更令人担忧的是，即使是在那些自称已经“天空开放”的地区，仍然可以见到密布的阴云。新的“天空开放”协定虽然比传统的协定更加自由、开放，但仍然存在很多限制。首先，并不是所有的航权都可以自由交换，有两种航权依然被排斥在几乎所有的双边协定之外。其一是航空公司在其他缔约国领土内的两点间开办国内航班的权利。该航班通常是一个国际航班在对方国家内的延伸，这种航权因此又称为“国内航权”。第二种航权是目前从未有人取得过的“第七航权”，即某国航空公司在其本国领土之外的两个外国城市间进行客货运输的权利。除此以外，各国政策依然限制外资对本国航空公司的拥有和控制权，即便有些国家允许外国个人或公司投资本国航空公司，但仍要求本国居民“大部分拥有并有效控制”本国航空公司。美国全国委员会于1993年曾建议将外资的持股比例扩大到49％，但一直未被采纳。目前美国仍然规定外资在本国航空公司的持股比例不得超过25％。
同样，在其他方面，新的双边协定也没有人们想象的那样开放。实际上，美国的航空公司在多个方面仍然受到保护。根据所谓的“飞行美国”政策，美国政府官员或代表美国政府的人员在旅行时必须乘坐美国空运企业的航班，或者与美国空运企业实行代码共享的外国航空公司的航班。美国的承运商可以竞标英国或其他国家的航空邮件运输，但其他国家的承运商却不可以竞标美国的航空邮件运输，美国邮政总局的国际航空邮件只能由美国的运营商来承运。此外，美国的航空公司不可以租用外国的飞机和机组人员，但他们却可以向外国航空公司湿租自己的飞机。例如，阿特拉斯航空公司的40余架波音747货机全部湿租给了欧洲和亚洲的运营商。最后还有一点，由美国政府合同产生的货物运输需求只能由美国空运企业来承担。
鉴于上述这些情况，人们也就不再奇怪为什么欧盟委员会对其几个成员国与美国签署的“天空开放”协定一直持批判态度了。首先，欧盟委员会认为，欧盟各国随意将欧盟“国内”航线上的第五航权授予美国空运企业，影响了单一欧洲市场的形成。第二，“天空开放”协定涉及的问题属于欧盟委员会的处理权限，各成员国无权在这方面单独对外谈判。第三，欧盟各国单独与美国签署协定，削弱了欧盟委员会整体的谈判实力，不利于在今后的谈判中迫使美国做出更大的让步。
此外，欧盟委员会及欧洲很多航空公司一直认为，美国式的“天空开放”协定制造了一种不对称、不平等的市场环境。美国各航空公司的飞机可以从美国任何一个地方飞到欧盟多个国家，而欧盟境内的航空公司却只能从所在国的机场起飞，这无形中削弱了欧盟各国航空公司的竞争力，使其无法充分利用整个欧洲每年3.6亿人次的旅行大市场（ 2004年欧盟扩大后，市场扩大到了4.4亿人次）来与大西洋彼岸的竞争对手进行更有效的竞争。此外，美国各航空公司获得并已使用了大量欧洲境内的第五航权，而这些航线在欧洲共同航空区成立后已变成了国内航线。相反，欧洲的航空公司却享受不到同等的权利，无法在美国国内经营航班。
由于以上困扰，欧盟委员会于1998年秋正式就此事向欧洲法院提出起诉，要求法院判定奥地利、比利时、丹麦、芬兰、德国、卢森堡、瑞典、英国等8个国家与美国签署的双边航空运输协定为非法，应当尽快停止执行。2002 年11月5日，欧洲法院对此做出了判决，进而将航空运输领域的自由化进程推向了一个新的阶段。
3.7 欧洲法院改变了游戏规则
2002年11月，欧洲法院就欧盟委员会的起诉做出了一系列平行裁决，其实质是将两个法律问题联系到了一起。
第一，在签署双边协定这一问题上，欧洲法院确认欧盟委员会具有排他的权力。法院认为，欧盟成员国有权与美国或其他非欧盟国家签署双边协定，这不是欧盟委员会的专属权力。但是，各成员国谈判的内容不得涉及欧盟立法机构的审议事项，这属于欧盟委员会的权力范围，其中包括欧盟内部的票价、计算机订座系统、机场起降时刻分配等。
第二，在国籍问题上，欧洲法院采纳了欧盟委员会的意见，认定与美国签订的双边协定中有关国籍的条款违反了《欧洲共同体条约》第43 条之规定。按照该规定的要求，每个欧盟成员国都应当允许其他成员国的个人或企业在本国领土内从事经营活动。对于航空运输服务而言，传统的所有权和国籍规定显然过于严格。例如，根据德国与美国当时签订的“天空开放”协定，德国政府只能指定由德国公民“实质拥有并实际控制”的航空公司使用双边协定赋予的航权，欧洲法院认定这种限制是非法的，因为它存在国籍歧视。遵照《欧洲共同体条约》第43条的规定，任何欧盟航空公司都应有机会成为德美航线上的指定承运人。此举实际上意味着当时25个欧盟国家中的所有航空公司原则上均可以经营德美之间的航线。
