新年仍未能疏解他的情绪，1900年1月初，在维也纳广受阅读的日报《时代》上的一篇评论，让他惊讶地斥其为“无知”，带着“些许奉承和不寻常的误解”。另一篇在《国家》上面的评论，由一个认识的朋友，诗人与剧作家雅各·朱利阿斯·大卫执笔，就显得“温和而敏锐多了”，虽然还是“有点暧昧”，少有能让弗洛伊德觉得安慰的评论。“我发现科学对现在的我来说太难了，我需要点亮思绪，让自己清醒起来，把不需要的东西清理开，但我总是孤独的。”这听起来像是一种自怜的口吻，弗洛伊德似乎觉得自己注定被徒劳无功的误解和忽略所包围。“实际上我已经和外界切断了关系，”他在1900年3月的时候说，“《梦的解析》激起的反应比一片落叶还少，昨天我在《维也纳旅游日报》上面读到一篇亲切的评论，甚感惊异。”现在只有好消息会让他感到惊异。“我让自己沉浸在幻想、下棋、阅读英文小说之中，对所有严肃的活动都一概排斥。已经有两个月了，我没有将任何想到或者学到的观点写下。我一旦脱离自己专注的事业，就变得像个耽于逸乐的庸俗之辈。你知道我对自己的放纵一向是很节制的，我没有抽过什么好烟，酒精对我也没有用处，我已经尽了生养儿女的责任，但是和其他人的联系却完全断了。所以我茫茫然过日子，只想把我从白天工作的注意力转移开来。”他似乎已经筋疲力竭了。
弗洛伊德如此精神不振的原因，一部分是经济因素，他的病人数量一直不太稳定。他以自律或难以获得的心灵平静来解救自己，但效果不大。1900年5月，在给弗里斯的生日贺卡中他写道：“大体说来，我因为太过理性而不太会去抱怨，除了对贫穷的恐惧之外。”但他知道：“如果从人类不幸的统计来看，就知道我有多么的富足，而一个人的荣衔又是多么微不足道。”有时候无法理解或是帮助病人时，他就会陷入绝望，当他陷入这种情绪，这种负面的感觉就会成为折磨他的来源。1900年冬末，渴望着许久不见的春天和阳光，他抑郁地谈到“灾难”以及“累垮”的生活，他被迫“拆除”所有“空中楼阁”，又“尽力鼓起一点勇气重建之。”
群众的忽略以及个人的孤寂互相鼓荡，弗洛伊德把自己比作与天使摔跤的雅各，在实力悬殊又喘不过气来的情况下，他要求天使放过他，“这对我将是公正的惩罚，”弗洛伊德做了有生以来最不准确的预测：“我首先发现的心灵未知领域，没有一个会和我的名字相连，或者遵循我的规则。”他和天使决斗的结果导致自己跛足而行，且沉溺于早熟的失意的忧郁中。“是的，我已经44岁了，”1900年5月他写道，“一个年老、有点邋遢的以色列子民。”即使在家书中，他也使用同样阴沉的语气，在回信给他柏林侄子寄来的生日贺词时，他自称为“你们的老伯父”。这年之后，他曾经要求家人“不要再为一个老人动生日活动的脑筋”；他自比为一个老旧的纪念碑，而不是“一个喜欢生日的小孩”。年龄的压力自此成为纠缠他心头的阴影。
如此优雅的悲歌，并没有太大的变化，显示即使在他的自我分析之后，弗洛伊德在1900年左右的心情还是非常容易受伤的。他用引出失败幽灵的方式，规避那些因成功伴随而来的危机。弗洛伊德知道他的原创观点与冒犯的说法，必然引起困惑的沉默或愤怒的非难，他也可能同时收到许多非自发性的恭维。他对他的评论者、他的病人、他的朋友，甚至他自己都感到不满意，他的“梦小孩”真的很难产。
弗洛伊德在完成了自己满怀期待的著作后，并未因此而消除自己的挫折感，亦未消除自己强烈的孤独感，他感到很沮丧。1900年3月，他用一种乡愁式的笔调回顾前一年的夏天，当时他在一种“疯狂的思考活动”中完成了他的梦书，天真地“自我陶醉，并期盼从此可以迈出自由和安适的另一步。然而这本书被接受的程度以及伴随而来的寂寥，再次破坏了我和周遭环境之间正在萌芽的关系”。但渐渐地他从沮丧中走出来，1901年9月，经由他的自我分析之激励，他至少克服了长久以来的自我设限，在弟弟亚历山大的陪伴下拜访了罗马。就像许多北方来的访客，如吉朋（《罗马帝国衰亡史》作者）、歌德、蒙姆森（《罗马史》作者，诺贝尔文学奖得主），弗洛伊德整个人也被一种兴奋的目眩神迷所包围。基督教历史下的罗马令他困惑，现代的罗马则看起来充满希望且与他意气相投，但令人神迷的却是古老文艺复兴时代的罗马：将铜币投入许愿泉里，站在古老但依旧散发着慑人气质的米开朗琪罗的“摩西像”前。弗洛伊德以一点都不夸张的语气形容，这一次的旅程，是他生命中的“高峰体验”。
