第二天，脱忽鲁派自己的两名亲臣撒满和位哈乃与纳速剌丁一同来见赛典赤。因为两人没有爵位，所以不好用朝廷礼仪接待。赛典赤就问他们：“应该用什么礼仪来见你们呢？”两人十分乖巧，回答说：“我们和纳速剌丁一同前来，视如兄弟，请就像对待自己儿子一样就可以了。”跟着两人献上名马，对赛典赤跪拜行礼极为恭敬，旁观的人都十分惊讶。随后赛典赤设宴款待了他们，让两人用镶嵌着宝石的金制酒器饮酒。宴会后，将这些物品都给了两人，两人大喜过望。过了一夜，酒醒后，他们来向赛典赤道谢。赛典赤对他们说：“你们两人虽然是宗王亲臣，可惜没有爵位，按规定是不能参议国事的。我想要授予你们行省断事官的职位，遗憾的是没有见到宗王，不敢擅自做主。”于是让一个人先回去，向脱忽鲁禀报。脱忽鲁听后怎么能不高兴呢？从此以后大理政令全由赛典赤做主。
赛典赤任职不久，大理萝盘甸的纳西族人发动了叛乱。赛典赤带兵前往征讨，面色忧郁。将帅们看到了，其中就有人问赛典赤原因。出兵打仗主帅要是怯懦了，那可是兵家大忌。可没想到赛典赤回答说：“我并不是担心这次出征会失败，我所忧虑的是你们会毫无顾忌地使用你们手中的兵器，去杀死那些不幸而且无辜的人。我还忧虑，等叛乱平定后，你们去抢掠平民，致使百姓无法生存，再度引起叛乱，那时我们就还得派兵征讨了。”大军开抵萝盘甸城下，围城三天，萝盘甸叛军毫无降意。诸将请求攻城，赛典赤不同意，派遣使者进城谕降。萝盘甸城主佯装同意。三天过后，毫无动静。这可把元军将领们急坏了，他们再次请求攻城，又被赛典赤拒绝。一些将官实在沉不住气了，擅自发起了进攻，赛典赤大怒，立刻鸣金制止，随后将擅自攻击的将领押来斥责说：“大汗命我安抚大理，没有叫我来大肆杀戮。没有得到主将的命令就擅自进攻，论军法当诛。”经其他将领的劝说，才将这些擅自进攻的人暂时免去一死，等待攻取萝盘甸城后再做处置。萝盘甸城主听说后，深有感触地说：“平章大人这样宽厚仁义，我要还是抗拒不投降的话，就要遭报应了。”于是出城投降。西南其他地方叛乱的少数民族听说后也都纷纷闻风归附了。这以后，归附的少数民族酋长经常来晋见赛典赤。所献纳的物品，赛典赤全都分赏给跟随酋长而来的人，或分给贫民，丝毫不做保留。酋长们从没见过像赛典赤这样不歧视少数民族、不搜刮财物的蒙古官吏，都非常感动。从此大理局势稳定下来，在相当长的一段时间里，没有发生过大规模的地方叛乱。
在稳定大理局势的同时，遵照忽必烈的指示，赛典赤在大理建立行省，开省置于中庆（今天的昆明），限制住了段氏的势力。随后他开始为大理的长治久安考虑，进行了一系列的改革。首先，他实行军民分治政策。赛典赤建立起了各级政权机构，设置路、府、州、县各级政权，规定行政官由朝廷委派，在一定范围内统一了行政权。军事上，赛典赤下令千户、万户等武职官员一律不得过问民政。在少数民族地区，为化解民族矛盾，他委任当地民族官员，安抚当地土官，从不轻易使用武力。为了加强大理向内地的联系，赛典赤也改善了大理的交通环境，使大理与内地的关系更加紧密。经过赛典赤的努力，在大理成功地建立起了行省，使大理重新归属到了元政府的直接统辖范围以内。
赛典赤在大理建立起行省后，先开始着手大理的经济恢复。他清查户田，整理货币，整顿赋役，屯田垦荒，赈灾恤苦，不久就收到了明显的效果。“民以食为天”，为了能够大力发展农业生产，赛典赤十分重视水利工作。当时大理滇池地区由于政事不通，水利无人管辖，造成水患连年成灾，百姓生活苦不堪言。赛典赤要发展农业，滇池地区就一定要得到治理。
