一般情况下，新皇帝对上一代倚任的大臣，特别是军机大臣，都要按自己的标准，有所变动，如果上一代有重大的、又引起社会广泛不满的错误，这种变动就更大，甚至采取激烈手段，如嘉庆帝处死和珅。这既可以开脱上一代皇帝的责任，又起到除旧布新、树立新帝励精图治形象的作用。长达30年的道光朝，虽然有许多值得肯定的地方，但军、财、吏诸政的积弊却愈来愈严重，鸦片战争的丧权辱国更是空前的奇耻大辱。社会舆论的谴责也多集中在这两个方面，特别是后者，林则徐、穆彰阿更成了人们议论中正反两面的代表人物。穆彰阿道光七年（1827年）就进入军机处，从道光十七年（1837年）开始又一直为领班军机大臣，为人虽不大贪污，也喜欢提拔依附他的年轻人，但因循守旧，希望得到皇上宠幸，故迎合奉承道光帝晚年不愿奋发图强、只图安静的老年人心态，因而他对鸦片战争中的屈膝求和，乃至对林则徐等人的迫害，都起到了推波助澜的作用。对此早已耳闻熟知的咸丰帝，自然要拿他作为替罪羊；那些善于观察风向的老官僚潘世恩等人，也纷纷上奏要求起用林则徐，这实际上也是把矛头指向穆彰阿。道光三十年（1850年）九、十月间，咸丰帝不仅起用林为督办广西军务的钦差大臣，将穆革职永不叙用，将耆英（文渊阁大学士）降为五品顶带，以员外郎候补，而且，还在长达八百余言的珅谕中，斥责穆“保位贪荣，妨贤病国……揣摩以迎逢主意，从前夷务之兴，穆彰阿倾排异己……耆英之无耻丧良，同恶相济……潘世恩等保林则徐，则伊屡言林则徐柔弱病躯，不堪录用；及朕派林则徐驻往粤西……又屡言林则徐未知能去否”。咸丰帝这样披露穆倾排异己，以及自己不顾穆的一再拦阻，毅然起用林的过程，不仅是为了证实社会上广为流传的有关议论，使人们深信穆对鸦片战争的失败、对林则徐等人的受迫害，乃至腐败风气的日益严重负有责任，从而对他父亲的责任多少进行了开脱，更为主要的是，这样，再加上林死后，咸丰皇帝又任命李星沅继任，就显示了他重视汉族官僚、不偏袒旗员、满汉一体的新姿态。
穆彰阿的被革职，以及在这之前不久，陈孚恩的自行请退回籍，揭开了军机处改组的序幕。穆被革职的当天，咸丰帝命军机大臣、蒙古八旗贵族赛尚阿为协办大学士，领班军机大臣。咸丰元年（1851年）正月，又把他升为殿阁最高的文华殿大学士。但由于赛不久就被任命为钦差大臣离开北京，体仁阁大学士、汉族官僚祁隽藻就成了军机处官位最高资历最深的人，自然就继赛之后成为领班军机大臣。自从设立军机处以来，汉族人担任这一职位的加上祁也才只有三个人。同时，又先后任命徐广缙、陆建瀛、向荣等人为督办军务的钦差大臣，再加上林、李两人，咸丰帝即位的前四年中共有五个汉族官僚享此殊荣，与同时期的旗员钦差大臣人数恰好相同。这自然更是清代空前未有的事。这一切都证明，在嘉庆，特别道光时，在满族贵族的民族成见有所减弱的基础上，咸丰帝在生死存亡之际，又对汉族地主做了较多的权力开放，以便发挥他们的才能，使满汉统治者风雨同舟，共同对抗革命高潮的惊涛骇浪。
