中日甲午战争爆发后，李鸿章奏派袁世凯仍任总理交涉通商大臣兼办辑抚事宜，令其驰赴平壤一带联络官军，协筹粮运。袁对这场战争全无胜利之想，大敌当前，却一味退逃，一心议和。清军的屡次败北，将旧有军队的腐朽暴露无余，全国上下一片改革旧军、建立新军的呼吁之声。基于这种形势，袁世凯也向盛宣怀建议改革军制，募练新军，并毛遂自荐要当监督，光绪二十一年（1895年）又以同样意见上书军机大臣李鸿章。六月十二日，袁被召见，奉派督办军务处差委。袁世凯善于钻营，工于心计。他拼命巴结显贵，并拟订新军营制饷章和聘请外国军官合同，请人译撰兵书，博得知兵之名。这些努力终未白费，袁世凯最终得到了权臣荣禄等的赏识，十月二十二日获得到天津小站督练新建陆军的权柄。
十一月初一，袁世凯至小站接管原定武军4000多人，旋派人选募2000多人，全军共7000人。军队设督练处，袁自领督练官。新建陆军采用了德国和日本建制，营制分左右两翼，每翼分统步、炮、马、工程、辎重各兵种；教官多自德国聘任，新式武器多从德国购置，全军一律习洋操。这在中国陆军史上还真是第一次。袁世凯在军队中大肆树立个人的绝对权威，对部下恩威并重，或官禄利诱，或严刑峻法，加上一些诸如升官发财等封建糟粕思想的灌输，很快培植起一批亲信死党，把军队训练成带有浓烈人身依附性质的武装。
由于袁世凯作风跋扈，嗜杀擅权，营私受贿，光绪二十二年（1896年），御史胡景桂对其进行参劾，但因为有此案参办者荣禄的包庇，袁世凯顺利渡过难关，安然无恙。这件事使袁世凯更加视荣禄为自己的保护伞，依得大树好乘凉。
第二年，清廷因为袁世凯练兵有功，提升他为直隶按察使，仍专管练兵事宜。
错用袁世凯
正在天津小站忙于练兵的世凯，听说皇帝的钦差大臣前来，自然要进行隆重的欢迎仪式，并设宴款待钦差。在宴席上徐仁录侃侃而谈，而袁世凯却显得非常恭谨。
宴会完毕，三人进入书房密谈。谭嗣同才吐露了实底：“新政即将成功，可是却受到满洲贵族的抑制；您要是能支持新政，打败守旧势力，北洋之位非您莫属。”
袁世凯因此许诺，心中窃喜，立即表示要以死效忠朝廷。
至此，谭嗣同原有的戒心已经解除。于是开口直言：“荣禄、刚毅实属拨弄口舌之辈，挟母后以临天子。今欲借明公刃，取二人头以谢天下。明公以为如何？”
袁世凯听罢此言，知道这是机密大事，为表自己的忠心与决心，口出誓言说：“杀荣禄如杀一狗耳！”
中心议题已经结束，谭嗣同怕生意外，特地叮咛几句。他意味深长地说道：
“报君恩，救君难，立奇功大业，天下事入公之掌握；如贪图富贵，告变封侯，害及天子亦在公，惟公自裁！”
听了谭嗣同的这番话，袁世凯知道这是激将之法，为获取谭嗣同的信任，消除其疑虑，慷慨陈词说：“你以为我何人？我三世受国恩深重，断不至丧心病狂，贻误大局。但能有益于君国，必当死生以之。”
谭嗣同与徐仁录回京后将游说的前前后后向光绪皇帝做了秘密汇报。光绪对袁世凯的态度和谭嗣同的游说大加赞赏，于是他立即传旨召见袁世凯。
九月十六日，光绪依康有为的奏请，在颐和园和毓兰堂召见了袁世凯。因为是第一次接见，光绪还不敢完全信任袁世凯，所以只是做些试探性的询问而已。
可是袁世凯却乘机奏道：“九月有巡幸大典，督臣荣禄令臣督率修理操场，并先期商演阵图，亟须回津料理，倘无垂询事件，臣当返回天津。”袁世凯想从中知道光绪对“天津阅兵”和荣禄的真实意图，便想以此话来探知究竟。而光绪只想先给他一个礼遇作为试探。因此，在接见后，便以“袁世凯，办事勤奋，校练认真”的名义，授予侍郎候补衔。