赛典赤经过调查后，设计了周密的规划。他决定分上、中、下三段对滇池流域进行整治。在滇池上段地区，他于鸣凤山与莲峰山之间最狭窄处的松华山谷修建了松花坝，用来积蓄青龙潭、黑龙潭两股水源和雨季降水，起到了旱时启闸灌溉田地，涝时封闸减缓下游水患的作用。在中段，赛典赤重点整治盘龙江等河道。他组织人力开挖银汁河、金汁河、马料河和宝象河以分流盘龙江水，使河道沟渠形成网络，一来减轻水患，二来便利农灌，一举两得。为了防止水土流失、稳固堤坝，他还让人在堤上种植柏树，形成了一道美丽的风景线。直到今天，一些河堤上还存活着七百余年前的元代古柏，真可说是功盖千秋啊！对于滇池流域下游地区的治理，他重点放在疏浚海嗣河上。在这里，赛典赤一个60多岁的老人，同自己的儿子们一起，率领着2000多民佚，疏通出长达20余里的河道，将滇池水与螳螂川沟通，经普度河汇入金沙江。经过赛典赤的治理，滇池水位大大降低，水灾基本治住，同时又得到了万顷良田，对大理地区的经济发展起到了直接作用。
赛典赤明白，大理时常叛乱不仅是因为元政府的高压统治与贪官的剥削，还存在着文化差异问题。大理地区民族众多，而且多处于茹毛饮血的原始氏族部落形态，与中土文化的发达不可同日而语。巨大的文化落差，必然导致民族歧视与种族不和。因此赛典赤在大理地区根据当地实际情况实行了大胆且谨慎的文化革新。
在大理地区赛典赤贯彻“汉化”政策。这一时期，处在氏族部落形态下的大理，男女结合，往往自相配偶，亲人死后火化了事，没有丧葬祭拜这些说法，读书、农耕、采桑纺织一类的事就更是没有了。赛典赤经过区分，对像白、苗这样文化较为发达的民族进行了系统的汉化政策。他设立州、县学堂，兴建孔庙，提倡孔孟之道，推广拜跪礼节，婚姻由媒人介绍，死者用棺材埋葬的汉族习惯。通过这些封建文化和风俗的普及，使大理向内地的文化风俗进一步靠拢，从而达到了稳定统一的目的。到元明之际，大理士人中流行的文化已与中土文化没有什么差别了。
赛典赤治理大理六年，为善甚多。1279年，他死于任上，时年69岁。儿子纳速剌丁接替了他的职务，继续推行赛典赤的治滇政策。赛典赤的死讯传出，大街小巷的百姓都为之痛哭流涕。交趾王听说后，立即派出了12名使者前来吊丧，使者号泣震野，在对赛典赤的祭辞中有“生我育我，慈父慈母”的话。赛典赤的功绩由此可见一斑。
名家回眸
元军占领云南后，由于统治不当，使局势动荡，矛盾重重。于是忽必烈决定在大理建立行省，加强中央的统治，于是派老臣赛典赤前去进行治理。在赛典赤的治理下，云南社会稳定、经济发展，百姓安居乐业。
对此现在史学家曾这样评价赛典赤在云南的功绩：赛典赤在云南期间，对云南的发展做出了巨大的贡献，且不说螳螂川的疏通与松华坝水库的修建，就是云南儒学的兴办，也是元代赛典赤时候开始的。
1274年赛典赤在昆明城中五华山建立了云南第一座文庙，至今犹存。
（当时）每年招收150名学生。此后大理、建水、安宁、嵩明、邓山、丽江、保山等地先后建立了孔庙。云南省的第一部地方志书《云南志略》也是在这一时期出现的。
平定李璮之乱
