不少人坚信，同治是患梅毒而死的。根据野史记载，同治外出寻花问柳之时，由于担心被人认出，不敢去比较正规的娱乐场所，而是专拣私娼取乐。这种地方，鱼龙混杂，交叉传染的概率很大。同治患病以后，太医院恐怕伤了皇家体面，不敢对症下药，恐怕传为笑谈，佯装天花治之。同治自然病势日重，最终不治而死。
这一说法也有其他的证据：一些关于同治症状的记载说同治死时，头发全部掉光，由此看来，同治所患疾病，与梅毒的症状实在很像；而《越缦堂日记》也非常婉转地记载了此事，先说“上旋患痈，项腹皆一，皆脓溃”，又说“宫廷隔绝，其事莫能详也。”如此含含糊糊的表达方式，不禁让人生疑。
慈禧太后害死说
还有一种说法，认为同治是慈禧太后害死的。然而具体如何行凶，却是说法不一。
一种说法是慈禧太后与皇后阿鲁特氏的争执，导致同治病危不治。同治年少轻狂，大率类此。但随着他年纪见长，朝野中要求两宫太后停止垂帘归政于帝的呼声也越来越高。
慈安禀性冲淡，对此提议自然是无可无不可，可是慈禧始终以“典学未成”为由，不允许同治亲政。这虽是慈禧权力欲望强烈使然，但这个理由倒一点儿没错，同治没有治国之才是千真万确的。
不过，慈禧终究不得不遵守祖制，于同治十一年（1872年），宣称皇帝年纪渐长，理应亲政，不过皇帝既然成人，应当先举行大婚方为妥善。于是下诏命京城内外满蒙大臣送秀女入宫备选，为17岁的同治挑选皇后。
慈禧之所以选后的用意，是想在同治身边安插一个自己的内应，用“枕头风”间接控制同治。因此，她自然希望同治按照自己的心意立后。在众多的秀女中，慈禧看上了员外郎凤秀的女儿富察氏。说起来，这富察氏确实长得比其他秀女漂亮许多，特别惹眼。
然而慈安对此事却有不同的看法，她认为富察氏虽然漂亮，但也许是出身于小户人家的缘故，举手投足透着一股轻佻之态，一看便知缺少教养。这样的女子怎么能够统摄六宫，母仪天下。因此她看上的并非富察氏，而是翰林院侍讲崇绮的女儿阿鲁特氏。崇绮的父亲是道咸两朝重臣塞尚，岳父是郑亲王端华，而且自己才学过人，是清代唯一一个考中状元的蒙古人。因此阿鲁特氏算得上是出身于书香门第，官宦世家，从小就接受了极好的教育。据《清史稿》记载，阿鲁特氏“幼读书，知大义，端静婉肃，内外称贤”。虽然是溢美之辞，却也不乏真实。总的来说，阿鲁特氏虽然长得不如富察氏，但气质却非富察氏可比。
结果，慈安和慈禧在立后问题上发生了分歧，双方都希望立自己偏爱的秀女为妃，这其中自然也包含着一点儿看皇上听谁的话的私心在内。当然，挑媳妇儿的事儿，老妈再怎么想都在其次，最终还是要儿子亲自决定。于是这个皮球被踢到了同治面前。
按照同治一贯好冶游恶读书的作风，他应该比较喜欢姿色过人艳丽无双的富察氏才对，可当他看见一跪在丹墀下的一排排美女的时候，也不知道怎么鬼使神差地就看中了气质过人温婉贤淑的阿鲁特氏。这可让慈禧大失所望、大为光火。所谓知子莫若母，慈禧对同治的想法可以说了如指掌，因此才定下这条计策，想不到居然失算了。
尽管在慈禧亡羊补牢的安排下，富察氏被册封为慧贵妃。但婚后的同治却与阿鲁特氏举案齐眉，相敬如宾，伉俪情深，对富察氏不理不睬，彻底晾到了一边儿。慈禧的计策至此彻底失败了。
盛怒的慈禧将一腔邪火迁到了皇后阿鲁特氏的身上。变着法儿地刁难皇后，甚至不许二人见面，逼着同治与慧妃同房，郁闷的同治只好变着法儿地抵制慈禧。他以身体不爽为名，独居养心殿。后来同治病重，皇后偷偷去护理侍奉，二人久未见面，不免说些儿女私情之话。
谁知慈禧得知此事，火冒三丈，亲自闯入养心殿暖阁，抓着皇后的头发拖出殿外，连打带骂，还要叫太监杖责，全然不顾太后和皇后的体面。
受辱不过的皇后情急之下说了句：“媳妇是从大清门抬进来的，请太后留媳妇的体面！”
