2000年以后，航空公司处于危难之中，他们想尽办法去降低运营成本，但全球分销系统收取的订座费却持续增加，且提供的服务没有根本性地改善。例如，美国西北航空公司在2004 年需要为每一个订座记录向全球分销系统支付12.50美元。更为严重的是，航空公司支付的一部分订座费被全球分销系统供应商变成了奖励基金，用来吸引机票销售代理人。与此同时，机票销售代理人也在向航空公司收取代理费。尤其令航空公司不安的是，全球分销系统供应商在2001～2003年持续盈利。2002年， 4家全球分销系统供应商的净利润率达到了9.8％（ Airline Business， March 2004 ） ， 2003年，这一数据下降到了6.1％，但这仍是多数航空公司难以企及的利润水平。全球分销系统供应商目前正面临着越来越大的压力，一方面传统网络航空公司要求其降低收费标准，另一方面，很多低成本航空公司根本就不使用他们的服务。很明显，全球分销系统供应商需要改变自己，才能适应不断变化的市场环境。
2002年，面对所有的压力，同时考虑到美国和欧盟即将解除对全球分销系统行业的规制，全球分销系统供应商开始调整其定价策略。表现最为积极的是世博公司，该公司于2002年10月率先推出了“Direct Connect Availability”服务。如果航空公司能与世博公司签署3年以上的合同，且在全球分销系统中列出所有的机票销售价格，包括网上最低直销价格，世博公司将给予航空公司12.5％ ～15％的收费优惠。伽利略公司和Wordspan公司随后也推出了类似的服务。在这种情况下，英国航空公司分别与世博公司和伽利略公司签署了3年的服务协议。通过这两个全球分销系统，全世界所有的销售代理人都可以查询到英国航空公司的销售票价，包括其最低票价。在欧洲，艾玛迪斯公司的价格更为优惠。该公司没有利用优惠价格来换取航空公司列出所有的票价，而是推出了一个“价值定价”计划，即航空公司可以根据每个订座的价值向全球分销系统支付服务费。据了解，艾玛迪斯公司还计划将这种服务推向低成本航空公司。
当然，这一切仅仅是个开始，今后全球分销系统供应商还会推出更加优惠的收费标准。尽管很多航空公司都有自己的订座系统，但其大部分销售仍要依赖于全球分销系统。随着全球分销系统的收费标准越来越灵活，航空公司对这部分成本的控制比过去更容易了。
最后，航空公司还需要向信用卡公司支付佣金。同样，这笔费用基本上也没有商量的余地。信用卡佣金一般为机票销售收入的2％ ～2.5％。随着其他分销成本的下降，信用卡佣金目前在分销成本中所占的比例越来越高。同时，由于航空公司直销比例大幅增加，这笔开支也在大幅增加。达美航空公司销售总监克里斯·菲利普斯在2007年6月曾经讲到，信用卡佣金已超过了销售代理费和全球分销系统的收费，成为了该公司分销成本中最大的一单支出（ Airlines International， 2007年6月）。
总之，支付给旅行社和其他航空公司的销售代理费、支付给计算机订座系统的服务费、支付给信用卡公司的佣金，约占到航空公司总运营成本的5％ ～6％。对小航空公司而言，这笔费用尤其沉重，因为他们需要向别人支付费用，却很少有机会销售别人的机票，自己赚取代理费。
总之，以上讨论的三项投入成本：油料成本、机场使用费和航路导航费、分销成本，在很大程度上都是由外部因素决定的。这部分成本可以占到航空公司总运营成本的35％ ～40％（以2007年油料价格水平计算）。正因为如此，这些投入成本的价格或费率能够对航空公司的运营成本产生非常大的影响，同时也是造成航空公司成本差异的根本原因。然而，航空公司控制这些投入成本的能力却非常有限。
5.4 劳动力成本