每天给家里的信件中，弗洛伊德质疑自己为何拖了这么久才来体验这无比的愉悦。“中午，在万神殿前我自问，”在9月3日写给太太的信中，他惊讶且疑惑，“这就是让我害怕了多年的地方吗？”罗马的热很迷人，罗马的阳光很耀眼。两天后他向妻子保证，根本不必担心他，他的生活是“工作、娱乐皆得意，置身其中即忘我，忘记诸事”。9月6日他仍然身在罗马·沸洛伊德再一次以轻快的电报式语气，说他兴奋之情仍未减退：“这个下午有不少印象，可以让人回味数年。”其后，在他历次的意大利之旅中，皆盛赞威尼斯的美丽、那不勒斯附近的山水（而不是那里的人们），但是罗马，“这个神圣的城市”，仍是他无可替代的最爱。从罗马写给女儿玛蒂尔德的信中，他说他不想在佛罗伦萨附近迷人的斐沙烈山顶待太久，“因为我已经被罗马的严肃淹没了”。的确，“罗马是个独一无二的城市，许多人都这么觉得。”
弗洛伊德马上就将征服罗马所开启的心理经验兑现了，他的造访同时是追求心灵自由的标记和途径，代表面对社会和政治的一种新弹性态度。这个实际的经验使他得以脱离那个在他“光芒四射的孤独”中既令人满足又令人沮丧的暧昧状态。1902年的秋天，弗洛伊德开始每礼拜三在他上坡路19号的住所，和一群人数慢慢增加的医师们（一开始很少，只有5个人），以及数位有兴趣的一般听众，进行讨论。他理所当然是其中的带领者，内容包括个案讨论、精神分析理论，以及对自我心理的探索。大概在此半年之前的2月间，他终于得到梦想已久也应得的终身教授一职。从那时候起，弗洛伊德已经不用再担心缺乏社会地位、群众回应、热烈的追随者，以及内部的争论。
弗洛伊德曲折的学院发展历程，为奥匈帝国当时既罗唆又错综复杂的晋升通道，投入悲惨的色彩。思想的原创性不必然是阻碍，作品的价值不必然是必要条件，只有人际关系的连结，通常被称为保护，才能保证事业的升迁。弗洛伊德从1885年之后就是一个Privatdozent（无薪酬大学讲师），漫长的12年之后，1897年2月，他的两位颇有影响力的同事，诺斯那格以及克拉夫·艾宾，推荐他进入Ausserordentlitcher Professor——相当于特任教授的遴选名单中。这是一个以声望（和略高的薪水）为判准的职位，因为这个头衔本身并不代表薪资或在医学教授团中的成员资格。无论如何，教授头衔，如同弗洛伊德自己说的：“可以把一个社会中平常的医师，提升为对他的病人来说近乎于神的位置。”与弗洛伊德同年的其他同事，都慢慢地进入教授职的阶级，只有弗洛伊德还是一个无薪酬的大学讲师。提名弗洛伊德的七人小组在1897年3月聚会，无异议地通过这个任命。6月间，医学院的教授群签署了22票对10票的推荐函，而教育部是不参与这整个过程的。
弗洛伊德静静地旁观每年与他擦肩而过的晋升仪式，他戒慎恐惧地避免踏上那“走滑的斜坡”，以免碰上那些和高层关系比他好的竞争者。他觉得奥地利的保护系统令人厌恶，但却无法置身事外。毕竟，他有许多的本钱去认定自己符合这个资格：对失语症务实的讨论专著以及对婴儿脑瘫的讨论，前者在1891年出版，后者在6年之后出版，两者都展示了令人印象深刻的绝佳传统医学领域的知识。但从1897年起，弗洛伊德连续四年都没有得到法兰兹·约瑟夫皇帝亲自指定的终身教授职位。1901年末，弗洛伊德决定转向。为表达厌恶与自觉的罪恶感，他从被动转趋积极，很快便有了令人满意的结果。皇帝颁布了弗洛伊德特别教授的任命令，这是整个家族辉煌的时刻，弗洛伊德的妹妹玛丽马上写信到曼彻斯特，兄弟菲立普以愉快的口吻谈论“我们亲爱的老哥哥西格蒙”的好消息，还询问晋升的种种细节。
在弗洛伊德给弗里斯最后几封信的其中一封里，他以痛苦的语调描述了这一过程。弗里斯恭喜弗洛伊德终于成为“教授先生”，并且用了“表彰”和“精湛的成就”等等字眼。弗洛伊德在回这封信的时候，以他“惯常而急于表现诚意”的姿态，带着挖苦的口气，承认他主导了这个过程。在前一个月从罗马回来之后，他感到就诊的病人减少，和弗里斯日益陌生，他比以前更为孤独，觉得后半辈子都要在教授职位的等待之中度过。“我实在很想再去一趟罗马，好好照顾我的病人，让我的小孩过好日子。”所有这些因素迫使他站在那个寻找保护的坡道上。“我决定，打破严格的道德心藩，采用和一般人相同的步骤。”从被提名四年以来，他都保持沉默。现在他向自己的老师——生理学教授西格蒙·冯·埃克斯纳求助。这位老师板着脸孔教他要化解教育部内对他的敌意，并寻找“个人的影响力”。因此，弗洛伊德动用了他的“老朋友以及前病人”——爱丽丝·龚培兹，他的先生是西奥多·龚培兹——有名的古典文学家。他曾经要弗洛伊德帮忙把几篇弥尔的文章翻译成德文。龚培兹夫人介入了，又发现弗洛伊德需要请诺斯那格教授与克拉夫·艾宾教授重新写一份推荐函。他们都照做了，但此时还未发挥作用。
