当时，还是贵人的叶赫那拉氏对她是又敬又怕。按照清朝宫中的规矩，妃嫔以下所有女子穿的服装，都必须是窄袖长袍，不许穿裙子，头上的发髻要统一梳成横长式，站时要挺直腰板。待到册立为妃时，穿着、发型和行动才能稍微自由一些。叶赫那拉氏刚进宫被选为兰贵人后，为了讨皇上喜欢，穿衣打扮超过礼制，头型很夸张，恰巧被皇后撞到了，皇后就对她说：“拆了，重新梳妆。”大概从这时起，兰贵人就对皇后有了不满，只是她当时地位不及皇后，只能表面上伪装着。叶赫那拉氏是一个非常有心计的女人，她曾经公开说：“刚进宫的时候，宫里所有的宫女都忌妒我长得漂亮，后来都被我制服了，皇帝非常宠我，等我生了皇子，地位就更加巩固了。”她谁都可以制服，但她制服不了皇后。清代禁宫内有这样一种规定：能够与皇帝同房的妃嫔们都要由皇后决定，到傍晚的时候，由皇后捡出一些写着妃嫔名号的牌子交给太监呈给皇上，皇帝留下哪个人的牌子，就召哪位妃嫔到皇帝寝宫去伺寝。如果皇帝想到哪个妃嫔宫中去住，必须先由皇后传谕旨给那个妃嫔，告诉该妃嫔做好接驾的准备，然后皇帝才前往彼处，而且这种谕旨上必须要盖上皇后的金印。
由此可见，皇后对各个妃嫔的制约是很大的，她不让你见皇上，你就见不到，而妃嫔不见皇帝的面，是无出头之日的。在这些方面，钮祜禄氏皇后一向大度处之，从不心怀嫉妒，也不争风吃醋，是个心地善良的人。叶赫那拉氏看出皇后的心肠比较软，容易被拉拢，由于她入宫后，在皇后的住处坤宁宫当差，于是就处心积虑地逢迎，皇后逐渐对她有了很大的好感，于是对兰贵人提供了许多方便，甚至在风流皇帝面前时常说那拉氏几句好话。当兰贵人生了皇子载淳以后，地位开始慢慢地发生了变化，而钮祜禄氏万万也没能料到，她的这一做法，却铸成了大错。
1860年，英法联军攻占大沽，兵进天津，直逼通州，欲进犯北京。咸丰带着妻妾和孩子仓皇逃到热河的行宫。但仍旧沉溺于声色之中，使他本来就已虚弱的身体越来越坏。第二年，咸丰病逝。这一年，皇后仅仅二十四岁，叶赫那拉氏也不过二十六岁。
咸丰死后，仅有六岁的载淳即位。尊皇后为母后皇太后，上徽号为“慈安”，称慈安太后，尊其生母懿贵妃为圣母皇太后，徽号为“慈禧”，称慈禧太后。因慈安居信在紫禁城东路的钟粹宫，故称“东太后”，慈禧居住在西路的储秀宫，故称“西太后”。
贤德勤俭，同治中兴
慈安为人宽厚，心地善良，小皇帝载淳虽不是她亲生的儿子，但她对载淳的关爱远远超过了载淳的生母慈禧，母子二人的感情非常好。在为载淳选后的事情上，慈安更是设身处地为他着想，怕载淳亲政以后，年纪太轻，不能胜任繁重的政务，所以需要一位成熟贤淑，识大体而又能动笔墨的皇后辅助。出于这种考虑，她先同载淳商量，征得了他的同意之后，才明确坚持要立阿鲁特氏为后。在二人完婚之后，慈安对皇后更是百般照顾，每次来请安时，都热情相待。后来，在慈禧的挑拨下，皇帝和皇后开始分居，并酿成了悲剧。
在载淳去世后的几天里，也正是慈安细心地开导皇后，才使阿鲁特氏有了重新生活的勇气。
载淳继位后，由于年纪还小，不能独立理政，咸丰临终前曾命其宠信的王公大臣怡亲王载垣、郑亲王端华，额驸景寿，大学士肃顺和军机大臣穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛八人为“赞襄政务大臣”，协助载淳处理一切政务；授予皇后“御赏”印章，授予皇长子载淳“同道堂”印章（由慈禧掌管）。
