话说牛顿由于在光学和引力方面的成就，立即使他名噪欧洲，成了科学界的一颗新星。他本想一鼓作气再完成一系列的课题，但17世纪90年代初却出现了使他最难过的岁月。由于为《自然哲学的数学原理》的写作付出了巨大的劳动，他的身体渐渐不支，患了严重的忧郁症。他又不断因科学发明权而与人打官司：
在光学问题上与胡克争吵，在天文方面与格林尼治天文台台长弗拉姆斯蒂德闹翻了，在微积分的发明权上更是与莱布尼茨闹得全欧洲都议论纷纷。不久他的母亲去世，更使他心痛欲绝。他长期在学校教书，工资不高，又不会管理生活。工作、学术、生活绞成一团乱麻，真使他伤透了脑筋。他早没有心思再看一页书，整天在那间杂乱的工作室里坐立不安，若有所失。这天，正当他又心神不宁时，仆人送进一封信来，他忙拆开，先看信后的落款，是财政部长查尔斯·蒙塔古。这人比牛顿小19岁。也是三一学院的学生，但早就混入了官场，今天突然来信有什么大事？只见信是这样写的：“先生：
我非常高兴，因为我终于能对我们的友谊以及国王的赏识，给你一个良好的证明。造币厂督办欧佛顿被任命为海关督办，国王已应允我任命牛顿先生为造币厂督办。这个职位对你最合适，是造币厂的主管，年俸约有五六百英镑，而且事情不太多，不必费心照料……”
牛顿现在最缺的就是钱，这真是瞌睡给了个枕头，牛顿立即走马上任。1696年3月29日，他连家也搬到了伦敦。三年后他又正式升任为造币厂厂长。
伦敦这个地方是欧洲最大的都会，当然与那安静的剑桥学府又有不同。牛顿在这里整天交结宫廷权贵，参与政界、财界大事，忙忙碌碌，好不热闹。而且自从升任厂长后，他的年薪又涨到二千英镑，他现在已经一跃而为大富翁了。他住的房子富丽堂皇，而且常有贵人登门，他也再不便那样邋遢，于是便把他的侄女凯瑟琳·巴顿接来，专门给他料理家务。由于《自然哲学的数学原理》一出版即已脱销，牛顿又请了一位年轻的数学家罗杰·科茨来做他的助手，准备二版书的出版。他在这个新地方又开始了新的工作秩序。
这天哈雷来看望牛顿。自从牛顿来到伦敦后，他们的来往就更密切了。他进门时看见牛顿斜靠在那张大圈椅里，正在向对面的科茨口授《自然哲学的数学原理》二版的序言。他见哈雷进来，欠起身子，示意请坐，又喊凯瑟琳倒茶，然后继续说下去：
“我只是通过上帝对万物的最聪明和最巧妙的安排以及最终的原因，才对上帝有所认识。我因为他至善至美而钦佩他，因为他统治万物，我们是他的仆人而敬畏他，崇拜他……”
哈雷不愿打断他们的写作，悄悄坐到桌旁，翻着一些文稿，拿起牛顿刚起草好的一篇关于他的科学发现的备忘录：
“在1665年开始，我发现计算逼近级数的方法……，同年5月间我发现了计算切线的方法……，11月间发现了微分计算法。这一年里我还开始想到重力是伸向月球的轨道的，于是我把月球保持在它轨道上的力和地球表面上的重力作了比较，发现它近似相等。所有这些发现都是在1665—1666年的鼠疫年代里作出的，因为在那些年代里我最年轻力壮，对发明的兴趣也很浓厚。在此以后，任何时期我都更致力于数学和哲学的研究。”哈雷看着这个备忘录，听着牛顿口授的序文，两两相比很觉得不是滋味。23岁时的牛顿是初生牛犊，月亮、太阳、整个宇宙都敢去探索，而现在这个73岁的牛顿，却将自己一生的发现又都还给了上帝，而且连他自己也已匍匐在上帝的脚下，做了一名最顺从的仆人。他又顺手翻翻桌子上的文稿，都是“关于上帝在七天中创造世界的考证”、“关于圣父、圣子、圣灵三位一体的研究”、“关于圣经史和自然史年表的一致性”……他突然觉得自己现在像是坐在一座神学院里或是一座教堂里，牛顿口授文章的喃喃声，像一个主教在诵读圣经，又像一个教徒在祈祷，他不觉打了一个寒噤。可是眼前分明是他尊敬的牛顿教授，他们是一同研究彗星、出版《自然哲学的数学原理》的朋友啊。哈雷的心里不由升起一种惆怅之情。
一会儿牛顿口授完了序文便热情地招呼哈雷坐近一点儿，他永远不能忘记哈雷对他的帮助。哈雷犹豫了一会儿，终于怯生生地提出他刚才思考的问题：“先生，你近来主要研究些什么？”
“研究神学。你知道，我们这个世界的完美，全靠神的摆布。我研究自然规律，越到后来，越发现一切都可以在上帝那里找到答案。他早就为我们安排好了，我的一切工作都不过是圣经里的一个小小的注解。”
“先生，你的万有引力不是把世界已经解释得很清楚了吗？众星，还有世间的物体不是都按着这些规律和谐相处吗？”