虽然2002年11月欧洲法院的裁决针对的只是欧盟国家与美国的双边协定，但很显然，欧盟成员国与所有第三国签订的其他双边协定面临着同样的法律问题。首先，很多条款涉及的问题只有欧盟委员会才有权进行处理；其次，它们均包含国籍条款，违反了《罗马公约》第43 条的规定。因此，欧洲法院的裁决意味着，其25个成员国不仅需要与美国重新修订双边协定，还要与世界各地的每一个国家重新修订协定。这将是一项十分艰巨的工作，但还必须要马上完成，因为法院的判决为欧盟的航空公司以及飞向欧盟的航空公司均带来了很大的不确定性。
2003年6月，欧洲运输部长理事会通过了两项决定。第一项决定是授权欧盟委员会与美国进行磋商，全面开放欧美之间的航空运输。此项任务的目标就是要将“开放的天空”变成“晴朗的天空”。这是欧洲人追求了多年的一个梦想。
第二项决定是授权欧盟委员会所有的第三国谈判权利，并签署所谓的“平行协定”，以解决欧洲法院裁决中所指出的各国现有的双边协定存在的法律问题。为了避免各成员国与第三国单独谈判所带来的繁重压力，这种“平行”授权使欧盟委员会可以代表各成员国与第三国进行谈判，并通过一个共同协定来取代原协定中不符合欧盟法律的部分。这就是说，将各国单独协定中的国籍条款，替换为“第三国应接受欧盟指定的由欧盟公民所拥有的任何欧盟国家的航空公司”。这种“横向”协定还可以确保欧洲境内的航空安全、运价制定，以及第五航权、关税、所得税等方面符合欧盟法律的统一要求。
需要强调的是，欧盟与第三国签署的任何“平行”协定只是对原协定中有关的国籍条款做修订，而不是取代原来的协定，也不会对原协定中关于航权的规定做任何修改。按照重新修订后的协定，所有欧盟的航空公司都可以在无国籍歧视的基础上申请运营任一欧盟成员国与第三国之间的航线。如果原航空运输协定中没有运力或航班数量的限制，这样的修订看起来非常简单；但如果原协定中对运力和航班数量有限制，例如英国与中国签署的双边协定，情况就不再那么简单了。如果英国航空公司和维珍大西洋航空公司的航班数量已经达到了双边协定中的限制，那么其他欧盟的航空公司如何进入英中市场？英国航空公司和维珍大西洋航空公司对已经使用的航班班次是否有历史继承权？如果可以增加航班班次，且有其他的欧盟航空公司想与英国航空公司进行竞争，那么这些航班班次该如何分配？为了解决各成员国与第三国航空运输协定谈判及执行中存在的问题，欧盟委员会发布了一个管理条例（ EC 847／2004 ） ，建议在相互竞争的运营商之间，就航权和航班班次分配的问题建立一个透明的程序。各成员国应将此条例纳入本国的法律中。
欧盟委员会的各项谈判工作甚至还没有开始，欧洲法院裁决的长远影响就已经显现了出来。2003年9月，法国航空公司和荷兰皇家航空公司宣布合并，并于2004年4月获得了欧盟委员会竞争总司的批准。这标志着期待已久的欧洲大航空公司的合并浪潮开始了。欧洲法院的裁决放宽了对国籍的严格定义，使跨国兼并和收购成为了可能。汉莎航空公司于2006 年并购了病入膏肓的瑞士航空公司，并于2008年购并了布鲁塞尔SN航空公司，又于2009年购并了英国英伦航空公司。
欧洲法院的裁决完全颠覆了传统的国籍概念。随着欧盟各成员国逐步修订自己的双边协定，以及欧盟委员会与越来越多的第三国签署了“平行”协定，欧盟到区域外的国际市场逐步向所有的欧盟航空公司打开。到2009 年初，欧盟委员会已经与包括澳大利亚、新西兰、马来西亚、阿联酋和智利等30 多个国家签署了“平行”协定。随着时间的推移，其他的国家和地区最终也会开放国籍的限制和指定承运人的政策。
欧洲法院裁决的最大意义在于，它加速了航空运输自由化的进程，并使市场进一步开放成为不可逆转的潮流。在接下来的5～10年中，国际航空运输业逐步向其他全球性行业或服务部门看齐，并逐渐走向正常化。2007年3月，在经过了4年断断续续的谈判后，欧盟和美国终于就建立“跨大西洋共同航空区”（ TCAA）达成了初步协议，完成了又一次突破。
3.8 跨大西洋共同航空区