“永戍”不同于郎谈等建议的“攻取”。首先，康熙的目的在于建立军事基地，驻兵屯田，为战争做好准备。一旦时机成熟，必须开战，不必全部由内地运兵、输饷，黑龙江即能提供大量的兵源及给养，免蹈前朝因准备不周而致“粮饷不继”、半途而废的覆辙。其次，是稳步推进，步步为营，防止冒然进攻。第一步是制止沙俄在我国领土上的进一步扩张，然后逐步将已侵入国土之敌驱逐出去。再次，攻克之后，不再是放弃不守，而是长期戍守，将反侵略战争与巩固边防结合，避免“我进则彼退，我退则彼进，用兵不已，边民不安”的历史重演，把反侵略战争的胜利永远地巩固下来，永除边患。在当时，这是一项英明的战略决策，但它却招致了强烈的反对。清政府部分高级官员养尊处优，已失去了先辈纵横驰骋的英雄气概，既慑于俄国强大，又畏惧黑龙江的路遥天寒，对“征罗刹之举，诸臣咸谓地势最远。输饷最难，故皆不愿”。但康熙认为：征剿罗刹之役，“所关最巨”，故“不徇众见，决意命将出师，深入挞伐”。同样出于畏难情绪，有人主张速战速决，并反对驻守边境。前线统帅宁古塔将军巴海以“驻兵两地则势分道阻，难于防御”为由，反对在呼马尔驻军；又担心俄方听到消息后会大力支援雅克萨，使雅克萨更难攻取，因此主张：“宜乘其积储未备，速行征剿。俟船造毕，度七月初旬能抵雅克萨，即亲统大兵直薄城下，宣谕招抚。”许多大臣对巴海的主张竟大加赞赏，而不管它只是个一时的短识之举。康熙于二十二年（1683年）四月初八降谕斥责说：“所议进征罗刹军务，殊为疏略。”并以“将军巴海及副都统官兵又彼此不合”为由，令巴海留守乌喇，另任萨布素、瓦礼祜为副都统，带兵前往黑龙江戍守。议政王大臣等见康熙皇帝主意已定，才不得不表示赞同。但康熙也采纳了一部分合理的意见，部分修改了戍守黑龙江的方案。有人建议不驻呼马尔，而驻额苏里。他们说：“勘得黑龙江、呼马尔之间额苏里地方可以藏船，且有田垄旧迹。即令大兵建立木城，于此驻扎。”康熙接受了这一建议。
与此相配合，康熙又与沙俄举行外交谈判，向俄方宣告大清帝国不惜一切代价收复国土的决心。二十二年（1683年）七月二十九日，经康熙批准，理藩院照会俄方：“前遣孟额德等曾与尔约，各毋收纳逋逃，并以先年逸去根特木儿归我。乃背前约，入我边地，扰害打虎儿、索伦，焚劫飞牙喀、奇勒尔。今故命将出师，永驻额苏里。”
永戍边疆
康熙二十二年（1683年），副都统萨布素率乌喇宁古塔兵1000人进驻额苏里。瑷珲、额苏里两地按原计划共驻军1500名，其中1000名去额苏里后，宁古塔就仅剩五六百人能去瑷珲了。康熙令增派打虎儿兵四五百，使派驻瑷珲的兵力亦达千人。这些士卒在第二年带着家眷出发了。两地共驻兵2000人，成为永戍黑龙江的主力。
康熙永戍黑龙江的具体部署是：“其在黑龙江（瑷珲）建城永戍，预备炮具船舰。在呼马尔设斥堠。自黑龙江至乌喇置十驿，驿夫五十人，遇有紧急，乘蒙古马疾驰。由水路陆续运粮，积贮黑龙江。”如果沙俄船只沿黑龙江进犯，“我舟师尾击甚易”。况黑龙江地势辽阔，照内地设立10个驿站，又易于安置家口。这样，“则罗刹自穷蹙归诚矣”。这一年十月二十六日，清政府正式设黑龙江将军。康熙任命萨布素为首任黑龙江将军，礼部侍郎溢岱、工部给事中雅齐纳为副都统，下设协领、佐领等。黑龙江将军的设立对抗击沙俄侵略者，加强边防有极大的军事上的意义，而且它还对东北一地的开发建设有深远的意义。它与盛京将军、宁古塔将军（后改称吉林将军）为后来东三省的置建奠定了基础。