侍郎一职，内可升授尚书，外可简放巡抚，也算是朝廷大臣了。这对刚晋升为按察使的三品地方官的袁世凯来说，一夜之间跃身为二品朝廷大臣，真是喜从天降。但嗅觉灵敏的袁世凯很快从得意之中清醒过来，他洞察到了光绪的用意，他对前来祝贺的人说：“以无寸功，受重赏，决不为福。”袁世凯已经意识到一场政治风雨很快就要来临，自己要承担风险了。
就在光绪与康梁密谋起事的同时，颐和园的“行废立”计划也在紧锣密鼓地进行着。全国局势日益紧张，一场巨大的政治风暴就在眼前。为防万一，光绪于八月初二特颁密谕于康有为，让他迅速离京去上海，再由上海出海到国外去寻求支持力量。
光绪虽然催促康有为出京，但康有为认为值此危急关头，正是用人之际，而且皇上有难，自己怎能一走了之，因此，他并没有立即就走，而是仍然在试图寻找一个有效的办法制止可能发生的宫廷政变。于是，他向洋人求救。
袁世凯告密
袁世凯在京受到光绪的多次召见，在皇帝面前也表示了自己的赤胆忠心。光绪诸事交代完毕后即令其火速回天津，准备带兵入京听调。袁世凯在自北京回天津路上一直苦思冥想，他必须在慈禧与光绪之间进行一次关系自己身家性命的选择，找一个稳固的靠山。这两个人一个是当今清廷实际的掌权者皇太后，一个是年轻有为却又有名无权的清国皇帝，究竟投靠谁的门下？
经过反复思索，袁世凯终于给光绪皇帝定了位：光绪是个摆设，他只不过是坐在御座上受文武百官朝贺，就像菩萨、大佛一样仅仅是受朝拜的偶像罢了。他虽有振兴国家、变法图强的愿望，可是除了身边几个手无寸铁的文人之外，再无其他的军事力量可以控制；而慈禧集团则拥有强大的武装力量，光是一个荣禄，光绪就无法对付，因为荣禄身为直隶总督，实权在握，京畿地区早已在他的控制之中。经过深思熟虑，权衡利弊之后，袁世凯作出了出卖光绪、投靠慈禧的决定。于是他刚回天津，便直奔直隶总督府，向荣禄去报告光绪的计划，借以“征求”一下他的意见。
荣禄天生聪明机巧，是满洲贵族出身，其家庭世代官宦。他依靠父辈门荫入仕，又通过镇压农民起义得到清廷的赏识，而对慈禧太后的趋炎附势、忠心效劳使得他仕途得意、步步高升。戊戌之年，他已是总理衙门大臣、兵部尚书，是慈禧太后跟前的红人，所谓“身兼将相，权倾举朝”的人物。
维新运动中，荣禄虽与维新派势不两立，但也并不绝对反对改革。中国在甲午战争中的惨败、日益强烈的民族危机使荣禄不能再无动于衷。为维护清政府统治地位，荣禄也主张对军事、文教、经济等方面实行某些改革。
荣禄赞成军事、文教、经济方面的某些改革，但在政治方面的改革，他绝对反对。他曾说：“富强之道，不过开矿、通商、练兵、制械，其他大经大法，自有祖宗遗制，岂容轻改？”总理衙门西花厅辩论时，他一见康有为就以不容置疑的口吻断言“祖宗之法不能变”。从根本上说，荣禄是满洲贵族利益的集中代表之一，他本身就享有很多的贵族特权，当这些特权利益要受到改革的挑战与破坏时，他无疑要站在满洲贵族顽固派一边，与他们结成死党，拼命与变法为敌。
“诏定国是”不久，他就同慈禧策划出任直隶总督，首先将北洋主要力量控制在自己手里，作为防范和扼杀维新派的一张王牌。以后，他一直同慈禧暗里勾结，维新派的一举一动都在他们的密切监视之中。当维新派策动袁世凯，而袁最后决定投靠顽固派，把前前后后一系列的事情一五一十地汇报给了荣禄。荣禄马上意识到事态的严重性，于是暗示袁世凯速把此事秘奏于慈禧。