咸丰皇帝的原意是让八大臣和两宫太后的权力互相制约，顾命大臣拟旨后要请两位太后盖上“御赏”和“同道堂”印章，既不让辅臣一手遮天，又避免后宫专政。
后来，野心勃勃的慈禧，发动了“辛酉政变”，拉拢慈安一起，两宫同治，实施垂帘听政，在此期间，一些日常的事务由慈禧处置，但每遇朝政大事，还是要由慈安太后最后决定。
在以慈安为主的垂帘听政时期，节俭自爱的风气很浓，她常以东南太平天国未灭，国家正处在多事之秋为由，驳回一些大臣奏请大兴土木重修圆明园的奏折。
当时，北京城内有一个名叫李三的大富豪，有钱有势力，但是人品很坏。李三勾结广东商人李光照，与圆明园管理大臣殷德拉上了关系。他们在小皇帝外出游玩时前往参见，哄骗小皇帝答应重修圆明园。李三与李光照暗自高兴，自以为可以大捞一把。为了能取得慈禧太后的同意，李光照用重金贿赂了大太监安德海，安德海开口要价二十万两白银，经一番讨价还价之后，最终以十万两白银成交。不料李光照行贿的事情被恭亲王等大臣知道了，于是上奏给慈安。慈安听后大怒，立即下令刑部逮李光照入狱。而安德海因慈禧太后关照躲过了一劫，但是重修圆明园之事直到同治皇帝亲政前，再也没有被提起过。
慈安与慈禧密切配合，发挥己长，励精图治，在朝内重用奕、文祥、倭仁等重臣，外用一批优秀的汉族将领，如曾国藩、左宗棠、李鸿章等，使得同治年间出现了“中兴之象”。
大智若愚，深谋远虑
长期以来，慈安给人一种过于忠厚老实，缺乏政治才干，事事依赖慈禧的印象。实际上，慈安出身于世代官宦之家，从小就受到过良好教育，特别是她成为中宫皇后的五年中间，清王朝遭遇了空前的外患内忧，使她在忧患中逐渐成熟，在忧患中增长了阅历。
慈安对权力不感兴趣，所以日常朝政多让慈禧处理。而“慈禧慑于嫡庶之分，亦恂恂不敢失礼”。遇到朝政大事，慈禧不敢擅做主张，仍要征询慈安的意见。由此可见，慈安太后在控制局面、掌控权力方面也是很有一套办法的。在光绪年间任过大清国驻英国大使，回国后先后任过光禄寺卿、太常寺卿、大理寺卿、左副都御使的薛福成，在他的《庸人笔记》中提到：诛杀陷城失地、临阵逃脱的两江总督何桂清，将骄蹇贪淫的胜保下狱赐死，赏给曾国藩、左宗棠、李鸿章爵位，皆出自慈安之意。
垂帘听政，并不是宫廷政治的常态，相反，它是特殊情况下的救急之举，是基于长远利益的一个权宜之计。对此，定会有许多饱读圣贤之书的大臣对此不满，因此，维持内部团结，施政上不出大的纰漏就显得尤为重要，慈安清醒地意识到了这点。
按照朝廷的规矩，当皇后没有子嗣时，其他被选为太子的嫔妃之子，要过继给皇后，成为皇后之子才算符合条件。此皇子要由皇后亲领亲带亲抚亲养，而生母却无权养护，甚至随便看一眼都不行。可是两个女人垂帘，皇帝年幼，正处于一个比较特殊的时期，再按以往的老规矩办就会有弊端产生。慈安于是下令请生母慈禧与她这个嫡母同居养心殿，共同抚养六岁的同治皇帝。这样虽然破坏了宫中规矩，自己的专一抚养之权也被分出，与皇帝的感情培养也增加了难度系数和不确定性，这对她显然是不利的，但是却对大局有利。
你难道就不怕亲母子朝夕相处合起来架空你吗？看看慈安是怎么说的吧！“吾两寡妇人抚一孤子，设不幸奸人乘机造作语言，居间播弄，则天下大事去矣。今寝处一所，朝夕相见，各坦怀相示，谗何由兴？”可见慈安的胸怀、气度和大局意识，后来的事实证明慈安的深谋远虑是多么的英明。
