虽然莫内战是莫桑比克人自相残杀的悲剧，但究其根源却来自于外部力量的较量或者说是冷战时代的衍生物。当时，前苏联成功地将马列主义思想根植于轰轰烈烈的非洲人独立运动之中，解阵即宣称自己是一个马列主义政党，坚持走社会主义道路。虽然欧美西方国家谴责并制裁南非的种族隔离政策和罗德西亚的独立倾向，但他们在意识形态上却保持高度一致，即均是马列思想和社会主义制度的极端仇视者，莫桑比克亲东方政权的建立无疑成为其日后攻击的对象。另外，莫桑比克站在国际社会反对南非种族隔离制度的最前线，全力以赴地支持邻国民族独立的正义斗争，势必引起对方白人政权的强烈不满和报复行为，抵运正是在这一国际环境背景下产生的畸形物。1980年，白人执掌的罗德西亚变成由黑人为参政主体的津巴布韦并获独立，抵运失去了靠山和经济来源，南非白人政府立即插手控制抵运，向其提供武器和后勤保障，继续从事反对莫桑比克新政府的破坏活动。抵运则利用这次结盟的机会，大肆扩充势力并宣称代表莫桑比克人民，为推翻马克思主义的解阵政府而进行的民主解放运动，企图从字面上愚弄百姓，为自己的反政府行为披上一层合法的外衣。
1984年3日，为缓和两国间的紧张局势。消除双方的敌对状态，莫桑比克总统马歇尔和南非领导人博塔（Botha）签订了<<恩科马蒂协议>>（Nkomati Accord），称：“双方互不侵犯对方领土；互不支持针对对方的反政府武装力量；实行睦邻友好政策等。”但是，两国并没有严格遵守协议规定，低运依旧发动了一系列的军事行动，莫桑比克政府接连不断地谴责南非当局仍在为反政府武装提供财政支持。
1986年10月19日，萨莫拉·马歇尔总统因飞机失事不幸遇难，他参加完在赞比亚召开的南部非洲前线国家领导人会议，座机返回途中据说是因导航受到干扰而误入南非境内并神秘坠毁。同年11月，若阿金阿尔贝托希萨诺（Joaquim Alberto Chissano）继任总统并出任解阵主席兼武装部队司令。与他的前任相比，希萨诺总统是一个更务实的领袖人物，他意识到欲结束目前国内旷日持久的内战，需要与包括反政府武装在内的各种力量进行谈判和对话，国家的经济发展也必须从一党专政的公有制经济转型为由市场为导向的自由经济。然而，战争毕竟是战争，战争的残酷已使这个国家变得千疮百孔、濒临崩溃的边缘。在随后的几年，抵运领导的反政府武装仍然活跃在政府防守空虚的地方，攻占村庄，焚烧庄稼，残害教师、诊所医生等工作人员，污染水源，割断电线，掠夺工厂设施，破坏社会基础建设，并在交通线上和广阔的乡间埋设地雷等，给无辜的人们带来无尽的灾难。
1990年，随着东欧剧变、苏联解体，取而代之的是欧美列强积极向非洲大陆推行资本主义模式的“民主政治”。在这一年党的第三次代表大会上，解阵党决定“跟随世界潮流”，放弃马克思─列宁主义和社会主义制度。随后，莫政府通过新宪法，改国名为莫桑比克共和国，实行多党制，总统和议会由选民直接选举产生，为和平解决内战冲突创造条件。对于执政当局的政治转变态度和国际社会的不断调停，促使抵运领导人开始考虑提前停火和进行谈判的可能性。1990年7月，莫桑比克政府和抵运的代表在罗马（Rome）开始了首轮会谈，积极寻求通过政治途径来和平解决国内战乱。经过两年多的艰难谈判，1992年10月4日，若阿金希萨诺总统与抵运领导人阿方索德拉卡马（Afonso Dhlakama）在罗马最终签署了<<和平总协议>>（The General Peace Agreement），抵运将由一个反政府的军事组织转变为合法政党并在莫现行国家制度内开展政治活动，从而结束了莫桑比克长达16年（1977—1992）之久的内战。
许多莫桑比克人坚信发生在执政党解阵与反对派抵运之间的内战是莫桑比克历史上最黑暗、最恶劣的战争，其破坏力甚至远超过殖民时代和独立战争。莫桑比克解放后，掌握着国家经济命脉、具有社会管理能力和熟练劳动工人的葡萄牙白人开始撤离，他们带走资金和技术，留下一个几近空壳的社会。虽然前苏联专家应邀来填充这个真空，但对于该国历史上第一个即无经验又无经历的非洲人政府而言谈何容易来进行现代社会的安邦治国，更何况殖民统治结束后遗留下95%的文盲，莫桑比克的经济发展和社会建设很快陷入困境。内战开始后，莫政府对抵运武装力量进行坚决打击，抵运则采取更疯狂的报复措施。于是，社会改革举措难以继续，国家基础建设遭受重创，致使经济发展雪上加霜、举步维艰，尤其是中部和北部省份，电力设施、公路和铁路干线被毁，学校、医院、工厂被弃，政府人员被杀，土地大片被荒芜，大部分地区已陷入瘫痪状态，暴力事件不断发生，盗匪滋生抢劫横行，特别是双方广泛地使用地雷，将乡间广阔的土地制造成大片的无人区。