光绪帝被囚禁
袁世凯将光绪召见之事又向慈禧汇报一遍。为显示自己的功劳，又添油加醋地说什么光绪命令他“带兵来围颐和园，并用暴力冲破园门，就在乱兵之中结果太后的生命”。
袁世凯一席话，不禁使慈禧怒从心头起。盛怒之下，立即传旨起驾回宫，与光绪这个与她作对的死敌算账。
慈禧深夜起驾回宫，光绪事先没有得到任何消息，自然也无丝毫的准备。
慈禧通宵部署。八月初六晨，假借光绪之名，发了一道“主谕”，宣布自这一天起，“由太后再度训政，一切军政大事均听太后圣裁”。随即慈禧发出了一道懿旨：“皇上忽然病重，都是康有为等进呈红丸所至。予命皇上养病，一切大政由予临朝做主。康有为等图谋不轨，实为大逆不道，着步军统领衙门、九门提督一体严拿。”
慈禧一声令下，朝廷内外空气马上紧张起来，迅速行动，捉拿康梁等维新派人士。好在康有为先一天奉光绪之命离京去了上海。慈禧知道这个消息后，立即发电给烟台、上海等处及康有为去上海的必经之地，要求严密搜捕捉拿康有为。
当电报到达烟台时，因烟台的东海关道员正与德国办交涉，忙得不可开交，也未来得及看电报内容，所以虽然电报先于康有为到达烟台，但康有为到烟台港后依然安然无恙。慈禧为了保证将康有为逮捕归案，在发电的同时，又派了两只头等兵船日夜追赶。但这两只兵船以烧煤为动力航行，因领命出海匆忙，未来得及装上足够的煤，所以只追赶了一日，就因煤要用完而不得不返回，这一捉拿计划至此也破产了。
当康有为所乘轮船到吴淞口时，只见有一小火轮迎面开来，并升旗叫大船停轮。于是两船并拢起来。有一个洋人从小火轮跳到大船上来，对着手中的照片找见了康有为，一把拖住，问道：“你在京可杀人？”康有为被问得莫名其妙，不知如何作答。见洋人取出一份电报，康有为一看，才知道了事情的前因后果，知道自己正在清廷的通缉之中。康有为愤怒不已，想投海一死，被同船人劝住。这名洋人了解了事情的始末后，非常敬佩，说道：“你不要多虑，我是英国人，本国领事久慕先生大名。今日接到上海道照会通知，说是贵国上海道带了沪兵在码头守候，准备捉拿先生。所以领事派我先来相救。你不用多说了，快随我下船去吧。”康有为说：“承领事怜救，敢不奉命？但我是一中国人，官吏耳目甚密，即使能逃出吴淞，还有别的地方可以藏身吗？不如我以一死谢天下。”英国人劝止了康有为，并不由分说把康有为拉到小火轮上。英国人又说：“你如果逃到我国，我国必能保护你，何必寻此短见？”于是，在英国公使的庇护下，康有为转危为安，不几天便乘英国军舰到了香港。
在康有为得到英国公使庇护的同时，梁启超也作为政治犯得到了日本驻北京领事馆的庇护。不久，他被保护去了日本。
变法失败
维新党人除此二人脱逃外，其余诸人全被清廷逮捕。包括徐致靖、杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第、康广仁等。其中除去徐致靖未赴法场，其余六君子全部遇难。
同时，慈禧发出上谕，宣布废除百日维新的全部新政，恢复旧制。
八月十一日，宣布恢复所有被裁撤的衙门和冗员；禁止士民上书；废时务报局；停办各省州县新办起的学堂。
八月二十四日，下令恢复八股取士旧制，停止经济特科；废止农工商总局；禁闭全国新设的报馆，严拿报馆主笔。
八月二十六日，宣布禁止会社和一切社会团体，严拿会员；宣布恢复裁撤的巡抚职位。
九月十八日，宣布恢复武场科考旧制。