萨布素等到黑龙江后最主要任务是建设瑷珲城。瑷珲，因瑷珲河（今芒嘎河）而得名，旧城原在江东，在明代瑷珲称胡里平寨。顺治九年（1652年），俄军焚毁该地。康熙十三年（1674年），清廷派人在此建木城，由吉林水师总管暂行戍守。但那时该城规模很小，必须扩建才能满足长期戍守的需要。萨布素请求增派筑城兵丁。康熙二十三年（1684年）初，康熙令副都统穆泰率盛京兵600人，去瑷珲协助建城。扩建后的瑷珲城为一方形，周长九百四十步，合四千七百尺，有五座城门。因该城地处江东，与内地联系很不方便，同年，又决定迁至下游右岸，在托尔加城旧址另建瑷珲新城。新城在规模上超过旧城，其内城与齐齐哈尔同，“排木为重垣，实以土，具雉堞之观，四门皆有楼橹。方一千三百步，高丈八尺”；为与地形相适应，新城与齐齐哈尔有别，“西南北三面，排木为外廓。方十里，南一门，西、北各二，东临江”。瑷珲建成后，清廷在那里驻兵屯粮，成为抗俄斗争的重要基地。
出兵东北，粮草供应极为关键，康熙为将大批粮草、军火和其他军需物资运往黑龙江，经过反复廷议，从康熙二十二年（1683年）三月起，建起了一条纵贯东三省的水陆联合运输线。它自南到北，共分四段：第一段，造船百艘，从巨流河渡口，溯辽河上游的等色屯（今吉林榆树县邓子村），在此二地修建大型粮仓，由奉天将军、大臣等监理，由盛京兵卫送；第二段，从等色屯至伊屯门（今吉林伊通县），此一段由蒙古族人负责，由他们用车运输粮食，并派兵护送；第三段，造船百艘，从伊屯门经伊屯河（今伊通河），沿松花江至与黑龙江交会处。留镇乌喇的副都统负责有关修建粮仓储粮以及运送粮食事宜；第四段，造船八十艘，溯黑龙江而上至瑷珲。疆界议定之后，康熙特派人从瀛台、通州间载米试运，又分别派人勘探辽河、伊通河，康熙帝直到得到最确切的情报，认为可以运粮，才同意去制造运输船只，分别发运。其运粮水手的待遇非常优厚，第一段水手全来自民间征派，每人月给银一两，皇帝还特批“运米时，着将地丁钱粮悉行蠲免”。第三、四段水手，由乌喇、宁古塔兵丁、多余的壮丁、流放犯人和“八家猎户”充当，有运粮任务的猎户，允其“停猎”。这条运输线全长四五千里，成为沟通东北三省直抵瑷珲的运输大动脉。清军沿运输线路驻防，建造粮仓，黑龙江驻防部队的军需供应得到了充足的保证。
除了从全国各地征调粮食、购买牲畜供黑龙江戍守军队之需外，在康熙“我兵一至，即行耕种”的指示下，瑷珲、额苏里的驻军还大力实行屯田。清政府派侍郎萨海前往监督耕种，后又派马喇“督理家务”。屯田士兵中有许多不长于从事农业的少数民族，“索伦、达呼尔（达斡尔）不谙农事。康熙间，特遣部员，指挥其耕种，尝以郎中博奇课耕有法，禾稼大收，奉旨褒美”。
康熙二十二年即1683年，清廷开始在东北地区建立驿站。康熙派户部郎中包奇、兵部郎中能特、理藩院郎中额尔塞等前往。出发前康熙叮嘱他们：“此乃创立驿站之地，关系紧要。尔等会同彼处将军、副都统，询明熟识地方之人，详加确议安设。凡住驿人役及马匹牲畜需用之物并所食粮米，今岁耕种不及，须计及明年，多为储备。”康熙担心如果从雅克萨经额苏里再经黑龙江，一路传递情报恐怕会绕道而耽搁时间，令理藩院侍郎明爱率蒙古兵与索伦兵“酌自墨尔根（嫩江）至雅克萨设驿奏报军机，以免贻误”。后经反复勘测，确定情报传递路线为：从瑷珲西南翻越小兴安岭至墨尔根，由墨尔根沿嫩江到达齐齐哈尔再送至松花江北岸之茂兴，从茂兴过江即是吉林至京之驿站。一碰到紧急军情，可从茂兴出发，由蒙古驿马飞马入喜峰口送往北京。八月十三日，包奇等奏：“自吉林乌喇城至黑龙江城，以五尺细丈，共一千三百四十里，应设十九驿。”康熙命令包奇等照此设驿站，并作了具体安排：“每驿设壮丁并拨什库三十名，马二十匹，牛三十头。壮丁自盛京、宁古塔所辖各驿、柳条边派出，马牛令盛京户部照数采买送往。”
