南宋的学术是逐渐繁荣起来的。在南宋初，还是处于战争时期，政治不稳定，经济遭破坏，人民颠沛流离，知识分子同样缺乏安定的治学环境，学术发展的条件不充分。当时虽有程颐的弟子尹焞，杨时等在传播程氏道学，杨时教授于东南，影响尤大，但基本上是承前启后，还谈不上发展。胡安国之子胡宏首开湖湘学派，亦传程氏之学，胡安国的《春秋传》为理学之下刊经典。张九成以禅理阐述理学思想，朱震传象数之学，撰《汉上易传》为象数学名着。但总的来说，此时还是一个学术相对沉寂的时期。此时的学术上的斗争，与政治和朝廷人事关系交织在一起，单线进行：围绕着推崇与禁止程氏学的问题，有两次崇程氏学和两次禁程氏学，前者在赵鼎任宰相时，后者在赵鼎罢相之后。
南宋初崇程氏学，是北宋“元佑党禁”后的一种反弹。徽宗崇宁二年(公元1102年)在奸相蔡京的主持下，立“元佑党籍”，士人九十八人列入党籍，受到罢斥，并刻石立碑，示不复用，史称“元佑党禁”。
道学家程颐也被列入党籍，其学术被斥为“邪说”，遭到禁止。靖康之变后，随着蔡京父子的败亡，元佑党禁渐弛。南宋高宗绍兴元年(公元1131年)下诏褒赠程颐为直龙图阁，为其恢复名誉。但在这个褒赠程颐的制词中，对当时“窃其名以自售”的“浮伪之徒”有所斥责，以示区别。在此之后，赵鼎两次出任宰相，都尊崇程颐之学。
“鼎素重伊川程颐之学，元佑党籍子孙，多所擢用。”(《建炎以来系年要录》卷八十六)“赵忠简为相，尹和靖(焞)以布衣入讲，士大夫多称托伊川门人进用。时号‘伊川三魂’：鼎为‘尊魂’，(王)居正为‘强魂’，杨时为‘还魂’，言时死而道犹行也。”(《建炎以来朝野杂记》甲集卷八)这当中也有真假混杂的现象。“赵鼎素尊程颐之学，一时学者，皆聚于朝。然鼎不及见颐，故有伪称伊川门人以求进者，亦蒙擢用。”(《建炎以来系年要录》卷八十八)这种现象，自然为主张禁止程颐之学者提供了口实。所以，在赵鼎两次罢相之后，出现了两次禁程颐之学的事件，一次是在张浚独任宰相时，一次是在秦桧独任宰相时。这两次禁程颐之学又有所不同，前者禁得并不彻底，而且也允许不同意见进行辩论；后一次才是彻底的禁。
绍兴六年(公元1136年)十二月，赵鼎第一次罢相。其后就发生了关于程颐之学的争论。其中有三种意见，以陈公辅，胡安国，吕祉三人为代表。左司谏陈公辅上疏，指责“在朝廷之臣”(实指赵鼎)，“辄以私意取程颐之说，谓之伊川学，相率从之。是以趋时竞进，饰作沽名之徒，翕然胥效，倡为大言，谓：‘尧，舜，文，武之道，传之仲尼，仲尼传之孟轲，孟轲传之程颐，颐死无传焉。’狂言怪语，淫说鄙喻，曰：‘此伊川之文。’幅巾大袖，高视阔步，曰：‘此伊川之行也。’‘能师伊川之文，行伊川之行，则为贤士大夫，舍此皆非也。’”在这里陈公辅不但批评了程颐之徒，而且批评了程颐之学本身，特别是道学家们的“道统”论。陈公辅还进一步指出：“臣谓使颐尚在，能了国家事乎取颐之学，令学者师焉，非独营私植党，复有党同之弊，如蔡京之绍述。且将见浅俗僻陋之习，终至惑天下后世矣。”因此，他要求将“群臣中有为此学”者，“皆屏绝之”。对这个奏疏，宰相张浚代批旨说：“士大夫之学，宜以孔，孟为师，庶几言行相称，可济时用。”(《建炎以来系年要录》卷一百七；又见《道命录》卷三)这就是说，有孔，孟之学就行了，不必讲什么程氏之学。这个以高宗的名义发布的旨意，是支持陈公辅奏疏的。