与此同时，慈禧重奖了在此次政变中效力的守旧派官员，其中荣禄升为军机大臣，兼为节制北洋陆海各军；怀塔布被提升为左都御史兼理藩院尚书；李盛铎被任命为驻日公使。刚毅、王文韶、廖寿恒、李鸿章、袁世凯、文悌等也都分别得到了慈禧的恩惠与封赏。
慈禧还想斩草除根，彻底根除维新派，害死光绪，但因各地的反抗情绪激昂和一些大臣的建议，不得不停止株连更多的维新人士。光绪与康、梁等人领导的维新运动失败了。
戊戌政变，以变法志士的淋漓鲜血给慈禧集团的胜利抹上了耀眼的底色，给慈禧、荣禄、许应骙、怀塔布之流带来了欢笑，它并没有减轻中华民族所经受的灾难，相反，那一丝变法图新的曙光已被彻底扫除了。
名家回眸
戊戌变法运动在慈禧太后为首的守旧势力的反对和镇压下，最终失败，康有为、梁启超出逃，谭嗣同等“戊戌六君子”遇害，光绪帝也被软禁在中南海瀛台，他的政治生涯实际上到此已经结束。
光绪帝作为一个年轻发奋的君主，以社稷为重，推行变法，不轻易退缩妥协，以求自保；反而在关键时刻，为了变法的信念，置生死安危于度外。从这方面看这已超出了一位傀儡帝王的行为价值选择，即使从人格上看也是值得称道的。变法的最终结果是失败了，但对当时社会的发展起了积极的作用。打破了封建专制主义的思想禁锢，启开了中国思想，为民族资本主义的发展扫清道路；在文化教育方面，开办学堂，改革科举制度等就使知识分子扩大了眼界，给长久封闭的国家带来了一些西方的先进思想、理论和技术。光绪皇帝不愧为近代中国第一个效仿西方来变革中国的开明皇帝。
学者袁野在分析戊戌变法的失败时说：“从康有为的三本着名着作和他整个的思想当中我们可以看出，他是一个产生于近代中国特殊历史条件下的学者和思想家，他所进行的政治改革，都是以他这些思想为指导的原则的。然而他并非是一个成功的政治家，仅凭这些奇思妙想，书生意气，终究难成大事，所以最后戊戌变法走向失败，也是顺理成章的。”
杨天石先生认为“康有为的思想是用‘西学为营养，哺育出来的思想’。但是他又披上中国古老学术的外衣”。这就导致中西方思想在结合的时候有些脱节，有点理想化，不是非常符合社会实际。像是一种强行的嫁接，在旧的树枝上硬是绑上新的花朵，希望能够结出果实，结果只能是失败。
义和团运动
十九世纪后期，列强的侵略加深。而山东、直隶、奉天沿海地区，又是英、俄、日、德等帝国主义激烈争夺的地方。由此，这些地区的人们遭受了更多的苦难。而随着帝国主义者对当地的商品倾销，掠夺原料，使大量的手工业者破产，百姓的生活受到了极大的影响，更增添了他们对于洋人的仇恨。
随着外国侵略者的入侵，教会势力也随之进入中国。矛盾的日益激化最终爆发了义和团运动。
义和团运动的兴起
义和团原名义和拳，具有多源而同流的特点，分别源自大刀会、白莲教系统的八卦教、梅花拳等民间教派和结社，但多数还是从民间习拳练武、强身保家的基础上发展起来的。它本来是北方民间的反清秘密结社，但随着帝国主义的入侵，义和团逐渐发展为反抗外国侵略的组织并在反对外国侵略势力的斗争中不断壮大，成为反对帝国主义侵略的强大力量。光绪二十四年（1898年），山东巡抚张汝梅在当地义和拳势力不断扩大的情况下，奏请朝廷“将拳民列诸乡团之内”。第二年夏天，继任山东巡抚毓贤上奏将“义和拳”改称“义和团”。同年清廷的公文也开始称之为“义和团”。这样，“义和拳”才有了“义和团”之称。
义和团的成员大多来自贫苦农民、水陆运输工人、手工业者、小商贩等。