咸丰七年（1857年）五月，石达开带领部下离京出走，并在所经之地张贴告示，说明自己出走的原因并非是对天王不忠，而是天王对自己疑忌过重，他日难免被天王加害，既然天王怀疑自己的一片忠心，为求自保只得离京远征，但自己对上帝和天王的忠心是永远不变的。
石达开出走时，带走了太平军中的10多万精锐之师，天京仅剩下一些老弱残兵。太平军的领导集团分裂之后，天国的军政因一时无人主持而出现危局，天王洪秀全也差点成了孤家寡人。这种局面使洪秀全坐卧不安，头痛万分，于是下令让朝中百官想方设法将石达开迎接回来，但石达开宁死也不返回，而在安庆驻扎将近半年之久。如果他以安庆为中心，与天京互为犄角互相声援，对太平天国革命还是有利的，可惜他脱离天京后，下定决心率军远征，并打算攻下四川，自立一国，与太平天国分道扬镳。但石达开毕竟是孤军作战，没有建立根据地，粮食、武器等补给困难，军心逐渐涣散，分离、叛降的情况不断出现，从而削弱了实力。咸丰七年（1857年）八月，石达开自皖南入江西，后在浙、闽流动，多次被清军打败。咸丰八年（1858年）九月，再次经过江西进入湖南，第二年退回广西。此时石达开及其部下普遍产生悲观失望的情绪，部下纷纷脱离石达开投奔到江西李秀成领导的太平军中。同治二年（1863年）三月二十七日，石达开率领的三四万大军到达大渡河边的紫打地，准备渡河直取成都。但是夜间河水陡涨数丈，大军无法渡过。石达开打算等水势减去再行强渡，不料清军赶来，和当地土司的队伍相配合，石达开的军队被团团包围，形势极为不利：北面是大渡河，对岸有清军总兵唐友耕严密把守，西面松林河有土司王应元把守，东面马鞍山有土司承恩岭把守，南面山高路险被承恩岭砍倒千年古树堵塞，并有清军参将杨应刚把守。石达开陷入重围。四面八方都有敌军严密把守，他亲自指挥军队制造船只和小筏子，为抢渡大渡河做准备。但几次抢渡，均被清军打退。石达开屡战失利，伤亡惨重，已陷入绝境。而四月十七日的全军突围又以抢渡失败而告终。石部兵马死伤大半，且又弹尽粮绝，将士将战马杀掉来吃，战马被杀光之后，又吃桑叶来充饥，甚至还有将人杀死而吃人肉的。四月二十三日，清军攻陷紫打地石部大本营。石达开率余部七八千人奔到老鸦漩，再次被清军挡住去路，武器等物资全已失掉，走投无路。石达开自知没有生路，其妻妾五人，抱持幼子二人，携手投河，石达开正想投河时，突然想到如果真心向清军投诚，也许侥幸会得到一条生路。此时，清军高悬“投诚免死”的大字标幅，设计诱降石达开，动摇石部军心。于是石达开在敌人的诱惑下，给四川总督骆秉章写了一封求降信，用箭射入清营。信中表示：怕死求荣，身事两个君主，这是忠臣不会做的事；然而如果能舍掉一个人的性命来保全三军，正义之人必定会挺身而出。他在信中提出了投降条件：如果骆秉章能够答应他的条件，不计前嫌，宽容为怀，赦免他的部下，也不要欺辱他的部下，而且能对其部下按官授职，量才擢用，或者遵从他们的意愿让他们愿意当兵的继续当兵，愿意当平民百姓的就当平民百姓，并对他们恩德并施的话，那么他宁愿自己一人自刎或被杀来保全自己的部下，这显然是不切实际的幻想。清军乘势施展阴谋诡计，派杨应刚等亲赴石营劝降。杨应刚等先送信给石达开，在信中发誓要放石达开军队一条生路。见面后又指着青天白日发誓，表示会说到做到。石达开信以为真，便与之订盟。第二天，石达开带5岁的儿子石定忠、宰辅曾仕和等至清营谈判投降条件，希望以停止最后的抵抗来换取保全残部，结果受骗被俘，押至成都。石达开被俘后，不亢不卑，不出摇尾乞怜之语，连敌人也承认他是被迫投诚，并非真心归顺。五月初十，石达开在成都被凌迟处死，时年仅33岁。他的部下数千人被清军于一夜之间屠杀殆尽，5岁的爱子也被处死了。
