用一句形象的话来说，我校于1988年更名为“东南大学”，是“梅开二度”了。1921年本校的校名就是东南大学，与北京大学并立为两个国立综合大学。当时北大以文史哲著称，东大则以科学名世。
经历了近代战乱中的半个世纪，我校校名多次变更。解放后经院系调整，定为“南京工学院”，经过了35年建设，在国内已有一定声誉。为何又要变更校名呢?可以说，这里反映的是一种时代的办学需求和希望校名长命百岁的办学思想。
实际上，南工更名大学一事，在校内酝酿已久，主要基于下述一些缘由:1.自从1952年学习苏联、院系调整后到60年代，南京工学院一直是一所比较单一的工科院校。“文革”后，根据国家现代化建设的要求，和国际上科技、教育发展的趋势，学校领导层和许多教师均深感单一学科的办学模式，对人才的全面发展、知识素质结构的综合优化不利，对学科的交叉渗透、科研水平的提高是个束缚。
从1978年起，一次次制订、修订事业发展规划，都一步步提出“理工结合”、“文理工结合”以及“新型综合大学”的目标。在实践上，南工于80年代中前期努力向综合大学发展，初步具备综合大学格局，“工学院”已名不副实。因此，更名“大学”是历史的必然要求。
2.在学校的实际活动中，也因校名为“学院”，而蒙受不利影响。1952年高校院系调整时，按当时苏联的教育体制，一般文理科学校称“大学”，工、农、医等技术学科学校称“学院”，在等次上二者原无差别。但在国际上，除少数学校如美国的麻省理工学院、加州理工学院和瑞士苏黎世高工等历史悠久的著名大学仍保留原用校名外，通常的惯例是大学与学院为两个层次，学院只是大学下属的一部分，或是一种层次较低的独立学校。由于国外人士对我国情况了解不多，易生误解。南工在80年代中前期的外事活动中，如出访或外宾来访、参加国际学术会议、签订校际交流协定时，常需为此而多费唇舌作解释。在国内，社会上也逐步形成学院比大学低一个层次的认识，对南工招生、分配，乃至引进人才，亦有不利影响。在学校内部管理体制上，也有诸多不便，校名如仍以“学院”相冠，则设置文、理、经管学院，研究生院、成人教育学院等，便成“学院内设学院”，实属不顺。更名“大学”也成了现实的需要。
3.1983年至1985年，我国高等教育事业大发展，两年内高校增加近200所，一些新建院校名实不符称作大学者有之，一些部委、地方院校相继升格更名大学者也有之。而国家教委直属重点13所工科院校中，却还有四、五所学校(包括南京工学院)，尽管这几年均已不约而同发展了理、文、管等学科，仍然沿用“学院”名称。
国家教委为理顺关系、规范高等学校设置，于1986年12月，以国务院名义下发了《关于普通高等学校设置暂行条例》，在学校名称一章中，明确规定了大学和学院的差别，这已不同于50年代对大学和学院的概念。据此，南工以其历史和现实的条件更名“大学”，更加名正言顺了。
1986年10月20日，南工即以(86)政字第404号文向国家教委上报《关于南京工学院更名为东南大学的请示报告》。
在校名问题上，学校内部也经过反复酝酿、讨论和斟酌。对“学院”改“大学”，一致赞同;取何名称，则有几种意见。许多人希望恢复“中央大学”名称，海外中大校友尤为积极。理由是学校前身就是中央大学，校址未变，知名度高，在海内外有影响。然而考虑到中央大学在解放后业经调整为南大、南工等多所院校，它是这些院校共同的前身，估计实现难度较大。也有人认为南京工学院已有30余年历史，在国内已有较高名声，建议在大学前冠以“理工”或“工业”
两字，称为“南京理工大学”或“南京工业大学”，则可显示其延续性，便于人们识别和接受。然而考虑到学校既已明确走向综合型大学，则不宜再加“理工”或“工业”一类限制词以阻碍实际的发展。后经广泛征求意见，反复权衡，并经校务委员会讨论，决定申请更名为“东南大学”。理由是，学校地处祖国东南，反映出地理概念;且历史上就曾是20年代的“国立东南大学”，现复更名为“东南大学”易为海内外校友接受;更重要的是更名为百年大计，需从长远考虑，体现办出一流大学的目标和综合发展的办学思想。校名应一次到位，不宜再动了。学校在上报更名时，还在多种场合，向国家教委领导反复说明这些理由。
1988年5月7日，国家教委以(88)教计字076号文正式批复:“将南京工学院改名为东南大学”。希望学校进一步努力“办出特色，培养高质量人才。”
自1952年南工建院，校庆日一直定为每年的10月15日。为纪念学校更名，经校务会议决定，即以20年代东南大学成立之时6月6日，定为更名后东南大学之校庆纪念日，并决定于1988年6月6日举行东南大学建校86周年校庆，更名庆典与新校牌揭幕仪式同时举行。