农作物制种是一个系统工程，是在市场经济条件下运作，企业与农户互利互惠的种子生产过程。在制种基地建设中，要求基地经济社会条件的同时，同样对公司也有经济、管理、信誉等方面要求，无论是大型龙头企业，还是中小公司、科研单位，甚至个人等，制种单位要有一定的资金实力及顺畅的融资渠道，认真履行合同。信守承诺是建立稳定的制种基地的关键，在综合考虑当地制种发展水平、制种条件后应与基地农户签订制种合同。合同条款应明确规定双方责任义务，各自不得私自更改合同内容，在履行合同过程中不得随意压价、折扣或以不正当手段在收购过程中短斤少两，克扣种子款，损伤农民积极性。
公司技术员是制种工作的主要力量，完成制种基地落实、技术实施、农户管理、基地管理、技术服务、质量监督、种子收购等管理服务工作。技术员代表公司的形象，技术员的素质和技术、管理水平直接影响制种任务的落实完成。因此，培养专业能力强、技术水平高、管理水平高的技术员是种子公司常抓不懈的工作。
技术员的专业能力主要有种子生产、作物生产技术、植物保护、作物遗传育种、土壤肥料及其他相关的知识和技能。一般农业院校的毕业生都具备上述基本专业知识及技能，通过在制种实践中不断丰富和积累，使自己专业水平不断提高。公司和技术员个人应更注重后天的积累，由于个人的差异，在专业知识掌握、应用、积累及灵活性、适应性、自觉性等方面，不同技术员有差别，公司应因人而异，扬长避短，发挥每个人的技术特长，促进种子工作全面发展。技术员的管理水平是体现技术员素质的重要表现，由于制种涉及千家万户，管理工作错综复杂，技术员在工作中不仅要有丰富的专业知识和应用水平，而且要有较高的管理水平，在工作中有主动性，能够及时发现问题、分析问题、解决问题。工作讲究方法，既要做到严格管理，坚持技术原则和管理原则，又要根据基地实际，具体情况具体解决。
技术员处于生产一线，有些公司为了方便落实基地、管理农户，聘请部分基地村组干部或有影响力的农民作为公司技术员，这是一个技术员任用误区。农民作为技术员，只能是各种制种作物的感性知识和生产经验，没有系统的专业知识和技能，在长远发展中，应逐步淘汰农民技术员，或者进一步进行专业培训，提高技术水平。
五、农作物制种的组织管理模式
农作物制种不仅是一个生产过程，而且是一个管理过程，生产技术和组织管理都围绕一个中心，即优质高产。以质量为前提，产量为目标；生产是基础，管理是保证。根据作物制种管理特点、基地社会经济水平，形成了不同的组织管理模式。目前，中国种子生产组织模式有：种子公司与制种基地村委会协商达成生产协议并签订生产合同，由村委会负责制种所需隔离区的调整、划定，组织农户进行生产，并配合公司解决生产中的问题。生产的种子由村委会负责按合同交售给种子公司，完成一个种子生产周期。
村委会在制种过程中起着纽带和桥梁作用，既代表制种基地农民利益，也要维护公司利益。
“公司+村委会+农户”模式主要用于大宗作物制种，如玉米、水稻制种，由于生产面积大，参与生产的农户数量多，隔离区需要统一协调。这种模式的优点是农户统一组织，技术要求整体划一，便于统一管理；公司兼顾琐碎事情较少，技术员工作强度小。缺点是由村委会牵头，各小组组长管理农户，管理层次多，有时管理不到位；制种成本较高。“公司+村委会+农户”模式需要协调好公司与村组、村与小组、村组与农户等关系。
种子公司与农户直接签订种子生产合同，农户和公司共同调整、划定制种所需隔离区，由公司技术员全部负责农户组织管理，村委会不参与任何活动。小面积的蔬菜、花卉、牧草、玉米等制种，特别是外繁制种普遍采用“公司+农户”模式。这种模式中间环节少，公司与农户直接见面，技术要求一步到位，制种成本较低。缺点是公司技术员工作强度大，需要协调解决各种问题，地方政府配合较少。
