指挥编队的航行与作战，是军事航海学中的重要内容之一。郑和在500多年前，能运用自如地率领庞大的船队往来亚非航线上，对古代的军事航海学做出了卓越贡献。
郑和所率领的船队是一支特混舰队，最多时有200余艘，是15世纪世界上最大和最完备的船队。其船舶种类大致可分为六种，分别为：
宝船、马船、粮船、坐船、战船和水船。
郑和所率六种船的作用宝船：是船队中最大的最主要的船舶，相当于当今旗舰或主力舰，为领导成员和外国使节所乘坐，为船队的核心。最大的宝船长148米，宽60米，载重量800吨。这种船可容纳上千人，是当时世界上最大的船只。它的体式巍然，巨无匹敌。它的铁舵，须要两三百人才能举动。马船：
又称马快船，是大型快速水战与运输马匹等军需物资的兼用船。
马船长123米，宽50米。粮船：
主要用于运输船队所需粮食和后勤供应物品，使船队沿途能得到充分的补给，相当于今日的干货补给船。坐船：全称战坐船，是船队中的大型护航主力战船，为军事指挥人员及幕僚乘坐。亦可作为分遣护航舰队中的指挥船。
坐船长80米，宽31米。战船：
船型比坐船小，为专任护航和作战之用。战船长60米，宽23米。
水船：为专门贮藏、运载淡水用的辅助船。
此外，还有提供交通、接驳、拖曳之用的大八橹、二八橹、六橹船。
郑和船队全体船员最多时为2.7万余人，必须有严密的编制、科学的分工与管制，才能严整有序。据《瀛涯胜览》记载，郑和第四次下西洋时，其船队人员有：“官校、旗军、勇士、通事、民梢、买办、书手通计二万七千六百七十员名。其中，官八百六十八员，军二万六千八百名，指挥九十三员，都指挥二员，千户一百四十员，百户一百零三员，户部郎中一员，阴阳官一员，教谕一员，舍人二员，医官医士一百八十员名，余丁二名，正使太监七名，监承五员，少监十员内官、内使五十三员。”此处所记者，侧重于领导管理人员。而祝允明在《前闻记》中“下西洋”条所记的随行人员，则侧重航行技术人员的分工，计有“官校、旗军、火长、舵工、班碇手、通事、办事、书算手、医士、铁锚、搭材等匠，水手，民梢人等，共二万七千五百五十员名”。
综上所述，可看出郑和船队的编制可分为四大职能部门，一是以正、副使太监和少监、内监为主的指挥决策人员，是掌握全船队航行、外交作战、贸易等重大行动决策和指挥中枢机构；二是以火长、舵工、班碇手、水手、民梢、阴阳官、铁锚、搭材等航海与帆缆等技术人员为主的航海业务人员。其中，火长供人瞻仰的“郑和宝船”负责全船的航行安全，类似当今商船的船长或驾驶员或军舰上的航海长。舵工在火长的指挥下操舵。班碇手负责起抛锚和离靠码头的操作。
水手、民梢负责升落风帆、摇橹划桨和日常清洁保养工作。阴阳官负责观测天象，预报气象。铁锚、搭材等匠，负责打造修理铁木器材设备。三是外事、后勤人员：有负责外事活动、礼宾工作的鸿胪寺序班，对外宣传的教谕，教管钱粮和后勤供应的户部郎中，负责翻译的通事，负责采购供应的买办，负责会计出纳的书算手，起草文书的舍人，负责防治疾病的医官、医士等。四是武装护航人员：有都指挥、指挥、千户、百户、旗校、勇士、力士、军力、余丁等各级军事人员。主要负责航行或停泊中的外部安全，防御敌对武装和海盗的侵袭。
另外值得一提的是《郑和航海图》，《郑和航海图》原名是《自宝船厂开船从龙江关出水直抵外国诸番图》，因其名冗长，后人简称为《郑和航海图》。原图是仿照长江万里图一字展开式绘制的，呈一字形长卷，收入《武备志》时改为自右而左的书本式，也就是现今的样式。图有序一页，图面二十页，最后附“过洋牵星图”二页（四幅）。
该图是郑和下西洋的伟大航海成就之一。它是在继承前人航海经验的基础上，以郑和船队的远航实践为依据，经过整理加工而绘制的。这本图集是世界上现存最早的航海图集。
《郑和航海图》所绘内容不仅清楚，而且准确。全图从南京开始，最远一直面到非洲东部。如果我们按海图标出的方位距离在现代地图上作业，就能非常准确地找出它原来的位置。航海图上的山形岸线采用了“对景图”画法。所谓对景图就是把山形地貌如实地画在海图上。
这样使船工使用起来方便不少。每一关键地方的特征，比如山、塔、高大的建筑等等，图上都有。这样船工只要把图与实地一“对景”，就能很快做出判断。
现代的《航路指南》中也往往插有许多“对景图”，以便船员鉴别。
我们只要一看郑和航海图和现代《航路指南》中的对景图，就可以知道它们是多么相似。
《郑和航海图》中对浅沙、礁岩也作了明确的标示，这对于保证航海安全是很必要的。现代的海图也采用了这种绘制方法。《郑和航海图》中还画出了中国直至东非的许多航线，上面明确标明航向距离，许多关键的地方还标上牵星数据，这对提高航海的准确程度，保证航海的安全，也是极为重要的。