洛克人和隆还有其他机器人在不断的寻找那些人的线索。之后，在两个月后。
找到了，什么。之后我们看到了。那些家伙的据点，而且他们正在命令博士们制造武器。现在正要搞什么，
看来得阻止他们了，博士作为人质没办法啊。可以用国家安全局的人啊。哦，众人恍然大悟。
有个忍者在暗中观察，很多博士被奴役后，被很多武士和武术家们看守，看来偷资料了，在这个时候，不许动，很多带着枪的人。哈哈哈哈哈，我们这防隐手段多的是。哈哈哈哈哈哈。这下你完了，是吗，之后打着打着。
怎么了，这个时候。忍者回来到，这一群人实力极为强大，虽然救出一些博士，但是，还有好几个据点。什么，可恶，对了那个组织叫什么名字，那个组织，黑暗之影。
之后国家安全局的人说道向没被救出来的博士的机器人说道，捉住他们的组织叫黑暗之影，什么，黑暗之影，隆震惊到，什么是黑暗之门，隆，你知道。
黑暗之影是个组织。我曾经遇到过。而因为他们的首领的原因，我才会穿越过来。看来我们该一起对付那些家伙了。
是啊。在找找他们的据点。
另一边
首领怎么办，哼哼放心，现在的装备如果开启那个我的力量会变强很多，到那时，在利用那些远古军队，不但可以征服这个世界而且，还能征服我的那个世界。哈哈哈哈哈哈哈。
另一边，威利博士说道，我一定成为世界上闻名的博士。而你不是你们也可以成为世界的焦点甚至救世主。威利博士笑道。
大战一触即发。
几天后。
发现有个遗迹有很多人在那，而且博士也在那。
出发、。
三方大战一触即发。