第二次宦官时代，发生于公元9世纪的晚唐。宦官的权势大大超过东汉时期，他们依靠手中的军权，不但操纵了皇帝的废立，甚至皇帝的生死也都由他们来决定。
第三次宦官时代发生在明朝，始于公元15世纪30年代宦官王振当权，终于17世纪中叶明王朝覆亡。明代宦官之盛，历时最久，为害至巨，前后达二百多年，可说是空前绝后了。
清代入关之后，一切政制基本都因袭明朝，但惩于前朝的教训，对于宦官的管理，更加自觉，更为严厉了。当时，专门设立了内务府，确定太监归内务府管辖。这样，清代的太监就受到了一定的限制，虽然晚清期间也出了崔德贵、李莲英、小德张之流的弄权太监，但他们终竟没有刘瑾、魏忠贤那样的权势，和东汉、晚唐时期的宦官也有所不同。而内务府，由于它是流职，随时都在升迁流转，任职时间不长，所以它也不可能广树党羽，作恶多端。
历史上有一个规律性的现象，就是一些宫廷政变、皇室阴谋活动，往往都和宦官有关。这是衰微的社会和没落的统治集团的一大共同的弊害。由于封建帝制维护的是万世一系的“家天下”帝统，而不可能是天下为公，选贤任能，这就决定了皇室内部的血肉拼搏，刀光剑影，必然层出不穷。继统也好，夺嫡也好，立长也好，里面都直接关联着某一皇族、某些后妃、某些外戚，以至某些阁臣、某些阉宦的切身利益，直至荣枯兴废、生杀予夺的命运。发生于晚明时期的三大宫廷案件——“梃击案”、“红丸案”、“移宫案”都集中地体现了这一点。
阉宦政治是封建专制主义集权政治的必然产物，是封建统治黑暗、腐朽的集中展现。如果把它比作一个恶性膨胀的毒瘤，那么，封建专制制度就是一具生长着各种病毒与细菌的腐尸。封建帝王为了巩固自己的权力、地位，必然要找一些他认为较之文武百官更为可靠的忠实奴才，放在自己的周围，并委之以重任。阉宦之流当然是他的首选。
而封建皇帝的荒淫无度的多妻制，则是阉宦制度得以出现的直接原因。汉代有的皇帝姬妾多达四万余人，以平均一个宦者服侍十人来计算，宫廷中至少需要四千多名宦官。到了明代，更是急剧增长，内监总数达到一万人，另外还有九千名宫女。为了侍候一个皇帝，居然要投入如此巨大的人力。换句话说，一个男人当皇帝了，就要剥夺一万个男人做男人的资格，剥夺九千名青春女子个人的幸福。
所以，归根结底，这笔总账应该记在封建制度和封建帝王身上。不彻底铲除反动腐朽的封建制度，是不可能消除这种弊害的。
除了政治制度、社会环境的影响，宦官作恶，也同这个阶层的构成及其特定的人格、人性有着直接关系。
宦官长年封禁在深宫之中，生活孤寂单调，枯燥无味，过着穷极无聊的日子。《明史》中说他们“饱食逸居，无所事事，多寝寐不安。又三五成群，饮酒掷骰，看纸牌，耍骨牌，下棋，打双陆，至二三更始散，方睡得着也。又有独自吃酒肉不下者，亦如前约聚，轮流办东，帮凑饮啖，所谈笑者皆鄙俚不堪之事。
多有醉后纷争，小则骂僮仆以迁怒，大则变脸挥拳，将祖宗父母互相换骂”。
他们手中的资财来得容易，也用不着节省下来留给子孙后代，因而轻抛虚掷，挥霍成性。加之，身旁没有亲人、没有朋友、没有后嗣，眼前又看不到光明的前途，看不到生机与出路，自然就会形成性格的乖戾，心理的变态。
这种人群，形体和心灵饱遭摧残之后，心理产生扭曲，直接的表现是恨多爱少，许多人都心怀仇恨与报复心理，变得阴暗、忮刻、狠毒、残暴，以致完全丧失人性；经常干一些有悖常情常理的事情，比如，他们一般对父母都刻薄寡恩，有的根本不认，甚至鞭笞毒打。
