八旗在全国各地驻防，一般不设都统。在重要地区如盛京、吉林、黑龙江、江宁、杭州、福州、广州、荆州、西安、成都、绥远等处设将军。凡设将军处下设副都统。将军为该地区的最高军事长官，但不理民政。后热河、察哈尔由副都统升为都统后，即为该地区长官。
八旗的旗务管理无论满洲、蒙古或汉军，均由固山额真管理。顺治十七年，固山额真一律改称都统。各旗均设都统一人，副都统二人。雍正元年，设八旗都统衙门，由上述各旗都统24人及副都统48人组成，掌满洲、蒙古、汉军八旗之政令，稽其户口，经其教养，序其官爵，简其军赋。凡八旗之方位，京师及各地之驻防，陵寝守卫，壮丁编审，选子弟充执事，选送秀女，以授地之法定八旗世业，奴仆管理，田租定额，房产购置，红白赏恤，选送俊秀入官学出具考试名册，会选旗营官员，功过劝惩，世职袭废，稽户丁，定兵额，选马甲，等等，无不统一管理。
八旗制度建立在“兵民合一”的基础上，入关前没有兵饷规定。天聪四年皇太极说：“我国出则为兵，入则为民，耕战二事，未尝偏废。”当时，兴京（今辽宁新宾）内城居宗室勋戚，外城居宿卫亲兵万余。此外远近十余万户，散处辽河东西，无事耕猎，有事征调，征调时所发行粮也很有限。清统治全国以后，八旗兵饷的主要形式是坐粮，包括钱、粮两部分，从征时发给部分行粮。八旗兵丁按其兵种可分为亲军、前锋、护军、领催、马甲、步兵、炮甲、养育兵、匠役等，其兵饷的数量亦有所差别，且时有增损。
清军入关，满族人大量拥入北京及其附近地区，为了安置八旗官兵和闲散人口的生活，从顺治元年底至康熙四年清政府共进行了三次大规模的圈地运动（见图地令），八旗满洲、蒙古、汉军官兵三次共分得旗地二百三十三万五千四百七十七垧（一垧约六亩）零九亩。八旗兵丁的份地为五垧，终清没有大的变化。兵丁份地大多数靠本人带同家属从事耕种，后迫于生计被典押出去。清初规定旗民不交产，几经反复，直到光绪三十一年才最后取消禁令。
清统治全国以后，由于八旗制度的严重束缚，八旗兵丁生计日渐拮据。八旗生计问题主要是北京正身旗人的生活问题。康熙、雍正时业已出现，乾隆初更趋严重，从而引起清统治集团的严重关注。康熙、雍正时曾先后赏赐银两数次，但不久即罄尽无余，于是增加兵额，扩大食饷面。雍正二年始设教养兵，后改称养育兵，给予钱米。光绪时养育兵共计27408人，清末达到29407人。乾隆时曾准许京城和各省驻防汉军八旗出旗为民，令其各得生计。但直至清末，八旗生计问题非但没有解决，而且陷入贫困的境地。
八旗制度从正式建立到1911年辛亥革命后清朝覆灭，共存在296年。它是清王朝统治全国的重要军事支柱，曾在中国历史上起过积极和进步的作用，为发展和巩固多民族统一的国家、为保卫边疆防止外来侵略等都作出了重要贡献，对满族社会的发展，更起到不可磨灭的作用。随着历史的嬗变，八旗制度中落后的一面也日益明显，严重地束缚了满族人民的发展，在征战中的作用也愈来愈小。八旗制度与清王朝的命运紧密地联系在一起，经过了由盛而衰、由衰而亡的整个历史过程。
八旗制度的建立在早期大大提高了女真人的战斗力并且成就了八旗劲旅的功绩，而将这些功绩记载并流传下去则有赖于努尔哈赤的另一项伟创：创制满文。
