进入光绪朝之后，奕与李鸿藻之间，李鸿藻与沈桂芬之间的矛盾，全都被带了过来，并且还变得更加严重。尤其是当光绪二年（1876年）文祥病逝之后，沈桂芬的地位进一步得到提升，沈李之间的矛盾也因此进一步加剧。李鸿藻在军机处势孤力单，为改变自己的这一处境，他便极力“引荐端士”，把大批新进的御史翰林聚结在自己的周围，对直隶同乡，如张之洞、张佩纶等他更是多方引拔，从而壮大自己的势力，并博得时人对自己的赞誉。由于李鸿藻是直隶高阳人，其周围又以北方人居多，故时人称之为“北党”。他们不断发表议论，评论政治，并接连上疏，集中攻击沈桂芬“昏谬私曲，既无公事之法，又不实修战备”，甚至宣扬“吴江（沈为江苏吴江人）势焰愈张，中国危端立至”等言论。李鸿藻的盟兄，内务府大臣荣禄，甚至借自己单独与慈禧议事之机，要慈禧外放沈桂芬为贵州巡抚。当时沈所任的职位为协办大学士兼兵部尚书，官正一品，巡抚则为从二品，沈如果被外放，不仅是被从军机处中驱逐，而且还是被降级贬官。此事后来并未被实行，但由此，军机处内的派系斗争便变得更加地白热化了。
沈桂芬感到自己在军机处中地位不稳，为改变这一处境，他于是把自己的门生、湖南巡抚王文韶拉入军机处，“援王以厚南派之势”，这样聚集在沈、王的周围南方人士，便被称作为“南党”。于是南、北两党之间的倾轧便成了军机处的主要矛盾，而其总根源所在其实是奕和慈禧。
光绪六年（1880年），沈桂芬因病去世，李鸿藻因之在军机处地位上升，他决意把王文韶从军机处中排挤出去，于是便借当时云南军费报销不实案，集中攻击作为户部侍郎的王文韶“赋性贪邪”“唯利是图”“才不足以济奸，而贪可以污国”，一口认定王在此案中有贪污受贿的嫌疑，从而使王不能安心工作并最终于光绪八年（1882年）解职回乡。此后，李又指使张之洞对奕的亲信、实际长期主持总理衙门的董恂等人进行弹劾，使得这些人最终被罢职。这种军机处内部的勾心斗角，说到底是对奕的打击，并使得慈禧从中渔利，从而得以更好地控制与操纵军机处。
奕参政
奕在清廷中有着十分特殊的地位，他是道光皇帝的第七个儿子，咸丰皇帝是他的四兄，同治帝载淳是他的侄子，同治帝载淳死后，慈禧为咸丰立嗣，所立光绪帝载湉便是奕的儿子。在咸丰帝统治期间，奕尚藉藉无闻，在清廷中还没有什么地位和权力，在那时，他除了按清廷宗室的惯例被封为属于二等爵位的醇郡王之外，并没有再得到过其他特殊的“恩典”。但是，当到了咸丰十年（1860年），奕“奉旨”与咸丰帝宠爱的懿贵妃（即后来的西太后）的妹妹——就是未来福晋结婚后，其在清廷中的地位产生了很大的变化。
咸丰十一年（1861年）秋，咸丰帝去世，大清帝位由其子载淳继承，并改第二年为同治元年（1875年）。这时，阴险悍鸷的叶赫那拉氏，因其子继承帝位而得以与咸丰帝的原皇后钮祜禄氏“并尊”为皇太后。西太后与东太后谋定，并与留守北京的道光的第六个儿子恭亲王奕勾结，乘机发动政变，以突袭的方式消除了以肃顺为首的“顾命八大臣”。两太后于是便以同治帝年幼为由，以“垂帘听政”的方式控制了清廷政权。作为慈禧的妹夫，一向并不为咸丰帝所看重的奕，与两太后积极合作，在政变中发挥了重要的作用。因而在慈禧得势之后，奕也青云直上，被加上了一大堆官职，并参与管理清廷要务。同治三年（1864年），慈禧赐予奕亲王衔。同治十一年（1872年），奕又被正式封为清宗室一等爵位的“醇亲王”。总之，奕以皇室宗亲和慈禧妹夫的身份，得到了慈禧的格外宠信，其地位扶摇直上。但是与奕相较起来，他还是要相差很远，无法与奕相提并论。