他们从小就低三下四地伺候人，或者干一些丧失人格的低贱之事，养成了奴颜婢膝、寡廉鲜耻、没有节操的品行；又兼看惯了宫廷中的相互仇杀、残酷斗争，只能趋炎附势，在夹缝里生存，因而普遍形成一种奴性和畸形变态的人格。宦官没有什么文化，大都迷信固执，自卑多疑。有人就是因为无意中讲到“茶壶没把”、“秃驴没尾巴”、“猫狗尾巴短”等闲话，引起了阉宦的多心，而招致杀身之祸。
那些得势的阉宦，享尽了人间富贵，常把不能御女引为终身憾恨，于是，就渴望恢复性能力。魏忠贤就曾杀过多名囚犯，吃了他们的脑髓。宦官高策为了恢复性能力，竟听信了术士所谓“童男的脑髓有效”的妄说，杀害了无数小孩，并食其脑髓。综上所述，恶性劣行，不一而足。试想，由这样一个人群来当权执政，其后果如何还用问吗？
当然，这是就阉宦阶层的整体而言。在解剖阉宦政治这一毒瘤过程中，我们还须把少数当权的大太监和宫廷中广大的宦者加以区分。民间对于宦官，历来是没有好感的，说起他们来总是带有一种鄙视、轻蔑、憎恶的情绪。这主要来自于传统曲艺和现代影视作品，不能说没有根据。
但客观地说，像刘瑾、魏忠贤那样聚敛资财、作威作福、横行霸道、祸国殃民的大憝元凶，终究是少数人；而大多数的普通宦者，还是受骗或者被迫进入宫中的，他们既没有弄权、贾祸的条件和地位，更非个个都具有罪恶的本性。他们从小时候，形体上就遭受戕残，一辈子都过着非男非女、亦人亦鬼的凄苦日子，同样是充满兽性与罪恶的阉宦制度的受害者。
唐代诗人顾况有一首题为《囝》的四言古体诗，愤怒控诉对于年幼无知的儿童施行阉割手术的恶行：
囝生闽方，闽吏得之，乃绝其阳。
为臧为获，致金满屋；为髡为钳，如视草木。
天道无知，我罹其毒；神道无知，彼受其福。
郎罢别囝，吾悔生汝。
及汝既生，人劝不举；不从人言，果获是苦。
囝别郎罢，心摧血下。
隔地绝天，及至黄泉，不得在郎罢前。
福建一带，习惯呼子为“囝”，父为“郎罢”。据柏杨译成的白话，全诗的大意是：“孩子啊，你生在穷乡／官员捉住你，把你损伤／为了进贡给皇帝，为了获得满屋金银／下狠心，把孩子带上刑具，当作猪羊／上天啊，你慈悲何在，使孩子遭此毒手／神明啊，你公正何在，使官员享福受赏／爸爸送别孩子：‘儿啊，我后悔生下你/当你初生时／人们都劝我不要抚养／我不忍心／果然你遭此悲惨下场’／孩子告别爸爸，心已粉碎，流下血泪两行／‘爸爸啊，从此远隔天壤／直到死于黄泉／再见不到爹娘’！”
单从摧残人性这一点来说，阉宦政治这一毒瘤，也必须彻底地摘除。
名家回眸
明末清初史学家谈迁曾在史料中指出：用宦官以监边则敌寇入，以之监矿则矿盗起，以之监税则民变作，以之监场、监珠则国库空，以之监军则军力弱，以之监民则民怨腾，以之御清则通敌，以之典镇则降贼。总之，明朝的宦官是“无所不监，无所不乱”！
对于明朝宦官，柏杨先生说得最精彩：“宦官好像是明朝的灵魂，明王朝皇帝不能没有宦官，犹如一个人不能没有灵魂。”
明代政治生活中的一个显着特点是宦官专权与特务统治的紧密结合，厂卫的横行，造成了“士大夫不安其职，商贾不安于途，庶民不安于业”的人人自危的恐怖气氛，使社会风气和政治风气急转直下。
所谓“自厂卫司讥访而告奸之风炽，自诏狱及士绅而堂廉之等夷，自人人救过不给而欺罔之习转盛，自事事仰承独断而谄谀风长，自三尺法不伸于司寇而犯者日众”，正是对这种现象的形象描述。