对于大多数航空公司而言，劳动力成本中最大的费用支出包括：职工工资、各种社会保障金及养老金。当然，不同的航空公司会有所差别。2007年，劳动力成本占到多数北美航空公司总运营成本的20％ ～25％。在2004～2007年期间，一些航空公司（如美国联合航空公司）借破产保护之机与工会组织重新签订了劳动协议，这在一定程度上降低了航空公司的劳动力成本。欧洲的航空公司2006年时的劳动力成本约占总运营成本的25％，而低成本航空公司劳动力成本所占的比例仅为此的一半左右。在亚洲，由于工资水平普遍偏低，航空公司的劳动力成本明显要低于欧美国家的竞争对手，仅为总运营成本的15％。例如，新加坡航空公司在2008 会计年度劳动力成本仅为总运营成本的16.6％。相比之下，英国航空公司该年度劳动力成本所占的比例为27.5％。中国航空公司的劳动力成本更低，仅占总运营成本的8％ ～12％。如果劳动力成本占总运营成本的比例很高，航空公司的工资水平便可对总运营成本带来直接影响。因此，工资水平的不同可以造成航空公司之间明显的成本差异。
在一个可以对工资进行自由谈判的国度，各类劳动力的供求关系，以及工会组织的力量，将在很大程度上决定员工的实际工资水平。而那些不能自由谈判的国家，员工的工资水平可能会由政府或雇主协会与工会组织协商。某些时候，政府会确定工资标准，由雇主和雇员遵照执行。但归根结底，一个国家员工的工资水平与该国的生活标准和平均生活费用有关。
除了基本的工资以外，航空公司通常还需要为员工支付各种社会福利费用，如社会保障金、养老金、医疗保险，等等。这些开支通常是国家法律规定的，属于强制性费用，其对劳动力成本的影响十分巨大。例如在2002 年，德国汉莎航空公司为每名雇员支付的社会费用平均为20800美元，这使得汉莎航空公司的劳动力成本增加了39％。而另一方面，英国航空公司在这方面的开支则要少得多，每名员工只需8400 美元，不过却使得该公司员工费用整体增加了121％（Doganis， 2006）。
对大多数航空公司而言，劳动力成本最高的三部分人群是：飞行员、客舱乘务员和机务工程人员。在英国，航空公司的飞行员和客舱乘务员两项成本支出平均可以占到总运营成本的10％ ～12％。世界部分航空公司飞行员和乘务员的平均年薪。从中可以看出，不同地区的航空公司，以及同一地区不同航空公司之间，员工工资水平差别很大。飞行员工资的差别有可能是由于飞行的机型不同或资历的不同造成的。基于这一点，人们可以得出一些有趣的结论。
比较近期世界主要航空公司的工资水平可以发现两种明显的趋势。首先，欧洲及日本的航空公司的空勤人员的工资水平在世界上名列前茅，明显超过了美国的同行，原因有二。一是2000 年之后美元的贬值使得欧洲和日本的空勤人员的工资折算成美元后变得更高。二是在2001 ～2004 年经济危机之后，美国的一些航空公司大幅调低了员工的工资水平，尤其是那些申请了破产保护的航空公司，他们迫使工会重签了劳动合同。其次，美国各航空公司的工资水平过去基本相同，而现在却出现了较大的差距，这与破产保护有关。分析一下北美航空公司2006年飞行员的工资水平可以发现，收入最低的航空公司都是那些申请了破产保护或刚刚走出破产保护的航空公司，如加拿大航空公司、全美航空公司和联合航空公司等，而收入最高的是美国航空公司，这是少有的几家没有申请破产保护的航空公司。
亚太地区航空公司的工资差别很大，马来西亚航空公司和泰国国际航空公司的工资水平最低。一些表中没有列出的亚洲的航空公司的工资水平更低，如菲律宾航空公司（ PAL ）、印度尼西亚航空公司。如前所述，日本航空公司的单位运营成本要高于其他亚洲的航空公司，全日空航空公司也是如此。其中的部分原因是其员工成本偏高，此外，日元在过去20 年里的稳步升值使情况进一步恶化。同样，欧洲的航空公司的高工资水平也是其单位运营成本居高不下的原因之一。
