很快保皇党复辟，流亡在外的查理二世被请回英国。查理二世在他30岁生日那天，在民众盛大的欢迎中进入伦敦，当上了国王。
查理二世跟克伦威尔可是仇大了。克伦威尔杀了查理二世的爸爸，夺了他们家的王位，还到处追杀查理二世。查理二世一度把手脸涂黑，伪装成贫民，在野地里露宿。最惊险的一次，他躲在一棵树上，克伦威尔的部队就在树下搜寻，却没有发现他。等查理二世好不容易流亡到欧洲大陆以后，也有一段时间过得和贫民一样，经常吃了上顿没下顿，吃最粗陋的食物，还经常赊账。
查理二世复辟之后，为了解恨，让人把克伦威尔的尸体挖出来，一番上绞刑架之类的折腾后，把克伦威尔的头颅挂在了威斯敏斯特大教堂尖顶上，一挂挂了好多年。在中国这就是所谓的开棺戮尸。
另外，克伦威尔的反叛还有一个后果，就是从查理二世以后，英国的陆军从来不叫“皇家陆军”。直到今天，英国有“皇家空军”“皇家海军”，只有陆军没有皇家的名号。就是因为英国皇室一直都不爽克伦威尔的叛乱，记仇。
总之，克伦威尔下台，新国王查理二世恨他入骨。这回霍布斯没了保护人，教会又准备对他下手了。
但我们之前说过，霍布斯当过家庭教师。他当初教的学生就是查理二世。教会当时就崩溃了。
查理二世登基后，有一天在街上遇到了霍布斯，认出这就是自己以前的老师。他把霍布斯接到宫中。从此不仅每年给霍布斯送钱，还在寝室里挂上了他的画像。在查理二世的保护下，霍布斯虽然也受到了冲击，但是很轻。他失去了出版自由，但还是可以偷偷到荷兰出书，他的理论早就名扬在外了。
虽然霍布斯没受什么攻击，但其实霍布斯也冤，因为机械论的正主儿牛顿让教会给放过去了。
在历史上，我以为有两个人对基督教权威的打击最大。一个是牛顿，一个是达尔文。
有意思的是，这个对教会打击最大的牛顿，却被教会赐予了巨大的荣耀。这一方面是因为英国教会比较开明，另一方面也是因为牛顿本人是个虔诚的教徒。
我们读过的课本里讲科学史的时候，常常把科学家和教会当成不共戴天的敌人一个无比光辉、一个反动透顶。实际上在那个年代，别说科学家了，连那些被烧死的异端算一块儿，几乎每个人都信基督教，而且不少人还无比虔诚。什么哥白尼、伽利略、牛顿，全是基督徒。拉美特里那样的才是真正的特例。
开普勒是日心说的大功臣，他有个开普勒三大定律，为牛顿研究万有引力铺平了道路。但开普勒研究天文可不是出于什么唯物主义精神，开普敦把太阳看作圣父，恒星看作圣子，宇宙中的以太看作圣灵。他研究天文学是为了印证他的神学观：世界是上帝根据完美的数的原则创造的。
牛顿也是个虔诚的教徒。他的名著《自然哲学的数学原理》中，第一句话就表达了自己对上帝的信仰。在他的力学中，像“第一推动力”等地方，都给上帝留下了位置。正因为他的成就和卖力的信仰，所以牛顿在生前就很受教会推崇，死后还被葬在了威斯敏斯特大教堂里。
但是，科学的探索精神注定是不安分的。就算牛顿是个虔诚的教徒，他也不会满足于常规的宗教生活。人们后来发现，牛顿一生中把很多精力花在了神学上，足足留下了150万字的手稿。他的研究很有趣，其中重要的一项工作是解读《圣经》密码。
所谓解读《圣经》密码，就是通过跳字、断句之类的方法，从《圣经》中找到隐藏的内容。在我们看来这种解读行为有些荒诞，但是牛顿虔诚地认为，他的物理学定律和圣经密码一样，都是上帝留给人类的神秘线索。研究圣经密码和研究物理学一样重要。
而且牛顿还通过复杂的公式计算出了世界末日的期限——2060年。
不过不用紧张，牛顿在作出预言后又补充说，我并不是想给出具体的时间，我这么做是为了让其他预言末日的人闭嘴。
牛顿这么说是有原因的。因为基督教预言人类将会经历最后的审判，以后世俗生活就结束了，进入新的时代。所以基督教一直对预测世界末日情有独钟。
前面说过，就因为这个信念，基督教才在公元64年的罗马大火中，被认为是纵火者。中世纪的时候，人们不是习惯把遗产捐赠给教会吗？那时大都要在遗嘱的开头写上：“因为这世界之末日将近。”意思是，反正也快到世界末日了，这钱留给后代不如捐给上帝。
不仅是牛顿的时代，在整个历史里，每过一段时间西方世界都会出现一些世界末日的预言者，预言末日在什么年代的都有。这是因为末世论具备了能引起恐慌又无法查证的特点——就像休谟说的，谁能证明明天太阳一定会升起，谁又能证明未来某天不是世界末日呢？所以末日论就跟楼下大妈串舌头说“水价要涨了”一样，一传就灵。