慈安谦让慈禧，但并不是甩手推掉抚育同治幼帝的责任，而是像生身母亲一样，关怀、呵护、疼爱他，无微不至，比生母慈禧更尽心，更亲切。同治也因而对母后皇太后慈安更尊敬，更亲近，更自然，更无拘无束，更像一对母子。在为同治帝选后这个重大问题上，慈安、慈禧产生了分歧。慈安看中了淑静端慧、容德俱佳的崇绮之女阿鲁特氏，认为她必定是一位贤淑的皇后，而慈禧则看中了年轻俏丽、姿性敏慧的凤秀之女富察氏。最后，慈安没有赔笑附和，也没有强行作出决定，而是默不作声，将选择的权力交给同治帝，结果，同治帝还是选了慈安看中的阿鲁特氏。
慈安将选择权和裁判权交给了皇帝自己，一方面可以避免两宫分裂，二也体现公正无私，让慈禧和内外大臣心服口服，三是对同治皇帝抱有信心。结果，正是如她所预料的一样，这件事情再一次证明了慈安在同治帝心中的崇高地位，以及她的眼光和大智若愚的智慧。
诛杀安德海，朝野称快
按大清朝的制度，太监不得出都门，犯者杀无赦。安德海是慈禧的心腹太监，他依仗慈禧的宠信，胡作非为，肆无忌惮。不仅朝中大臣，甚至连同治帝都恨他入骨。
安德海，直隶南皮县人，人称“小安子”。年少时，因羡慕那些在宫中当太监而发迹的乡人，于是自残入宫做太监。他识字，可以读《论语》、《孟子》这类书籍，善于察言观色、阿谀逢迎，“以柔媚得太后欢”，并赢得慈禧的器重，当上了总管太监。因此，小人得志的安德海以慈禧为靠山，不把慈安、同治帝和奕放在眼里。同治初年，小皇帝还未成年，但对安德海飞扬跋扈的一套非常不满，经常为一些事训斥他，每次挨了训，安德海都要跑到慈禧那里诉说自己的委屈，慈禧听后就召载淳来指责一番，这样，反而加深了小皇帝对安德海的仇恨。
载淳曾找到慈安，一起商量除掉安德海的方法，他们认为山东巡抚丁宝桢可以担当此任。因此，在丁宝桢入京晋见时，就令他伺机诛杀安德海，丁宝桢慨然允诺。
1869年，即同治八年，在慈禧太后的默许下，安德海借皇上大婚、采办龙袍的名义，乘楼船沿运河南下。按清朝祖制，太监不准出京。但安德海不仅出京，而且还私挟妇女、张挂龙凤旗帜，一路招摇，惊扰地方。所过顺天府衙门、直隶总督衙门，都隐忍不发。结果他进入山东地界时，丁宝桢便得知消息，他令总兵王正启率兵追捕安德海，一直追到了泰安，王正启才抓住安德海，并马上把他押到了济南府。安德海一时搞不清状况，叫嚣道：“我是奉皇太后的命令外出，谁敢冒犯我，那就是自找死路！”丁宝桢迅速将此事上奏朝廷，慈安早已等了很久，她立即召集军机大臣、内务府大臣共同商议，大家一致认为：
“（太监）祖制不得出都门，犯者杀无赦，当就地正法。”慈禧还有意袒护，但是慈安态度坚决，下令就地正法，在济南杀掉了安德海。当时朝野上下，人心大快。
慈安的存在对慈禧是有着相当的震慑作用的。安德海一死，慈禧不仅丧失了心腹，还颜面大失，不由得对慈安心生嫉恨。
纵虎成患，终遭暗算
同治死后，载湉被立为皇帝，即光绪，这并非慈安的意愿，完全是慈禧的主张。由于光绪年幼，两宫太后二次垂帘听政。此时，虽然是二人同时训政，但是慈安已经没有一分权力，实权都掌握在慈禧手中。载淳的死，对慈安打击很大，她开始诚心信奉佛教，天天在宫中以持斋念佛为主要功课。光绪年间，慈安太后日益倦怠，不再过问外事，这样，慈禧更加地无拘无束，统摄朝政，大权独揽。
慈禧经常单独召见大臣，各种大事在决定的时候也不再通知慈安。在过去，慈禧是不敢这样做的，像同治年间补瑞麟为文华殿大学士这样的事情，都要找慈安商量，取得慈安的同意后才可以实施。此时，慈安竟成了可有可无的人，自己虽然不关心政事，但是也不是一团空气，慈禧的做法完全无视她的存在，这让慈安感到愤愤不平，两人之间的矛盾也逐渐突显起来。