另一个病人，男爵遗孀玛丽·菲斯特，她比龚培兹教授夫人在社交界更有影响力，为弗洛伊德处理此事，她运用关系见到教育部长，说服他把教授职给予“一位为她治好疾病的医生”。弗洛伊德还提到，他们是以艾米·欧力克为这位部长计划筹建的画廊绘“一幅现代画”作为酬劳。弗洛伊德以讽刺的方式评论，如果“一些波可林的画（理论上来说比欧力克的画更为值钱）”是在玛丽·菲斯特的手里，而不是她舅妈手里的话，“我就会提前3个月得到晋升”。但弗洛伊德把最尖酸的讽刺留给自己。当《维也纳日报》还没有刊登这个任命消息的时候，弗洛伊德告诉弗里斯：“悬宕的新闻已经快速地在官僚体系里蔓延开了，对这个消息有兴趣的人非常多，祝贺的花和礼物多如雨下。整个事件，如同性欲的角色突然被我们的陛下所接受，梦的重要性被部长会议确认，而以精神分析理论来治疗歇斯底里的必要性，被国会的三分之二多数所通过。”他终于了解到，“旧的世界是被权势，而新的世界是被金钱所统治”。在第一次向势力屈服之后，他只是等待着报偿，但他是一个道地的笨蛋，一个蠢才，竟然被动地等了这么久：“整个事件里，有一个长了长耳朵的家伙，在给你的信件中表现对他的感激显然不够，那就是：我自己。”显然，“如果我在3年前就做这些事，我会在3年前就获得任命，还省了许多力气，其他人只是聪明到不用先去罗马一趟”。他把自己描述得好像在雪地里光着脚走到意大利的嘉诺萨避暑地。弗洛伊德对他的新头衔相当满意，但这个愉快的感觉却被不名誉的策略使用所掩盖，其实弗洛伊德根本不需要其他人来证明他自己。
但从记录上看得出来：弗洛伊德的学术生涯显然是被刻意地拖延了。一般的医师大多会先被指定为“无薪酬大学讲师”，四或五年，甚至一年之后，就会晋升到特任教授职。著名的神经学家华格纳鸠睿格和弗洛伊德同样在1885年得到讲师职，但4年后就被指定为特任教授。弗洛伊德等了17年。除了一些未被认可，有资格可以升为教授的人之外，在这个世纪末的最后15年的100多人中，只有4个人比弗洛伊德更晚从讲师职向上升迁。埃克斯纳说的没错，在官方的学术圈里，有一股针对弗洛伊德的顽强偏见。
当然反犹太主义与此也无法脱离关系，虽然当时，有许多犹太人，甚至那些拒绝改宗洗礼的，仍能在奥地利的医学专业圈中获得高位，然而，整个具有影响力的官僚体系还是无法免除受到反犹太主义思潮的影响。1897年，当诺斯那格教授告诉弗洛伊德，他和克拉夫·艾宾教授将会推荐他为教授时，他提醒弗洛伊德不要抱太大的期望：“你知道未来会碰到的困难。”诺斯那格很坦白地提醒他注意，当时在维也纳市长雷捷时代，弥漫着对犹太人极不友善的气氛。如我们所见，19世纪90年代的反犹太主义，要比19世纪70年代的时候严重，且公开得多。那时弗洛伊德还在学生时代，就已经受到影响。1897年，雷捷为了自己的政治目的而煽动对犹太人的仇视。这样的风气在当时影响到犹太人的专业工作权，这是个公开的秘密。在他讨论世纪末许多事件的小说《到开放之路》当中，史尼茨勒展现了他的犹太性格。故事中一个医师的儿子正为当时社会风气的顽固表示抗议，他的父亲对他说：“人格和成就都会延续到最终，什么会伤害到你呢？你只是会比其他人晚一点得到你的教授职而已。”这说的正是弗洛伊德的处境。
但反犹太主义并不是弗洛伊德久久无法得到教授一职的唯一原因，他对神经官能症起源解释的理论，并未令他的升迁之路平顺一些，弗洛伊德活在一个对头衔的尊敬高于其他任何事物的文化氛围中。就在不久前，在1896年左右，弗洛伊德才在维也纳精神医学与神经医学学会的众人面前，发表他对于歇斯底里的性欲病源观点的演讲——一场被称为“科学童话”的演讲。当局容忍弗洛伊德且赞赏他的科学成果，对弗洛伊德来说是“多重因素重叠”的一个反应——复杂且难以明白。