祁隽藻虽然多次担任学政、主考官，“提倡朴学，延纳寒素，士林归之”，被誉为“儒宗”，在士大夫中享有很高的声望，但他长期沉溺于传统儒学，又饱受曹振镛、穆彰阿等人因循习气的熏陶，遇事力求平稳，不知“其远者大者”。这样的人，在平时应付日常政事还勉强可以，非常时期就会因为没有胆识，而不能圆满解决问题。在咸丰三年（1853年）九月太平天国北伐军占静海、京津危急时，这一点就显得更加突出，也使咸丰帝认识到不改组不行。十月，咸丰帝命奕进入军机处。四年（1854年），又命奕为领班军机大臣。在这种情况下，祁隽藻只好称病引退。在此之前，道光时连任下来的陈孚恩、赛尚阿、季芝昌、何汝霖四人，已先后请退。与此同时，各部中道光时任命的满汉尚书，也更多进行了更换，到这一年，吏、兵、户三部汉尚书，又分别由翁心存、朱凤标和周祖培接任。这时候，军机处和各部尚书中，道光时连任下来的人已完全没有了。
从道光三十年（1850年），到咸丰四年（1854年），经过长达5年的时间，人事上的新旧交接虽然完成了，但并不稳定，军机处尤为突出。奕更首当其冲。为防止宗室近支亲贵擅权生事，自从设立了军机处，就只有个别亲贵进入任职，而且严禁各个亲王同大臣们私下交往，咸丰元年（1851年）又重申这个禁令。奕同咸丰皇帝都受到道光皇帝的钟爱，又都是皇位继承的竞争者，互相心存芥蒂，根本没有进入军机处的希望。但咸丰执政3年来的险恶形势，却迫使咸丰帝打破常规，先是任命他的叔叔惠亲王绵愉为奉命大将军，表兄弟科尔沁郡王僧格林沁为参赞大臣，主持京畿防卫战，很快又下令奕进入军机处。僧是科尔沁旗人，在关外蒙古贵族中有很高的号召力。选择这样的人为参赞大臣，实际上就是吸引关外蒙古贵族来共同镇压革命。经过一年多战斗，太平天国北伐军最终在咸丰五年（1855年）四月全军覆灭。这样，亲贵统军秉政的外部条件已不复存在，而雍正帝兄弟争权的血腥斗争又再次出现于咸丰帝的心中。在绵愉缴还大将任命后，七月，咸丰帝突然以奕在康慈太后丧事中“礼仪疏略”的罪名，把他赶出军机处，惩罚他仍回上书房读书。这是莫须有的，康慈太后为奕生母，哪里会有什么“礼仪疏略”之事!
在奕被赶出军机处的当天，咸丰帝即命文庆入值，接替其位。文庆，满洲镶红旗人，姓费莫，是“满洲八大姓”之一，他的族人中“代有传人，四世凡有大学士数人”。早在道光时文庆就多次担任各部侍郎、尚书、内务府大臣，并两度为军机大臣。除了家世显赫、资历深、经验丰富外，尤为可贵的是文庆有才干、有见识，能破除种族成见，力主重用湘军集团。咸丰四年（1854年）湘军一举攻下武昌，大喜过望的咸丰帝，立即任命曾国藩为湖北巡抚，让他兼握军机大权。但有个军机大臣却说曾“以侍郎在籍，犹匹夫耳”，竟然迅速组建湘军，这“恐非国家之福”。即位以来，咸丰帝对汉族地主阶级虽作出不少新姿态，但成见却远远没有消除，就在咸丰四年（1854年），还有人上奏要求“一满汉以示大公”。曾不仅是汉族人，而且还牢牢地掌握着湘军，这不能不使咸丰帝联想历代以军队起家、割据一方、进而问鼎的许多事例，于是就断然收回命令曾署鄂抚的成命，让他仍然以侍郎的衔位，率军进行东征。这样，曾就不能利用他掌握着一省的政权，搜括军饷物资，扩充湘军；为了维持现有部队，反而要仰仗清廷，甚至于地方大吏的支持，达到咸丰帝既使用又限制的双重目的。
同这些观点不同的是，文庆认为，“欲办天下大事，当重用汉族人，彼皆从田间来，知民疾苦，熟谙情伪，岂若吾辈未出国门一步，懵然于大计者乎”。出身满洲世家名门的大官僚，能如此剖析旗籍贵族和汉族官僚，其“深识伟量”和勇气，在当时旗人中，的确是出类拔萃。根据这一认识，文庆“密请”咸丰帝，“破除满汉藩篱，不拘资格以用人”，要求重用湘军首领曾国藩、胡林翼。咸丰五年，西战区湘军和湖广总督统带的绿营屡次大败，武昌第三次失守。文庆趁机力言，咸丰帝也迫于形势，不得不对既使用又限制的方针有所松动，破格提拔胡林翼，二月将他由湖北按察使升为布政使，三月，又任命他为湖北巡抚。有了这块地盘，再加上湖南，就为湘军集团经营两湖后方基地，并使它初步发展壮大创造了条件。