陈公辅这个奏疏公布之后，提举万寿观兼侍读胡安国立即上疏反驳。他说：“孔，孟之道久矣，自程颐始发明之，而后其道可学。而至今使学者师孔，盂，而禁不得从颐之学，是入室不由户也。”胡安国这里首先辩护的，正是“道统”论；这里不但批驳了陈公辅，而且驳了圣旨。他还称颂了程氏兄弟及邵雍，张载，“皆以道德名世，公卿大夫所钦慕而师尊之”，要求“下礼官讨论故事，加此四人封爵，载在祀典”，并且“裒其遗书，以羽翼六经，使邪说不得作，而道术定矣。”(同上书，卷一百八；又见《道命录》卷三)都督府(时张浚开都督府于建康)参议军事吕祉的意见，与陈公辅，胡安国各有不同。他上疏认为，六经加上《中庸》七篇，“自汉室至本朝，上所教，下所学，鸿儒硕学，端亮闳伟之士，接武于时，何尝不由此道岂特程颐而后传也。”可见他是不同意“道统”说的。但是，他对程颐还是有所肯定的，“臣窃详程颐之学，大抵宗子思《中庸》篇，以为入德之要。《中庸》曰：‘君子之中庸时中。’程颐之所以得也。”吕祉着重指责的是那些“近世小人”，他们看到程颐之学稍传，其徒杨时“名动一时”，于是就“变巾易服，更相汲引，以列于朝。则曰：”此伊川之学也。‘其恶直丑正，欲挤排之，则又为之说曰：‘此王氏之学，非吾徒也。’号为伊川之学者，类非有守之士，考其素行，盍小人之所不为。“例如，瑞安(今浙江省瑞安县)知县李处廉，”专事货赂，交结权贵，取程颐文并杂说，刊板作帙，遍遗朝士。朋比交口称誉，谓处廉学伊川。“这个李处廉已犯贪污罪入狱。这都是所谓”小人之中庸而无忌惮者也。(同上这次争论发生在张浚当宰相的时候，张浚虽然支持陈公辅的意见，但他还是允许不同意见发表。而且他对程颐的门人也不是采取一概排斥的态度，对待尹焞就是一个明显的例子。原来在赵鼎未罢相之前，曾由范冲推荐，召尹焞到临安来做经筵讲官。尹焞行到九江，得知陈公辅请禁程颐之学，就停止不前，上书辞命，说：“学程氏学者，焞也。”于是，张浚就向高宗继续推荐尹焞。说他在任川陕宣抚处置大使时，得知尹焞拒不接受刘豫父子伪命，长途跋涉，逃到四川。他曾接见过尹焞观其所学所养，诚有大过人者。“建议高宗降旨让尹焞迅速就道，来临安任职。(同上)与此相比，秦桧的做法就大不一样了。他是把程氏之学作为一种罪名，用来排除异己，打击原来赵鼎所信用的人物的。这种打击是从高闶开始的。高闶原是赵鼎一派人物。赵鼎因”和议“问题与高宗，秦桧不合而被罢相(第二次罢相)后，高闶也被斥闲住。在屈辱的绍兴“和议”实现以后，高宗，秦桧为了粉饰升平，决定恢复太学(大学的地址正在岳飞的故宅)，并起用高闶做国子司业。高闶卖力地做了此事之后，在绍兴十四年(公元1144年)二月上表，请高宗视察太学。他的这个举动，受到了抗战派胡寅(胡安国之养子)义正词严的斥责。胡寅在给高闶的信中说：“及见请视太学之表，寅心惕然，不意阁下有所请而有斯言也。
今关河重地，悉为敌国，园陵暴露，不得瞻守，族宗拘隔，不得相见，土地分裂，人民困苦，不得鸠集，冤恨之气，外薄四海，不得伸雪。
