当年重阳节，光宗因病不朝重华宫。节后，经百官上疏相劝，光宗准备起驾，百官列班静候。光宗已出殿门，泼妇李后赶出来挽他回宫，说：“天色冷，官家且进一杯酒。”百官大惊失色。中书舍人陈傅良上前拉住光宗衣裾，并随皇帝到御屏后。李后大骂：“这是什么去处你秀才们要砍掉驴头的！”陈傅良就在殿下恸哭起来。然而无济于事，皇帝还是被李后拖回宫去了。(周密《齐东野语》卷三《绍熙内祥》
在朝臣们的劝说下，终于在十一月光宗开始朝重华宫。叶适上奏：
“自今宜于过宫之日，令宰执，侍从先诣起居，异时两宫圣意有难言者，自可因此传到，则责任有归；不可复使近习小人增损语言以生疑惑。”不报。(《续资治通鉴》卷一百五十三)
如果说，光宗不朝重华宫还仅仅是政治不稳的一个标志的话，那末到了绍熙五年(公元1194年)六月九日孝宗赵敦死于重华宫，而光宗赵敦因病未能到重华宫主持丧礼，就使南宋王朝面临一场政治危机。十三日是孝宗大殓的日子，光宗车驾不至，无与成服。中外人情汹汹，以为祸在旦夕。近习巨室，竞辇金帛藏匿村落。朝士中遁去数日者有之，搬家归乡者甚众，甚至侍从欲相率出城。军士籍籍有语，有发生变乱的迹象。
面对如此危急的形势，叶适向宰相留正建议：“帝疾而不执丧，将何辞以谢天下今嘉王长，若预建参决，则疑谤释矣。”嘉王即光宗第二子赵扩。留正采纳了叶适的意见，率执政入内向光宗启奏：“皇子嘉王，仁孝夙成，宜早正储位，以安人心。”过了六天又请示，光宗批示：“甚好。”次日，宰相和执政共同拟旨以进，请求皇帝亲批付学士院降诏。当天晚上，御礼付丞相：“历事岁久，念欲退闲。”宰相留正看了，十分害怕。第二天，留正上朝时，仆于殿庭，伤了脚。就上表请求罢免，在五鼓时分让人抬出了临安城。(《续资治通鉴》卷一百五十三)作为宰相，在紧要关头采取了出城俟命的做法，使得人心更加动摇，从而加深了政治危机。
留正没有看到，那个使他害怕的“念欲退闲”的批示，其实是摆脱当时的政治危机的一个出路。抓住这个批语来做文章，就有了一个合法的根据，但要冒很大的风险。留正无此胆识，朝野的忧国之士就把希望寄托在知枢密院事赵汝愚身上。不过赵汝愚是宗室出身，要冒的风险会更大一些。工部尚书赵彦逾对赵汝愚说：“近事危急如此，知院乃同姓之卿，岂容坐视当思救之之策可也。”并问：“闻上有御笔八字，果否”赵汝愚说：“留丞相丁宁莫说。今事急矣，与尚书说亦不妨。”赵彦逾说：“既有此御笔，何不便立嘉王”赵汝愚说：“向尝有立储之请，尚恐上怒。此事谁敢擅当且看慈福，寿成两宫之意如何”慈福即高宗皇后，寿成即孝宗皇后。赵彦逾说：“留丞相以足疾求去，天付此一段事业与知院，岂可持疑禫祭在近，便可举行。”
(《齐东野语》卷三《绍熙内祥》)尚书左司郎中徐谊也劝赵汝愚说：
“自古人臣为忠则忠，为奸则奸，忠奸杂而能济者，未之有也。公内虽心惕，外欲坐观，非杂之谓欤国家安危，在此一举。”赵汝愚问策安出，徐谊说：“此大事，非太皇太后命不可。知合门事韩侂胄与同里蔡必胜同在侂门，可因必胜招之。”(《续资治通鉴》卷一百五十三)这里引出此事件中的一个关键人物蔡必胜。蔡是温州平阳人，武状元出身，与太皇太后吴氏的外甥韩侂胄(北宋名臣韩琦五世孙)同为知合门事。
叶适与蔡必胜为同乡，关系极密切。叶适对蔡必胜说：“国事至此，子为近臣，庸坐视乎！”蔡答应了叶适的要求，回宫去同宣赞舍人傅昌朝，知内侍省关礼，知合门事韩侂胄三人定计。韩侂胄又同慈福宫提点张宗尹联络，取得一致意见，即告蔡必胜。蔡必胜又通过叶适急告赵汝愚。赵汝愚请蔡必胜议事，然后让韩侂胄通过张宗尹，关礼以内禅的动议上奏太皇太后吴氏，并请太皇太后垂帘，主持其事。太皇太后批准后，决策才定下来。其中的所有表章，奏稿及诏书，都由赵汝愚与叶适裁定，临到行大礼时才交付给仪曹郎。(见《宋史叶适传》及《蔡知合墓志铭》，《水心文集》卷十七)
