慈禧一看到珍妃，大怒说：“到这时候了，你还装模作样，洋人进来，你活得了吗？赶紧换衣服走！”珍妃说：“皇阿玛可以出去避一避，不如让皇上和我留下，设法与洋人交涉，这样可以维持大局。”慈禧顿时翻脸呵斥：“你这贱人，死到临头还敢胡说，快把她给我扔到井里去！”光绪立刻跪地哀求，请求太后留珍妃一命，此时，慈禧已是怒不可遏，说：“你这个皇上也救不了她的命！来人！赶快给我把她扔下去！”就这样，珍妃被两个太监扔进了顺贞门的井中，时年仅二十四岁，此井，后来被称为“珍妃井”。另有一种说法，当时珍妃是被慈禧命人偷偷推入井中，光绪当时并不知道1901年，也就是珍妃遇害后的第二年，慈禧由西安返京，为了掩人耳目，就说珍妃为免遭洋人污辱，守节投井自杀，并命人将珍妃尸体打捞，追封为皇贵妃，初葬恩济庄的宫女墓地。在追封珍妃为珍贵妃的谕旨中，曾有“上年京师之变，仓猝之中，贞（珍）妃扈从不及，即于宫中殉难，洵属书烈可嘉，恩着追赠贵妃位号，以是褒恤”。将“珍”写成“贞”，大概有以示崇敬之意。
1913年，瑾妃（时为端康皇太妃）将珍妃迁葬光绪景陵妃嫔园寝，并为她修建了一个小灵堂以供奉珍妃的牌位，灵堂上悬挂一额纸匾，上书“精卫通诚”，颂扬珍妃对光绪的一片真情。在隆裕太后去世后，珍妃的姐姐瑾妃已成为皇太贵妃。后来，宣统帝溥仪尊封她为端康皇贵太妃。
据溥仪回忆，隆裕皇太后死后，瑾妃很专权，自己俨然成了皇太后，效法慈禧，让溥仪叫她皇额娘，经常管教溥仪，不把皇帝放在眼中。为此，溥仪在一些人的怂恿下，公开与瑾妃吵了一架，使瑾妃很下不来台，溥仪也为此付出了沉重的代价。瑾妃为了出这口气，把溥仪的奶奶、母亲召进宫，对她二人施加压力。她二人可吓坏了，一齐跪下来苦苦哀求，答应劝溥仪给瑾妃赔礼道歉。最后溥仪经不住祖母和母亲的苦劝，被迫给瑾妃道了歉。溥仪的母亲个性极强，从未受过别人的训斥。这次窝了一肚子火，回到家吞了鸦片烟自杀了。
瑾妃听了这个消息以后，吃惊不小，深怕溥仪追究此事，于是也改变了对溥仪的态度，两人关系有了明显缓和。
1924年10月20日瑾妃病死，终年五十一岁，溥仪谥之为恪顺皇贵妃。葬入崇陵妃园寝东宝券内。
光绪驾崩之谜
光绪帝驾崩
光绪三十四年（1908年）十月二十一日，光绪帝驾崩。
清廷档案里保存有光绪众多的“医案”（病历记录），详细记载了光绪的病历和诊治用药情况，其中有光绪本人自述的病历、病状，而光绪死前半年的医案保存非常完整。
从这些医案看，光绪体质很弱，这是人人皆知的。光绪自小离开亲生父母，在宫中生活并不那么愉快。慈禧醉心权力，对光绪照顾得非常少，对他的要求却很严厉，使小皇帝享受不到母爱，没有童年生活的乐趣，影响了身体的成长。所以，光绪从小便病魔缠身，常患感冒和脾胃病，用药频繁，并有长期遗精的病史。这些记载和当时人们的传说是相同的。
成年以后，光绪体质未见好转。但在光绪十五年至二十四年（1889～1898年）这段时间里，发病和用药都相对减少。这可能是因为正值青年时期，气血旺盛。而亲政以后，还没和慈禧发生大的冲突，精神颇为放松。特别是这时有珍妃进入他的生活，给他带来了很多温馨和乐趣。由于这些原因，所以光绪的身体相对好些。
戊戌政变后，光绪和他亲爱的珍妃分别被囚禁。生活的彩图烟消云散，国家维新没有希望，光绪整日生活在忧惧郁闷之中，时刻担心被太后废掉、谋害。于是光绪健康状况恶化，病情突然加重，多病并发。至光绪二十六年（1900年），光绪的病况到了“病已深入五脏，气血双亏”这种境地。用现代医学概念解释，也就是说，光绪已患有严重的神经官能症、关节炎或骨结核，还有血液系统疾病。中医称这种现象为“痨瘵之象”，病势已十分严重了。
此后，病情日甚一日，没有出现一点转机。到光绪三十四年（1908年）春季以后，已是病入膏肓，必死无疑，不需要任何人加害，也只在旦夕了。
