孙承宗趁机向崇祯帝建议加强防御，恢复被后金兵毁坏的大、小凌河两城，以接连松山、杏山、锦州等城。崇祯批准了这一建议，下令先修复大凌河城。大凌河城位于锦州东30多里处，属锦州守备管辖，建于宣德年间，周长3里，嘉靖时又有所增修。在明清战争中，它是锦州的前哨阵地，几经战争破坏。这次经孙承宗提议，决定再次修复。这年七月，兵部尚书梁廷栋主其事，总兵祖大寿、何可纲及十余员副将率兵正式动工重建。
阿敏率败军刚回到沈阳，皇太极就得知明兵在大凌河筑城的消息。他毫不迟疑地昼夜催调各军包括蒙古兵，由他率领前往攻城，不给明修筑和加固防线的任何机会。他说，“坐视汉人开拓疆土，修建城郭，缮治甲兵，使得完备，我等岂能安处耶！”七月二十七日，皇太极率军离沈阳西行，第二天，渡过辽河，召集众将领，宣布军纪：凡俘虏之人，勿离散其父子、夫妇，勿裸取其衣服，当加以抚恤。八月一日，大军驻旧辽阳河，在这里分兵两路，一路由贝勒德格类、岳托、阿济格等率兵2万，经由义州，屯驻于锦州与大凌河之间；一路由皇太极率领经由白土场，趋广宁大道，约定六日两军会于大凌河城。
皇太极此次围攻大凌河城，已与宁锦之战大有不同。他吸取了宁远之战、宁锦之战和北京之战三次失败的经验，建造红衣炮，各旗还成立了炮兵营。天聪五年（1631年）正月，后金仿制的第一批红衣大炮在盛京沈阳造成。这次围大凌河城，皇太极首次携带大炮，命令额驸佟养性率领汉兵，把大炮安放在通往锦州的大道上，堵截明朝援兵。皇太极认识到，后金军虽有火炮，但就目前而言，攻坚不是自己的长处，这次改为围而不攻，企图迫使城内粮尽援绝而降。
皇太极此次用兵志在必胜，他指挥后金兵将大凌河围得水泄不通，明3万军民被困城中。后来明人惊叹说：“逆奴围凌，连挖四壕，湾曲难行，器具全备，计最狡矣！故虽善战如祖大寿，无怪其不能透其围。”祖大寿等起初还不时地出动数十人、几百人的小股部队，企图作试探性的突围，都被后金兵给打了回去。有一次，皇太极把后金兵伪装成明援兵，引诱祖大寿出城。祖大寿不知是计，率兵出城，中了埋伏，被杀得大败。因此从九月下旬以后，祖大寿紧闭城门，等待援军，再也不敢出战了。
明廷得知大凌河城被围，急忙从附近调集援兵。八月十六日，后金围大凌河城十天以后，松山城出动明兵2000前来支援。二十六日，辽东巡抚丘禾嘉与总兵吴襄、宋伟合兵6000赴援，与后金兵在长山（大凌河城东南）、小凌河间大战，被逐回锦州。此后，明兵多次采取救援行动，但均被外围后金兵击退。最后一次，明朝派监兵张春同总兵吴襄等率4万援军开来，结果张春被活捉，吴襄逃跑，全军被歼。明军经过这几次战斗，损失惨重，已经无力增兵救援了。
援兵盼不到，大凌河军民面临着粮尽的危险。围困已两个月，城里储备的粮食眼看就要吃光，兵士宰杀战马充饥，马无草料，大批倒毙。成百上千的老百姓都饿死了，勉强活着的人抢食死者身上的肉，用人骨当柴烧。
在严密围城的同时，皇太极不断发动政治攻势。皇太极责令俘获的明将20余人给祖大寿写信劝降，他本人还写了三封，一起送到城里，但祖大寿仍不投降，表示“我宁死于此城不降也”。皇太极知道祖大寿已面临绝境，之所以不降，是顾虑身家性命，担心后金随意杀人。皇太极写信解释，说从前杀辽东人实有其事，我十分痛悔，今后决不妄杀一人。祖大寿对皇太极的话将信将疑，拖到十月中旬，终因“力竭计穷”，才下决心投降。经过双方信使往来，将投降之事谈妥，只有副将何可纲反对投降。祖大寿将其逮捕，让两名士兵把他架出城外，当着后金诸将的面斩首，何可纲脸色不变，含笑而死。祖大寿来降时，皇太极十分高兴，他派诸贝勒出迎一里，他则出幄外迎接，不让祖大寿跪见，而以抱见礼优待，还让他先入幄，祖大寿不敢，谦让后，皇太极和他并肩入幄，极示尊敬之意。
