稍后，郑氏内部出现矛盾，为清廷推行剿抚策略提供了有利的机会。康熙元年（1662年）五月初八日，郑成功于台湾病逝。台湾事务暂由其弟郑世袭管理，郑世袭因受人挑拔，想掌握整个郑氏集团。而郑成功死后，其子郑经即在厦门即承父位，从此叔侄二人势同水火，诸将互相猜疑，人心动摇。清福建总督李率泰、靖南王耿继茂乘机于七、八月间遣效用总兵林忠等前往厦门，致书郑经，对其进行招抚，这是清廷对郑经的第一次招抚。郑经本无和谈诚意，只因其退路台湾已被其叔占据，如果断然拒绝清朝和议，“则指日加兵，内外受困，岂不危哉？不如暂借招抚为由，苟延岁月，俟余整旅东平，再作区处”。于是他假意与清谈判，并上缴明朝敕命、公伯爵印及所缴获的清朝各州县印和海上军民土地清册，以换取清朝信任。次年五月，在内部矛盾平息后，郑经“请如琉球、朝鲜例，不登岸、不剃发易衣冠”,拒绝招抚，和谈因而失败。康熙二年（1663年）十月，清军攻克厦门、金门，郑经退守铜山。清廷于是又派人去招抚郑经，郑经仍要求按照朝鲜藩国待遇，甚至表示：
“若欲削发登岸，虽死不允。”
清廷并未因郑经对招抚的拒绝而动摇其政策。康熙二年（1663年）六月，郑经用计杀害支持郑世袭的郑泰，郑泰之弟建平侯郑鸣骏于是带领郑泰子永胜伯郑绪昌及大小文武官四百余员、船三百余号、众万余人，从金门驶入泉州港投降清朝。十月，清兵三路攻厦门、金门，开始时郑军获胜，但很快被击败。尽管泉州一路击杀了清军提督马得功，但因郑经派去防守高崎陆路的将领陈秘密降清，使清海澄公黄梧、水师提督施琅得以从海澄顺利攻占厦门，郑经只得退守铜山。铜山郑军在清廷的招抚政策下土崩瓦解了，“各镇纷纷离叛，日报无宁晷”。康熙三年（1664年）三月初六，清兵进攻铜山之前，有“伪威远将军翁求多率兵民六万余人纳款”。在三月十四日，又有“伪永安侯黄廷、伪都督余宽等，率伪官兵并家属人等三万二千四百余名出降”，郑经仅率数十只战船，乘风逃到台湾，他安排断后的两员大将周敛武、黄廷也向清廷投降了。至此，郑氏沿海据点被清廷一一拔除。据管理福建安辑投诚事务户部郎中贲岱于康熙三年（1664年）七月疏报：“自康熙元年至三年（1662至1664年）止，合计投诚文武官三千九百八十五员，食粮兵四万九百六十二名，归农官弁兵民六万四千二百三十名口，眷属人役六万三千余名口，大小船九百余只。”此后，从台湾、澎湖两地逃奔大陆的不计其数。如：康熙三年（1664年）十月，台湾商人兰英“带货物投诚”；康熙四年（1665年）十月，台湾伪左都督朱英自澎湖率众投诚；康熙五年（1666年）七月，台湾“伪都督李顺自澎湖来到浙江洋面，率伪官兵船进关投诚”。
对台湾投诚来的官兵，清廷给他们作了适当的安置，同来其余大小文武官亦分别授职。
封周全斌承恩伯，黄廷慕恩伯，朱英被任命左都督；授其下属都督佥事翁贵等四人、总兵陈琦等三人并为都督佥事，其副将、参将、游击等，均仍任原职，“并给全俸，赏赉有差”。
有的降者仍在前线领兵作战。如康熙五年（1666年）十一月，向清廷投降的杨富被任命为浙江水师右路总兵官。投诚武官中有人适合并愿为文职，康熙应允兵部题请，并令地方督抚察明之后具题斟酌使用。郑氏亲族来降者，予以优待。郑成功亲弟左都督郑世袭降后，不仅授予精奇尼哈番世职，给全俸，而且还将郑芝龙已被没收的田产发还给他。
