内阁是御用文人荟萃之地，三国时称为“秘书阁”，顾名思义这就是朝廷的秘书班子；宋代大学士办公的地方如龙图阁、天章阁、宝文阁等场所也统称为内阁。作为国家的政务系统，内阁是明代才明确命名的机构，这是朱元璋取消宰相以后设立的文书班子，但不是一级行政衙门，与中央的吏、户、礼、兵、刑、工六部没有统属关系。这也不是政事堂，朝臣不得入内，由于是在宫廷内的设置，所以又称内阁。按照《明史·职官志》的说法，由于内阁成员都是翰林，明中叶以前的内阁不过是翰林院的别称，并没有多少实权可言。
本来，秦始皇创立的由宰相统领各部官员的中央集权制度，在中国已有一千多年的历史。这种制度由于君主和宰相的分工明确，对国务处理的权力有所分理，对具体事宜也有所牵制和调节，是保证中央集权制度得以顺利运作的有效体制。朱元璋在偏居一隅称王的时候，也仿照元代的中书省确立宰相的职位，但在取得全国政权建立明朝以后，却对此制度大不以为然。他认为宰相分散了皇帝的权力，元代就是亡于宰相的权力太大，以致皇帝不能乾纲独断。因此，朱元璋把宰相应有的权力看成是对皇帝的威胁，断然改变了传统的官僚体系，取消了中书省，杀掉了一批追随他十多年的功臣，由皇帝兼任宰相，把从地方到中央的军事、行政和监察大权统统收归皇帝一人所有，凡有天下事务，无论大小，一切均要听命于皇上。朱元璋还把大都督府一分为五，分置前、后、中、左、右五府，将军权分置五个都督。如此杀宰相、杀大将，在军事、政治、文化方面采取了前所未有的集权措施，把皇帝的权力扩大到极致，建立了中国历史上专制统治最严酷的一个王朝。
内阁是文书班子，能进入内阁的都是翰林，连内阁的大印也是沿用翰林院的官印，所以明代内阁也是翰林所在的文渊阁的又一名称。主持阁务的首席大学士就是首辅，成员是为阁臣。从明初到明末进入内阁的共有一百六十四人，有过地方官经历的只有十八人。阁臣不是史官就是文士，重视的是诗文修养。与历代王朝不同的是，明代的阁臣实际上是皇帝的文学侍从，所以嘉靖好青词（道教仪式中向上天祷告的词文），阁臣几乎个个都是青词高手。历代宰相都是行政最高长官，注重的是处理实际事务的能力，汉、唐王朝的宰相都从地方官中选拔任用，与前朝不同的是明代的首辅乃是内阁的首席文人，按建制的初衷并无行政权力，不过是与皇帝谈诗论文，修撰国史，秉承皇帝的意旨起草文书，充当皇帝的笔杆子，负责“票拟”。即使是这有限的职权也不能独立行使，还要秉笔太监在内阁票拟的文件上用朱笔批红，有了这“朱批”，方能交文书房抄写、传递，这才算生效。
按照这个规矩，在皇帝躬揽庶政的时候，内阁的权力确实不大，也不可能成为宰相府，这是明初的祖制，后世一般都循此行事。但这种局面到了嘉靖中叶发生了变化，由于皇帝沉迷静修，就必须有代他行使权力的机构，以便使他不受庶政的干扰，内阁是最佳人选，所以嘉靖皇帝对内阁的重视远远超过了他的父辈和祖辈，这时文渊阁才得以扩建并正式命名为内阁。
严嵩从嘉靖二十一年（1542）进入内阁以后，以出众的文才和善于逢迎的手腕得到皇帝的青睐，被赐予“忠勤敏达”的银记，可随时出入宫廷，享有一般阁臣所没有的恩宠。于是，严嵩有恃无恐，大肆揽权，威凌各部，以致各级官吏有什么陈述或建议，都先要拜见严嵩，得到严嵩的认可后，方可上疏，因此有大小臣工不畏陛下，却害怕严嵩之说。
嘉靖皇帝其实并不糊涂，他自幼生活在湖北安陆，16岁由藩王入嗣大统，承继的是正德皇帝留下的烂摊子。他从地方来到中央，与朝臣并无纠葛，一登基就惩办了前任皇帝宠信的大贪官，籍没江彬的赃款黄金七十柜，白银二千二百柜，金银首饰一千五百箱。精简锦衣卫和内廷工役十四万八千七百人，每年节省的粮食有约一百五十三万石。同时还平反了一批在前朝蒙冤受屈的官员。他还着手整顿吏治，以“亲民”作为官吏赏罚进黜的准则，建立激励各级官吏的机制，加强监督，伸张法纪，清除官场积弊，因此，嘉靖初年一度有革新时政的称誉。
然而好景不长，36岁的朱厚熜正当有为的盛年，却不再临朝议政，深居内宫潜心修道。明代有一首民谣生动地描绘了这位帝王的心理：“一日南面坐天下，又想神仙下象棋。洞宾与他把棋下，又问哪是上天梯。上天梯子未做下，阎王发牌鬼来催。若非此人大限到，上到天上还嫌低！”嘉靖皇帝就是“当了皇帝要成仙”最典型的一位。他出生在道教盛行的封地湖北安陆，早年就迷信方术，当上皇帝后更是孜孜以求，比追求长生不老的秦始皇、汉武帝还要痴迷。
皇帝不上朝，朝廷还要运转，自然就有人代理日常事务，最合皇帝心意的就是有文才又善于奉迎的严嵩。此人在嘉靖中叶入阁，精明强干，老谋深算，为政也不是没有作为，可他的聪明才智，都用在察言观色上了。嘉靖好弄玄虚，有什么事说半句留半句，善于揣摩皇帝心理的严嵩往往一猜一个准。
嘉靖行为怪诞，放着皇帝的翼善冠不戴，经常头戴道士的香叶冠，还将其赠予夏言、严嵩等身边的大臣。夏言认为这不是大臣应有的朝服，置之一旁；严嵩却不仅每朝必戴，还在冠上笼以轻纱，以示珍重，令嘉靖龙心大悦。皇帝骄横，他就以谦卑应之；皇帝好显示才能，他以拙朴陪衬；皇帝喜独断，他绝不说二话。如此一来，嘉靖皇帝说话、行事也到了离不开严嵩的地步，史书上称他俩如鱼得水，严嵩由此得到皇帝的专宠，趁机大肆弄权，贪赃枉法，他的儿子严世蕃更是作恶多端。户部调拨边防的钱粮，十分有六分落到严家，只有四分用于国防；在严嵩家乡袁州，一府四县的田地，七在严而三在民；其住所占了几条街，象牙床、金丝帐，穷奢极欲，因此得了“钱痨”的外号。
民众敢怒不敢言，编个顺口溜泄恨说：“可恨严介溪，做事心太欺，常将冷眼观螃蟹，看你横行到几时？”严嵩父子的不得人心，助长了次辅徐阶的声望，内阁中因此形成严、徐二党明争暗斗的局势。在政治舞台上一旦形成党争，明枪暗箭，党同伐异，各种势力盘根错节，以这样的关系理政，哪能不乌烟瘴气？