在忽必烈称汗不久，正当他与自己的亲弟弟阿里不哥打得不可开交的时候，他部下的一名汉族将领——李璮，发动了叛变。这场叛乱直接影响了忽必烈对汉族幕僚的态度，并更深远地影响到了蒙古人在华夏大地上近百年的统治策略。
元世祖忽必烈中统三年（1262），盘踞在山东的益都行省长官、江淮大都督李璮发动叛乱。同年二月，李璮以涟海三城献于南宋，还师益都，进据济南。忽必烈立即倾全力进行镇压，围困济南城。七月，城破，李璮被俘处死。这次叛乱前后不到五个月，但它对元初的政治产生了巨大影响。
李璮是金朝末年趁蒙古人入侵金国时造反，割据在山东的地方势力，红袄军首领李全的养子。
蒙金战争中，金朝那些据地自雄的大地主军阀纷纷投靠蒙古，蒙古统治者为了笼络他们以加强自己的实力，一律按照他们原来的官职，授予行省、领省、大元帅之类的头衔，让他们世袭管辖原来的地盘，军民兼管。这些大地主军阀集团头目“尽专兵民之权”，数十年专制一方，形成了强大的割据势力。李璮之变就是这样酝酿起来的。
红袄军起义最早爆发于1211年，后来杨安儿、刘二祖、郝定等领袖先后牺牲，余部由杨安儿妹杨妙真和李全领导，两人结合后队伍逐渐壮大了起来。但是，马贩出身的李全在攫取了红袄军领导权后即走上了投降道路。1218年，李全降宋，而一面又在南宋和金朝之间要挟，以取得高官厚禄。当强大的蒙古军队进入山东后，李全又于1226年投降蒙古，以岁献金币的条件换取了山东淮南行省的官职。他充当了蒙古官吏后，身穿大元的衣冠，军中有蒙古官员监督。为了向蒙古贵族表示效忠，他迫不及待地进行备战。李全加紧造船，赶制武器，招募海上亡命之徒充当水手，准备攻宋。而把持南宋朝廷的史弥远仍然不断运来粮饷，滋补这个叛徒。苏北射阳湖地区的人民气愤地说：“养北贼，戕淮民。”果然1230年十月，李全突然发兵攻扬州，南宋军民奋起反抗。次年正月，李全败死。李全死后，杨妙真逃回山东，养子李璮袭其父益都行省职。
李璮小字松寿，潍州人，1231年袭为益都行省。从那以后，李璮专制山东三十余年，在对宋、对蒙的关系上完全继承了他父亲的故伎，或假名攻宋，向蒙古要钱要粮要官，或假名联宋反蒙，但其真正目的只有一个：尽专兵民之权。
李璮为了达到割据山东的目的，牢牢不放自己的兵权，蒙古曾几次征兵，他都托词不至。1258年，李璮攻南海州、涟水等城，得涟水相连四城，大势夸张胜利之功，以图攫取军功。中统元年（1260），忽必烈即位，李璮果然加封为江淮大都督。李璮报告说：“最近抓获俘虏，得知宋正调兵准备进攻涟水。我方侦察人员看见许浦和射阳湖中战船相望，宋军可能出胶西，攻益都，请求修缮城堑，做好防备。”元世祖下诏授予李璮十个金符、五个银符，用以赏赐有功将士，并且赐给三百锭银元，降诏奖谕。还规定驻扎在边地的蒙古军和汉军，都听从他的节制。李璮发动兵变是处心积虑的，三十余年间，他前后上奏数十件事，都是恫骇虚吓，用敌国来要挟朝廷，而替自己修城增兵作打算；又与当上中书平章政事的岳丈王文统互为表里，选择时机，发动兵变。
但是，李璮完全错误估计了形势。他认为当时忽必烈正忙于对阿里不哥的战争，无力调兵和他交战，不料阿里不哥败得很快，忽必烈迅速抽调兵力南下镇压；他认为北人汉族军阀都和他一样，心怀叛志，起兵后即可一呼百应，结果响应者寥寥。中统三年（1262）二月一日，在发动兵变前，当南宋还在将信将疑之际，他在三日那天占领益都，发动兵变，不久占领济南。
