按照我国儿童预防接种程序，对6个月以上至10岁以下的小儿，在乙脑流行季节前1～2个月要注射乙脑疫苗。每人注射2次，间隔7～10天，以后每年注射1次。剂量是1～5岁的小儿为0．5毫升，6～10岁的为1毫升。接种乙脑疫苗后，少部分人可能有轻微的反应，如稍有发热，在38℃以下，或注射局部有红肿、疼痛现象，这是一般的免疫反应，不必吃药治疗，可多喝些开水，1～2天后就能恢复正常。
目前主要应用的疫苗为灭活疫苗，全程接种2周后，血清中出现中和抗体、补体结合抗体和血凝抑制抗体，1个月左右达高峰。其中中和抗体和血凝抑制抗体能中和进入人体的乙脑病毒，从而阻止乙脑病毒侵犯中枢神经系统，达到预防乙脑的目的。