在当时的清廷，奕与奕的意见各异，因此早在同治年间，两人便已“不甚合”。奕思想保守固执，很少与洋人接触，属封建顽固派。他对奕重用汉族人，提倡并支持曾、左、李向西方学习，引进先进技术，采用机器，很是不以为然，还曾经向慈禧上折，要求“摒除一切奇技淫巧，洋人器用”。而其又尤其不满奕推行“外敦信睦，隐示羁縻”的外交方针，并曾在天津教案的处理上同奕发生过激烈的争论。
当年，天津人民焚毁教堂，殴打法国领事致死从而掀起反洋教斗争。奕认为这是人民激于义愤，清廷应对之予以抚恤而不应该采取杀戮政策，从而鼓舞人民奋发之志与忠义之气。而奕则以军备不足、不能对法开战为由，决定向法国妥协，以赔款、派员前往法国道歉，对参予者20余人判处死刑和流刑，并将天津府县官员革职发配了结此案。对这一处理结果，奕十分不满，并愤而将御前大臣等职辞去，以示耻于与奕等人同列。后来经过慈禧再三温谕劝说，他才在第二年初重又销假上朝，但又在事前写的一道奏折中说自皇太后垂帘听政以来，朝政国事没有一点起色，追究其原因，就是因为办事大臣就是主持朝政的大臣，对什么事全都只同意而没有拒绝，所以才会这样的。奕在天津教案问题上采取如此激烈的态度，严厉指责奕对外国侵略者的要求只有同意而没有拒绝，对奕对外政策予以全盘否定，实际上是要奕下台。不久，奕甚至直接向慈禧密报，不让奕管理总理各国事务衙门，企图将其外交事务大权剥夺。继而同治帝亲政之后，奕又上奏说什么“去年系军机大臣拟旨，现在乃圣主当阳”，借以发泄他对清廷中枢大权由奕所掌握这一现象的不满。不过同治年间，由于奕大权在握，故奕尽管“疾其兄之专权，久有眈眈之意”，却无可奈何。但从光绪帝继位后，“醇邸挟太上之尊，树用私人，结党相倾，恭王之势渐孤”，这样在奕与奕的斗争之中，奕便渐渐占了上风。
对于慈禧对自己的恩宠，奕当然感到高兴，但其内心也并不是一点顾虑也没有的。
他很了解慈禧的阴狠性格，故在唯慈禧之命是从的时候，也时时加以提防，并不敢有所疏忽。
在奕同奕的矛盾斗争中，慈禧有意支持奕而排斥奕，从而制造其兄弟间的不和。光绪即位后，奕为免遭不测，以“旧疾复发，曲赐矜全”为由，要求将自己所任的职务全部免除掉，对此，慈禧下旨表示同意免除奕所管的各项差使，只是“如遇朝廷大政，仍宜时备顾问，倘有条奏事件，亦可于两宫前呈递”。这样，本来奕已不能再对朝政进行直接干预，但在光绪九年（1883年）7月，慈禧却命令奕参预会议法越事宜。中法交涉一事事宜本来是由奕等军机大臣主持，而现在慈禧却突然又命奕加入，会同办理，实际上就是对奕表示不信任，鼓励支持奕向奕夺权，而此举，也可说是其后来罢免全体军机大臣的前奏。
慈禧决定借山西、北宁失守事件罢黜奕等人之后，首先同奕密商，在研究军机处可由哪些人接任时，奕推荐了礼亲王世铎担任首席军机大臣，因为奕自己是皇帝的生父，故此不便入主军机处，因此他才会推荐世铎代领枢府。世铎为人“懦腐无能”，军机首揆由其担任，则其不过是充当奕的傀儡而已。同时，在改组军机处的第二日，慈禧又发布上谕：“军机处遇有紧要事件，着会同醇亲王奕商办，俟皇帝亲政后再降谕旨。”这样一来就为醇亲王奕后来的参政铺平了道路。