谁知这句话反而激起了慈禧更大的怒火，慈禧本来就为自己未能在咸丰生前册为皇后而耿耿于怀，闻听此言宛如火上浇油一般，认为皇后是刻意讽刺自己，更加不依不饶。可怜同治见此，吓得人事不省，病情转重。
不久同治病重身亡，悲痛欲绝的皇后决心殉死，吞金自尽未遂。谁知慈禧却只是淡淡地说：“就随大行皇帝去了吧”。不久慈禧择载湉为新君，皇后在宫内已经没有任何名分可言。在同治驾崩75天之后，皇后也撒手西去，年仅21岁。
另有一说，据传来自王庆祺。同治死后，王庆祺随之被贬斥，忿忿不平的他曾经对人说过，重修圆明园，乃是同治深谋远虑的一步妙棋。原来同治虽然亲政，但慈禧仍然事事过问，频频掣肘。同治便打算重修圆明园，以请慈禧移居圆明园之名，行监禁之实。不料事机不密，被慈禧太后得知，最终酿成大祸。
此外还有一种更为奇特的说法，声称同治死于慧贵妃富察氏之手。传说清宫旧例，天子要巡幸某妃嫔宫中，需要经过皇后的批准方能成行，否则妃嫔不准擅自接驾。同治死前，曾经想要往慧贵妃宫中就寝，皇后阿鲁特氏再三不允，禁不起同治苦苦哀求，只得允许。
谁料第二天同治突然发病，竟至于一病不起。更有甚者提到同治龙驭上殡之时，慈禧毫不悲痛伤心，而是忙着考虑由谁继承皇位。由此观之，慈禧定是凶手无疑。
其实这些说法，和史实相差太远，根本不能自圆其说，因此只能聊备一格而已。然而，有一种说法却甚为有趣。
传说，同治病重时，有一日忽宣李鸿藻入内见驾。李鸿藻进得殿来，却发现皇后也在。
李鸿藻心中疑惑不解，连忙叩头请安。原来同治自知病重不治，便决定提前立储君，由于担心慈禧太后从中作梗，日后为难皇后，便特意宣李鸿藻来写遗诏，立贝勒载澍为储君。
由于载澍年纪较长，慈禧便不能随心所欲操纵政局。李鸿藻闻听此言心中暗暗吃惊，他心知同治的这点小把戏根本不是慈禧太后的对手。于是当面假意应承，背后却立刻将此事报知慈禧太后。慈禧太后闻言大怒，立刻命人活活逼死了同治帝。
同治之死，一场宫廷阴谋当年除了上述几种病因，关于同治之死，大英博物馆汉文藏书部助理道格思还提到了另一种说法，他曾在信中写道：在同治死之前，坊间流传着一个谣言，同治与两宫太后发生了一次严重冲突。1874年9月10日同治朱谕：恭亲王奕革去亲王世袭罔替，降为郡王，其子载澂革去贝勒郡王衔。第二天，皇太后懿旨，赏还奕及载澂爵秩。不久，两宫就正式公告同治得重病，“12月8日，帝病，命军机大臣李鸿藻代批答奏章，12月18日，帝以天花，命内外陈奏事件由皇太后披览裁定（或云因微行致疾）。”1875年1月同治去世。2月20日，同治皇后吞金自杀。
当时民间谣传同治皇后怀有同治遗腹子，道格思按照自己对中国皇权体制的理解，推理嘉顺皇后很有可能诞下皇帝的继承人，这样，她就可以像两宫一样垂帘听政，但这个设想妨碍了她的两个婆婆既有的统治权，嘉顺皇后最后也只能“因病去世”。显然，在道格思的笔下，同治皇帝和皇后的死完全是一出宫廷阴谋。
同治是否死于官方所公布的天花，当年曾在北京行医的英国医生德贞就有所怀疑。
1875年3月他的一份报告说同治小时“曾感染过天花”，而且同治的许多病症“让人们质疑他疾病的真实性”，他以为只有公开病历才能说明真相。在德贞的医学报告中保存的一份中文资料中有未曾引起人们注意的史料：同治得天花的另一种官方解释。清宫廷正式宣布同治得天花的时间是1874年12月8日，即农历十一月初一，那天正是金星凌日——德贞指出，按中国人的传统说法，这一天就是有一个点从太阳盘上划过，所以那天天子的脸上会留下斑点，这样皇帝生天花便顺理成章了；德贞叹道中国人真是太智慧了，他们居然找到了这样的一个借口。