另外，反政府武装士兵为了在恶劣的野外环境中得以生存，便猎杀大量的野生动物作为充饥，象牙、犀牛角等贵重资源也被贩卖至境外来换取战争急需的枪支武器。这个国家的动物和人民一起，同样遭受了一场史无前例的浩劫。据联合国难民署估计，莫内战期间共死亡100多万人，另有150万难民流落邻国，大约500万人在国内逃离家园流离失所。另据世界银行（the World Bank）提供的数据资料显示：1980——1988年间，莫桑比克的GDP增长率平均每年跌落3.5%；商品出口减少72%的份额；1988─1990年以人均收入为准，被世行列为世界上最不发达的国家；1988─1992年间，成为全球最大的受捐赠国之一。
政治进程
<<和平总协议>>签署后，其中心任务之一是立即实现全面停火，双方军队开始集结在不同的指定地点，各出等量人数组建兵力为3万人的莫桑比克国民军（葡语：Foras Armadas de Defesa de Moambique，简写FADM），其余军人解甲复员。协议招致许多军人的误解和抵制，实施行动严重滞后。1993年初，一支由联合国监督人员、维和警察及7，500名士兵组成的维和部队到达莫桑比克，开始实行上一年联合国安理会通过的“联莫行动”（UN Operation in Mozambique，简写ONUMOZ）计划。
1994年8月，莫政府和抵运最终完成了双方军队的集结、复员、收缴武器等工作并组建了兵力仅为1.1万人的国民军队。协议的另一项中心任务是在联合国的监督下，尽快实现全国大选。1994年10月27日，莫桑比克结束了19年的一党专政，迎来自独立之后的首次多党议会和总统竞选。但在投票的当天，抵运以竞选条件不能保障有一个自由和公正的结果为由进行抵制并为选举活动另增要求。后在联合国的压力下，其领导人德拉卡马作出让步并于第二天加入，原定2天的选举时间滞后1天于29日结束。结果，解阵候选人希萨诺赢得53.3%的选票蝉联总统职位，抵运候选人德拉卡马在其他10位竞选者中获得33.7%的选票。在多党议会选举中，解阵赢得44.3%的选票并在250个议会议席中占到129席，保持了执政地位；抵运获得37.7%的选票占112席，成为议会第二大党；民主联盟（the Democratic Union）获取5.1%的选票占9席；其余政党没有获得足够的支持率未能在议会中占到席位。
1994年12月9日，希萨诺宣誓就职，成为莫桑比克执政的解阵党主席、共和国总统兼武装部队总司令并任命新政府，抵运等反动党未能入阁。一星期后，部长会议（Council of Ministers）成员组成并于12月23日宣誓运行。部长会议是国家最高权力的执行机关，总理受总统的委托召集和主持部长会议并向总统负责。新政府由19名部长、1名秘书长和1名总理组成。该届总理为帕斯科亚尔曼努埃尔莫昆比（Pascoal Manuel Mocumbi）。
1999年12月，莫桑比克举行第二次多党议会和总统选举，解阵以48.54%的选票赢得议会250个席位中的133席，继续保持执政地位；解阵侯选人希萨诺以52.29%的选票再度胜出，继任总统；抵运候选人德拉卡马获得47.71%的选票，以微弱劣势败北。2000年1月，希萨诺总统宣誓就职，由解阵党组成的新一届政府开始运作，总理仍为莫昆比，但最大的反动党抵运以解阵在大选中循私舞弊为由拒绝接受大选结果，并于11月组织反政府示威活动，造成流血事件。为消除双方的政治分歧，希萨诺总统同意与抵运领导人德尔卡马拉会晤，积极寻求和解对策，并妥善解决这一政治风波。
2004年12月1─2日，莫桑比克举行第三次多党议会和总统选举，计票工作原定于两个星期内完成，但至19日结果方才揭晓。执政党解阵候选人阿尔芒多格布扎（Armando Guebuza）以63.74%的选票赢得总统职位；抵运候选人德拉卡马获得31.74%的选票。在多党议会选举中，解阵赢得62.03%的选票并在议会250个议席中占到160席，继续保持执政地位；抵运获得29.73%的选票在议会中占90席；其余政党在议会中未占到席位。新总统就职典礼原定于2005年1月17日举行，因最大的反对党抵运以计票工作存在舞弊现象为由对竞选结果持有异议。其实，在莫桑比克已举行的3届总统和议会选举中，一直是执政党解阵和反对党抵运在反复较量，这对政党过去曾是战场上的生死冤家，而今仍然是莫政坛明争暗斗的主角。2005年2月3日，格布扎总统就职典礼延迟至英雄节这天举行，由他任命的部长会议成员也于当日宣誓运作。新政府由1名总理和22名部长（后增至25名）组成，总理为露易莎迪奥戈（Luisa Diogo女）。关于莫桑比克2004年大选更为详细的信息可以从下列表中查找。