李璮联宋完全是出于一种策略的考虑，并非真心实意，尽管南宋给了他保信宁武军节度使督视京东河北等路军马、齐郡王的封号。李璮对南宋有杀父之仇，对南宋的作战也从来是不遗余力的，甚至杀宋师殆尽。这次兵变，只是到了事件即将来临之时才去约宋，以免受蒙宋夹击，结果南宋只给了一个虚衔，并未真正支援。李璮反蒙后，并没有得到人民群众的支持。虽然李璮曾四出联络，远至山西太原，除了太原总管李毅奴哥、达鲁花赤戴曲薛等少数几人外，几乎没有什么人响应。李璮叛乱发生时，忽必烈驻冬在漠南草地。忽必烈请他的老幕僚、着名理学家姚枢分析形势，姚枢说：“李璮倘若直捣燕京，控扼居庸，那是上策；与宋联合，困守扰边，是中策；出兵济南，等待世侯响应，是下策。”忽必烈问：
“如今这个叛贼将如何行动？”姚枢说：“李璮必出下策，他只能等着被俘。”
于是忽必烈迅速进行了部署，首先杀了王文统，发蒙古汉军讨李璮，命水军万户解成、张荣实、大名万户王文干及万户严忠范会东平，济南万户张宏、归德万户邸浃、武卫军炮手元帅薛军胜等会滨棣，命济南路军民万户张宏、滨棣路安抚使韩世安，修理城堑，作为应战准备，命诸王合必赤总督诸军，不久又派史天泽增援。前往镇压李璮的许多汉军头目都是李璮以为会响应他的诸侯，结果忽必烈的统治十分牢固，李璮是不会成功的。五月，蒙古军队筑环城将济南围困。李璮因此不得复出，仍然日夜拒守，为了取悦将士，掠掳城中子女赏给他们；而且分军就食于民家，后来粮食吃光，只得以人肉为食。这样，人心涣散，李璮不能制止，人们相继缒城出逃。七月，李璮在走投无路的情况下，投大明湖自杀，因水浅未死，张宏派人将他缚出。严忠范首先问他：“此是何等做作？”李璮回答：
“你们与我相约，却又不来。”严忠范立即在他的肋下刺了一刀。史天泽问他：
“为何不投拜？”李璮默不作声。史天泽又问：“忽必烈有什么亏待你的地方吗？”李璮说：“你有文书约我起兵，为何背盟？”史天泽马上唤来一名回回砍去他的两臂，然后砍掉两脚，剖腹取食其心肝，割掉皮肉，最后才斩首。可见史天泽匆忙杀死李璮，事出有因。但是归根到底，多数汉族军阀对忽必烈还是忠诚的、满意的，因为忽必烈没有亏待他们。
李璮在受围之日，作《水龙吟》一词，曰：“腰刀首帕从军，戍楼独倚闲凝眺。中原气象，狐居兔穴，暮烟残照。投笔书怀，枕戈待旦，陇西年少。叹光阴掣电，易生髀肉，不如易腔改调。世变沧海成田，奈群生、几番惊扰。干戈烂漫，无时休息，凭谁驱扫？眼底山河，胸中事业，一声长啸。太平时、相将近也，稳稳百年燕赵。”野心勃勃的李璮万万没有想到他的叛乱只是昙花一现，他本人的结局竟是那样的凄惨！
至元元年（1264）李璮余党毛璋再次发动兵变，结果兵败被杀。
李璮之乱发生时，忽必烈发现王文统与李璮的交通信，因而立即将王文统处死。在王文统被诛以后，忽必烈害怕在他身边另有小集团，所以，他加紧追查王文统的来路，要弄清王文统是如何从李璮处打进他的身边来的。曾经推荐过王文统的廉希宪、张易、商挺、赵良弼、刘秉忠都受到怀疑。商挺还因为他在陕西的活动而受到兴元同知费寅的控告，被投于监狱。中统初年，这些人或者是密参帷幄决策中央；或者是节制一方，支撑大局，都是大有功劳而为忽必烈所倚重的。
李璮之乱以后，忽必烈虽然不能不依靠他们负担某些蒙古与回回人所不能胜任的工作，但总的态度是逐渐疏远，把他们从中枢的重要任务中排挤出来。