绍熙五年七月甲子日，赵汝愚率百官到孝宗梓宫前，太皇太后吴氏垂帘，蔡必胜和韩侂胄扶抱嘉王升座即皇帝位，是为宁宗。一场政治危机至此总算解除。
新君即位后，叶适迁为国子司业。宁宗以赵汝愚为右丞相，赵汝愚辞不拜，说：“同姓之卿，不幸处君臣之变，敢言功乎！”宁宗改任赵汝愚为枢密使。赵汝愚要论叶适之功，叶适推辞，说：“国危效忠，职也，适何功之有！”
但是，并非人人都如叶适。韩侂胄就希望能得到节钺(即节度使的职衔)。但赵汝愚不同意，他说：“吾宗臣，汝外戚也(当时已立韩侂胄的侄女为皇后)，何可以言功！惟爪牙之臣，则当推赏。”韩侂胄的愿望没有得到满足，就对赵汝愚怀恨在心。知临安府徐谊对赵汝愚说：“侂胄异时必为国患，宜饱其欲而远之。”赵汝愚不听。叶适也劝赵汝愚：“侂胄所望，不过节锁，宜与之。”赵汝愚又不从。叶适说：“祸自此始矣！”于是力求补外。(《续资治通鉴》卷一百五显然，叶适是看清韩侂胃是有野心的，不过当时野心还不大，只不过是想当个节度使。以他在定策时的功劳，升个节度使也不为过。
叶适向赵汝愚提此建议，一方面满足了韩侂胄的欲望，可以平息他的不满情绪；另一方面，韩侂胄是个内臣，经常在皇帝身边，如果他对赵汝愚有怨恨之心，在皇帝身边搞些小动作，将对赵汝愚十分不利，甚至会把朝廷的政事搞乱，赏他个节度使，就可以把他从皇帝身边调开，使他不至为害。从赵汝愚来说，他虽说自己是“宗臣”，不言功，但后来还是接受了右丞相的职位，这也不能使韩侂胄信服；更为严重的是，赵汝愚以宗臣居相位，会给人以口实，是非常危险的。这些因素加在一起，就使赵汝愚处于一个十分险恶的境地，赵汝愚不设法摆脱险境，可见他见识的短浅。叶适看得比较实际，权衡利害，预计后果，见解比赵汝愚要深远得多。但赵汝愚不听他的劝告，他觉得在赵汝愚周围再也无所作为了，而且还会得祸。因此，他力求补外。朝廷同意了他的请求，以大府卿总领淮东军马钱粮，离开了临安。
总领军马钱粮的职务，是绍兴十一年朝廷收诸大帅之兵改为御前军后设置的，共有四员，与四大驻屯军相对应。总领官职务后面，还带“专一报发御前军马文字”，实际上负有监察将帅的使命。因此，总领官有“预闻军政，制其财赋之权”(《除大府卿淮东总领谢表》，《水心文集》卷之二)。淮东总领一职，掌管驻扎镇江一带的御前诸军(该军原为韩世忠所部)之钱粮，岁费为钱960余万缗。米万石。当时是和平时期，备总领所收入的钱粮，每年支出外，还稍有赢余。有关部门“多掩蔽所余，不尽载于册，往往妄称趱积，以为己功”。绍熙末，内藏库(皇宫府库)下文调拨淮东总须所的余财。这时叶适已到任，于庆元元年二月上书，说明“此钱当存留以备缓急”，不应调拨。请求朝廷“诏有司，自今除每岁收支外，并将有管实在之数，开具成册，使朝廷通知有余不足之数”。主张“非缘军前事，毋得辄支移起发，欲以它用”。待到以后“储积累多”，再行议论，“考拨定之数，宽减州县，还之于民”(《建炎以来朝野杂记》甲集卷十七)。
5.庆元党禁中的叶适庆元党禁发生时，叶适不在临安，而在镇江任总领淮东军马钱粮。叶适力求补外，目的在于避祸，然而当党禁发生后，叶适还是在劫难逃。其原因，一是淳熙十五年叶适曾上《辩兵部郎官朱元晦状》，为朱熹辩护；二是在“绍熙内禅”中叶适为赵汝愚出谋划策。因此，叶适被目为赵汝愚，朱熹一党，而受到株连。