文庆这样有门第、有资历、有见识、有才干，且自然也就有威望的老政治家出任领班军机大臣，不仅为“八旗王公所敬信”，而且深为咸丰帝所信任，一年多时间，先后升为协办大学士、文渊阁和武英殿大学士。但这样理想的人选，却在职只有一年多，就由于年老多病于咸丰六年（1856年）死去。咸丰朝前半期的七年（从道光三十年算起）中，军机大臣除赛尚阿、祁隽藻等五个道光时连任下来的，在前五年相继请退外，咸丰帝自己选任的彭蕴章、穆荫、杜翰、舒兴阿、邵灿、麟魁、瑞麟、奕、文庆共9人，除前3人一直留任外，其他6人，短的只有几个月，长的也不到两年。领班军机大臣赛、祁、奕、文先后4人，平均在任也不到二年。这就是说，咸丰帝在前7年没能建立起稳定的、称职的辅佐班子。
文庆死后，咸丰帝命彭蕴章继任领班军机大臣，又命蒙古八旗官僚户部尚书柏葰进入军机处。彭居官治学，平庸无能，甚至于对湘军集团的态度，都与祁隽藻相似，谨言慎行上更是有过之而无不及。柏则较有风骨，即所谓“素持正”，进入军机处后很快就升为协办大学士，后又升为文渊阁大学士，再加上柏又为旗员，就使柏成为军机处中权位几与彭（武英殿大学士）相等之人。这样安排，不仅可以通过两人，进一步团结汉蒙统治者，而且能以柏补充彭的不足。但柏因咸丰八年的科场案被处死后，军机处在彭的平庸领导下，就更加无所作为，并带来严重后果。咸丰帝辅佐班子，由军机处向以怡亲王载垣、郑亲王端华及其异母弟肃顺三人为核心的亲贵集团转移。同时，载垣为咸丰帝子侄辈，虽为近支宗室，但已出五服，端华更是远支宗室。他们在一般情况下，都没有篡位的资格，远不如奕那样具有潜在威胁，因而容易取得咸丰帝的信任。二人虽然在道光时就承袭爵位，又同被道光任为顾命大臣，在亲贵中有较高的声望，但既无才干，更无胆识，不得不借助肃顺的力量，并一再力保之。
肃顺长期作为闲散宗室，终日无所事事，在外游逛，这些虽然不利于他学习书本知识，但却有利于接触各类人和事，再加上为人聪明、善于记忆，“接人一面，终身能道其形貌；治一案牍，经年能举其词”，使他对社会有较多了解。当他被推荐去管理司法时，凭借他的“治狱频破奸”，因而引人注目，接连几次被提拔。咸丰帝召见时，他又及时进言：“请严禁令，重法纪，锄奸宄。”这自然得到了正为官僚因循守旧、敷衍了事烦恼的咸丰帝的赏识。
到咸丰四年（1854年）三月，他由乾清门侍卫升为御前侍卫，四月，又升工部侍郎。咸丰五年、六年（1855年、1856年）又担任礼、户部侍郎，咸丰七年、八年（1857年、1858年），先升为左都御史，再升为理藩院、礼部、户部尚书，咸丰十年（1860年）升到协办大学士，终于形成“独被信任”，怡、郑二王反而“听命而已”的特殊地位。如此迅速飞黄腾达，一向未受道光官场习气熏陶的肃顺，不仅遇事率性而为，张扬骄恣，甚至对彭蕴章等所拟诏旨任意删改。肃顺被宠信，再加上对十年江南大营覆灭所造成的危局没有提出对策，所保之两江总督何桂清又严重丧师失地，彭蕴章自然不安于位，而不得不告病请退。他所担任的领班军机大臣之位，就由资历官位仅次于彭的穆荫继任。而穆及杜翰、匡源早已依附于肃顺，焦佑瀛更是他的亲信，文祥虽不大依附，但资历低，只能唯唯诺诺。这就是说，肃顺等三人亲贵集团，终于完全把持了军机处。