奕掌管军机处后，由于他的皇帝生父身份使其不便到军机处入值，因此军机处就每天都把要处理的政务和文件送到奕的府邸，谓之“过府”。谕旨陈奏，则都由孙毓汶传达，这样，改组后的军机处实际上就是掌握在奕及其心腹孙毓汶手里。
奕当政后，并未积极组织力量对法国的侵略坚决进行抵抗，而是很快便进行妥协，而且在镇南关大捷之后，其便屈辱怯懦地同法国订立和约，以结束战争。可以说，其在对外退让妥协方面，比奕走得更远。而在内政方面，他则对慈禧竭力曲意逢迎，清廷政治在其手上变得更加腐败了。
罢免奕
奕是道光帝的第六个儿子，咸丰帝异母弟弟，早年时由于储位之争，后来又因其母太后封号问题而触怒咸丰帝，故此两人一直不和，最后竟到了咸丰帝临终前，把奕排除在顾命大臣之外的程度，而这引起了奕的极大不满。后来，奕利用咸丰帝逃亡热河，自己在北京议和期间所积蓄的政治力量，联合并支持慈禧发动辛酉政变，处死肃顺等顾命大臣，实行太后垂帘听政。但奕拥护垂帘的本意是希望表面上是太后垂帘听政，实际上是朝政大权全都归于自己，让慈禧仅仅成为一个名义上的摄政者，实际由他以议政王的身份总揽内外一切大权。这样，在政变成功之后，在如何处理亲王辅政和太后垂帘的关系，即如何分享清王朝的统治权力问题上，慈禧便同奕产生了矛盾。刚开始时慈禧才刚刚开始听政、接触朝政，在处理政务上终究还是不太熟悉，需依赖奕维持大局，故此对奕暂时采取了优容的态度。但在清军攻下天京，镇压了太平天国革命，清政府的危机已基本结束之后，慈禧便感到奕不再为自己所需要，并且她尤其不能容忍奕同自己处于一个“准平等”的地位，处处分庭抗礼，于是便利用蔡寿祺一道奏折给奕罗列的揽权、徇私、纳贿、骄盈等罪名，于同治四年（1865年）三月革除奕一切职务，企图将其从清朝统治集团中清除出去。尽管这一举动后来在满朝王公大臣的反对之下而作罢，但奕的议政王称号却被撤销，从此奕的地位开始被削弱。而经过这一事件之后，奕表面上对慈禧小心谨慎，实际上则心怀怨恨。同治七年（1868年），他乘慈禧宠信太监安德海违法私自去山东之机，命山东巡抚丁宝桢将其捉拿处死，从而给了慈禧一个小小的报复。不久，在重修圆明园一事上双方又发生冲突，由于奕的带头反对，使得慈禧迫于当时舆论的压力而不得不下令停修圆明园，但奕的爵位也几乎因此而被革去。后来慈禧又想在归政前遍召朝臣，乘机“欲御乾清宫”，但其这一野心被奕看破并予以制止。凡此种种，都使得慈禧早就想将奕罢黜掉。
罢黜奕，慈禧利用的是左庶子盛昱的奏折。盛昱在所上的《疆事败坏请将军机大臣交部严议折》，主要指出李鸿藻曾举荐徐延旭、唐炯，分任广西、云南巡抚，统率清军迎敌，而唐、徐却不战而溃，清廷应对李鸿藻惩以滥保的处分，并说恭亲王、宝鋆久在军机处供职，经手处理过很多政事，并不是那种没有知人之明的人，他们与景廉、翁同龢等才智见识一般的人本是不一样的，“乃亦俯仰徘徊，坐观成败，其咎实与李鸿藻同科”。慈禧于是便抓住这个奏折，把奕等人一并从军机处中逐出去，将奕“开去一切差使”“家居养疾”；宝鋆“原品休致”；李鸿藻、景廉则“开去一切差使，降二级调用”；翁同龢革职留用，退出军机处，仍在毓庆宫行走。
