顺治五年（1648年）二月，豪格奉旨凯旋回京，顺治帝在太和殿设宴慰劳他，他心中自然很得意。可是，他万没想到回朝之日，便是大祸临头之时。三月，以摄政之名君临天下的多尔衮，追究豪格徇隐随征护军参领希尔根冒功和企图擢用罪人扬善之弟吉赛这两件事，将其议罪削爵，并幽禁牢中。按当时情理，豪格所犯的不过是区区小错，削爵已是轻罪重罚，哪里还该锒铛入狱。更何况豪格是清朝的开国元勋，且不说他早年的功绩，单入关后平定山东、陕西、四川等地的奇功殊勋，清初诸王中没有几人能比得上。就算以功抵过，也还绰绰有余。
既然如此，难道是“功高招忌”吗？也有些说不通。清初功高者，如多铎、济尔哈朗等人都没遭此厄运。况且，清朝当时虽然统治中国的大局已定，胜券在握，但全国各地，尤其是东南、西南地区的反清斗争仍在继续，不存在“狡兔死，走狗烹；飞鸟尽，良弓藏”的历史背景。那么，豪格究竟为什么会遭此劫难呢？要弄清事情的缘由，还只能从豪格和多尔衮之间的利害冲突说起。
崇德八年（1643年）八月初九，皇太极骤逝，诸王窥伺神器，在皇位继承的问题上，发生了尖锐的矛盾。最后，豪格与多尔衮争夺帝位的斗争，表面上看两人都没结果，实际上多尔衮取得了胜利。多尔衮虽然没有皇帝的名分，但他以摄政王身份掌握了大权。稍后，他排挤打击济尔哈朗，“刑政拜除，大小国事，九王（多尔衮）专掌之”。诸王不得与他平起平坐，事实上享有皇帝的尊荣和权力。而豪格从此以后走上权力顶峰的希望彻底破灭不说，己身也完全在多尔衮控制之下。
多尔衮摄政掌权后，既要排除政治上的隐患，又要寻仇泄愤，便处心积虑地整治豪格。顺治元年（1644年）四月初一，原来支持豪格的何洛会，见豪格大势已去，转而投靠多尔衮，揭发豪格图谋不轨，告发豪格曾说过：“我岂不能手裂若辈（多尔衮等）之颈而杀之乎！”这下多尔衮抓住了豪格的把柄，毫不留情地对他进行迫害打击，把豪格的心腹俄莫克图、扬善、伊成格、罗硕等，均加以“附王为乱”的罪名处死，豪格本人也差点被杀掉，只是由于他弟弟、皇帝福临涕泣不食，才得免死，被罚银五千两，废为庶人。
豪格遭此打击，元气大伤，已不再对多尔衮构成威胁。但多尔衮并不放过他，必欲置之死地而后快，待他征战回朝，便找借口将他投入监狱。豪格少年得意，性素高傲，如今壮志不酬，反受冤屈，身陷囹圄，精神极度悲伤苦闷，终于恹恹成病。一个生龙活虎的壮汉最后竟成为骨瘦形枯的病鬼，不久就在狱中含恨去世了，年仅40岁。
豪格死后，多尔衮娶了他的妻子。论辈分，多尔衮是豪格的叔叔。叔叔强娶侄媳，在历史上留下了不光彩的一笔。对豪格来说，这不啻为雪上加霜，冤枉添耻辱。
顺治七年（1650年）冬，多尔衮死。顺治帝福临亲政，念及豪格与他是骨肉兄弟，且死得委屈，复封豪格为和硕肃亲王，立碑表之。顺治十三年九月，追谥“武”再立碑以纪其功。
清乾隆四十二年（1777年）正月，乾隆帝追念肃亲王豪格忠勋，命配享太庙，复封号曰“肃”。八月，入祀盛京贤王祠，为清代八家“铁帽子王”之一。
豪格是清太宗皇太极的长子，却并没有享受多少父皇的恩荫，主要是凭借自己的文韬武略才逐渐跃居为清初的主要诸王之列。在开创清朝一代基本方面，他是一个出色的成功者，但在内部的权力斗争中，他是一个彻头彻尾的失败者。他的最后结局，也反映了皇权争夺的残酷现实。