金兵退后，朝廷于开禧三年二月进叶适为宝文阁待制，兼江淮制置使，专门措置屯田。至此，叶适有机会来实行他的以江北守江的战略思想。这个思想是他原来就有的，但在实行的时候，也曾走过一段弯路，在事实的教育下才有了改变。他后来总结这个经验教训时说，原来三国孙吴以来，是以江北守江的；到五代吴杨行密无争淮北之势，而淮不可守；南唐李氏割淮向周称臣，不敢窥视江北，而江不可守；建炎绍兴以来，承用杨李旧法，以淮守淮，以江守江，孙吴以来的历史经验不复讲。“余顷在制司，初亦循近辙，几误；急易之，仅能自完。既将经画江北以及两淮，而上自卿相士大夫，下至偏校走卒，无一人以过江守江，过淮守淮为是者，此今世大议论也，未有不知守江淮而犹欲论取中原者也。”(《习学记言序目》卷二十七)显然，经营两淮，从防御意义上说，是以江北守江；从进攻意义上说，是建立进取中原，收复故土的基地。因此它的意义是十分重大的。
叶适经营两淮，做了以下几件大事：
(1)建立三大堡坞
建堡坞的起因，在渡江砍营劫寨时。“然渡江之兵，苦于江北无家，基寨无所驻足，故石斌贤之徒不能成大功。”因此，在金兵退后，叶适立即在江北建立定山(今江苏省江阴县东二十五里)，瓜步(今江苏省六合县东南)，石跋(今安徽省和县东北三十里)三大堡坞。
定山(离江三里)屏蔽靖安，近在江津的石跋屏蔽采石，瓜步屏蔽东阳，下蜀，西护历阳，东连仪真。三堡缓急应援，首尾联络，形成守江的一道防线。平常无事时，各堡只以五百人一将戍守。万一有警，可增兵到二千五百人，连同堡坞内外居民中挑选的二千人，各堡通为四千五百人，共同把守。然后由制司别募精勇敢死兵士千人，作为劫寨，烧粮，冲锋搏击之用。这样一来，建立堡坞不仅使过江之兵有了落脚点，对于防江有四利：一是使江南岸的守兵胜气自生，无所畏怯，敢于向前进击；二是使江中舟师有接应之利；三是利于海船入江而决死斗；四是利于舟中甲士战斗。这样长江的防务就有了保障。如果敌人发兵攻击堡坞，由于三堡离江较近，我军以战舰海船在江中攻击敌军，使敌人腹背受敌。如果敌人攻击和州，滁州，仪真，六合等城，则可发堡坞之兵分出其前后袭击敌军。(《定山瓜步石跋三堡坞状》，《水心文集》卷之二)可见三大堡坞的建立，是实现江北守江战略的第一个坚实措施。
(2)措置屯田，安集流民
由于南宋政府在投降派控制下，只怕建设边防会引起金国统治者的不满，根本不顾两淮百姓的死活，以致沿淮千里边疆毫无守备。
开禧二年金兵侵入两淮，仅安丰，濠，盱眙，楚，庐，和，扬七郡，“其民奔迸渡江求活者几二十万家”，未渡江而流徙者，又有十万家。“度今七郡之民，通计三十万家，终当皇皇无所归宿。”叶适见此，深感痛心。他向朝廷大声疾呼：淮民流徙，“无以处之，则地为弃地而国谁与共守！设使今岁边报复急，此三十万家者，又将奔迸流徒而丧其生乎！”他指出这种惨状的出现，根源在于政府的投降妥协政策：
“自唐以后至本朝，以和戎为国是，千里之州，百里之邑，混然一区，烟火相望；无有扞蔽，一旦胡尘猝起，星飞云散，无有能自保者。”
(《安集两淮申省状》，《水心文集》卷之二在叶适受命“专一措置屯田”后，深深感到，“今之屯田，与昔不同”，今非昔比，不能照搬古人屯田之“常论”。“自虏寇惊骚，淮人奔迸南渡，生理破坏，田舍荒墟，十郡萧然，无复保聚。今之所急，在于耕其旧业而复其所常安，守其旧庐而忘其所畏尔，岂得以昔日之常论冒行之乎！”(《定山瓜步石跋三堡坞状》，《水心文集》卷之二)可见叶适当时经营屯田，是安集两淮流徒之民，使其耕种因战争而荒废之土地，恢复其家业。叶适安集流民是与建立堡坞密切相关的。建立江北三大堡坞，是一个相当大的工程，所费人力，物力，财力甚大。叶适曾为此请朝廷拨钱四十万贯，米十万石；并计划“若兴此役，流民必多应募，因可以赡给之，不至狼狈失所”(《条陈堡坞五事》，《水心文集》补遗)。这就是以工代赈之法，既修了堡坞，又安集了流民，一举两得。在堡坞建成后，又可安集更多的流民：今三堡既就，流民渐归，所宜招徕安集，量加赈贷。令于东西一二百里，南北三四十里之内，其旧有田舍者，依本住坐，元无本业，随便居止。其间有强壮者，稍加劝募，给之弓弩，教以习射，时命程试，利以赏激。度一堡界分内，可得二千家为率，万一虏骑今秋再至，随处入堡，与官兵共守，此今日经营之大略也。(《定山瓜步石跋三堡坞状》，《水心文集》卷之二)。
