非“本无学术”，而是有学术的。叶适从封建国家的立场来看，认为朱熹聚徒讲学，是“为人材计，为国家计”，是对国家有利的。
林栗指责朱熹“所至辄携门人数十人，习为春秋，战国之态，妄希孔，孟历聘之风。绳以治世之法，则乱人之首也。”这个政治帽子扣得很大，叶适不能不予以反驳。他说：“臣闻朝廷开学校，建儒官，公教育于上，士子辟家塾，隆师友，私淑支持于下，自古而然矣。”叶适这里实际上概括地追述了我国自古以来的教育史：既有由国子监，太学，直至州，县学的官学系统，又有士人(知识分子)私人聚徒讲学的私学系统。而打破“学在官府”的垄断局面，开私人讲学风气之先的，正是春秋末期的伟大思想家，教育家孔子。官学和私学两个系统并存，是我国教育和学术发展的传统，“自古而然矣”。特别是有宋一代，士子私人讲学之风特盛，书院林立(书院大部是私人所办，有的是私办官助)，为学术繁荣的一大标志。到了南宋，不但朱熹讲学于闽赣湖湘等地，还有陆九渊兄弟讲学于江西，张栻讲学于湖湘，陈亮讲学于永康，薛季宣，陈傅良，叶适等讲学于永嘉，可谓一时之盛。
这是“自古而然”的私人讲学传统在南宋的发展，完全是一种正常现象，根本不是“乱人之首”。相反，只有在奸臣当道的情况下，才要破坏这种学术，教育发展的正常状况。如“蔡京用事，讳习元佑学术，曾有不得为师之禁”。这是不正常的，这种做法已经受到了谴责，这个时期已经过去。“今栗以诸生不得从熹讲学为熹之罪，而又谓非治世之法，宜禁绝之，此又非其实也。”显然，林栗是把“治”与“乱”的关系颠倒了，以讲学为罪，要禁绝之，才真正“非治世之法”，是重复蔡京之类的奸臣“不得为师之禁”的致乱之法。叶适从历史的回顾中来反驳林栗，是很有力的。
在此基础上，叶适又进一步指出：
凡栗之辞，始末参验，无一实者。至于其中“谓之道学”一语，则无实最甚。利害所系，不独朱熹，臣不可不力辩。盖自音小人残害忠良，率有指名，或以为好名，或以为立异，或以为植党。近刨为“道学”之目，郑丙倡之，陈贾和之，居要津者密相付授，见士大夫有稍慕洁修，麤能操守，辄以道学之名归之。以为善为玷阙，以好学为过愆，相为钩距，使不能进，从旁窥伺，使不获安。于是贤士惴栗，中材解体，销声灭影，秽德垢行，以避此祸，殆如吃菜事魔影迹犯败之类。往日王淮表里台谏，阴废正人，盖用此术。栗为侍从，就其蹇浅，无以达陛下之德意志虑，示信于下。而更袭用郑丙，陈贾密相付授之说，以道学为大罪，文致语言，逐去一熹。自此游辞无实，谗口横生，善良受祸，何所不有！(以上引文均见《水心文集》卷之二)叶适这里主要是从后果上来论述以“道学”为罪的危害，作出“利害所系，不独朱熹”的论断，是这篇辩护状的核心观点，意义十分重大。围绕这个论点，叶适从几个方面进行了论证。