1996年春天，东南大学党委在教师队伍中开展了一个学习“两老”的活动，这“两老”是指已故的建筑学家杨廷宝教授和名誉校长、中科院院士钱钟韩教授。各院、系、所都组织了相关的学习活动。在深人开展这场活动的基础上，东大党委书记朱万福教授提出了“两个协调发展”的思想，即“做学间、做事和做人协调发展，知识、能力和素质协调发展”，为培养跨世纪人才的师资队伍建设提出了新的要求。
在学生方面，素质教育的一个标志是人文综合素质的培养。现在“大学语文”已列为全校必修课。另外，还开设了多门提高人文素质的选修课。近几年来，学校教务处、文学院、统战部、浦口校区等陆续组织了几百次学术讲座和文化素质系列讲座，受到大学生和研究生的普遍欢迎。
在我校进行教师与学生素质教育的潮流中，1996年底顺利通过了原国家教委组织的“本科教学优秀学校评价”，成为全国首批三所获此殊荣的高校之一。
为了使素质教育落到实处，我校通过加强学科建设、课程建设、抓好教学模式改革、坚持全面发展等四大环节，建构了跨世纪的人才培养模式。在学科建设方面，我校自1992年将全校22个系的44个专业合并为24个专业类，大大拓宽了专业面，此外还采用了3十2,3十1模式，即部分工科学生学完本专业3年课程后，可以进行预分配，根据用人单位要求，花2年或1年时间强化外语和经贸课程，为企业培养工贸结合、学科交叉的急需人才。从1995年起，我校打破系的界限组建了工科类专业九大学科群，为进一步拓宽专业，推行了引导性专业目录，为面向一级学科设置学科基础课程创造了条件，基本形成了跨世纪人才培养模式的学科专业格局。
在课程建设上，除了创建一批名牌课程外，还充分贯彻文理工互相渗透的素质教育思想，学校规定所有文科学生都必须学习“高等数学”和“大学物理”，所有理工科学生都必须学习人文、艺术、社会、经济学科课程，注重了知识整体性对人的素质形成的作用。学校实行开放式教学模式，三年级的本科生都要完成一定的科学研究才能拿满学分。
同时，制定各种制度、章程，实行任课教师对班级的责任制，保障了体育课、德育课的实效。在各种课程之余，学校提供的各种讲座活动成了学生们最轻松、愉快的去处之一。在这里，理工科大学生们可以与文艺界、哲学界、经济界各位大师、名人进行精神交流，文科大学生同样可以与前沿科技的著名专家、学者进行攀谈和交往，学习治学之道和为人之道。这样，教师与学生双方都能在素质上不断受益。
1998年，我校成为全国高校30个文化素质教育基地之一。