为了保证东北戍守军队军需的供应，康熙帝采取了灵活多样的方式。康熙二十二年（1683年）六月，他令理藩院官员于户部支银四千两，购买大量的储备物质，把它们运送到戍守的城池，与当地居民交换他们的牛羊粮食。这种用商品交换筹集军需的办法，方便了边区人民的生活，一举两得。康熙还令靠近黑龙江的内蒙科尔沁十旗将进贡给北京的牛羊等物品都转送给黑龙江的戍军，仍按数“照进贡例赏赉”。同时驻守部队还通过打猎活动，为自己提供了大量的肉食。第一次雅克萨战役之前，黑龙江驻兵缺乏肉类食品，恰逢数万只鹿下山觅食，“骑者驰射，步者攒击，及驾舟伐于江中，截获者计五千有余”，康熙闻讯十分高兴，认为是祥瑞的征兆。
永戍黑龙江，制止了驻雅克萨俄国侵略军向黑龙江中下游的扩张，为雅克萨等地区的收复奠定了基础。七月，由索伦族军官博克率领的清军先头部队刚到额苏里，就包围了一支沿江而下前来侵略的俄国船队，俄军部分人跳水逃脱，清军俘获了36名侵略者及6只战船。附近的俄国侵略军听说清军大部队到达的消息便纷纷从他们的据点里逃回到雅克萨等地。与此同时，黑龙江流域各族人民配合清军，纷纷袭击俄国侵略军。到二十三年（1684年）初，整个黑龙江中下游及其各条支流上的俄国侵略军据点都已被铲除。此时，康熙把目光投注到仍被俄国人侵占着的黑龙江上游的雅克萨和尼布楚。
决战雅克萨，订约尼布楚
雅克萨大捷
雅克萨位于今漠河以东呼玛西北黑龙江北岸，隔江与额木尔村相望。雅克萨在满语中是河流冲刷的河流之义。当时是我国达斡尔头人阿尔巴西的驻地。雅克萨是黑龙江上的交通枢纽，从贝加尔湖方向和雅库次克方向进入黑龙江，雅克萨均是必经之地。顺治七年（1650年），俄侵略军在哈巴罗夫率领下向雅克萨一地侵扰，阿尔巴西领导居民奋勇抗击侵略者，终因寡不敌众，美丽的雅克萨被俄军所占领。哈巴罗夫在雅克萨建阿尔巴金城堡，以此为进一步侵华的据点。后俄军被清军击败，其在雅克萨、黑龙江中下游的侵略势力被肃清。
康熙四年（1665年），俄侵略军重新占领了雅克萨，雅克萨又成为俄侵略军在黑龙江上的最重要据点。
康熙帝永戍黑龙江的成功，使收复雅克萨彻底驱逐沙俄侵略者的时机已成熟。康熙二十四年（1685年）正月二十三日，康熙决定以武力收复雅克萨。他向议政王大臣宣示：
“向者罗刹，无故犯边，收我逋逃，后渐越界而来，扰害索伦、赫哲、飞牙喀、奇勒尔诸地，肆恶多端。是以屡遣人宣谕，复移文来使。罗刹竟不报命，反深入赫哲、飞牙喀一带，扰害益甚。应即翦灭。”早在一年前，康熙曾用满、蒙、俄三种文字致书雅克萨俄方，令其送还根特木儿，从中国撤兵，俄方对此置之不理。但此次康熙仍主张于出兵征伐之前，再致书俄方，若在“宣谕之后，罗刹果能遵旨即回，以雅库为界，我兵即驻扎于黑龙江，设斥堠于雅克萨，令疆圉帖然。如果仍行抗拒，则大兵相机而行”。议政王大臣详议后，对康熙帝的主张表示赞同。