如果以美元计算工资，汇率波动对员工成本的影响非常大。例如， 1997年亚洲金融危机后，东南亚各国的货币出现贬值，泰国国际航空公司和马来西亚航空公司的工作人员的工资虽然没有改变，但折算成美元后却大幅缩水。此后，这些国家的员工成本一直维持在一个较低的水平。
传统的观点认为，航空公司对于劳动力成本的控制能力非常有限，因为工资和社会福利费用在很大程度上取决于外部因素。因此，航空公司决策者只能将关注重点放在大飞机、电脑的引进上，并尽可能不增加工作人员的数量，以求提高劳动生产率。但在20世纪80年代，随着政府逐渐对航空运输业取消规制，周期性的经济危机不断对航空运输业造成影响，航空公司的态度发生了巨大的改变。不断增强的国内外市场竞争，机票价格的持续下降，使得航空公司的管理者们越来越清楚，劳动生产率的点滴提高并不能遏制劳动力成本的增加，航空公司不得不同时降低劳动力成本和劳动力的使用数量。
20世纪90年代初和2000年之后的周期性衰退，使这一趋势变得更加明显。航空公司管理人员被迫重新思考降低劳动力成本的方法，同时在这方面的努力也更加积极。他们采取了四方面的措施：首先，冻结或削减工资，同时重新签订劳动合同，提高劳动生产率；第二，努力减少工作人员数量，提高剩余员工的生产效率；第三，很多航空公司将劳动密集型工作转包到低工资国家；第四，一些航空公司通过特许经营的方式，将部分航线的经营转包给小航空公司。
美国的航空公司从20 世纪80 年代初就开始着力解决劳动力成本的问题，但直至2001年，才对劳动力成本有了真正的控制。利用申请破产保护的机会，美国四大航空公司削减了近1／3的员工数量，同时还将工资水平降低了25％ ～30％（Doganis， 2006）。
在欧洲及世界其他地区，情况则要差很多，由于法律、社会，甚至政治上的限制因素太多，航空公司无法大批裁员或降低工资。但在20世纪90年代中期的经济危机期间，很多欧洲的航空公司面临着巨大的亏损，于是情况发生了改变。由于有劳动法的限制，航空公司只能与工会组织通过谈判来修改某些雇佣条款，以求提高劳动生产率和削减劳动力成本。这意味着航空公司需要冻结甚至降低员工的工资，减少员工的数量，或者增加现有员工的劳动强度。上述措施得到了许多国家政府的支持，数家航空公司得到了政府的注资，以进行结构重组（Doganis， 2006）。部分政府资金被用来鼓励员工提前退休或裁减冗余人员，以减少航空公司员工的数量。
还有一种方法是将部分工作转移到工资水平较低的国家，这实际上意味着将一部分业务从航空公司的基地转移到另外的地方。瑞士航空公司是第一家这样做的，该公司于20世纪90年代将收入结算中心搬到了印度孟买，随后又将全球呼叫中心搬到了都柏林和南非的开普敦。很多航空公司陆续采取了同样的措施。英国航空公司和新加坡航空公司还将其管理信息系统的大部分软件开发工作转移到了印度。另外一个降低劳动力成本的方法是，招聘工资较低的外籍空勤人员。几个欧洲的航空公司已经招用了亚洲乘务员。而与此相反的是，国泰航空公司则以英国当地的工资水平为准招聘伦敦的飞行员，因为这样可以省下大笔的空勤人员驻外费用和补贴。20世纪90年代中期，日本航空公司成立了一个子公司———日航包机航空公司，其空勤人员主要来自泰国，平时驻扎在泰国，工资水平仅相当于日籍空勤人员的1／5。日航包机航空公司租用日本航空公司的飞机，在一些旅游航线上经营定期航班服务，这使得日本航空公司也从低成本劳动力中获益。这种趋势今后将会越来越明显。