有一部分婴儿出生后不久大便次数便开始增多，一般每日3～8次，但很少超过每日10次。不断发热、呕吐、大便稍稀、水分不多、色呈黄绿色无脓血及不消化食物，精神食欲及睡眠好，无脱水征象，腹泻时间自出生后不久至出生后几个月，但一般不超过6个月，虽腹泻时间长，但身高体重照常增加，生长发育不受任何影响，这在医学上被称为“生理性腹泻”。这种现象见于渗出性体质的小儿，通常婴儿外观虚胖，常有湿疹，添加辅食后，大便次数会渐渐自行减少，性质也随之转为正常。
对这些有生理性腹泻的婴儿，不需要治疗，顶多给予一些促进肠道菌群建立和恢复的药物如表正鸣、促菌生、双歧杆菌制剂等维生素B族就可以了，不要乱用抗生素，因为此时用抗生素有弊无益。生理性腹泻时间本来就较长，如长期用抗生素，就会把肠道内正常菌群杀灭，使霉菌、病毒、致病菌乘虚而人，则有可能导致发展成金黄色葡萄球菌肠炎、病毒性肠炎、霉菌性肠炎而变成棘手的病，甚至出现严重后果。