元代对道教十分尊奉。全真派道士丘处机往中亚晋见成吉思汗，宣传教义及为政之道，深得成吉思汗欢悦，给予道教免赋役的特权。自此道教势力大盛。忽必烈时虽曾一度受到排斥，但自此之后直到元末，道教与其他宗教一样受尊奉。
元代道观祠庙建造很多，元大都的东岳庙、河北曲阳北岳庙德宁殿和山西洪洞水神庙都是元代着名道教建筑。其中位于山西省永济县的永乐宫就是元代道教建筑中的典型代表。
永乐宫是元代道教全真教的三大宫观之一，原位于黄河边的永乐镇。传说八仙之一的吕洞宾就在这里出生，山川非常秀丽。永乐宫的建造前后共用了110年的时间，从定宗二年（1247）修建大纯阳万寿宫，后来改称永乐宫，然后逐步建成各主体殿堂，到至正十八年（1358）完成各殿中的壁画为止，差不多经历了整个元代。
永乐宫中的三清殿建筑最为宏伟壮丽，殿中奉祀三清神像，画阔七间，进深四间，长28.44米，宽15.28米，殿中四壁绘制着巨型壁画“朝元图”。殿中为扩大空间采用了减柱法建造，仅后部设有八根金柱，其余均省去不用。用黄蓝琉璃制作的层脊上两只高达三米的龙吻，造型生动，非常引人注目。无极门又称龙虎殿，原为永乐宫的宫门，后部明间台阶退入台基内呈纳陛形制，造型非常罕见。
纯阳殿又名混成殿，内有吕洞宾像，故又称吕祖殿。最后是纪念全真教祖师王重阳和他的弟子的重阳殿，也称为七真殿。纯阳殿和重阳殿壁面均分别绘制吕纯阳、王重阳的生平故事的壁画。
永乐宫建筑规模十分浩大，原来在永乐宫周围还建有许多祠庙，但现在只剩下了永乐宫一处。永乐宫沿中轴线依次布置官门、龙虎殿、三清殿、纯阳殿、重阳殿五座殿堂，除宫门是经清代改建外，其余四座殿堂均保持着元代时的建筑风貌，组成了一组雄伟、浩大的道教建筑群。
永乐官的四座元代建筑在建筑上和艺术上均取得了巨大成就。其一是它在总体布局上突破了中国古代建筑的廊院式结构，在同一条轴线上布置殿堂，使空间关系主次分明。其二是它采用了减柱法等一系列革新手法，扩大了建筑空间，对明清的建筑技术产生了重大的影响。三是它的殿中保存了大量元代彩画，彩画的构图和色彩运用均有许多创新。四是各殿中共有960多平方米的巨幅壁画，题材多样，色彩绚丽，在建筑史、绘画史中都极为罕见。尤其是三清殿中的“朝元图”壁画，泰定二年（1325）由马君祥等人绘制而成，描绘了诸神朝拜元始天尊的故事，以八个帝后像为中心，周围有金童、玉女、星宿、力士等共286尊，场面开阔，气势恢弘。这些壁画都成为我国古代壁画中的经典佳作。
中都城发扬了中国传统建筑艺术，建筑结构和形式承袭宋代旧制，但在砖石结构、材料和装饰方面有所创新；又采用了许多兄弟民族的建筑造型，并创造了完全新的式样。在宫廷布局方面进一步发展了“千步廊”。城市恢复了宋以前的坊里封闭制度。城东西两面相当于今北京旧城东西城墙，南抵今东西长安街，北抵今德胜、安定门外土城旧址。都城规模宏大，宫殿壮丽，为当时世界少有的大城。《马可·波罗游记》描绘当时北京的景象是“城中有壮丽宫殿，复有美丽官邸”，“全城规划有如棋盘，其美善之极，未可言宣”，“世界诸城，无能与比”。
名家回眸
元代绘画风格摆脱了南宋画院的形式主义习气，形成了挥洒淋漓的写意风格，这在中国绘画史上也是一大转变。元文人画的兴起和发展，使传统绘画从侧重客观事象的描摹转向注重主观思想的表现，以情构境、托物言志的创作倾向促进了意境理论和实践的发展。在元朝，由于复杂的民族关系，元代文人比前代文人有更多的背负，更复杂的情感，也就需要更多的寄托，这使他们能够借助画笔在中国绘画史上涂上浓浓的一笔。元代绘画中，文人画占据画坛主流。史学家王国维在《人间词话》中说：“境非独为景物也。喜怒哀乐，亦人心中之一境界。”元朝文人画家们笔下所造的“境”，不仅将自己和风景相沟通，也将看画的人和风景相沟通，还将画家、风景和观画人三者相沟通。陈衡恪先生解释文人画时说：“不再画里考究艺术上的功夫，必须在画外看出许多文人之感想。”
元代的宗教
在元朝这个多民族的帝国里，元朝政府对于宗教信仰采取了宽容政策。无论是什么宗教，只要不影响蒙古人的统治及尊严，就不会受到太大的限制。