于是，慈安打算劝阻慈禧骄横擅权的独断行为，给她一个警告，希望她能够收敛一些。
1881年的年初，某天晚上，慈安在自己的宫中置办了酒宴，说是为慈禧祝福。一番嘘寒问暖过后，慈安让左右的随侍人员都退下，开始唠起了家常，她先是说起了当年在热河行宫时，肃顺专权，两宫太后受排挤，以及同治十一年二人同时垂帘听政的事情，说到了动情处，不仅潸然落泪。慈禧听了以后，想起了往日的艰辛岁月，也感慨万千。慈安见慈禧被打动了以后，忽然话题一转：“现在，咱们姊妹都老了，说不定哪天就要离开尘世。相处二十多年，所幸从来都是同心协力，连一句冲撞对方的话都没有过。而我这里存有一件东西，是先帝给我的，现在它已经没有什么作用了，你看看吧。”说完，慈安从袖子里面掏出一个精致的信封递给慈禧，慈禧接过信封，打开信后仔细阅读，顿时脸色大变，羞愧得不敢抬头看慈安。原来，这封信装的是咸丰临终前交给慈安的遗诏，大意是：叶赫那拉氏是皇帝的生身母亲，母以子贵，日后定会尊封为皇太后，我对此人实在是不能深信，此后如果她能安分守法也就罢了，否则，你可以出示这一纸诏书，命廷臣按照我的遗命，把她除掉。
慈安见慈禧看完，把这封信要回，随后，非常仗义地放在烛火上烧掉了。当时，慈禧心神慌乱，又羞又恼又恨，各种感情交织在一起，但仍勉强装出感激泪下的样子。慈安又对她百般劝解和安慰，直到酒宴结束。
且不说慈禧被慈安的一番“好意”惹到愤怒至极，但是毕竟密谕毁掉了，慈禧心上悬着的一块石头落了地，她感到轻松多了，再也没什么值得她担惊受怕的了。此后，她对慈安做了什么，恐怕没有人真正地知道。
没过几个月，这一年的三月九日，慈安身体稍感不适，第二天晚上就死了，终年四十四岁。
慈安太后的突然死亡，朝野上下的种种猜测不胫而走。年仅四十四岁，比慈禧还小两岁的慈安太后突然暴毙宫中，此后，慈禧开始一人独裁。人们以掌握的少之又少的“线索”，对慈安的死进行着各种各样的推测，使得她的死变得疑云密布，成为二百多年清宫史上的一大疑案。
按照惯例，皇帝和皇太后在病危时，要召王公、大学士、军机大臣等朝中亲近重臣进宫，托孤遗言，准备后事。慈安崩于三月初十日戌时，而翁同龢在家听到慈安的消息却是在初十日深夜的“子初”，通知者是两名做粗笨杂活儿的仆役。许多闻讯赶到皇宫的大臣们进入皇宫后，看到宫中寂然无声，一点办理丧事的迹象也没有，还在乾清门吃了闭门羹。
一直等到日出，才召王公大臣们进钟粹宫，这种做法有悖于惯例和常理。
另外，太医为慈安开的处方照例也应先交军机大臣和御前大臣传视、审阅，以昭慎重。
而王公大臣们直到十一日早将近三点时，才看到太医所开的五个处方，其中午刻开的处方有方无药，而初九日的处方一个也没有。
以上的这些疑点，不禁让人们满腹狐疑。关于慈安的死因，归纳起来，民间大致有三种说法：
第一种说法是清朝官方的“正常病死说”。在朱寿朋的《光绪朝东华录》中载有慈安的遗诏，说她在“（1881年农历三月）初九日偶染微疴，初十日病势陡重，延至戌时，神思渐散，遂至弥留”。另据《清稗类钞》载，在慈安初感身体不适时，御医为她诊脉，认为“微疾不须服药”，没想到当晚就去世，大为诧异，还以为传言。另一位当事人左宗棠，当时任军机大臣，突然听说慈安得病身亡，顿足大声说：“昨早对时，上边（指慈安）清朗周密，何尝似有病者？即去暴疾，亦何至若是之速耶？”