对于台湾问题，由于荷兰殖民者的贪婪与野心，清王朝决定自己去解决它。荷兰人自被郑成功从台湾驱逐后，并不甘心失败，欲借郑成功逝世、郑氏内部混乱之际与清廷联合夺取台湾，并取得与中国“自由贸易”特权。为达到此目的，在康熙元年、二年（1662、1663年），荷兰殖民者一再派遣舰队，打着“支援大清国”的旗帜，抵达福建沿海。恰值清、郑第一次和谈破裂，清廷便想借助荷兰海军的力量，消灭郑氏沿海据点，于康熙二年（1663年）十月清、荷组成联军，进攻厦门、金门。金、厦战后，清、荷双方产生严重分歧。清廷招抚铜山，同时也准备武力攻取，“邀荷兰船助剿”；荷兰人拒绝助剿铜山，主张立即进取台湾，企图将台湾据为己有，荷兰殖民者的狼子野心此时暴露了出来。靖南王耿继茂在奏疏中提醒说：“外夷禀性贪利，察其来意，一则欲取台湾，二则以图通商。”因此，清廷赏赐给荷兰人缎匹、银两，并准其定期来华贸易，以此作为对其助攻金、厦的回报。
但是，康熙对荷兰时刻保持警惕，当其推托不前时，便断然下令：规取厦门、金门，迅速扫平海寇，“不必专候荷兰舟师”。荷兰人见目的难以达到，便丧失了联合攻台的兴趣。从此，清、荷双方未再进行合作。
康熙三年（1664年）七月，清廷收复铜山，欲乘胜一举收复台湾，于是任命福建提督水师总兵官施琅为靖海将军，以承恩伯周全斌、太子少师左都督杨富为副将，以左都督林顺、何义等为佐，命他们“统领水师，前往征剿”，并告诫部下说：“凡事会议酌行，勿谓自知，罔听众言。”施琅，福建晋江人，原为明总兵郑芝龙部下左冲锋，顺治三年（1646年）十一月，随郑芝龙降清，参与平定广东之役。因他拒绝抗清，其父大宣，弟显及子一、侄一皆被郑成功戕害。康熙元年（1662年），施琅升任福建水师提督。他自幼生长海上，深悉水性及郑氏情形，一贯主张以武力消灭郑氏，攻取台湾。这次清廷第一次出兵台湾，主要将领均由郑氏集团投诚的人充任，并无荷兰人参加，这是一个突破。康熙三年（1664年）十一月、四年（1665年）三月和四月，施琅、周全斌等三次进攻，都因遭台风袭击而被迫中途返回。据档案记载，当时经过多方核实，确实遭遇台风。但实际上这次进兵受挫，主要并非由于天灾，而在人事。因为这些将领都有着丰富的海上经验，如果他们之间以及他们与清政府之间确实能精诚合作，台风是完全可以避开的。后来施琅提到这次征台失败原因时，主要强调“人谋亦未允臧”。因为“投诚官兵，眷口多在彼处”，所以，他投石忌器，不敢太过认真；并由于他们临时凑在一起，未经选拔和训练，各部“参差不一”，号令不一；且将领无决策之权，“奉有成命，勉应击楫”。可见这几次出兵，准备是很不充分的。
在武力攻取条件不成熟情况下，或求助荷兰人，允许他们占有台湾，或与郑经对话，以求和平解决，二者必居其一。对于前者康熙帝断然拒绝予以考虑，选择后者，则体现了与民休息和排除外国干涉、独立处理国事的思想。
清廷招降失败
康熙六年（1667年）五月，清廷派遣福建招抚总兵官孔元章，携带郑经舅父亲笔书到达台湾，对郑经进行招抚，提出沿海地方与台湾通商，郑氏称臣纳贡，并遣子入京为质等三项要求。郑经厚待元章，但对招抚一事却严加拒绝。
孔元章于八月二十六日至十月二十五日再次赴台和谈，双方各执己见，仍未达成任何协议。