残诛建文余党
建文帝在位时，方孝孺已经是名闻天下的第一大儒，学识品德为四海称颂。
他为文纵横豪放，能与东坡（苏轼）、龙川（陈亮）相比。据说每撰一文，海内争相传诵。
朱棣起兵时，他的谋士姚广孝曾对朱棣说：“臣有所托。”
朱棣问：“何为？”
姚广孝答道：“南有方孝孺者，素有学行，武成之日，必不降附，请勿杀之，杀之则天下读书种子绝矣。”
朱棣颔首答应。
朱棣占领南京后，方孝孺果然不肯归附。因姚广孝事先嘱托过，朱棣没有杀他，而是将他投入狱中。
对于方孝孺的文名，朱棣也很敬重。几天后，朱棣准备即位时，便想请方孝孺为他拟登基诏书，同时也希望利用方孝孺的名气为天下士人树立一个归顺的榜样，于是屡次派人到狱中向方孝孺招降。方孝孺坚决不从。朱棣又派方孝孺的学生廖镛、廖铭二人前去劝说，反遭到方孝孺的一顿痛斥。
无奈之下，朱棣只好派人强行押解方孝孺上殿，但是方孝孺穿着一身斩衰（古代丧服按生者和死者关系，分为五等，斩衰最重），一进来就大哭不已。朱棣即命锦衣卫强行撕去方孝孺的丧服，换上朝服。
朱棣强压怒火，亲自劝解方孝孺，破例为他设座，并起身劝慰道：“先生不要难过了！朕本来是要效法周公辅佐成王的。”
方孝孺立即反问道：“成王在哪里？”
朱棣说：“他自焚死了。”
方孝孺再问道：“为什么不立成王的儿子当皇帝？”
朱棣说：“国家要依赖年长的君主来治理。”
方孝孺进一步逼问道：“那为什么不立成王的弟弟？”
朱棣无法回答，只好搪塞道：“这是朕的家事，先生不必过多操劳。”遂暗示左右，强行将笔塞给方孝孺，命道：“诏天下草，非先生不可。”
方孝孺接过笔，奋笔疾书“燕贼篡位”四个字，投笔于地，放声大哭，且哭且说：“死即死，诏不可草。”
朱棣发怒道：“你难道不顾你的九族吗？”
方孝孺愤然回答道：“便十族奈何！”骂叱声越来越大。
朱棣大怒，命人将方孝孺的嘴割开，从嘴角一直割到耳朵。方孝孺满脸是血，仍然痛骂不绝。
朱棣厉声道：“岂能让你如此痛快地死，当灭你十族！”
于是，朱棣一面命人继续将方孝孺关押狱中，一面搜捕其亲戚家属等人，以及他的学生，算作十族，押解至京，当着方孝孺的面，一个一个杀戮。每杀一个追问一声，是否回心转意。方孝孺强忍悲痛，始终不屈服于朱棣的淫威。当弟弟方孝友被押到时，方孝孺看着因受自己牵累而行将就戮的弟弟，不觉泪如雨下。
方孝友从容吟诗一首，宽慰方孝孺：
阿兄何必泪潸潸，取义成仁在此间。
华表柱头千载后，旅魂依旧到家山。
方孝孺也作绝命词一首：
天降乱离兮孰知其由？奸臣得计兮谋国用猷。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求？呜呼哀哉兮庶不我尤！
方孝孺被押到南京城聚宝门外磔死，遇难时年仅四十六岁。明代历史地理学家王士性曾评价道：“自古节义之盛无过此一时者。”清代学者齐周华也认为：
“靖难受祸惨烈者，亦莫若孝孺。无论知与不知，无不义而悲之。”老南京相传明宫午朝门内丹墀上的血迹石，即为方孝孺颈血所溅而成，雨后看血迹石，血色鲜红欲滴，嗅之似犹有血腥味！
方孝孺的妻子和两个儿子上吊自杀，两个女儿年未及笄，一齐投秦淮河自尽，受他牵连被杀的有八百七十三人，入狱和充军流放者达数千，当时的恐怖气氛可见一斑。