在皇太极招待祖大寿的筵席上，祖大寿说妻子尚在锦州，请求皇太极允许他回锦州做内应，皇太极当即同意。祖大寿带26人，渡小凌河，徒步到达锦州，从此一去不复返，其子侄俱质留于后金，也顾不上了。皇太极采取怀柔政策，并未为难他的家人、部将。10年之后，皇太极在松锦大战中，再次围困祖大寿据守的锦州，祖大寿才真正投降。从皇太极对待祖大寿的态度上，足可见其卓越的政治才能。
祖大寿走后，后金兵开进大凌河城。原先全城兵民共3万多人，此时仅存11682人，马只剩下32匹。三日，皇太极举行盛大宴会，招待大凌河城归顺将官。九日，皇太极下令班师，八旗将士满载战利品撤回沈阳。撤军前，将大凌河城完全摧毁，剩下一片废墟。
此次大凌河围城战前后达三月余，毁坏了大凌河工事，消灭了明在关外的精锐，使其军事力量遭到严重损失。同时，皇太极还招降了张存仁等数十名明将，这些人大部分成为他的得力战将。在深谋远虑的皇太极看来，这种收获远远超过了一座城池。
入口之战
大凌河围城战役结束后，太宗率军亲征蒙古察哈尔，暂时放松对明朝的大规模征伐。
过了两年，到天聪八年（1634年），皇太极又发动了远袭明朝宣府、大同的战役。因为这次战役主要是在沿长城内侧一带进行，所以称之为“入口之战”。
这年五月十一日，皇太极召集诸贝勒大臣，征求他们对征明的想法。他说：
现在我打算征明，应当由哪条路进兵？
贝勒大臣认为应从山海关进入。皇太极不以为然，他说：“今兴大兵宜直抵宣（府）、大（同）。察哈尔先为我败，举国骚然，贝勒大臣将来归我，必遇诸途。
我一则征明大同，一则收纳察哈尔来归官民。”其实，皇太极决定走大同，除了要在中途收纳察哈尔余部，还有一个重要原因，就是山海关明兵防守很严，不易通过。相形之下，宣府、大同一带的关口成了薄弱环节。
宣府、大同这两处重镇都以防御和控制北方游牧民族而为历代兵家所重。明朝为阻止蒙古兵南下，在这里筑城堡，派重兵把守，有“固若金汤”之称。但到了明末，这一地区的守备大坏。一方面，蒙古不断侵袭破坏；一方面，为对付后金新的威胁，明被迫抽调宣、大之兵专力经营宁、锦至山海关一线的防务，致使宣、大一带守卫空虚，岌岌可危。皇太极选择宣、大作为军事行动的突破口，从战略上说，就是避实击虚，攻其不备。通过对这两个重镇的打击，动摇明朝的统治之本。
五月二十二日，皇太极率大军离沈阳西行，渡辽河，到达都尔鼻。蒙古诸部率军来会。
为适应远程行军和奔袭的需要，骑兵占了多数。从这里继续向西进军，进入内蒙。不出皇太极所料，一路上遇见许多察哈尔余部，纷纷归降后金。
后金军兵分四路，于七月八日分别破关口而入。皇太极此次用兵，“不攻城池，只在各村堡抢掠。”也就是说，皇太极的目的不在于得城池、土地，而是要掠取明朝的财富，消耗明朝的经济与军事实力。对于城镇能攻则攻，一时攻不下就放弃，转而去别处。皇太极入口后，亲自领兵奔向宣府，被明兵大炮击退，转向应州，包围后攻取成功。阿济格、代善、德格类也分别领兵一路，四处劫掠。