元代最盛行的宗教是佛教，尤其是藏传佛教，忽必烈即位前，受戒于吐蕃高僧八思巴，即位后即尊八思巴为国师（授以王印，任中原法主，统天下教门），藏传佛教高于其他佛教派别的地位由此确定。至元六年（1269），八思巴制成蒙古新字，忽必烈升其号为帝师。此后遂成定制，元朝皇帝即位，必先受佛戒九次方正大宝。同时，帝师也成为元朝诸帝供奉的最高神职，被尊为皇天之下、万人之上的神圣职位。元朝帝师共十二人，都来自西藏的高僧。其中多半出自八思巴一家，有的年仅十二岁便成为帝师。
帝师不仅在元廷享有极高的地位，而且作为全国佛教的最高领袖备受尊崇。
忽必烈曾把西藏十三万户封给第一任帝师八思巴作为供养地，使之成为西藏地区最高统治者。帝师往来于京城西藏，百官均隆重迎送。其在世时接受大量的布施、赠赏，死后赐金亦十分优厚。帝师的子弟、门徒也大多受封官号，享有极大的特权。元朝做佛事之频繁、规模之大、用度之巨都是十分罕见的。
但是，由于受到帝师八思巴的影响，在元朝佛教各派中，吐蕃佛教在元廷中的地位最高，而就全国而言，最为流行的则是禅宗。同时，从佛教派生的白云宗，即“白莲教”，在南方也拥有了越来越多的徒众，到元末竟成了农民起义军最初的主要力量。
道教在元代比较盛行。元朝时期，在北方活动的道教，主要是太一、大道、全真三派及浑元教。在这些教派中以全真对蒙古统治者的影响最深。
全真教由道士王重阳创建，教义主旨在于宣扬儒、释、道三家合一，兼而修之，故号全真。因在金末元初，全真派掌教丘处机西行觐见成吉思汗的关系，全真教在蒙古帝国时期前期的三四十年内，成为北方道教的主要势力，形成了一门独尊的势头。后来在蒙哥在位时期，佛教与道教为谁是正宗的问题发生争论，全真教在两次佛道辩论中都失败，结果使道教的地位降至佛教之下，而且也改变了全真教在北方道教诸派中一门独尊的局面。但贯穿元朝始终，南方主要是太一、大道这些自宋以来就进行传播的宗教，而北方道教依旧是全真为尊。
伊斯兰教早在唐代就已经传入我国。元代一般称伊斯兰教徒为回回人。“回回”一名则是“回纥”的谐音。元朝境内的回回人主要来源于蒙古西征时从中亚、波斯和大食俘掠来的人口或当时投降依附蒙古的官员将领，当然也有相当部分的商人。回回构成了色目人中的绝大部分，政治上很受蒙古统治者信任，不少人在中央衙门或地方官府担任要职。如元朝的着名能臣赛典赤就是回回。
基督教（主要指聂思脱里教）也是唐代传入我国的，当时被称为“波斯经教”，又称为景教或大秦景教。9世纪中期，由于唐政府的取缔，基督教在内地趋于灭绝。但在辽金时期，景教在中国西北民族中广泛传播。蒙古草原上的克烈部、乃蛮部都信奉基督教。这些部落被成吉思汗灭亡后，基督教也随着被征服的部众重新传入内地。因为基督教是从西北地区重新进入内地的，所以元代西北地区仍是基督教教徒比较集中的地区，此外因商业原因，大都乃至江南沿海各地也有许多信徒。
摩尼教是唐代传入中国的又一教派，是唐代漠北的回鹘汗国所信奉的宗教。因为回鹘人帮助唐朝平定“安史之乱”有功，所以摩尼教在唐代受到保护。840年回鹘人西迁以后，把摩尼教带入了吐鲁番地区。而内地的摩尼教虽遭唐政府禁限，但并未灭绝，在东南沿海一带的民间仍然被信奉。因为摩尼教崇拜光明，因此也称“明教”。到了元代，元朝人像对待其他宗教一样对待明教，并不进行干预，将其和基督教一样看待，不加区分。当时明教在泉州、温州地区十分流行，并建有寺院。
在元朝，天主教也传入了中国。因为蒙古大军的西征，使罗马教廷为之震动，因此法国国王和教廷都曾遣使者到达过中国。蒙古人掳回的战俘中也有东正教徒和天主教徒，后来他们定居在蒙古本土和汉地，所信仰的宗教也随之东来。
但影响远不及基督教。
相较于东正教徒和天主教徒，犹太教进入中国的时间就要早得多了。宋代时，就有相当数量的犹太人定居在了开封。他们是来自波斯或中亚落籍不归的西域商旅的后裔。在开封，这部分犹太人有自己的社区，保存了自己的宗教。金代，1163年，开封的犹太人还在俺都喇的组织下开始修建了“祝虎院”，即犹太教教堂。元代，犹太人被称为术忽，或主吾，有的时候也被称为术忽回回。蒙古人并不注意区分伊斯兰教徒和犹太教徒，把他们都视为一类人。总之，只要他们的宗教信仰不损害蒙古统治的尊严，蒙古人对回回人和犹太人则采取放任态度，不予干涉。