天京事变，是太平天国由盛到衰的重大转折点，带来了极其严重的后果。它大大削弱了太平天国的力量，造成朝中无将、国中无人和天京空虚的严重局面，给清军纠集一切力量进行反扑创造了有利时机。清军从上游重整旗鼓，顺长江东下，全力反攻太平军。咸丰六年（1856年）清军攻陷武汉，围九江。江北大营和江南大营也趁机得以重建，天京再度被包围。太平天国形势急转直下。咸丰七年（1857年）十月，清军攻陷镇江。咸丰八年（1858年）四月陷九江。太平军在江西的大部分地盘重陷敌手。
第二次鸦片战争
亚罗战争
咸丰六年（1856年）九月初十，清广东水师在广州江面上检查了一艘名为“亚罗号”
的船，逮捕了船上12名涉嫌水手。这纯系中国内政，与英国毫不相干，但英驻广州领事巴夏礼闻讯后，遵照英国政府的指示，以“亚罗号”曾在香港登记，属英国船为由，要求释放全部被捕水手，被水师官员拒绝。于是，巴夏礼一面向公使包令报告，捏造水师官兵在逮捕水手时扯下了船上的英国国旗，污辱了英国的尊严；一面致函两广总督叶名琛，要求赔礼道歉，释放被捕人员，并保证今后不发生此类事件。这就是“亚罗号”事件的大致内容。
“亚罗号”是一艘划艇，咸丰四年（1854年）在内地造成。它的设计者是中国人苏亚成，该划艇综合了中西合璧的样式。后卖给居住在香港的中国人方亚明。咸丰五年（1855年）八月十七日，该船在香港殖民政府注册，取得了为期一年的执照，并雇佣一名爱尔兰人为船长，但水手全都是中国人。到“亚罗号”事件发生时，其执照已过期12天，按法理，已不再受香港政府保护，但英国官员却对清政府隐瞒了实情。更为重要的是，“亚罗号”是一条海盗船，也是一条走私船。多次在海上进行抢劫、走私活动。澳门政府曾经发现这条船的海盗活动，并想把它扣留下来，但它却侥幸逃脱了。清水师官兵正是得到了几天前在海上被劫商人的举报，才检查并扣押这条船的。被捕的12人中，有两名是臭名昭着的海匪。
按照英国的航海惯例，船舶进港停靠后，须降下国旗，等到离港时再升起。当清朝水师官兵上船搜查时，该船的船长正在另一条船上用早餐，该船也未做任何开航前的准备。
也就是说，此时船上若升起国旗，那只能是意味着水手们反叛船长，准备潜逃了。清水师官兵说搜查这条船时并没有见到船上升有国旗，但该船船长一口咬定他在远处看见了扯下国旗的全过程。作为海盗船的船长，他的证词又疑问丛生，破绽百出。
退一步来讲，即使“亚罗号”的执照尚未过期，即使“亚罗号”从事的不是走私和海盗活动，即使清水师官员扯下了英国国旗，中英之间的如此微小的纠纷，通过协商也是很容易解决的。但巴夏礼、包令却一味扩大事态，乘机讹诈，用包令自己的话来说，就是“希望能在混水中摸一些鱼”。九月十二日，即事件发生的两天之后，叶名琛答应释放水手九人，并将获犯送到英领事馆，但巴夏礼百般挑剔，拒不接受。十四日，巴夏礼根据包令的训令，提出两天内释放人犯、赔礼道歉的无理要求。叶名琛拒绝。