而柄臣(指秦桧)者，方且施施然厚诬天下，自为有大功乎今阁下目睹忘仇逆理，北面事敌，以苟宴安之事，犹偃然为天下师儒之首，既不能建大伦，明天人之理，以正君心，乃阿谀柄臣，希合风旨，求举太平文具之典，又为之词云云，欺天罔人孰甚焉，是党其恶也。人皆谓阁下平生志业扫地矣！数十年之积，而一朝毁之乎”(《建炎以来系年要录》卷一百五十一)胡寅和高闶都是杨时门人，程颐的再传弟子，学术渊源相同，而政治态度却迥然相别，一高一下，一正一邪，不可同日而语。
高闶谀事高宗，秦桧如此，仍不为其所容。在高闶被他们利用之后，就被一脚踢开。在“程氏之学”的罪名之下，秦桧党人对高闶的攻击纷纷而来。先有御史中丞李文会弹劾高闶“录程颐之学，徇赵鼎以邀名”，即罢高闶出知筠州，接着又有右正言何若上书：“自赵鼎倡为伊川之学，高闶之徒从而和之，乃有横渠(即张载)《正蒙》书圣传十论，大率务为好奇立异而流入于乖僻之域，顷缘闶为国子司业，学者争投所好，于是曲学逐行”，他要求高宗“申戒内外师儒之官，有为乖僻之论者，悉显黜之”，高宗认为“若所论甚当”，并指斥程颐“不识大体”；其后，又有御史中丞杨愿大放厥词：“数十年来，士风浇浮议论蜂起，多饰虚名，不恤国计。沮讲和之议者，意在避出疆之行；腾用兵之说者，止欲收流俗之誉；甚者私伊川元佑之说，以为就利避害之计，慢公死党，实繁有徒。愿下臣章，揭示庙堂，俾中外洗心自新，以复祖宗之盛。”这是把伊川学说看成是“和议”的障碍。对这一派投降的胡言，高宗欣然“从之”。(同上书，卷一百五十二)可见，秦桧一党对高闶的攻击，同胡寅时高闶的斥责，是根本不同的。胡寅是斥责高闶为投降派效劳而不合程学之“义理”；而秦桧党人则以程学的罪名来排斥异己，为其投降活动服务。
直到秦桧死后，才有人指出“向者朝论专尚程颐之学，有立说稍异者，皆不在选；前日大臣(抬秦桧)则阴佑王安石，而取其说稍涉程学者，一切摈弃”为偏颇，而主张“精择而博取，不拘一家之说，使学者无偏曲之弊，则学术正而人才出矣”。这个建议得到高宗的赞同，他说：“赵鼎主程颐。秦桧尚安石，诚为偏也。卿所言极当。”(同上书，卷一百七十)至此，程学之禁才稍弛一些。但说秦桧崇尚王安石，纯属无稽之谈。高宗曾同秦桧一唱一和地说：“言者多功朕变法。朕思祖宗之法已善，岂宜轻改”秦桧说：“遵先王之法而或过者，未之有也。”高宗说：“然！”(同上书，卷一百五十二)一味屈膝投降，苟且偷安于东南一隅的高宗和秦桧，岂可与不安于积弱积贫而力求变法图强的王安石同日而语但是，如果反过来说高宗，秦桧是“尊程反王”(《中国通史》第四编第二章第六节)，也是不符合实际的。这种说法，是按照“唯心-保守-投降”的公式推导出来的。程颐学说是唯心主义，但把它同南宋的投降派等同起来，则是没有根据的。作为民族败类的秦桧，并无一定的学术思想信仰，很难把他归到哪一个学派。他反程学是出于政治目的，是为了排斥赵鼎一派人物和实现“和议”。而上文提到的程学的传人，如尹焞，胡安国，胡寅父子，都是具有民族气节的知识分子，而尊崇程学的赵鼎，则是抗战派的政治代表之一。在此以后，道学家中主张抗战者也不乏其人。