明朝初年，他多次召见富民，警告他们不准胡作非为，并让一些人担任地方上的粮长小职，以示恩宠。然而，不少地主担任地方粮长官职后，利用皇上给予的权力，更加重了对农民的盘剥。朱元璋采取了两种手段来抑制豪强势力，维护百姓利益，第一是用严刑重法消灭“奸顽富豪之家”，不少人家被诛灭九族；第二是采取汉朝刘邦“徙天下富户于关中”的策略，把大量的富户迁离本土，到京师或凤阳定居。如洪武三年，移江南富民14万户到凤阳。洪武二十四年，徙天下富民5300户到京师，后又移富民14300余户到京师。这些富家豪族离开了原来的居住地，失去了原来的社会地位和政治地位，到了新地后，还必须承担各种差役。这样，减少了当地百姓所受的欺凌和压迫，打击了地主富豪的霸道势力。
另外，朱元璋对宦官的管理也是非常严格的。宦官作为皇帝的家奴，同皇家朝夕相处，不少人参与朝政，窃取高官，成为最有权力的一股势力。汉、唐从强盛的顶峰走向衰败、灭亡，宦官的祸乱是一个重要原因，所以朱元璋认为必须从严限制宦官的言行。他认为宦官只能做奴隶使唤，洒扫奔走，人数不可过多，也不可用作心腹耳目，作心腹则心腹病，做耳目则耳目坏；驾驭他们的办法，就是要使他们守法；不能让他们有功劳，一有功劳就难以管束了；不能让他们有文化，有文化便会思图不轨。朱元璋定下规矩：凡是内臣一律不许读书识字；又铸铁牌子于宫门旁边，上边刻着：“内臣不得干预政事，犯者斩。”所有的内臣不得兼外朝文武职衔，不许穿外朝官员的服装，官品不许超过四品，每月领一石米，穿衣吃饭公家管；并且规定，外朝各衙门不许同内臣有公文来往。这样，使宦官成为宫廷中名副其实的奴仆。
特务政治以猛治国
朱元璋通过改革，使行政、军事、监察三大系统各自独立，互不统属，直接对皇帝负责，这就使皇帝的权力大大加强。即使这样，朱元璋还不放心，又专门设立了“锦衣卫”组织，形成了历史上有名的明代特务政治。
“锦衣卫”是特务机构，属于皇帝的亲军体系，长官为指挥使，下领官校。
官为千户、百户；校为校尉力士，因穿橘红色服装，骑马，故又称“缇骑”。锦衣卫拥有缇骑数百人。朱元璋派自己的心腹做头领，专门秘密侦察大小官吏的不公不法之事，并随时向他报告。锦衣卫下设镇抚司，设有专门的法庭、监狱，具有侦察、逮捕、审讯等大权。洪武年间，锦衣卫系统的大小特务，遍布街坊路途，渗透各个系统，严密监视着朝廷内外的文武百官。
胡惟庸是开国功臣李善长的女婿。他靠着李善长这个后台当上了左丞相，在朝中大权独揽，独断专行，官员升降、生杀大事，都自作主张；朝野内外的报告，凡对自己不利的全扣下来；想做官、升官的人，失意的功臣、武将，都奔走他的门下；收受金银、绢帛、名马、玩物不计其数。他网罗党羽，培植亲信，打击异己。
胡惟庸如此胡作非为，直接影响了朱元璋的皇权与明朝的安定。朱元璋决心除掉胡惟庸，以巩固皇权。一天，胡惟庸的儿子乘马车在南京城里招摇过市，不小心从车上跌下摔死了，胡惟庸判车夫抵命。朱元璋知道后，非要胡惟庸偿命不可，胡惟庸遂决定起事政变。
1380年正月，胡惟庸入奏，诡称其住宅中井出醴泉，请朱元璋去观看。朱元璋信以为真，就匆匆乘车出西华门。这时，内使云奇突然冲上跸道，拦住车马，用左手直指胡惟庸的宅第摇晃。朱元璋猛悟，急忙返驾登城，远远望见胡惟庸宅第中绕有兵气，他立即发御林军逮捕胡惟庸，将其抄家灭族。
胡惟庸被诛后，朱元璋借题发挥，命锦衣卫侦察百官，将那些行为跋扈的、心怀不满的、危及皇家统治的，统统罗织为胡党罪犯，处死抄家。胡惟庸案株连蔓引，共杀掉了官员3万多人，连位居“勋臣第一”、77岁的李善长及全家70多口人也一起被杀。
随着朱家王朝的不断巩固，昔日与朱元璋一同打天下的将领，现在成了新王朝的显贵。他们官封公侯，爵显禄厚，在个个飞黄腾达之后，有的渐渐骄横放纵起来。
开国大将蓝玉是洪武后期的主要将领。蓝玉作战勇敢，立有赫赫战功，官封凉国公。他自恃功劳大，恃势横暴，私蓄奴婢、假子有数千人之多，还到处敲诈勒索，霸占民田。百姓向御史告状，御史官依法提审，蓝玉竟命人将御史乱棍打走。朝廷明令禁贩私盐，他却令家人进行走私活动。