十八日，包令照会叶名琛：如果你们不尽快答应我们的条件，弥补你们的错误，那么休怪我们命令我国水师攻城，将和约中没有答应的入城、租地等事项变成事实。此处所谓“和约缺陷”，就是中英长期交涉的入城、租地等事项。二十三日，巴夏礼限叶名琛24小时内承认其条件，否则攻城。叶名琛答应释放水手10人。次日，叶名琛答应释放全部水手，但因本国水师并未将船上的英国国旗扯下，所以不答应赔礼道歉一项。于是，包令即将事务移交英驻东印度及中国区舰队司令西马縻各厘手中，令其进攻广州。亚罗战争，即第二次鸦片战争开始了。
九月二十五日，西马縻各厘率英舰三艘，突然闯入珠江，越过虎门，攻占广州东郊的猎德等炮台。叶名琛此时正在阅看武乡试，闻讯后说：“肯定不会有事的，傍晚时他们自会离开。”下令水师战船后撤，并不准放炮还击入侵的英国军舰，言毕继续阅看骑马射箭。
二十六日，英军攻占南郊凤凰冈等处炮台，叶名琛仍不动声色，继续阅看武乡试。二十七日，英军占领海珠炮台、商馆等处，兵临广州城下，叶名琛这才下令中断中外贸易，企图以此制裁英国。二十九日，西马縻各厘照会叶名琛，提出入城要求，叶名琛没有给他答复。
恼羞成怒的西马縻各厘下令于当日下午炮轰两广总督衙署。署内兵役逃匿一空，而叶名琛端坐二堂，毫无惧色，发布告示：要求广州军民齐心协力、痛加剿捕，不论是谁，杀死一名英军可以得到30元赏银。三十日，英军炮轰新城城墙，到傍晚的时候，城墙就轰塌一缺口，叶名琛仍不为所动。十月初一下午，100多名英军攻入新城。叶名琛于当日上午因去文庙烧香，听到新城被英军攻入的消息后，暂时躲避在新城的巡抚衙署。当日晚，西马縻各厘因兵力不足，无法占据广州，不得不从城内撤兵。此后，英军连续炮击广州，并三次照会叶名琛，仍旧提出道歉、入城等无理要求，叶名琛在三次回复中照样加以拒绝。初九，西马縻各厘照会叶名琛，表示断绝两国友好关系，并于十三日攻毁猎德炮台，十五、十六日攻占虎门各炮台。二十日，英国公使包令前往广州，要求进城与叶名琛会见，被叶名琛一口拒绝。
与前一次战争相比，叶名琛这次的举动可以说是擅权自专。其中最重要、最突出的表现是，他不但很少向咸丰帝请示，甚至不及时报告广州所发生的重大情况。远在京城的咸丰帝，当时并不知道广州发生了什么事情，仍把注重力集中在到上海谈判修约的美国公使身上。迟至十一月十七日，也就是“亚罗号”事件发生两个多月后，咸丰帝才收到叶名琛关于“亚罗号”事件的奏折。叶名琛和当年鸦片战争时的杨芳、奕山一样，在奏折中隐瞒吃了败仗，只说是自己这一方打胜了。他谎称击退英军进攻，毙伤英军400余名，并称：
调集两万多名水陆兵勇就足够堵截剿灭英军了。在此错误情报的影响下，咸丰帝自然无法作出正确的决策，他命令叶名琛：如果英国连吃败仗之后，自己知道不该惹祸而前来要求停止战事的话，你只要想方设法控制他们的行动，消除争端就行了。如果他们仍然任意胡作非为，你万万不可迁就他们，和他们议和，不要像耆英等人那样做出迁就议和的误国的下策，以致开启他们向朝廷要求权利的祸端。咸丰帝认为叶名琛熟悉英国的情况，一定有驾驭他们的办法，下令让他相机行事。当年在鸦片战争中因弹劾琦善私许香港而名噪一时的怡良，此时任两江总督，他通过上海这一窗口了解了广东战争，但困叶名琛为咸丰帝宠臣，不敢说明实际情况，只是将广东战况委婉地在奏折中说明。咸丰帝全然不信，让怡良不要被眼前情况所迷惑。