“这引力是它们维持现在的运动轨道的力，但它们一开始怎么转起来的呢？
我想这第一推动力就是上帝，是上帝推了一下，这个世界才动起来。所以我现在正集中精力考证圣经上说的年代，考证上帝创造世界的时间。”
“先生，你知道，你的《自然哲学的数学原理》揭示了宇宙的奥秘，将哥白尼、伽利略、开普勒都包容了进去。现在大家都在拼命地研究这本书，可以说，你给人们打开了一个新的世界，全欧洲都在崇拜你，尊敬你，你应该再给我们大家多指出一些规律……”
牛顿还不等他说完，突然从圈椅上直起身子，正襟危坐，以责备的目光看着这个晚辈：“哈雷先生，怎么能这样说呢？我们的一切工作只能是更好地证明上帝创造的世界。我是上帝的仆人，我们大家都应该崇拜和尊敬上帝。”说完，用手在胸前画了个十字。哈雷赶忙下意识地正了正身子，好像牛顿对神的崇拜对比出他对神的亵渎。他感到一种无形的威严向他压来，不觉垂下眼睑，看着自己的双手。一会儿他又小心地问道：“先生这样虔诚，为什么当初在三一学院毕业时不接受神职呢？”
“这正是出于对上帝的崇拜与敬仰。我选择自然哲学，就是要用自然哲学的思维去证明神的存在。你知道，他们那些神职人员是不能完成这个任务的。”
哈雷无话可说了。喝了一会儿茶，他知趣地起身告辞。在走廊上他叫住凯瑟琳问道：“你舅舅近来脾气怎样？”凯瑟琳手里端着盘子，将嘴凑到哈雷耳边说：
“越来越固执了，谁的话也听不进去。每天来访的都是些神父、主教。”说完匆匆走了。刚才牛顿的那些话使哈雷心里沉甸甸的。他百思不得其解，这个科学巨人，他的朋友，他的师长，正当他在对自然的宣战中取得如此显赫的成果，全欧洲都在羡慕他，以他为旗手、为偶像时，而他自己怎么一下子又带着这全部的战利品、全部的荣誉去甘心投靠上帝，去做一名仆人，做一名小卒呢？这确是一场悲剧。
后来恩格斯有一句名言替哈雷回答了这个问题：“哥白尼在这一时期的开端给神学写了挑战书，牛顿却以关于神的第一推动的假设，结束了这个时期。”
牛顿的晚年除了写他那有150万字的神学巨著外，就是享受非凡的荣誉。
1703年11月30日，他被选为皇家学会会长，连续担任这个职务近四分之一个世纪。1705年，他被封为贵族。
1727年2月28日，牛顿以85岁高龄在伦敦刚刚主持了皇家学会的一次会议，突然胆结石症发作，一阵疼痛昏迷过去。整整一天一夜，他才睁开那双疲倦的眼睛，汗水将他两鬓的白发湿成一团。他看看周围，守在床边的有他的侄女凯瑟琳；有他忠实的朋友，《自然哲学的数学原理》第一版的出版助手哈雷；有《自然哲学的数学原理》第二版出版的助手，一位年轻的医生亨利·彭伯顿。他突然喊道：“科茨呢？他为什么不在？”哈雷见他被疼痛折磨成这个样子，眼眶里早已噙着两汪泪水，又见他问起科茨，便知他的神态已不大清楚了。可怜的科茨，在1716年年纪轻轻就不幸离开了人世，所以才调彭伯顿来继任牛顿的出版助手的。这时牛顿也已清醒过来，便不再问什么，只是紧紧地闭上眼睛，眼缝里渗出两行浑浊的泪水。凯瑟琳一下扑在舅舅的身上，不停地呜咽着。牛顿伸出他那双青筋突起、上面布满由于化学实验造成伤痕的手，抚着凯瑟琳的肩，睁开眼。他看看哈雷和彭伯顿，声音不大但很清晰地说：“是的，我该走了，连科茨他都先走了，我还留在这里干什么？我本来就是上帝的仆人，早该回到他的身边。这一生，我为自然哲学，为我们至高无上的上帝尽了一点儿义务。我不知道世人将对我如何评价，不过我自己觉得我只不过像一个孩子，在海滨嬉戏，不时拾起一块较光滑些的石子，一个较美丽的贝壳，高兴地赏玩，至于真理的大海，则在我的面前还远未被发现呢。”
1727年3月20日，牛顿病逝，享年85岁。英国政府为他进行了国葬。他睡进了只有英国历史上最著名的艺术家、学者、政治家、元帅才配安息的地方。
他死后四年，人们为他立了雄伟的墓碑，并刻了这样一段铭文：
伊萨克·牛顿爵士安葬在这里。他以近乎超人的智力第一个证明了行星的运动与形状、彗星的轨道、海洋的潮汐。他孜孜不倦地研究光线的各种不同的屈折角，颜色所产生的种种性质。对于自然、考古和圣经，他是一个勤勉、敏锐和忠实的诠释者。在他的哲学中确认上帝的尊严，并在他的举止中表现了福音的纯朴。
让人类欢呼曾经存在过这样伟大的一位人类之光。
牛顿便这样在科学与神学的混合中结束了自己的一生，这颗巨星陨落之后，近代科学的舞台上又有哪些人物登场，且听以后慢慢分解。