庆元二年赵汝愚被贬衡阳，不久死于衡阳。此后，叶适被御史胡纮所劾，降两官罢，主管冲佑观。叶适由镇江罢归，回到故乡永嘉，闭门不出。面对如此腐败之朝政，叶适决意退出政治生涯。既“赐归于穷舍，即甘息望于荣涂”(《湖南运判到任谢表》，《水心文集》卷之二)。于是，变卖田产，在永嘉城外西湖中之水心村购得一所住宅，就在那里隐居起来，依靠祠禄为生，潜心研究学问。当时永嘉学者，叶适的友人也都同时罹难，叶适与他们往来甚少，只与永嘉隐士陈烨过从甚密，志趣甚为相投。对水心村的情景和隐居生活，叶适有诗六首咏之：
生姜门外山如染，山水娱人岁月长。
净社倾城同禊饮，法明阖郭共烧香。
我久无家今谩归，卖田买宅事交违。
填高帮阔为深费，柱小檐低可厚非。
虽有莲荷浸屋东，暑烦陲过一陂红。
秋来人意稍苏醒，似惜霜前零乱风。
拒霜旋插花疎疎，甘菊新移日晒枯。
花草只令如此在，儿时写作《会昌图》。
听唱三更啰里论，白榜单浆水心村。
潮回再入家家浦，月上还当处处门。
吴翁肥遯逾七十，术老芝荒手自锄。
惠我篇章成锦字，西邻得伴亦堪书。
(《水心即事六首兼谢吴民表宣义》，《水心文集》卷之八)从此以后，凡叶适退居永嘉，即居于水心村。因此，后人称他为“水心先生”。当时也有一些年轻人慕名来向叶适求学，其中有前宰相王淮之侄王植。庆元戊午(四年，公元1198年)余始居生姜门外西湖上，金华王植立之实来。于时士相禁以学，立之宰相家子，匿姓名，舍辎重，从余穷绝处，木村夜寂，蟹舍一渔火隐约，而立之执书循厓，且诵且思，声甚悲苦。其中表有仕永嘉者，节朔设玷盛集，立之独后至。
中表笑日：“上学来欤”盖靳之也。自是岁率一来。(《庄夫人墓志铭》，《水心文集》卷十六)可见当时叶适处境艰难，也使他的学生心情悲苦。
庆元五年(公元1199年)夏天，叶适得病，“畏风，更用寒热，药不疗病，聚腹胁上行，四肢百体皆失度，如土木偶。众医妄议却立，亲党不知所为”(《高永州墓志铭》，《水心文集》卷十五)，“医工莫知主名，可谓异疾”(《湖南运判到任谢表》，《水心文集》卷之二)。当时叶适的丈人高子莫新授知永州(今湖南零陵)，未到任而得病，回到永嘉，死于庆元六年(公元1200年)四月。“方永州且病且死，余不能伏枕席，常狂行竟日，其疾不能问，其殓不能哭也。”第二年，高子莫下葬，叶适又不能提笔为其写墓志铭。(《高永州墓志铭》，《水心文集》卷十五)叶适这场病历时十余年之久。
叶适得此异疾，与当时政治上的遭遇有很大关系。朝中的当权者，并不以立党籍，将党籍中人罢斥为满足，还要制造更大的冤狱，置党籍中人于死地而后快。庆元五年正月，原来在赵汝愚策划立宁宗时因泄漏过机密而被远斥的蔡班逃回临安，韩侂胄指使他诬告赵汝愚在定策时有“异谋”，蔡琏所写诬告状七十余纸，韩侂胄指使大理寺逮捕彭龟年，曾三聘，沈有开，叶适，项安世等来审问。经中书舍人范仲艺劝阻，总算没有逮捕。(《续资治通鉴》卷一百五十五)但此事对叶适的打击很大。从他的病状看，显然是在精神上受到很大刺激所引起的。虽然庆元党禁的发生，是他预料之中的事；但事情发展到如此严重的地步，学术界受到如此巨大的摧残，他的朋友们几乎无一例外地受到迫害，贬的贬，死的死，举目四顾，一片凄凉，使他心中感到无限的孤独和愤懑，其中确实也有一些使他难以理解和难以承受的东西，因而在心理上失去了平衡。庆元党禁将当时在学术上有所建树的各派学者一网打尽，乾道，淳熙年间的那种学术繁荣，百家争鸣的局面，一去不复返了。不仅如此，叶适所毕生努力的革新政治，振兴经济，增强军力以实现收复故土，报仇雪耻的抱负，也前途渺茫。