(3)建立兵民共守的防御体系
开禧二年战事未起时，叶适曾向朝廷建议濒淮汉而守边，未被采纳。战事起后，情况有很大变化，叶适又有新的策划：今事已无及，长淮之险，与虏共之。惟有因民之欲，令其依山阻水，自相保聚，用其豪杰，借其声势，摩以小职，济其急难。春夏散耕，秋冬入保，大将凭城郭，诸使总号令。虏虽大入，而吾之人民安堵如故，扣城则不下，攻壁则不入，然后设伏以诱其进，纵兵以扰其归。使此谋果定，行之有成，又何汲汲于畏虏乎！(《安集两淮申省状》，《水心文集》卷之二)按照这个防守方案，前述屯田和堡坞之立，收兵民杂守之用，屏蔽江面，仅为“先作一层”，其作用是使江北之民，心有所恃，敌兵再来，不致奔迸求渡，腾突纷扰，贻乱江南。“此外入深第二层，更择别有山水险要可充堡坞去处，接续措置”(《条陈堡坞之事》，《水心文集》补遗)。为此，制司派人持帖到两淮各州军界内说谕：
本处土豪有信义为众所推服之人，先与借补官资，差充总首，令各从便选择地利，依山傍水，可充堡坞去处，团结人户，防备虏骑冲突，目即劝诱流民复业，且就便居止，或有急难，则入坞屯聚。如保守无虞，即当差官去点检，照当司所定则例，申具朝廷，正补官资施行。
(同上)帖中还开列所保聚人口多少(从三千口到五万口以上)拟授之官阶(从进勇副尉到成忠郎)。各地民兵所用军器，也由官司供给。据叶适调查，“两淮民兵，最便于皮笠，纸甲，皮甲，短装弩，此外如三叉枪，短枪，手斧，提刀之类，皆不可阙。今当以十万人军器为率。”(同上)由于措置得当，两淮各地豪杰起来响应，结寨保守，安集流民者，不乏其人。“见团结山水为寨者四十七处，特借以声势，使自为守，春夏散耕，秋冬入堡”。叶适将其居民户口姓名帐册申报朝廷，实效甚为显着。在叶适的努力下，建堡坞，依山水结寨，措置屯田，安集流民，兵民共守，次第深入，以江北守江的防御体系初步形成。叶适感叹说：“不然，则南北并争之际，无岁不有兵革，淮人岂能屡逃屡复，以自滨于流离死亡也哉！”(《定山瓜步石跋三堡坞状》，《水心文集》卷之二)
正当叶适在建康忧国忧民，呕心呖血地经营两淮防务时，南宋朝廷中的投降派却在于着另一种勾当。他们不但不以叶适以江北守江的主张为然，反而为了妥协投降而准备答应金国的任何苛刻的条件，直到以韩仰胄的头颅去换取金国的“和议”。在韩侂胄被杀后，御史中丞雷孝友又以“附和”韩侂胄用兵的罪名弹劾叶适，朝廷据此将叶适落职。这个雷孝友原来正是韩侂胄一党；而叶适反对韩侂胄贸然出兵的文字俱在，却无人顾及。真是颠倒黑白！叶适在危急之际出镇建康，转败为胜，又经营两淮，安集流民，积极防御，都是有功于朝廷的。朝廷不但不赏，反而治罪，足见其腐败。叶适回永嘉仕门家居，绝不自辩。
然而，对叶适在开禧年间的作为，后人自有公论。如明代李贽说：“此儒者乃无半点头巾气，胜李纲，范纯仁远矣，真用得，真用得！”(《藏书》卷十四)黄宗羲也认为：“是役也，不用先生之言以取败。事急而出先生以救之，而金人卒以退去。时中朝方急于求和，先生以为不必，但请力修堡坞以自固，乃徐为进取之渐。而韩侂胄死，朝事又一变。许及之，雷孝友本韩党也，至是畏罪，乃反劾先生附会侂胄起兵端，并以此追削辛弃疾诸人官，而先生前此封事，具在庙堂，竞莫能明其本末，盖大臣亦藉此以去君子。”(《宋元学案》卷五十四《水心学案》上)凡此，皆可认作千古之定论。五专门研究学术时期开禧三年十二月，叶适离开建康，回到永嘉，住在水心村，专门研究学术。从嘉定元年(公元1208年)开始奉祠，到嘉定十二年(公元1219年)叶适七十岁时，曾申省状请求致仕，未获准；次年再申省状，获准以宝文阁学士，通议大夫致仕，至此奉祠凡十三年。嘉定十六年(公元1223年)叶适逝世于永嘉，享年七十四岁，赠光禄大夫，溢“文定”。在由建康到永嘉途中，叶适在致友人的书信中说：“某一生多难，学为世嗤，誓将去瓯闽之上，凿井筑室，有以自老，于今天下之事无所复置其念矣。”(《寄王正言书》，《水心文集》卷二十七)。