噶尔丹逃回科布多后，一面收集残余力量，发展势力，图谋东山再起，一面派人去莫斯科，向沙俄乞求支援。噶尔丹于康熙三十年（1691年）起，多次派使者去沙俄活动。他给沙皇写信说：“我等与陛下一向是具有同一事业的兄弟，蒙古乃陛下我等之敌人，为了你我双方事业的成功，敬请陛下就兵员、火药、铅弹和大炮等一切作战之所需，给予至善的谕旨。”这一请求对沙俄来说求之不得，此后沙俄多次遣使会见噶尔丹，在沙皇俄国的支持下，噶尔丹的野心又迅速膨胀起来。与此同时，他给喀尔喀蒙古和内蒙古一些首领写信，大力煽动叛乱，挑拨各部与清朝的关系。为积蓄力量，恢复元气，噶尔丹在大草原上带兵到处抢劫，掠夺他部的牲蓄及其他财产。他还杀害清王朝的官员，噶尔丹的行为与野心使大草原再次笼罩在战争的血腥气氛之中。
康熙三十一年（1692年）八月，噶尔丹派人在哈密附近杀害了前往策妄阿拉布坦的清使马迪等官员。不久噶尔丹又重新提出索要土谢图汗和哲布尊丹巴，并要求康熙帝把喀尔喀蒙古各部内迁牧民送还故地。并密派使者在内蒙古到处散发书信，煽动当地人民叛乱。
康熙三十四年（1695年），噶尔丹率骑兵3万，沿克鲁伦而下，向漠南发起大举进攻，又燃叛乱战火。
康熙三十五年（1696年），面对噶尔丹的疯狂进犯，康熙帝决定再次御驾亲征。他命黑龙江将军萨布素率盛京兵两千，宁古塔兵一千，科尔沁兵四千，沿克鲁伦河进击，这是东路兵；西路，由费扬古统率蒙古兵从归化出发进击噶尔丹，以切断他的退路；康熙帝则统率大军出中路，从独石口迎击噶尔丹大军。五月，康熙率军到达拖陵布喇克。他派人到噶尔丹军中宣布皇帝敕谕，向噶尔丹指出清廷三路大军已到，但皇上因不忍见生灵涂炭，故希望与噶尔丹会面，以划界分治。噶尔丹对此置之不理。五月初七，清军侦探到噶尔丹的位置，康熙立即率兵从枯库车尔地方迎击噶尔丹。他亲率前锋兵在前，诸军依次前进，“兵威之盛弥山遍野，不见边际，整齐严密，肃然无声”。是日，清军在西巴尔台驻下，噶尔丹“乞暂缓师”，康熙清楚他另有图谋，便以“此地乏水”为由，拒绝了噶尔丹。次日，直趋克鲁伦河。克鲁伦乃兵家必争之地，康熙亲“率数人登高执圆镜远望”，观察地形，然后部署兵力。他派遣科尔沁土谢图亲王沙津、达尔汉亲王班第、喀尔喀车臣汗等率军“往据西方巴尔代哈山麓高处，佯作全军从此经行之状”，以引诱敌人。同时康熙帝亲率大军“争先据河”。噶尔丹对康熙帝御驾亲征之事并不相信，说：“康熙皇帝不在中国安居逸乐，过此无水瀚海之地，宁能飞渡乎？”后从康熙放回的厄鲁特人口中得知皇帝确实亲自率军作战，他又到北方孟纳尔山遥望清军大兵队伍行列规模“不似乌兰布通时”，方大惊失色说：“是从天而降耶!”于是传令众人，放弃庐帐器械全军撤去。
康熙抵达克鲁伦，对各队领军大臣说：“噶尔丹若据克鲁伦河，我兵夺河交战犹稍费力，今观其不于此拒战，而竟逃窜，是自开门户以与我也。审其情形，肯定是连夜逃跑而去，当轻骑急追。”自五月初八至十二日，康熙以“疾驰莫惮追奔力，须使穷禽入网罗”的决心，率领清军将士追赶了五天，经克勒河溯流到拖讷阿林（拖讷山）。此刻，由于进军太快，军粮不继，不得已决定，改由全部前锋军、满洲火器营兵及亲随护军，组成一支精悍部队，每人凑足二十日口粮，由刚授平北大将军的内大臣马思喀率领，继续追讨噶尔丹。