郑经的冥顽不化引起了福建水师提督施琅的不满。他于十一月二十四日上疏，建议“乘便进取，以杜后患”，并就选练士兵、筹集船饷、前线指挥、攻战机宜等重大问题提出看法和主张。翌年正月初十日，康熙降旨：“渡海进剿台湾逆贼，关系重大，不便遥定。着提督施琅作速来京，面行奏明自己的意见，以便定夺。”四月，施琅进京陛见，再上《尽陈所见疏》，对用武力统一台湾的必要性与可能性作了详细论述。后来历史证明，施琅这些意见都很正确，但因当时条件尚未成熟，暂时无法实行。主要是清、郑对峙以来，五省迁界，大量驻军，连年征战，东南地区生产完全遭到破坏，人民陷入水深火热之中。因此，自郑经东渡，大规模战事基本停止，广大人民迫切要求废除禁海令，裁去驻军，以减轻人民负担。对于撤军问题，清廷已在考虑，只是等待有利时机。早在康熙五年（1666年）正月，福建总督李率泰即在遗奏中说：“闽海余氛，远窜台湾，奉旨撤兵，与民休息，洵为至计。
惟是将众兵繁，若撤之太骤，不无惊惶；太迟，又恐贻患。”并且，朝廷仍寄很大希望于和平统一台湾，为防止干扰，促其早日实现，而宁愿将武力解决这一途径暂行搁置，以进一步推行以抚为主的方针。于是，清廷否定施琅建议，裁撤福建水师提督员缺，将水师战船全部焚毁，次第催拨海上投诚官兵到外省垦荒，授施琅为内大臣，编入汉军镶黄旗，留于京师。同时“严戍守界，不复以台湾为意”。
康熙八年（1669年）六月，在铲除了鳌拜集团后，康熙帝命刑部尚书明珠、兵部侍郎蔡毓荣到福建，与靖南王耿继茂、总督祖泽沛齐集泉州府，商议招抚台湾办法，旋派太常寺卿慕天颜、都督佥事李，带着康熙诏书及明珠信件，往台湾招抚郑经。七月初六日，慕天颜等人到达台湾，郑经虽礼待二使，但不肯接诏。他表示：“苟能照朝鲜事例，不削发，称臣纳贡，尊事大之意，则可矣。”住十余日，双方仍未能达成一致。郑经派礼官叶亨、刑官柯平随慕天颜往泉州，继续谈判，试探“免剃发不登岸”“照朝鲜例入贡”的可能性。对郑经的态度，康熙帝于八月敕谕明珠、蔡毓荣等：“若郑经留恋台湾，不忍抛弃，亦可任从其便；至于，‘比朝鲜，不剃发，愿进贡投诚’之说，不便允从。朝鲜系从来未为中国所有的外国，郑经乃中国之人，若因住居台湾不行剃发，则其归顺的诚意何在？今命内弘文院学士多诺前往。尔等会同靖南王耿继茂及总督、巡抚、提督等，传谕郑经来使，再差官同往彼地宣示：果遵制剃发归顺，高爵厚禄朕不惜封赏，即台湾之地亦从彼意，允其居住。”至此，为实现台湾的和平统一，康熙帝作出了重大让步，表示了最大的诚意。
慕天颜等奉命再往台湾，指出称臣而不剃发于情理不通，劝郑经遵制削发。明珠等在信中写道：“夫称臣纳贡，既已遵国制，定君臣之义，就同父子一般。从无父子而异其衣冠，岂可君臣而别其章服!此剃发一事，所当一意仰从，无容犹豫者也。”慕天颜当面劝说：“今既欣然称臣，又欲别其衣冠制度，此古来所未曾有。”但郑经仍顽固坚持，“苟能如朝鲜例，则敢从议若欲削发，至死不易”。根据慕天颜的汇报，明珠知道郑经是依恃台湾有海峡作为屏障，拒不应招，遂同蔡毓荣进京复命。自康熙元年至八年（1662～1669年），清、郑共进行四次会谈。唯有这次是皇帝亲自降谕，委派重臣，指授方略，对郑经的谰言进行批驳，充分显示康熙机智、敏捷和处理国事的卓越才能。
康熙十二年（1673年）八月，耿精忠向康熙帝上疏奏请撤藩，康熙帝立即允准并派钦使到福州协助办理撤藩事宜。耿精忠一见同意其撤藩的上谕，便马上与亲信密谋叛乱。此时他想到了占据台湾的郑经，如果能说动郑经参与他的反叛活动，无疑会大大增加他的声势。