总之，教会放过了牛顿。虽然教会没有放过达尔文，但这无所谓了。我们都知道故事的结局，教会势力越来越弱，再也没有能力把人送上火刑架。到了后来，伏尔泰成天咒骂基督教，尼采大喊“上帝死了”，谁都不能把他们怎么样了。
其实，教会势衰的征兆在很多年前就出现了。
这是在笛卡尔出生半个世纪之前，那时候还没有马丁·路德，还没有新教，连赎罪券都还没有呢，就已经有人看罗马不爽了。
这个人是神圣罗马帝国的皇帝亨利四世。他觉得自己很牛，为啥我的国家非要每年给罗马教会捐那么多钱呢？
他就开始和罗马吵，吵到后来他竟然宣布罗马教皇是伪僧侣，要其下台。
教皇对付这种不服的主儿，只有一个办法：“绝罚”你。虽然教皇翻来覆去只有这么一招，但这招儿太灵了。
我们前面说过，欧洲国王管不住自己手下的领主，领主们又信奉教会。亨利四世被“绝罚”后，立刻叛乱四起。亨利实在扛不住了，无奈之下，不得不千里跋涉来到教皇的住所前求饶。贫民出身的教皇拒绝接见他，亨利就在大雪中站了三天三夜（一说还没穿鞋子），然后教皇才出来让他吻了自己的鞋，宽恕了他。
这个例子经常被提起，用来证明中世纪教皇的权威。但是有些文章忘了说故事的后半段：
亨利四世是个很厚黑的家伙。回去以后一看没什么事了，嘿嘿一笑从怀里掏出一个小本儿来：谁当初背叛过我，我都记着哪。没过多久，亨利四世把当初背叛他的人都给灭了。稳定了局势后，他立刻翻脸再次讨伐教皇。
教皇只有一招呀，“绝罚”呗。
连圣斗士都知道同样的招数不能用两遍，何况是对政治家。面对第二次“绝罚”，亨利四世啥事也没有，直接带兵杀到了罗马。教皇只能从罗马仓皇出逃，最后凄凄惨惨地客死异乡。
当然，这时候教会势力还很强盛，后来继任的教皇又把局势扳回去了。宗教改革的时候，新教还拿这件事出来说，用来激励日耳曼人的民族情绪，号召人们为亨利四世报仇。
虽然这件事比笛卡尔的时代要早半个世纪，但它已经揭示了教会必然衰落的原因：教权和王权之间有着尖锐的矛盾。在对抗中，教会唯一的武器是信仰，一旦这信仰被哲学、科学和民主思想慢慢消磨掉，教会的权力也就立刻萎缩，说话再也不好使了。
率先颁布《禁书目录》的教皇是保罗四世，他以严酷的统治闻名。此外，他还有一大“功绩”。
话说有一天，他来到西斯廷教堂，抬头一瞧，看到墙壁上米开朗基罗所作的绝世精品《最后的审判》里有好多裸体。教皇一看火就上来了：胡闹！这画上怎么有这么多不穿衣服的！太不像话了！他立刻叫人给画里的人物画上裤子和遮羞布，毁了这幅杰出的作品。
保罗四世是罗马教会严酷统治的高潮时期。但就在他死后，罗马连续四天发生暴乱。人们拆下保罗四世的雕像，把它拖到街上，又丢到河里。人们还烧掉了宗教裁判所，释放了犯人，毁掉了文件。
我们在讲哲学史的时候说，笛卡尔、斯宾诺莎的时代还在讲教会迫害，休谟的书也被教会禁了，但是等到说后面的康德、黑格尔等人的时候，教会顶多就是在《禁书目录》里添几个书名，已经不能把他们实际怎么样了。
1835年，除了罗马之外，欧洲各地的宗教裁判所都被取消，不久以后，罗马的裁判所也改换名字，很快就失去了逮捕审判的能力。宗教裁判所带来的黑暗时代就这样结束了。
当然，这世上永远不缺少为了取悦神灵而无所不为的人。他们相信神灵会赏赐给他们幸运、财富、长寿和天堂。他们乐于攻击一切和经文相悖的东西，认为只要把经文上说过的话重复上一万次，就可以得到赏赐了。
比如下面这位牧师的话：
“认为太阳的直径有几百万英里，与地球相去9100万英里，这是愚蠢的想法。太阳只有32英里宽，距离地球不过3000英里。情况一定如此，完全合情合理。上帝创造太阳，为的是照亮地球，他必然要把它安放在靠近服务对象的近旁。如果有人在齐翁镇盖所房子，却跑到威斯康星州的基诺沙去安装电灯为它照明，你会怎么想呢？”
这话不是说在天主教统治的中世纪，而是在20世纪30年代的美国，那时候爱因斯坦的相对论已经被科学界普遍接受，美国作为20世纪的科技大国，正在科学的天空中冉冉升起。
说这话的人曾经悬赏5000美元让人们向他证明地球是圆的。就像咱们今天那些动不动悬赏几十万元挑战科学院的民间科学家们一样，这些人自然不可能相信任何不同意他的言论，也就不可能把这悬赏给任何一个人。然后他就可以得意洋洋地宣布：谁也拿不走我的悬赏，瞧，科学家们都是一群懦夫加笨蛋。
顺便一说，这家伙为了宣传世界是扁平的观点，出了好几趟国——
他还来了一趟环球旅行。