康熙自出师以来，“不怀安逸，不恃尊崇，与军士同其菲食，日惟一餐，恒饮浊水，甘受劳苦”，一直挥军前进，有时因驻跸处条件不好，臣下们打算退几步重新设置皇帝的行幄，康熙也不答应。这次只因“西路兵及两路饷皆未如约而至”，不得不安排轻骑前进，自率大队回军迎粮。他料定噶尔丹此次难以逃脱，“捷音数日内即到”。中、西两路大军距敌主力越来越近，清军已形成了对噶尔丹的夹击之势。
西路两支军队一路克服了粮饷难继、马匹倒毙等无数的困难，为加快行军速度，不得不中途汰除羸弱疲病兵卒，集中精锐兵士和粮食日夜行进。当两支队伍会师翁金后，清军将士得知康熙帝也在前线时，更加快了行程。五月初四兵抵土拉河（今乌兰巴托西南）。当全军刚刚行抵昭莫多，他们便遭遇了噶尔丹的先头部队。费扬古来不及布阵，立即命令将士各据险要，一万四千余清军在昭莫多布下擒寇的网罗。
昭莫多，蒙古语大树林之义。此地依水临山，森林丛集，地理位置重要，是克鲁伦河至土拉河的必经之地。当噶尔丹在窜逃途中听说清军两路兵马正全力赶赴昭莫多地时，噶尔丹异常担心会被阻击在昭莫多一带，那将是灾难性的。于是他催促他的部卒拼命前进，抢占昭莫多一地，据险以遏清军。但他还是迟了一步，清军正在昭莫多等着他的到来。
清军刚进入阵地，噶尔丹军队便蜂拥而至，犹如一阵狂涛袭来。想逃命的叛军一次又一次地向清军阵地发起冲击，小山岗前人喊马嘶，山林摇动。清军凭借有利地势，枪炮齐发，噶尔丹的叛军被毙伤无数。双方枪铳互射，昭莫多被笼罩在浓浓的烟雾之中。夕阳西沉，双方仍在拼杀。噶尔丹的亲信将领中有不少人已丧身于清军的炮火之下，而清军也有不少伤亡，双方胜负未分。
噶尔丹眼见与清军激战一个下午，也无法突破清军的阵地，便想利用黑夜的掩护，偷偷溜掉。但他的行动被清军发现了。清军宁夏总兵殷化行向主帅费扬古建议，偷袭噶尔丹后路。于是，费扬古便派出一支精锐部队绕过阵前，突然间向噶尔丹的背部发动猛攻。噶尔丹部顿时陷入混乱当中，在清军的两面夹击下，腹背受敌的噶尔丹全线崩溃。噶尔丹的妻子阿奴在混战中被杀，部众被清军击毙无数。噶尔丹见此情景，心知大势已去，便在心腹的保护下，夺路逃命而去。清军大获全胜。
昭莫多战后，噶尔丹已无路可逃，流窜于塔米尔河流域。为了彻底消灭噶尔丹反叛势力，康熙采取收抚降众、遏绝噶尔丹外援的策略，彻底地孤立了噶尔丹。噶尔丹之侄策妄阿拉布坦此时也遣使入朝，接受清朝的册封，噶尔丹已处于四面楚歌的境地，但他顽固不化，拒不接受清廷招抚。
康熙三征噶尔丹
康熙在第二次亲自征伐噶尔丹还没结束时，就已经开始准备第三次征伐的工作。诸如：