于是耿精忠派了一个叫黄镛的漳浦人给郑经送了书信一封，在信中，耿精忠大加奉承，并煽动郑经：“孤忠海外，奉正朔而存继述；奋威中原，举大义以应天人。速整征帆，同正今日疆土；仰冀会师，共成万世勋业。”郑经对此大喜过望，总算又有了重返大陆的机会了。
他立即整船兴师。可耿精忠当时还在准备和观望，郑经只得在澎湖一带屯兵，静等局势的变化。吴三桂反叛后，康熙帝曾发上谕停撤耿、尚两藩，耿精忠又赶紧派黄镛二次到澎湖，让郑经停止进兵，恰逢岛内有事，郑经便又转回台湾了。康熙十三年（1674年）三月，耿精忠揭起反叛大旗，于是派黄镛第三次到台湾，让郑经率领台闽全部水师，攻取江浙。
郑经统率几乎全部水军渡海到厦门。这时耿精忠已率主力北上争夺江西和浙江，沿海一带几乎没有兵丁布防，郑经趁机在广东、福建沿海抢占地盘，抢占了原属耿精忠的泉州、漳州、汀州、兴化、邵武等府和属尚可喜镇守的潮州、惠州二府及广州所属一些州县，并将抢掠所获不断运往台湾。此情形对耿精忠而言无异于引狼入室，他极为恼怒，多次与郑经发生冲突。耿精忠也不再北上了，郑经更没执行吴三桂让他率舟师攻南京或天津的指令。
叛乱各部各怀鬼胎，勾心斗角，反而使得康熙帝抓住了机会，急命康亲王杰书赴浙江猛攻耿精忠，并指示当时的福建总督朗廷佐利用耿、郑之间的矛盾，仍招抚郑经。康熙十五年（1676年）十月，当清军自浙江攻入福建，耿精忠两面受夹击，进退失据，他不得已投降清军，并与清军合兵一处来攻打郑经，结果只用几个月的时间，清军便收复福建各地，郑经只得又退守厦门等沿海岛屿。
如果说康熙帝在三藩乱前确实打算用和平手段统一海峡两岸，当三藩乱时他考虑更多的只能是如何对郑经加以安抚，使其不致增加麻烦。他的主要注意力是吴三桂，招抚任何反叛力量均是出于军事上的需要，是一种策略。康熙帝在康熙十六年（1677年）时，更关注的是广西、广东和湖广方面合围吴三桂，福建方面已交给康亲王杰书镇守。杰书虽有心彻底击败郑经，但是满洲八旗不习水战，虽厦门等岛屿近在咫尺，杰书也徒唤奈何。五月，他派遣佥事道朱麟、庄庆祚到厦门招抚郑经。郑经仍然坚持说，只有照朝鲜例，才能同意，并在回信中说：准备率一旅之师“向中原共逐鹿”。杰书见到郑经的狂妄之语，不禁大怒，便下令各府州县，备造战船，准备进剿。就在此时，漳州人蔡寅诈称“朱三太子”，聚众造反，数万人向南靖、长泰、同安等县发起攻击，声势很大，杰书出海的计划搁浅了。
这年秋天，杰书再派泉州知府张仲举、兴化知府卞永誉等再往厦门，说郑经如果退出沿海各岛，可以照郑经期望的“以朝鲜事例称臣纳贡”向皇帝题请。郑经的手下冯锡范却无理提出：清廷要想息兵安民，各守海岛，必须以漳、泉、惠、潮四府作为台湾的粮饷基地。杰书擅作主张，以为如果申明利害，郑经有退回台湾的可能，于是再派监生吴公鸿去厦门送信：提醒郑经要审时度势，不要太狂妄，“要地请饷”。结果冯锡范仍坚持：“苟以生民为念，边所海岛悉为我有，资给粮饷，则罢兵息民。”康亲王杰书虽放宽了招抚的条件，郑经的要求反而更加离谱。康熙帝是否接受杰书的让步尚未可知。至此，郑经的意向已昭然若揭。康熙十七年（1678年）正月，康亲王杰书向康熙帝报告说：“郑锦（即郑经）无降意。”康熙帝批示：“郑锦虽无降意，其附逆人民有革心向化者，大将军康亲王仍随宜招抚。”后来的事实证明，康熙帝的这一决策有很大的可行性，而推行这一策略的是杰书荐举的姚启圣，他后来成为福建总督。