中阐述了国民教育与君主时代教育的区别。他说：“君主时代之教育方针，不从受教育者本体上着想，用一个人主义或用一部分人主义，利用一种方法，驱使受教育者迁就他之主义。国民教育方针，应从受教育者本体上着想，有如何能力，方能尽如何责任；受如何教育，始能具如何能力。”“从受教育者本体上着想”反映了资产阶级个性解放、自由发展的要求，而“一个人主义”或者“一部分人主义”，恰恰是君主专制教育的特征。
蔡元培从资产阶级利益出发，提出“五育”并重全面和谐发展的教育方针。在《对于教育方针之意见》一文中，全面阐述了他对于教育方针的观点。
蔡元培受康德哲学思想影响，将世界划分为“现象世界”与“实体世界”两方面。与之相对应，他把教育分为“隶属于政治的”与“超轶政治的”两大类。军国民教育、实利主义教育和公民道德教育属于前者；世界观教育和美育属于后者。他说：“国民教育不外乎五种主义，即军国民教育、实利主义、公民道德、世界观、美育是也”。他认为，在人的培养上“五育”都很重要，是“今日之教育不可偏废者也”。他以人体各种机能协调作用解释五育不可偏废的道理。他说：“譬之人身，军国民主义者，筋骨也，用以自卫；实利主义者，胃肠也，用以营养；公民道德者，呼吸机循环机也，周贯全体；美育者，神经系也，所以传导；世界观者，心理作用也，附丽于神经系，而无迹象之可求。此即五者不可偏废之理也”。蔡元培的全面和谐发展的教育思想，被辛亥革命后南京临时政府定为国民教育宗旨：“注重道德教育，以实利教育、军国民教育辅之，更以美感教育完成其道德。”并于1912年9月颁布施行，在当时的影响是很大的。
蔡元培的全面和谐发展的教育方针，最终目的是培养资产阶级所需要的共和国公民，就是他所强调的，国民教育应以“养成共和国健全人格”为根本目标。他说：“国民而无完全人格，欲国家之隆盛，非但不可得，且有衰亡之虑焉。”因此他反对清朝“以养成科名仕宦之材”为目的的教育。应该肯定，这种变“升官发财”为目的的教育为培养“健全人格”为目标的教育有着重大现实意义。它结束了两千多年来封建旧教育的统治，为资产阶级教育在中国的实施确定了方向，使资产阶级教育走上一个新的发展阶段，对中华民族新一代的成长有重要影响，是教育上的重要改革。因此说，他的全面和谐发展的教育思想，在中国教育史上有划时代的革命意义。但也应该指出，蔡元培的全面和谐发展的教育思想是属于资产阶级的理论范畴，同马克思主义的全面发展的学说有本质的区别，不能混为一谈。
(二)《对于教育方针之意见》中关于五育的论述
蔡元培以他的哲学思想为基础，从时代的需要出发，对于五种教育进行了独特的论述。
第一，军国民教育
他认为军国民教育并不是理想社会的教育。然而，当时“我国强邻交逼，亟图自卫，而历年丧失之国权，非凭借武力，势难恢复”。
所以，非提倡军国民教育不能强兵；同时，军人革命之后，难免无军人执政的时期，则可能形成特殊的军人阶级，造成军阀专政，因此，“非行举国皆兵之制”，“以平均其势力”，不能维护民权。可见，“军国民教育者，诚今日所不能不采者也。”蔡元培的军国民教育主张，除去军事训练以外，也十分重视体育锻炼。他明确指出，人的健康，不仅靠饮食，尤靠运动，“足见体育的不可轻忽”。他认为，学校体育的任务，在于“发达学生的身体，振作学生的精神”。他要求现代学生应改变旧“文人”孱弱的形象，具有“狮子样的体力”。只有这样，才能使今日的学生成为“明日的社会中坚，国家柱石”，所以，“学生体力的增进，实在是今日办教育的生死关键”，是“健全国民的基础。”因此他主张，学习外国重视体育的精神，使学生“自小学以至大学，无一日不在锻炼、陶冶之中”。他满腔热情地号召青年，“以健全的体力，去运用思想，创造事业！”怎样进行体育呢？他说：“体育最紧要的，是合于生理”，如果不顾生理状况，单纯追求胜负，博得名誉，“便失却体育的价值了”。他认为，运动会的目的是引起体育兴趣，推动体育的普及：使人人都有运动的机会”。蔡元培在主持爱国学社和北京大学期间十分重视体育工作。爱国学社的学生每天早晚都进行军事体育训练，蔡元培“曾断发而习兵操”。在北京大学把学生“编成学生军，聘白雄远君任教练之责”。蔡元培身体力行，改变了封建教育学生只知“终日伏首案前，不使运动”的旧习。
第二，实利主义教育蔡元培把实利主义教育当作富国的手段。他说，当今世界的竞争，不仅在武力，尤其在财力。而“我国地宝不发，实业界之组织尚幼稚，人民失业者至多，而国甚贫。”因此，若发展国民经济，提高社会生产力，使国家富强起来，能在世界竞争中生存下来，“实利主义教育，固亦当务之急者也”。蔡元培所说的实利主义教育就是智育。他很重视科学文化知识的学习，在普通教育中，他把物理、化学、博物学、算学、历史、地理、金工、木工等科都列入实利主义教育的范围。他勉励学生注意科学研究，“大学学生，当以研究学术为天职”，号召青年努力提高科学和知识水平。他指出，欧美各国的“优点即在事事以科学为基础；生活的改良，社会的改造，甚至于艺术的创造，无不随科学的发展。特别注意啊！”在他的教育实践中，科学研究工作占着重要地位。北京大学首先成立研究所，这是中国大学里建立研究所之始，在北京大学又首先成立研究会，推动群众性的学术活动。他曾长期领导中央研究院的工作，对中国科学事业有一定贡献。上述言论和行动，都反映了他对智育的重视。
蔡元培十分重视基础教育，他认为中小学教育的好坏将影响大学教育和人才的培养。他说：“普通教育则象一所房子的地基，有了地基，便可把楼台亭阁等建筑起来。”所以教育工作必须打好牢固的基础，中小学时：“把高深学术的基础巩固了”，入大学时自然不觉困难。
相反，若在中小学时，并没有建筑好基础，等到自悟不够时，再要补习起来，那就很不容易了”。事实证明，牢固的基础教育，是搞好专业教育的前提，中小学生的基础知识和技能的训练，关系到国家人材的培养和成长，影响极其重大。他甚至说：“小学教员在社会上的位置最重要，责任比总统还大些。”所以，他要求：“师范生对各科的知识，必须贯通，各有心得”。
在智育方面，蔡元培重视学生智力的发展，他说：“人之心思细密，方能处事详精，而习练此心思使之细密，则有赖于科学，就其易于证明者言之，如习算学既可以增知识，又可使脑力反复运用，入于精细详审一途。”为了开发学生的智慧，他主张，教师在教学中不要搞注入式，要启发学生的积极思维，引起学生的学习兴趣。学生在学习时不能单靠教师和书本，应该“自觉”、“自动”，养成独立思考的能力和习惯。在他看来，人的智能愈用愈发达。
蔡元培把国家富强与开展科学研究联系起来的观点，在今天科学技术飞速发展、知识急剧更新的时代，更有其重大意义，值得深思。
在智育中，重视基础教育，注意科学知识水平的提高，强调发展学生智能等见解，是十分有益的思想，至今仍具有深刻现实意义，应该进一步研究。