派户部尚书兼属理藩院事马齐到陕甘一带，通往宁夏，于“并阅大兵所行之路”设立驿站；派副统领阿南达调查从宁夏及嘉峪关西路出兵，至噶尔丹盘踞的萨克萨特呼里克的道里远近。康熙三十六年（1697年）正月，大臣以及一些官员有些轻敌，劝说皇帝停止亲征。康熙觉察到形势的发展对自己有利，并且到处存在轻敌思想，所以，他多次说明亲征宁夏的原因和益处。他对大学士说，“览周士皇所奏，虽臣子之情当然，但周士皇未知其中之故”，正因噶尔丹“今穷困已极，故乘此机会，亲临塞外，酌量调度”。以前吴三桂的背叛，对之重视不够，没有迅速派遣充足的大兵，所以“吴三桂煽惑人心，遂至滋蔓”。后来“朕日夜绸缪，调遣大兵，几费心力，方得扑灭”。由此可见，如果不在噶尔丹处于不利形势之下及时征伐，以后必然会花费更多的物力、兵力，会有更多的困难。
康熙三十六年（1697年）二月初六，康熙第三次亲自率兵征伐噶尔丹，从京城出发，通过了山西大同、陕北的府谷、神木、榆林等地，由边外前行，三月二十六日抵达宁夏。
这在西北蒙古诸部中引起巨大震动。那些立场不坚定的台吉们觉察到自己已无力抗争，于是纷纷上疏请罪，愿意归顺朝廷，更有甚者还愿意与朝廷共剿噶尔丹，这正合康熙之意。
与此同时，康熙帝调派两路大军进剿。一路由大将军费扬古率兵三千出归化，由昭武将军马斯喀率兵二千出宁夏，在郭多哩处会合（今蒙古人民共和国达兰扎达加德附近），然后北进；另一路由孙思克、博霁率西安、甘肃兵二千前往肃州，再由阿南达率领出嘉峪关，取道哈密北进。在一个月之内，康熙皇帝安排好运粮和调遣各路大军的事务。闰三月十五日从宁夏北上，半个月后，到达了狼山的南面，亲自送行宁夏一路兵。四月初七，在河套一带离岸登舟，沿黄河顺流而下。
康熙帝踏上归途，可他的心惦念着在无水无草的沙碛中前进的将士。他坚信这一次必胜，不会再有像克鲁伦河回撤的那种担心。他知道噶尔丹已是死期将至，数日内当有佳音传来。四月十四日夜，有消息传来说噶尔丹已死。康熙皇帝不敢相信，十分激动，迅速上岸，连夜亲自迎接送信的使者。十五日早晨，一小船自上游急驶而来。散秩大臣布克韬登岸跪呈大将军费扬古奏章，上面清清楚楚地写着：闰三月十三日，噶尔丹在阿察阿穆塔台地方“清晨得病，其晚即死，不知何症”。丹济拉等“携噶尔丹尸骸及噶尔丹之女钟齐海，共率三百户来归”。
康熙帝拿着奏疏，心情久久不能平静。近20年来，西北、北部边疆动荡难安，人民流离失所，时刻威胁着内地的稳定，引起沙俄对领土的觊觎蚕食，噶尔丹之罪是死有余辜。
而八年平叛，无数将士饱经风霜雨雪，忍受着酷暑严寒的折磨，饥渴难耐，尝够了艰辛，甚至葬身沙海和战场。康熙帝自己也没有贪图安逸享受，三次亲自率兵征伐，每日分兵派将，“筹划储备兵马钱粮，无晷刻之闲。在路也，晨则蒙雾露，昼则冒尘沙，口疲于诫诲，手胼于鞭辔，行数千里之外，以至于斯者，亦只以此孑遗之噶尔丹之故也”。心患已除掉，西北地区从此就稳定下来，“今紧要喜庆之大事，无有过于此者”，他当即给在京主政的皇太子胤礽写信，让天下所有的人都知道这一喜讯，与他共同分享胜利的喜悦。他激动万分，以致于“持笔不能成文”。