种子公司与制种基地负责人（包括个人、小组长等）协商达成生产协议，基地负责人负责基地落实，种子公司与农户签定种子生产合同。由基地负责人和农户调整、划定制种所需隔离区，种子生产过程由公司技术员负责，基地负责人协助技术员参与生产管理。目前的蔬菜、花卉、牧草等制种主要采用“公司+基地负责人+农户”模式。这种模式同样中间环节少，公司与农户直接见面；生产的一般问题有基地负责人解决，技术员工作强度较小，制种成本较低。缺点是隔离区调整困难，制种农户之间、制种农户与非制种农户之间工作协调难度大，地方政府配合较少。
该模式是在种子生产过程中，公司与村委会或村民小组签订合同，同时公司也与农户签订合同。村委会或村民小组负责所需隔离区的调整与划定，协调公司与农户的矛盾与纠纷，在生产环节上公司直接或间接与农户发生关系。这种模式常与“公司+村委会+农户”模式伴生，在一些制种时间长、管理难度较大的基地有时采用。
§§§第三节制种基地生态环境保护
各类作物制种基地是制种长期发展的基础，但在长期制种过程中，也造成了许多病虫害发生频繁、局部环境污染、危险性植物引进蔓延等问题，需要引起农业部门、种子企业、广大农民的高度重视，采取有效措施，保护制种基地生态环境，使制种处于良性循环。
一、病虫害发生对生态环境的影响
目前，农作物制种基地基本形成了适应相应气候特点的各类作物制种的专业化基地。如河西走廊沿山地区主要以玉米、葵花、甜菜、花卉等作物为主，平原地区以蔬菜、花卉、甜菜、葵花等为主。制种基地的专业化有利于发挥基地气候地域优势，提高生产管理水平，提高制种产量、质量。但是老基地长期生产一类或几类作物也导致一些常发性病虫危害日趋严重，特别是容易积累的土传性病害、植株残体带菌和种子带菌的病害，表现突出，如瓜类枯萎病、白粉病、蚜虫、番茄早疫病、辣椒疫病、葱蒜类根腐病、玉米的瘤黑粉病、玉米螟，棉花枯萎、黄萎病等，这些病虫害构成顽固性危害，每年造成较大损失。
随气候、作物品种类型变化，许多病虫爆发危害。如近年来在玉米大喇叭口期多次大面积发生的玉米顶腐病，南瓜、西葫芦在多雨季节发生的溃疡病，辣椒夏季高温多雨爆发的疫病，炎热少雨年份的玉米红蜘蛛等，危害严重。
随着国内外种子生产交流的不断扩大，有些检疫性病虫害也不断侵入，在大范围内或局部地区形成疫区，严重威胁制种产业的健康发展。如美洲斑潜蝇、玉米螟在许多制种区已成为常见虫害，在局部地区发现番茄溃疡病、莴苣菌核病、西瓜果腐病、玉米大斑病和小斑病等，造成客户对病虫害的检验越来越严格，使制种安全性下降，成本增加。
二、制种废弃物对环境的污染
制种过程中会产生各种废弃物，如蔬菜、瓜类、花卉等整枝（蔓），打叶清除的枝叶，预防病虫害清理的病株、病叶，收获后产生的残枝落叶，瓜果蔬菜提取种子产生的残留果汁、果皮等。
许多农户随意丢弃废弃物，残枝落叶不销毁掩埋，番茄、西瓜等果汁、果皮倾倒在制种田、沟渠中，这些废弃物的不合理处置不仅造成制种基地环境污染，而且大量的带病植株残体成为侵染源，造成大量病源积累，使制种基地许多病害发生严重。如南瓜、西葫芦枝蔓随意丢弃在制种田周围，使白粉病在瓜类蔬菜上感染时间提前，白粉病成为瓜类制种病害防治的难点；病原寄主范围也扩大到周围的杂草、树木上，危害能力加强。在制种田中进行西瓜、甜瓜、南瓜取籽使大量果皮、果汁残留到田地，使瓜类枯萎病、炭疽病、蔓枯病等病害发生严重，轮作期延长。倒入沟渠中的番茄、瓜果汁流进制种田，使许多受污染的地块不能种植茄果类蔬菜、瓜类及花卉。
三、引进的有些危险性制种作物对生态环境的威胁