将军萨布素戍守黑龙江有功，但前一年康熙令其进兵雅克萨，“尽刈其田禾”，使俄人缺乏粮食，萨布素没有执行，而且所管“耕牛尽毙，农器损坏”。康熙认为萨布素若担当指挥以征讨，“定误军机”，故组建了新的前敌指挥班子，命都统彭春统兵，又派副都统班达尔善、护军统领佟宝、副都统马喇及銮仪使侯林兴珠等参赞军务，侍郎萨海仍令督耕。同时令萨布素将黑龙江将军印移交彭春掌管。达斡儿副头目倍勒尔奉命往雅克萨侦察敌情，生擒俄俘讯问，对雅克萨城的防守工事有了了解，并得知，守城俄国“兵众不满千人”。三月初，康熙得此情报，他收复雅克萨的决心更坚定了。
三月十七日，康熙再次派人致书俄国察罕汗，提出撤退雅克萨俄军、双方以雅库地方为界的建议。
四月二十八日，3000名清军奉命出发，分批前往雅克萨。五月中下旬，清军陆续抵达雅克萨。其中包括驻瑷珲的乌喇、宁古塔兵1500名，索伦、达斡尔兵500名、新调之京营八旗五六百名及康熙亲自选调的善用藤牌大刀的汉族官兵420名，在发起进攻之前，彭春派被俘俄人进城送信：一封是康熙帝写给沙皇的，内容同三月十七日信大致相似;另一封是彭春给雅克萨俄国督军托尔布津的咨文，其内容着重在于讲明清廷出兵之由，令俄人交还逃人，撤回雅库，“则我亦将尔投降之人员悉予遣回”。
俄军恃城防坚固，对彭春的信置之不理，清军决定发起强攻。五月二十四日，清军消灭了一批前来支援的沙俄侵略军，毙30余人，俘10余人。当晚，清军在城南建立档牌土垄，布置弓弩，佯作攻击之势，而暗地里在城的东西两翼架设了红衣大炮。二十五日黎明，攻城战开始，清军枪炮齐发，毙俄军百余人。城内无防火设备，清军炮火所及，烈焰熊熊，城内一片火海。俄方雅克萨督军托尔布津走投无路，决定投降。康熙对俄军战俘极为宽大，事先已遣亲随侍卫关保至军前传谕：“以我兵马精强，器械坚利，罗刹势不能敌，必献地归城，尔时勿杀一人，俾还故土。”彭春遵照康熙的指示，“宥其困而后降之”，在保证不再重犯条件下，俄军战俘被释放了。同时他们还带走了其财产与武器。俄军举行投降仪式之后，清军即将700余俄国人（包括少数妇女、儿童）送至额尔古纳河口，遣返俄国。另有巴西里等45人不愿归国，清廷把他们安插盛京。城内被俄军掳去作为人质和奴隶的160余名中国人，其中大多为索伦、达斡尔人，“仍各发回原地”，喀尔喀、厄鲁特人口，“俱察送到部，给发本主”。雅克萨之战，完全在康熙帝的掌握之中，他所设定的作战目标也实现了。
不言而喻，皇帝、王公大臣、文武官员闻讯都沉浸在喜悦之中，康熙对彭春等迅速收复雅克萨甚是高兴，克复雅克萨，特予以嘉奖，命“在事人员，从优议叙”；萨布素以往的过失“亦概从宽免”。
早在正月二十三日，康熙帝即已在谕旨中对收复雅克萨之后的行动作了具体安排，他明确指出：“我兵即驻扎于黑龙江，设斥堠于雅克萨。”而且提请将领们注意：“若不如此周详区画，今纵克取雅克萨城，我进则彼退，我退则彼进，用兵不已，边民不安。”收复雅克萨后，康熙在六月十四日的谕旨中再次告诫：“至雅克萨城虽已克取，防御决不可疏。应于此地永驻官兵弹压，此时即当定议。着大学士勒德洪、学士麻勒吉、图纳、同郎谈、关保，与议政王大臣等会议具奏。”然而彭春等人收复雅克萨之后，一把火烧了城堡，没有割掉雅克萨周围的庄稼，哨所未立，在没有接到命令的情况下擅自撤兵回瑷珲、墨尔根等地，以至俄国人在两个月之后重新侵占了雅克萨。
康熙二十五年（1686年）二月十三日，康熙在数月之后才得知俄军重新侵占雅克萨。