显然，依靠朝中那些只知投机钻营，踩着别人的身体往上爬而在政治，军事，学术上都毫无建树的庸碌小人，恢复大业是没有希望的。
此时此景，叶适的心中万分悲苦是可想而知的。而叶适身体上的疾病，正是由于他的这种心病所引起，为汤药所无法治疗的。
6.开禧北伐中的叶适
宋宁宗嘉泰二年(公元1202年)二月，“弛伪学，伪党禁”。在此前一年，叶适起为湖南转运判官，带病赴任。二年，又改为知泉州(今福建泉州市)。这次弛禁，与准备北伐有关，因为党籍中人有曾“以复仇之说进者”，当然包括叶适。
嘉泰三年(公元1203年)九月，叶适应召由泉州回临安，上殿应对。他对宁宗“志虑日新，销磨党偏，秉执中道，人材庶几复合”予以肯定，并进言“治国以和为体，处事以平为极”。他说自己“久病积衰，已绝荣望。区区之愚，所期人臣忘己体国，铭心既往，图报方来”，“使下知和平之实义，上享和平之实福”(《上宁宗皇帝札子(嘉泰三年)》，《水心文集》卷之一)。他对自己在党禁中的遭遇并无怨言，只是希望消除党禁的影响，使得人材复合。宁宗嘉纳之，授官权兵部侍郎。叶适举荐楼钥，邱崈，黄度三人，皆授郡守职。
嘉泰三年十一月十一日，叶适父光祖逝世。叶适回永嘉守制。
开禧二年(公元1206年)服除，召至临安。叶适即对韩侂胃拟议中的北伐提出异议：是未可易言也。请先择濒淮沿汉数十州郡，牢作家计。州以万家为率，国家大捐缗钱二千万，为之立庐舍，具牛，种，置器杖，耕织之外，课习战射。计一州有二万人胜兵，三数年间，家计完实，事艺精熟，二十万人，声势联合，心力齐同，敌虽百万，不敢轻挠。
如其送死，则长弓劲矢，倚堑以待。当是时，我不渝约，挑彼先动，因其际会，河南可复。既复之后，于己得之地，更作一重。气壮志强，实力足恃，虽无大战，敌自消缩，况谋因力运，虽大战亦光难。此所谓先为不可胜以待可胜者也。(《宋元学案》卷五十四，《水心学案》上叶适这个兵民结合，坚守淮汉，在我方基地巩固，立于不败之地的条件下，再逐步向前推进，恢复故土的建议，是切合实际的。但当时韩侂胄“意方锐，不听”。于是叶适上书宁宗：
臣闻甘弱而幸安者衰，改弱以就强者兴。今陛下申命大臣，先虑预算，思报积耻，规恢祖业，盖欲改弱以就强矣。臣宿有志愿，中夜感发，窃谓必先审知今日强弱之势而定其论，论定而后修实政，行实德，如此则弱果可变而为强，非有难也。很显然，叶适对于报仇雪耻，恢复祖业，从根本上是赞成的，这是他的一贯主张；但是要实现这个目标，先要定其论，修实政，行实德，从而改弱就强。因此，他提出了“备成而后动，守定而后战”的战略主张。他说：
此至大至重事也。诚宜深谋，诚宜熟虑，宜百前而不慴，不宜一却而不收。故必备成而后动，守定而后战。今或谓虏已衰弱，虏有天变，虏有外患；怵轻勇试进之计，用粗武直上之策，姑开先衅，不惧后艰；求宣和之所不能，为绍兴，隆兴之所不敢；此至险至危事也。在这里，叶适明确地反对在准备不足的情况下，轻开边衅，贸然出兵；他警告宁宗，这是“至险至危”之事，一定要慎重，否则局面将不可收拾。
因此，他认为当务之急是“修实政”，“行实德”。所谓“修实政”，首先是“经营濒淮沿汉诸郡，各做家计，牢实自守”，“然后进取之计可言矣”。其次是四处驻屯大兵，其统副将校，人马器甲，营伍队阵，进战退守，“未能一一皆是”，必须措置得当，能做到“一人真有一人之用，淮，汉能守，此兵能战，数年之内，制虏有余”。第三是人材，由于“积安之久”，对于恢复大业“素所不习，耳闻目见，茫然生疎”，必须按其才能大小，“宜付一职，使之观事揆策，以身尝试”，得到锻炼。
所谓“行实德”，就是要改变“财既多而国愈贫”，“赋既加而事愈散”