御医曹元恒在三月初九日所写的医案表明，此时光绪已是肝肾阴虚，脾阳不足，气血亏损，寒凉温燥药物全部不能用，医生们已经毫无办法了。五月御医陈秉均的记录证明，治疗确实毫无效果：“调理多时，全无点效。”延至九月，光绪病情开始复杂多变，脏腑功能都失调，而且这种情况已出现很长时间了。医生们用的药也都是维持时日，无力起死回生了。
御医肯定都是些有声望的人，而此时都已声称无能为力，为了挽救皇上，朝廷又征召各省名医来做最后的努力。光绪三十四年（1908年）七月，江苏名医杜钟骏奉召来京。他首次入诊后，即对吏部尚书陆润庠说：“我辈此来，满拟治好皇帝之病以博微名。及今看来，徒劳无益。不求有功，但求无过。”名医和御医的诊断是相同的。
自这年春天起，光绪亦觉得病势严重了。他自己说“病势迁延，服何药总皆无效，且一症未平，一症又起”。正值壮年的光绪，肯定十分愿意活下去。他对御医们长治无效非常生气，指责他们无能，“屡易药方，仍属加重”“总系药不对症”，说他们“草率立方”。他认为御医看脉时不是十分认真，“每次看脉，忽忽顷刻之间，岂能将病详细推敲？只是敷衍了事而已”。给皇上看病，谁敢马虎，只是病情严重，无人能想出好办法而已，光绪埋怨也没用。
大约到十月十七日前后，光绪危在旦夕。十月十六日出现肺部炎症和心肺衰竭的症候。
第二天，杜钟骏等三名御医入诊，他们全都认为，光绪上盛下虚，元气损亏过度，病势危笃至极。后来杜钟骏记述：“皇上气促口臭，带哭声而言曰：‘你有何法救我？’予曰：‘皇上大便如何？’皇上曰：‘九日不解，痰多气急心空。’……复退至军机处拟方，予案中有‘实实虚虚，恐有猝脱’语。继大臣曰：‘你此案如何这样写法，不怕皇上害怕吗？’予曰：
‘此病不出四日，必有危险。此后变出非常，予不负责，不能不预言。’”
十九日，光绪已是“中气虚损，不能承领上下，以致上而逆满喘咳，下而大便不行。
清气不升，浊气不降，而通体为之困乏矣”，御医们皆以为颇为棘手。
二十日，光绪帝“目睑微而白珠露，嘴有涎而唇角动”，中枢神经症状已经出现了。
二十一日子刻，光绪生命垂危，“脉息如丝欲绝，肢冷，气陷。二目上翻，神志已迷。
牙齿紧闭，势已将脱”。到中午，脉息出现“若有若无，目直视，唇反鼻搧，阳散阴涸之象”。至酉刻，“龙驭上宾”。
从以上病史记载看，由于光绪一生忧郁寡欢，身体十分虚弱，以致五脏俱病，六腑皆损，阴阳两虚，气血双亏，终以阳散阴涸、阴阳离决死去。用现代医学的概念来解释，就是患有肺结核，兼有肝脏、心脏和风湿等症，始终慢性消耗，最后出现多种合并症。而直接致死原因大概是心肺功能慢性衰竭，合并急性感染。
慈禧太后是否害死了光绪帝
光绪帝中毒身死
清光绪三十四年（1908年）十月二十一日，光绪帝崩逝，年仅38年。《清史稿》载：
“癸西，上疾大渐，崩于瀛台涵元殿。”意思是说光绪帝是病死的。不过清末名医桂庭在所写的《诊治光绪皇帝秘记》一书中却有不同的记载：光绪帝临死前三天，曾在床上乱滚，并且肚子疼痛难忍，脸颊发暗，舌头又黄又黑，似乎有中毒的迹象。那么光绪帝真的是中毒而死吗？
1980年，清西陵管理处对清光绪帝及隆裕皇后所葬崇陵棺椁（于1938年被盗）进行了清理并重新封闭，而光绪及隆裕皇后的头发被移至棺椁外，保存在清西陵管理处文物库房。
光绪皇帝的遗骨犹在，随着科学技术的发展，通过尸体检测来揭开真相，越来越成为可能。2003年，中央电视台清史纪录片摄制组、清西陵文物管理处、中国原子能科学院反应堆工程研究设计所和北京市公安局法医检验鉴定中心四个单位开始共同合作，组成“清光绪帝死因”专题研究课题组。课题组运用侦查破案的思维方式，根据信息的产生、传递、处理、还原、应用等原理，充分利用“中子活化”“X射线荧光分析”“原子荧光光度”“液相色谱/原子吸收联用”等一系列现代专业技术手段，通过开展综合分析、模拟实验、双向推理、多维论证等多项工作，对清西陵保存的光绪头发、衣物、遗骨以及墓内外环境进行反复的检验和缜密的分析研究。在经过五年研究之后，2008年11月2日，课题组对世人公布确证“光绪帝系砒霜中毒而死”这一结论，但学术界仍可提出异议。