挽救军事危机
在嘉庆时期与白莲教的战役中，清军的腐败已有十分明显的暴露。此后，许多清兵又开始吸食鸦片，腐败变本加厉，以致在对抗太平军的战争中，竟然几乎不堪一击，连吃败仗。针对暴露出来的问题，清廷不断采取措施，力图加以补救；一些士大夫也在不断地思考对策，并付诸于行动。这就使军事方面的危机与反危机，呈现极为复杂的局面。
首先，更换将帅，加强军纪。继林则徐为钦差大臣的李星沅，于道光三十年（1850年）十二月赶到广西，但眼前的情况却让这位钦差大臣头疼不已。一是兵力只有八千人，且战斗力差。二是与巡抚周天爵因产生意见分歧而大闹矛盾，又由于他妄自尊大，对仪节要求非常严苛，一般将士也对他产生了离心倾向，不服从调遣。三是他与一般科甲出身的大官僚一样，没有学习过军事，也没有领兵打仗的经验，几个月实战，李星沅就忧心忡忡，丧失信心。正如其幕僚所记：钦差大人被太平军闹得忧虑不堪，不能好好地睡觉吃饭，常说：
“这不是我眼前这些人所能镇服的。”不久病死军中。接任的赛尚阿除官职比较高外，一无所长，甚至比前任更无能。在宣布任命后月余，就有人把二人相提并论，“今赛尚阿、李星沅一日不撤，则军心一日不定，迁延愈久，败坏愈甚”。事实上，赛尚阿不仅不懂军事谋略，领兵打仗更不是专长，且偏信以“狡诈贪鄙”着称的士魁等所带随员，使他们得以“传说播弄”,“高下其手”，克扣军饷，大肆贪污，仅一年多，就广置房屋，大造花园，最终落个兵败名裂的下场。
以后随着战争向长江中下游及黄河以北蔓延，清廷又相继任命徐广缙、陆建瀛、纳尔经额、琦善、向荣、胜保、托明阿、和春、官文等人为钦差大臣。其中除官文情况特殊外，其他诸人，徐广缙、陆建瀛、纳尔经额分别为现任两广、两江、直隶总督，琦善在道、咸年间也屡任总督，都有能臣的名声。但除琦善曾与战争有所接触外，其他的人都与李星沅、赛尚阿一样，对军事，特别是指挥作战是外行。陆建瀛初时虽主动请缨，意气风发，每次对属下谈起来都慷慨激昂，以为很快就可以制服太平军。但当他从江宁率军队沿长江向西堵截时，一见太平军船队黑压压地占有数十里的江面，当即惶惑不安，不知如何是好，匆匆忙忙登上一条小船，逃回到江宁。徐广缙和陆建瀛一样昏庸无能，软弱胆小，太平军围长沙，他安居湘潭；太平军围武汉，他远在湖南，并说武昌之围可解，但数天之后，武昌即告失守。咸丰帝说他：“这样预料贼情，实在可叹。”纳尔经额的昏庸更有过之而无不及，他要山西兵由平定州入援，竟按照平时的老规矩，上奏请求，连咸丰帝都责问他何不直接发公文给山西。最为荒唐的是，直隶筹防近3个月，当太平军由山西突入时，部分清军竟无武器，以致赤手空拳和太平军打了起来。琦善好像比这三个人略知节制军队，但畏敌怯战则相同。太平军由武昌东下，琦善奉命由河南东援，他却借口招募人来扛运军用物资只怕人多嘴杂，泄漏了军情，而骡马又不易征集，遂节节逗留。这是明显的托词，咸丰帝责问：“招募来的人不可靠，必须用骡子来驮运，那么赶骡子的人都可靠吗？”其余四人，胜保出任钦差大臣不久，就有人专折奏参，后来更成为臭名昭着胡作妄为的大帅。向荣、和春、托明阿是道光朝出身行伍或旗籍的将领，虽有战斗经验，人也勇敢，但对军事学问却知之不深。战役指挥尚可勉力以赴，但就大帅必备之才来说，就难以胜任。向荣又年老体弱，行动不便，应付紧张激烈多变的战局，更是力不从心。