康熙帝在黄河岸边对天叩拜，随后全体文武官员及兵士举行了庆贺礼。他下令命费扬古率兵到丹济拉处，让那些出征的部队马上撤回，把投降的人押回来。
马上的康熙帝，按辔缓行，对身边的太监说：“噶尔丹已死，各部皆已归顺，大事已毕。
朕两岁之间三出沙漠，栉风沐雨，并日而餐，不毛不水之地，黄沙无人之境，可谓苦而不言苦，人皆避而朕不避，千辛万苦之中立此大功。朕之一生，可谓乐矣，可谓至矣，可谓尽矣。”
五月十六日，康熙帝胜利归京。
对噶尔丹的征讨，在历史上意义深远。它扫除了漠北、西北地区一大不安定因素，社会秩序有所稳定，在不同程度上加强了清政府对喀尔喀蒙古、厄鲁特蒙古的统一管辖。不仅如此，其对加强边防、禁止他国入侵也作出了卓越的贡献。沙俄对我国蒙古族居住地区的侵略，寄希望于噶尔丹的配合，康熙平定噶尔丹叛乱，使沙俄失去了依靠力量，且团结众蒙古部落，使之成为抵御沙俄侵略的屏障。
蠲免赋税，巡视河防
南巡治水
清定鼎北京后，经过长期的征战，消灭了南明政权，镇压了各地的起义与反抗，讨平了吴三桂的反叛，收复台湾之后，清政府才得以巩固它在全国的统治。但连年战乱，造成了人口大量的减少，土地大片荒芜，许多地区异常萧条，而且社会上怀念明朝的势力依然存在，因此，战争结束之后的首要任务就是迅速地恢复和发展生产力，以此来争取民心。
清初黄河不断决口，给两岸人民带来了巨大的灾难，人民流离失所。淮河、睢水流入洪泽湖内，也在清河县泻入黄河。该地河流众多，情况复杂，河水经常泛滥，给沿岸人民带来巨大灾难，不但对黄河流域的经济发展起着破坏性的作用，还直接影响着清政府至关重要的漕粮运输。清王朝每年要从江南通过运河水道运四百万石粮食到京师，供皇室、京城官宦及驻京旗兵需用。一旦漕运受阻，京城就会一片混乱。因此康熙亲政后，即把河务与漕运列为与三藩同等重要的大事。恢复生产、安抚人心的关键所在是治理黄河。从康熙二十三年（1684年）至康熙四十六年（1707年），他六次南巡，亲自巡视黄河河工，赈济当地灾民，笼络汉族士绅，成为其治国安邦的一项重要措施。
康熙二十二年（1683年），清政府收复台湾，国内大规模的战争局面结束了。当年春，翰林院编修曹禾、吏科给事中王承祖分别上疏，呈请皇帝仿古代帝王之巡狩，登泰山封禅，以告成功。康熙也想利用南巡考察河务、漕运，慰问灾民，观风问俗。于是于二十三年（1684年）九月二十八，康熙皇帝率大批侍从离开北京，开始了他的南巡之旅。亲登泰山后，车驾驻于郯城红花铺，河道总督靳辅来朝。靳辅，字紫垣，汉军镶黄旗人。顺治九年（1652年），以官学生考授国史馆编修，初涉政坛。此后，靳辅因其颇有才干，不断地升迁。顺治十五年（1658年），改内阁中书，不久迁兵部员外郎。康熙初年，靳辅由郎中一职而升至内阁学士，连续升了四级。康熙十年（1671年），靳辅被任命为安徽巡抚，治绩优着。十五年（1676年），康熙对其实心办事给予嘉奖，“加兵部尚书衔”。不久以后，康熙帝将其擢升河道总督，康熙帝寄希望于靳辅能治理好黄河。