明朝在宣、大一带的防务十分空虚。当皇太极于六月上旬行经内蒙西进时，明朝就已得到情报，崇祯帝先后连发十余次御旨，指示宣、云等处“尤宜严备、固守”。六月中，又传下御旨：如被后金攻破，守官“立置重典”处死。但是，朝廷大计到了地方上，却得不到落实。地方官和带兵的将官不敢同后金对阵，要么弃城逃跑，要么紧闭城门，看到后金兵来了，只知道发射几颗炮弹而已。为了将来逃避责任，他们还纷纷向朝廷求援，声称：
“欲出城剿杀，贼势甚众，寡不相敌，用炮远打。”
在腐败的明朝守将面前，后金兵如入无人之境，在明朝的州府台堡之间往来穿梭。八月初，后金20来个骑兵掠获妇女小孩千余人，经过代州城下，被掠获的人望见城上自己的亲人，互相悲啼，城上守军却不发一矢，任后金兵从容过去。崇祯帝听说此事后，气得顿足不已。崇祯帝见宣、大之兵不顶用，急令宁远总兵官吴襄、山海关总兵尤世威率军2万分道驰援大同。同时，京师宣布戒严。由此可见，皇太极的这次入塞，给明朝造成的震动实在不小。
后金各路大军陆续会于应州，命诸贝勒攻克了代州，分道出攻。八月十三日，皇太极也离应州赴大同，攻城五天，打败吴襄，与尤世威兵大战北门，后金兵未攻下，就去攻西安堡，奔阳和。阳和总督张宗衡表面提出议和，却暗暗策动后金内部的汉人、蒙古人反叛皇太极。皇太极约张宗衡出城会战，还写信给他，信中指斥明将虚诳无能：“朕入境几两月，蹂躏禾稼，攻克城池，竟无一人出而对垒，敢发一矢者。”张宗衡不作答复。八月二十七日，皇太极率军离阳和，不久攻下万全左卫，斩守备常汝忠，歼灭明军千余人。随后率大军班师，从尚方堡出塞。因为接收和处理察哈尔余众耽搁不少时日，直到初冬才回到沈阳。
皇太极此次入塞，史书称其“蹂躏宣、大五旬，杀掠无算”。后金军队的活动范围，以宣府、大同为中心，在今河北西北部、山西北部，纵深几达山西中部，攻围明50余个大小城镇台堡。在大肆劫掠之后，安然出口东去。皇太极此次用兵，以掠取明朝财物为目的，使广大人民遭到严重损害。但纪律败坏的明朝军队，从各地来大同的援兵包括辽兵，也给当地百姓造成了不小的灾难。皇太极远行数千里，再次自由入塞，向明朝显示了八旗将士能征惯战的威力，同时也暴露明朝在北部防线的巨大漏洞。
建立大清国
皇太极即汗位以来就倾心于学习中国历代专制主义的封建统治，不断地加强集权。他上台伊始，设了八大臣管理国务，称八固山额真，在旗内总管一切事务，国家有事，与诸贝勒“偕坐共议”，狩猎出师，各领本旗兵行，还负有稽查责任。固山额真的设立，削弱了诸贝勒的权力，加强了汗权。
皇太极又处心积虑以获得南面独坐权。天命六年（1621年）努尔哈赤命四大贝勒“按月分直”，皇太极即汗位，四去其一，其余三大贝勒仍“分月掌理”，这是一种分权制度。
皇太极刚登汗位时，与其余三大贝勒（大贝勒代善、二贝勒阿敏与三贝勒莽古尔泰）共同当政，群臣上朝时均南面而坐，这突出不了皇太极的地位。他处心积虑争取南面独坐，借用各种机会把其他三贝勒打下去。
天聪四年（1630年），皇太极以阿敏从滦州、遵化等地败归，心怀异志僭拟国君等16条罪状将他幽禁籍没。第二年，皇太极以持刀“向前”（行刺皇太极）为罪名处置了莽古尔泰。在明白了皇太极杀鸡给猴看的手法后，代善便自个儿要求下台。自此，皇太极终于可以“南面独坐”了。但是皇太极对代善还不放心，天聪九年（1635年）皇太极又以代善轻视君上、贪财违法的罪名削了代善的贝勒爵号。第二年代善封和硕礼亲王。第三年，皇太极又斥责他越分妄行，轻君蔑法，迫使他闲居。