慈禧还在同一日中宣布：礼亲王世铎，在军机大臣上行走。户部尚书勒和布、阎敬铭，刑部尚书张之万，均在军机大臣上行走。工部左侍郎孙毓汶，在军机大臣上学习行走。
由于慈禧这一次对军机处进行的改组是发生在甲申年，故历史上称这一次军机处的改组为“甲申易枢”，或“光绪甲申朝局之变”。
甲申易枢主要是由于慈禧和奕之间的权力之争引起的，是晚清统治集团内部的一次权力再分配，它并未像辛酉政变那样引起清王朝的基本方针和政策的变化，但尽管这样，它还是同样对晚清的政局产生了重大的影响。
首先它标志着慈禧专权统治的最后形成和确立。辛酉政变之后，慈禧开始登上清王朝的最高统治宝座，但这时她尚未真正掌握最高权力，因为一则是两宫并尊，慈禧的地位低于慈安；二则是奕以议政王身份辅政，大权在握；同治四年（1865年），奕议政王称号被撤，但其仍以总理衙门大臣与首席军机大臣执掌行政大权，从而对慈禧的权力形成制衡之势。光绪七年（1881年），慈安暴卒，慈禧专权的局面由此形成，但奕在位，慈禧仍不能不有所顾忌，从而无法完全实践其生杀予夺一任其意的目的。奕去位之后，慈禧便可在朝中为所欲为，无所顾忌，独断专行。而这之后，一旦慈禧专权最后形成，没有了任何能对其构成制约与牵制的力量，其结果便必然是导致清王朝从此国是日非，其内政外交都更其腐败了。
台湾建省
台湾的开发
中日就日本侵略台湾事件引起的纠纷处理完结之后，沈葆桢首先提倡要妥善办理台湾善后事宜。他以战略眼光强调：“台湾之所谓善后，即台湾之所谓创始也。”而他之所以提出要以“创始”精神去经营台湾善后事宜是由于看到资本主义列强对台湾早就有了“觊觎之心”,如果不自己开发，迟早会再次被列强掠夺走；而如果早作经营，则可以使台湾提高国防能力，从而屏障东南七省安全。李鸿章也积极给予沈葆桢支持。
而所谓以“创始”精神从事善后工作，就是将开山、抚“番”、建立海防等诸种事务融为一体，从而为台湾的近代化建设奠定良好基础。
为加强台湾防务，沈葆桢任用法国人柏尔都模仿巴黎要塞修造了安平炮台，从而使清廷在台湾的行政中枢所在地台湾府衙得到保护；又让丹麦人德勒耶承揽了台湾和福建之间的海底电报线的铺设工程。
当时台湾约有原住民高山族人20万，沈葆桢正确地看到，想要很好地开发台湾就必须将开发的过程与促进高山族居民文明进化同时并重。
日军还未撤走时，沈葆桢便开始了开山活动，到光绪元年（1875年）时，他已依靠兵勇共开出北、中、南三大路。北路由提督罗大春率兵十三营，由噶玛兰的苏澳一直开发到奇莱，共计二百零五里；中路由总兵吴光亮率兵三营，由彰化的林圮埔一直开发到璞石阁，共计二百六十五里；南路由海防同知袁闻柝和总兵张其光率三营兵，分开两条路，其中一条从射寮到卑南，共二百一十四里，另一条是从赤山到卑南，共一百七十五里。这些新开辟的道路将台湾东西贯通起来，地段平坦的地方，宽达一丈，在遇有山岭起伏，溪流湍急的地段则宽为六尺。开山过程中，沿途番社狙击，开山部队因此必须一面测地绘图、凿山架桥，一面剿抚番众，建垒驻兵，以保卫工程成果。沈葆桢于是便在进行开山的过程中，同时就设立招抚局，进行“抚番”工作，以促进高山族人迅速摆脱原始状态。其具体措施包括设土目，查番户，定番业，通语言，禁仇杀，教耕稼，修道路，给茶盐，设番学，易冠服，变风俗等。很多番社都很愿意接受教化，但同时也有些番社对新的生活方式不习惯，时服时叛。