25年后，道格思再次提起这个事件时，德贞明确告诉《泰晤士报》，同治不可能死于天花，依据是在他还是孩童时，自己曾为他提供过牛痘接种疫苗。他更否认道格思关于同治是在两宫太后逼迫下自杀的推断，理由是同治的病因众所周知——德贞以排除法说明同治不可能死于天花，又用“众所周知”一词来说明同治不可能死于两宫太后的迫害，但他最终回避了同治死亡的真正原因。
德贞的医学报告和公开信为同治之死因又增添了一层神秘色彩，如果同治曾感染过天花，或同治曾接种过疫苗，那么，他为何还会因天花而医治无效归天呢？这有待于公布更多的清宫医案来论证德贞的报告。
1990年《清宫医案研究》出版，公布同治患病期间的全部医案，最后得出结论：“历来对其死因传说纷纭，多谓因微服冶游，‘杨梅上天’。现有同治十三年十月三十日至十二月初五日脉案表明，当系死于天花。权威的定论平息了学术界和民间的猜测，越来越多的学者接受“同治死于天花”的论断。但台湾学者对照故宫博物馆出版的医案和《翁同龢日记》
后发现，御医李德立撰写的同治脉案，并非全部是真相，这是一部官方文牍，因为医案写作与御医的荣辱生死关系重大，面对慈禧和翁同龢等大臣的巨大压力，李德立低调而婉转地记录同治的病情，致使这部医案中保留的脉案部分多有粉饰成分。不过这位学者同意当今的医生鉴定同治脉案后正式公布的死因，同治是“病之后为痘疹余毒所致‘走马牙疳’，最后为毒热内陷而死。”目前学者可能接受的说法是，患天花的同治，也可能同时身染梅毒，最后死于“走马牙疳”。
附：同治帝大事年表
咸丰十一年（1861年辛酉）
七月，咸丰帝病危，召载垣、端华、景寿、肃顺、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛，宣谕立载淳为皇太子，并命此八大臣赞襄政务。尊皇后钮祜禄氏为母后皇太后，懿贵妃、载淳生母叶赫那拉氏为圣母皇太后，定明年为祺祥元年。八月，御史董元醇请皇太后权理朝政，简亲王一二人辅弼。九月，上母后皇太后徽号为慈安，圣母皇太后徽号为慈禧。慈禧联合奕发动宫廷政变（又称北京政变、辛酉政变、祺祥政变），解载垣、端华、肃顺任，罢景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛军机。十月，命恭亲王奕为议政大臣，在军机处行走。诏改年号祺祥为同治。十一月，两宫太后垂帘听政。
同治元年（1862年壬戌）
二月，奉懿旨：皇帝在弘德殿入学读书，祁寯藻、翁心存授读。六月，京师同文馆开始，附属于总理各国事务衙门，初以培养翻译人才为主，以利开展洋务运动。
同治三年（1864年甲子）
六月，太平天国失败。
同治四年（1865年乙丑）
三月，罢恭亲王军机，撤议政，命文祥等办理总理各国事务衙门事宜。五月，李鸿章在上海设立江南制造总局，成为洋务派创办新式军事工业的开始。
同治七年（1868年戊辰）
二月，退役驻华公使浦安臣率“中国使团”
出访美英俄法普等国，为中国使团首次出访。
同治十一年（1872年壬申）
五月，李鸿章创办轮船招商局，是洋务派创办的最早的民用企业。九月，举大婚礼。册立户部尚书崇绮之女阿鲁特氏为皇后，年十九；册封刑部侍郎凤秀之女富察氏为慧妃。十月，封知县崇龄之女赫舍里氏为瑜嫔，册赛尚阿之女、皇后之姑为珣嫔。
同治十二年（1873年癸酉）
正月，两宫皇太后以亲政届期，懿旨勉“祗承家法，讲求用人行政，毋荒学业。”行亲政大典。
同治十三年（1874年甲戌）
二月，日本以台湾高山族误杀琉球船民为借口，出兵台湾。三月，日军侵略台湾。十二月，载淳逝于养心殿，年19。太后召惇亲王奕、恭亲王奕、醇亲王奕等，宣懿旨，以醇亲王之子载湉承继文宗，入承大统，为嗣皇帝，俟嗣皇帝有子，再承继大行皇帝。以明年为光绪元年。