八思巴把孔雀皇妃安顿好后，回到萨迦。回来后，他依然从事吐蕃各地的治理工作。由于过度操劳，八思巴身体状况越来越差。这年11月22日，在吐蕃各地巡视的八思巴从拉萨回到萨迦，他感到身心疲惫。当天夜间，他不断做梦，一会儿梦见与伯父萨迦班智达在前往凉州的路上跋涉，一会儿又梦见伯父将法器传给他，向他交代后事。突然，二人又来到一个山清水秀的所在，似曾相识，又不知是何处。他好像是一个14、5岁的少年，伯父已经进入花甲之年了。他跑到一个竹林边，捡到一根满是竹节的竹子，仔细一数，居然有80根竹节；竹子本来很直，但在第49节处却弯曲了。
他拿去问伯父，萨迦班智达说：“这支竹子的节数代表你的寿数，看来你有80岁高龄；但在49岁时会遇到一难，你要切记，不可大意！”
八思巴从梦中惊醒，出了一身冷汗。他起身点亮一支蜡烛，达玛巴拉和赵显先后从隔壁走来问候。八思巴说：“你们去睡吧，我有点儿心事，一时放不下。”二人见师父脸色不对，不愿离开。八思巴满怀深意地问达玛巴拉：“你今年刚刚15岁，比我继承萨迦教主时还小两岁。假如我圆寂了，你能将萨迦教发扬光大吗？”
达玛巴拉泣不成声。八思巴指着赵显说：“他当皇帝时比你还小得多，他生当乱世，成为一个亡国之君；你生当大元帝国的盛世，我萨迦派在吐蕃的地位也是如日中天。无论如何，你也要将萨迦教传下去！”
赵显说：“我一定会协助师弟，弘扬佛法！”
八思巴说：“帝王之尊，皈依佛门；身为帝师，英年而逝。天数如此，不可违也！”
白兰王来到八思巴卧室，叫道：“法王哥哥！”
静修大师、太后、贾太妃等众人也闻讯赶来：“法王！”
八思巴道：“你们不要伤感，生死本来是平常事。白兰王，萨迦的事我就交给你了。你要记住，身在吐蕃，心向华夏。”
白兰王流着眼泪说：“法王哥哥，我会记住的。”
八思巴说：“好了，我走了。”
八思巴趺坐不动，他的浑身似乎闪出金光。
在萨迦南寺，萨迦派为八思巴举行了隆重的追荐法事，法事由达玛巴拉主持。会后火化。
达玛巴拉、达尼在卓旦噶娃、道尔达、蒙哥都等人的陪同下，将八思巴的骨灰背到大都大崇仁护国寺。忽必烈亲自到大护国仁王寺参加八思巴的葬礼。他无比悲痛，下令在大护国仁王寺中建一纪念塔，藏八思巴帝师真身舍利。其谥号为：
“皇天之下，一人之上，开教宣仁辅治，大圣至德，普觉真智，佑国如意，大宝法王，西天佛子，大元帝师。”
颁诏各行省建庙通祀，令宫廷画师绘帝师像，以真金太子副，颁行各省，为之塑像。从第二年起，帝师涅槃节与佛诞、国忌、千秋节、圣节一样，作为全国性佛教节日予以纪念。
八思巴死后不久，宗喀巴诞生。后者创立黄教，实行活佛转世制度，进一步密切了西藏与中央政权的关系。而八思巴的首创之功，将与日月齐光辉！