2009年10月28日，莫桑比克举行了第四次总统大选，也是该国举行的首次总统、议会和省议会联合选举，19个政党获得竞选资格，来自3个主要政党的3名总统候选人将竞逐总统宝座。不过，了解莫桑比克政情的人几乎一致认为，本次选举悬念不大。欧盟派出了100名观察员到达各省监督。据选举委员会官员介绍，莫桑比克全国共有985万选民，他们将在全国1.2万多个投票站投票，投票于当地时间7时正式开始，至下午6时结束，结果有4406093人参加了选举活动，实际有效选票为3942178张。
2009年11月11日下午，莫桑比克全国选举委员会主席正式公布选举结果：现任总统格布扎以2974627票、占有效票数的75.46%赢得胜利，成功连任，任期为5年；主要反对党抵抗运动领导人德拉卡马获得650679票，占有效票数16.51%；第三名总统候选人、贝拉市市长希曼格获得340579票，占有效票数8.64%。
在议会选举中，执政党“解阵”获得2907335票，占有效票数75.06%，赢得250席位中的191席，继续保持着议会多数党地位；“抵运”获得688782票，占有效票数17.78%获51席，仍是第二大党；希曼格领导的莫桑比克民主运动党获得152836票，占有效票数3.95%获8席。
2010年1月14日，莫桑比克当选总统格布扎在首都马普托市独立广场宣誓就职。他呼吁民众团结奋斗、维护国家和平、巩固多党民主、促进社会进步、加快经济发展，并将继续加强同世界其他国家和国际组织的合作。
来自世界上数十个国家的国家元首、政府首脑以及一些国际组织等代表出席了就职仪式，中国政府特使、商务部长陈德铭和中国驻莫桑比克大使田广凤也应邀出席。
2010年1月下旬，莫桑比克政府公布了新一届部长会议成员，成员及通讯地址如下。
1，总理（Primeiro—Ministro）
艾雷斯·博尼法西奥·阿里（Aires Bonifacio Ali）
2，外交与合作部（Ministerio dos Negocios Estrangeiros e Cooperao）
部长（Ministro）：Oldemiro Baloi。
副部长（Vice—Ministro）：Henrique Banze。
副部长（Vice—Ministro）：Eduardo Koloma。
地址（Endereo）：Av.10 de Novembro ，640，Maputo。
电话（Telefone）：258—21—327000/5。
电传（Fax）：258—21—327020/1。
网址（URL）：www.minec.gov.mz。
3，国防部（Ministerio da Defesa Nacional）。
部长（Ministro）：Filipe Jacinto Nyusi。
副部长（Vice—Ministro）：Agostinho Mondlane。
地址（Endereo）：Av. Martires de Mueda 280 e 373，Maputo。
邮编（Caixa postal）：C.P.3216，Maputo。
电话（Telefone）：258—21—492081/4。
电传（Fax）：258—21—491619。
4，内政部（Ministerio do Interior）
部长（Ministro）：Jose Pacheco。
副部长（Vice—Ministro）：Jose Mandra。
地址（Endereo）：Av. Olof Palme 46/48，Maputo。
电话（Telefone）：258—21—303510，320131/2。
电传（Fax）：258—21—420084。
5，财政部（Ministerio das Finanas）
部长（Ministro）：Manuel Chang。
副部长（Vice—Ministro）：Pedro Conceio Couto。
地址（Endereo）：Praa da Marinha Popular，Maputo。
邮编（Caixa postal）：C.P.272，Mputo。
电话（Telefone）：258—21—315000/4。
电传（Fax）：258—21—306261，420137。