叶名琛如此办理，一方面是因为遍及半个中国的太平天国运动浪潮，使朝廷忙得没有喘息之机，无兵无饷又无主见，地方官上奏往往不能奏效，反会获罪，隐藏实情不报或谎报军情已成为地方官的常情；另一方面是因为叶名琛自以为抓住了英军的老底，只不过是借“亚罗号”事件来进入广州城，英军的进攻只不过是道光二十七年（1847年）英军行动的重演。反对入城是叶名琛起家的根本，他绝不可能轻易让英军进入广州城。于是，他采用道光二十九年（1849年）的老方法，以断绝通商、兴办团练来对付英国，使自己不致重蹈二十七年耆英在英国兵威下屈服的覆辙。他认为，包令、巴夏礼不过是虚张声势，恫吓一下而已。西马縻各厘的几艘军舰能量有限，只要清军能够坚持到底，英方必无计可施，自然会撤退。因此，尽管英方的炮弹和照会纷纷交过来，叶名琛仍不为所动。“镇静”成为他对时局的态度和对策了。
广州附近的水陆战事，虽是英军常占上风，然而英国由于兵力不足，无法长期作战，所以常处在打打停停的状态。西马縻各厘于十二月先从商馆把军队撤到南郊凤凰冈，又从凤凰冈再退出珠江。叶名琛以为其“镇静”的计策产生了作用，得意洋洋，于七年（1857年）正月上奏，说在水陆战中都打了胜仗，现在英军的情况处于不利地位。咸丰帝对此深信不疑，谕令叶名琛：如果英军首领自知理亏，对所犯的罪行表示悔恨，要求议和并不再提起进城的事的话，你只可答应他们的请求，消除兵端，但不可迁就他们，以免他们故态复萌，肆意要挟我大清国答应他们的过分要求。战场上受挫的清王朝，此时竟幻想并等待着英国的求和!朝廷的决策与广东的实际，完全南辕北辙。而咸丰帝不准“迁就”的谕旨，也使叶名琛只能硬着头皮撑到底。三月，叶名琛第三次向咸丰帝谎报胜利。此后，他干脆连报都不报了。咸丰帝在北京等得心焦，于五月下旨，令叶名琛将近况详细并全部奏报上来，以便令他放心。而在此时，一百艘广东水师船和雇来的红单船在珠江上被17艘英舰打得大败，广州外围炮台纷纷被英军占领，广州城实际上已经处于内江无战船、外围无炮台、孤城困守的局面，而叶名琛的第四次奏折，仍然不据实报告。主管对外事务的钦差大臣叶名琛，正是用欺瞒蒙蔽咸丰帝的办法，成为清政府对外政策的决策人，使清王朝在完全不知情之中，再次卷入于大规模的战争。
亚罗战争，是第二次鸦片战争的开始。严格来说，它还不是中英两国之间的全面战争，而只是广东清军与香港英军的较大规模的军事冲突。但是随着冲突的升级，全面战争也随之爆发了。
英法联军攻陷广州
“亚罗号”事件的消息传到伦敦之后，英国政府全力支持包令、巴夏礼的战争行动，并准备调遣军队，扩大战争。此时的英国首相，正是鸦片战争时期任外相的巴麦尊。他一直主张武装侵略中国，扩大英国在华利益。但是英国议会中许多人有不同的意见。咸丰七年（1857年）二月，上院一议员提出一项议案，谴责英国在华官员擅用武力，经过辩论，这项议案以110票比146票被上院否决。巴麦尊政府以36票的优势获胜。此时，下院一议员也提出了类似的议案，表决时以263票比247票得以通过。根据英国的政治制度，政府的重大决策被下院否决后，或者是政府总理辞职另组政府，或者是解散下院重新大选。巴麦尊在下院议案通过后的第二天，宣布解散下院。结果，巴麦尊一派在重新选举中获得大胜。
二月底，英国政府派额尔金伯爵为办理对华交涉的高级专使，准备对华正式用兵，并与法国、美国频频联络，准备联合行动。