如果光绪帝是中毒而死，那么谁又是凶手？有人认为以当时的条件、环境而论，如果没有慈禧的主使和授意，谁也不敢、也不能下手毒杀光绪，而且慈禧又有谋害光绪的动机，因而，慈禧就是毒杀光绪的凶手。
皇帝与太后之间的矛盾
这还要从光绪帝与慈禧太后之间的矛盾说起。众所周知，戊戌变法失败后，以慈禧太后为首的顽固派重新把持了所有朝廷大权，改良派人士或遭屠戮或被通缉，光绪帝更是被囚禁于中南海瀛台，成了徒存虚名的皇帝。
但是，维新派在地方上的影响依旧存在，在名义上，光绪帝依旧是皇帝，而他比慈禧太后年轻30多岁，慈禧太后一死，很有可能重新归政于他，到那时东山再起的光绪帝必定会对顽固派进行打击和报复。
并且，戊戌变法得到了许多国家的关注和同情，相对于行将就木并且保守的慈禧太后，列强们似乎更希望由年轻而又开放的光绪帝当政，所以光绪帝只要名号仍在，他所具有的巨大影响力就不容忽视。正是看到了这种潜在的威胁，从有关记载看，慈禧太后囚禁光绪帝后不久，就有意谋害或者废掉光绪帝。
慈禧太后起初的策略是，对外大张旗鼓宣布光绪帝已经病重，并下诏广求名医入宫为光绪帝看病，每天还将光绪帝的病历和药方传示各官署，甚至送到东交民巷各使馆。一时间，人心汹惧，似乎光绪帝大限已至。慈禧太后这样做，一方面是为谋害或者废掉光绪帝制造烟幕弹；另一方面借以试探各方的反映，尤其是试探各国公使的反映。出乎意料的是，光绪帝的安危受到了外界的广泛关注，一时人言鼎沸，传言甚多。有说光绪帝已经自尽身亡；有的说正抱病，被囚一室；甚至还有报道说光绪帝已被顽固派害死，所谓“病重”不过是一种假象；甚至对此极为不满的各国公使还纷纷向总理衙门建议，派一位医术高超的西医为光绪帝看病。慈禧太后起初不同意，后来迫于广泛的舆论压力，勉强同意让法国名医德对福入宫为光绪帝看病。诊断之后，德对福将结果公布于报纸之上，世人才知道光绪帝并没有什么大病，所谓的病情，也只是“体气瘦弱，精神短少，消化迟滞，大便滞泄”
等，并非什么绝症。由此，慈禧太后通过“皇帝病重”谋害光绪帝的伎俩被揭穿，慈禧太后也通过这件事看到了舆论所向。
不久，顽固派又试图废掉光绪帝，对外宣称：“帝久病不能君临天下”，为废立制造舆论。但是这种做法也立即遭到了外国驻华使节的反对，一些手握实权的封僵大吏也致电表示反对，流亡海外的康有为、梁启超更是发动侨民，致电清廷，“请皇帝圣安”，并要求慈禧太后归政于光绪帝。在这种情况下，顽固派明显感觉到了光绪帝背后的力量，也暂时不敢轻举妄动。
后来，慈禧太后又听从亲信荣禄的建议，于光绪二十五年十一月（1899年12月），宣布立端郡王载漪之子溥俊为大阿哥，定于次年元旦令光绪帝让位于他。不想这一计谋，也遭到了外国驻华使节的反对，外国人认为顽固派扼杀帝党，实行的是某些排外或者闭关的政策，这将对他们的侵略不利。后来甚至有传言，洋人要“勒令皇太后归政”，这让慈禧太后恼羞成怒，不惜利用义和团向侵略者宣战。之后，洋人和慈禧太后达成了谅解，洋人同意继续由慈禧太后维持局面，慈禧太后也甘愿为洋人效劳。在这种情况下，光绪帝的废立已暂时威胁不到慈禧太后的统治，慈禧太后也就放下了心。然而，慈禧太后对囚禁在瀛台孤岛上光绪帝的种种折磨，似乎让人感到她随时都希望光绪帝死去。
据有关资料说，光绪帝在瀛台孤岛上受着非人的折磨，生活极为凄苦。光绪帝刚到瀛台时，依照慈禧太后的吩咐，每天还给两席饭菜，后来只剩下一席。而所谓的饭菜，除了干冷变质的食品之外，别无其他。太监们也往往任意敷衍，有时甚至干脆不送。当时工部侍郎立山因为冬天给光绪帝住的大殿糊了糊窗户纸，就被慈禧太后大骂一顿。