天聪六年（1632年），皇太极再次率军远征林丹汗，长途奔袭至归化城（现在内蒙古呼和浩特市），林丹汗星夜逃遁。此后，蒙古察哈尔部逐渐分崩离析，林丹汗逃至青海出痘病死。天聪九年（1635年）正月，蒙古的牧羊人发现一只三天不吃草的羊，用蹄子老刨同一个地方，牧羊人在羊刨的地方挖出一块玉玺，上有汉文篆字“制诰之宝”，据说这是汉朝传下来的传国玉玺，元顺帝北逃时带走，后来就不知踪影。天聪九年，皇太极命令多尔衮等再次率军攻打察哈尔部。林丹汗的儿子额哲率部归降，献上传国玉玺。皇太极大喜，认为这是“一统万年之瑞”的天赐之宝。
接下来，皇太极巩固和完善了八旗制度，扩编蒙古八旗，加强对蒙古的统辖；创设理藩院，专门处理民族事务；设立内三院、六部、都察院和理藩院，形成所谓“三院六部二衙门”的政府架构，基本完善了政府组织的体制和架构。
天聪九年十月十三日，即1635年11月22日，皇太极正式下令把族名定为满洲：“我国建号满洲，统绪绵远，相传奕世，自今以后，一切人等，止称我国满洲原名，不得仍前妄称。”从此以后，满洲族简称满族，这样无疑凝聚了整个满洲内部的力量。
天聪十年（1636年）四月十一日，皇太极改国号为“大清”，改年号为“崇德”，在盛京笃恭殿举行盛大典礼，大贝勒代善用满文宣读表文，额哲用蒙古文宣读表文，汉人孔有德用汉文宣读表文。这就意味着皇太极不仅是满洲人的皇帝、蒙古人的皇帝，也是汉族人的皇帝。
此举充分显示了皇太极的远见卓识。首先，历史上女真族建立的金朝（1115～1234年），曾经残酷掠夺和压迫过汉族人民，是汉族人仇恨的对象。废去“女真”族号和“金”的国号，正是为了避免刺激汉族人的历史记忆，减少民族抵触情绪。第二，明朝的统治者姓朱，按汉族传统说法，其中的“朱”、“明”两字，均含有“火”之意，按五行相克的说法，“火”
克“金”，这在明金对峙的形势下，对金不利。改“金”为“清”，汉字的“清”及“满洲”
等字，均以“水”为旁，而“水”是克“火”的。另外，明朝当时的年号是“崇祯”，即崇尚祯祥，表明明朝统治者重天事。而皇太极改年号为“崇德”，表明他重视的是德治。
在封建社会中，种种迷信观念深入人心，皇太极很好地利用了这一点，不仅取悦于民，而且展现了与明朝争夺天下的决心和抱负。
但是，皇太极称帝之后亲自领兵攻打的不是明朝，而是10年前曾与他签定过“兄弟之盟”的朝鲜。自从后金与朝鲜结为兄弟以来，朝鲜仍与明朝藕断丝连，对后金政治、经济、军事的一些要求都寻找借口不肯应允。皇太极每有胜利，都不厌其详地告诉朝鲜，极力想把朝鲜从明朝一边拉过来，但收效甚微。崇德元年（1636年），皇太极称帝大典上，朝鲜使臣拒不跪拜，衣服被撕扯破后，愤然离去。皇太极非常恼怒，崇德元年十一月十九日，皇太极以“朝鲜败盟逆命”为由，决定亲自征讨朝鲜。十二月，皇太极第二次对朝鲜用兵，统率清军渡鸭绿江，前锋直指朝鲜王京汉城。朝鲜国王李倧逃到南汉山城，皇太极也率军到南汉山城驻营。第二年正月，李倧请降，奉清国正朔，向清帝朝贡。第二年，朝鲜军队在汉江东面的三田渡，设坛杀白马黑牛，焚香盟誓，朝鲜国王表示尊崇清朝的正朔，向清朝进贡，结成“君臣之盟”。皇太极此次用兵朝鲜，达到了一石三鸟的目的：一是改变了朝鲜游荡于明朝和清朝之间的立场，二是得到了来自朝鲜的物资供应，三是解除了南攻明朝的后顾之忧。
蒙古、朝鲜臣服后，东方、西方的牵制势力都已经扫清，皇太极开始专心对付南部的明朝。