为了明朝江山的长治久安，朱元璋在公元1393年开始对蓝玉这些功臣展开了无情的镇压。
公元1393年，锦衣卫告发蓝玉谋反，朱元璋发兵逮捕。蓝玉被砍头，并抄斩三族。凡与蓝玉有接触的朝臣、列侯均坐党夷灭。蓝玉案先后诛杀一万五千人，把军队中功高位显的元勋宿将，几乎一网打尽。
除蓝玉外，所剩无几的功臣也先后被以各种罪名赐死、鞭死或砍头。徐达曾被朱元璋列为开国第一功臣，他生背疽，这病最忌吃蒸鹅。朱元璋在他病重时偏偏赐蒸鹅给他吃。徐达知道皇帝是在要自己的命，只好含着泪水，当着使臣的面吃下了蒸鹅。没几天，徐达就辛酸地离开了人世。功臣冯胜、傅友德、廖永忠、朱亮祖等也因失宠，先后被处死。
这样，功臣宿将能够善终的寥寥无几。只有汤和这个和朱元璋同村长大的放牛娃，知道老伙伴现在对老臣宿将不放心，他就主动交还兵权，告老还乡，绝口不谈国事，才保住了性命。
朱元璋对这种杀功臣立威，以猛治国的策略，虽然没有公开忏悔过，但在他临死之前曾下令他的后人不准学习他这种做法。他说，这套办法只是权宜之计，他希望在他之后，大明朝尽快步入正常的轨道，尽快出现一个繁荣安定的局面。
朱元璋的这种行为，其最终目的还是为子孙铺路。朱元璋认为太子柔弱，难以驾驭桀骜不驯的功臣，因此他要在死前为子孙铲除这些人。太子的老师宋濂，早年追随朱元璋襄助军事，立有大功，官至学士承旨制诰。朱元璋借故杀宋濂，太子见老师要问斩，流着眼泪替老师求情。朱元璋为了开导太子，就拿来一根满是棘刺的木杖放在地上，命太子去拾取。太子面有难色。朱元璋就教训说：“有棘刺的木杖你不取，我替你削掉棘刺怎么样？”太子为人虽柔弱但却十分聪明，他明白朱元璋的用意，然而还是委婉地劝谏朱元璋说：“上有尧舜之君，下有尧舜之民。”言外之意是，为君者不能太残暴。朱元璋十分恼怒，随手抄起一把椅子向太子砸去。可见，朱元璋坐上龙椅之后，就把功臣视为棘刺了。他深知，取天下要在马背上，守天下要在马下。狡兔死，走狗烹。他认为天下一统，用不着武臣，朱元璋为了子孙的安全，就要向他们开刀。虽用文臣治天下，朱元璋仍不放心，所以从中央到地方大力加强皇权，他把中央集权制度发展到顶峰，成为历史上权力最大的君王。
减少徭役宽松民力
朱元璋在治理官吏方面，采取非常严厉的措施，而对于广大劳动人民，却采取了比较“宽”的政策，这同朱元璋自己的出身有很大关系。
朱元璋来自贫民，深知物力艰难，农民的辛劳。因此，他体恤民情，反对暴敛苛政。特别是明朝建立之初，经济萧条，大片田地荒芜，民多逃亡，城野空虚，当时的河南、山东地区，“多是无人之地”。百姓是国家之本，立国必先存百姓，只有让农民休养生息，从事农业劳动，国家才能富起来。朱元璋在刚即位之初，就把各地来朝的府州县官召在一起，对他们说：“天下刚刚平定，百姓财力都很困乏，像刚学飞的小鸟，拔不得羽毛，应该让他们休养生息，好好生产。”出于巩固政权的需要，朱元璋下决心推行“与民休养生息”的政策，大力恢复和发展农业生产。
发展农业生产必须保证农业劳动力资源。但在元代，蓄奴风气非常盛行，有些权贵勋戚家的奴仆多达数千人。明朝初期，虽然有不少奴隶得到解放，但仍有相当一些农民在战乱中沦为豪民地主的奴隶。为此，公元1372年，朱元璋通令全国：普通地主不得蓄养奴婢，违者杖刑100，所养奴婢一律放为良民；凡因饥荒而典卖为奴的男女，由政府代为赎身。
同时，朱元璋还严格控制寺院的发展规模，他明令各府州只能有一个大寺观，禁止40岁以下的妇女当尼姑，严禁寺院收儿童为僧；20岁以上的青年要想出家，须经其父母申请，官方批准，出家3年后还得赴京考试，不合格的遣发为民。这些政策使社会上增加了许多劳动力。
朱元璋常劝众大臣说：“农夫勤四体，种五谷，身不离农间，手不释农具，终年勤劳，不得休息。他们住的是茅草屋，穿的是旧布衣，吃的是粗饭菜羹，却担负着国家的经费。我们的衣食住行，都不要忘了农民的劳苦，取用要节制，不能让农夫遭受饥寒，更不能横征暴敛，让农夫受不了这种苦难。”