当时经过几个世纪的颠沛，女真文已残缺不全，发布政令要么用蒙古文要么用汉语“代言”，使得政令传达诸多不便。努尔哈赤便决定创制满文，于是1599年清太祖努尔哈赤命额尔德尼和噶盖二人参照蒙古文字母创制满文，即俗称的无圈点满文或老满文。其字母数目和形体与蒙古文字母大致相同，使用了30余年。1632年清太宗皇太极令达海（1594～1632年）对这种文字加以改进。达海利用在字母旁加圈加点、改变某些字母的形体、增加新字母等方法，表达原来不能区分的语音，规范了词形，并改进了拼写方法，创制了专门拼写外来音的字母。改进后的满文有了比较完善的字母体系和拼写法，具有区别于蒙古文字母的明显特征。此即俗称的有圈点满文。另外还有一种满文篆字，是参照汉文篆书于清乾隆十三年（1748年）创制的，共有32种字体，依笔画的特征命名，如璎珞篆、龙书等。满文自左而右直写，有6个元音字母，24个辅音字母，10个专门拼写外来音的字母；基本笔画有：字头、字牙、字圈、字点、字尾两种不同方向的撇和连接字母的竖线等。标明句读的符号有∨和，前者相当于逗号，后者相当于句号。字母出现在不同位置上，字形往往不同，有单用（即不和其他字母相拼）、词首、词中音节首、词中音节末、词末等几种字形。满文在清代作为“国书”在文牍中与汉文并用。辛亥革命后，满文基本上不再使用。满文保留的最早的文献有《满文老档》等。
虽然作为满族统一的文字——满文已不再使用，但是，因为有了这种文字，满族历史才能得以记载，人文社会的资料才能记录下来。
名家回眸
对于努尔哈赤的八旗军队，历史学者阎崇年先生是这样评价的：“可以毫不夸张地说，这支八旗的骑兵，是当时中国最强大的一支骑兵，也可以说是世界上最强大的最具有战斗力的一支骑兵。”而对于满文的创立阎崇年先生则感慨道：“满文的创制是满族历史上一个划时代事件，是中华文化史上一件大事，也是东北亚文明史上一件大事。”
努尔哈赤的一生为满族、为中国历史作出了重大贡献，阎崇年先生在《正说清朝十二帝》中总结出努尔哈赤的十大贡献：统一女真各部、统一东北地区、创建八旗制度、制定满洲文字、建立后金政权、促进满族形成、丰富兵坛经验、制定抚蒙政策、进行社会改革、决策迁都沈阳。
努尔哈赤的这十大贡献是一个递进的过程，统一女真部落，进而统一东北地区，出于统治的需要创建八旗制度、制定满洲文字并建立后金政权，这些措施最终促进了满族的形成。而后面的几项则进一步促进了后金的发展，为日后建立清朝、入主燕京奠定了基础。这其中，创建八旗制度，制定满洲文字更具有代表性。
一代枭雄与世长辞
天命六年（1621年），清太祖亲统大军，水陆并进，进攻沈阳，明王朝在全国调兵遣将，拼凑起十万军队，号称四十七万，与其展开血战，企图一举歼灭后金。结果明朝的十万大军，被努尔哈赤采用各个击破的战术，逐一消灭在萨尔浒地区。努尔哈赤之所以能够得到大捷，是因为事先派人潜入沈阳，联络城内蒙古饥民作为内应。此次大战，努尔哈赤歼明将总兵以下三百一十余员，兵丁四万五千八百余名，缴获火器牲畜无数，使后金与明王朝关系发生了根本性的变化，掌握了战争主动权。
沈阳攻陷后，太祖又召集诸贝勒、大臣商议后又进攻辽东的首府辽阳。不久，辽阳也被攻陷，至此，辽河以东，已经基本被努尔哈赤占领。至此，朱明朝廷已经没有任何力量能抵挡住后金实力的扩张。
时光如梭，历史的脚步已踏入了1626年，距离努尔哈赤起兵已经有四十三个年头了，此时的努尔哈赤早就过了知天命之年了。这时的他，已从曾经一文不值的潦倒子弟，成为了拥有辽东大片土地，占据辽沈等大中城市的龙头老大。他在东北地区呼风唤雨，咳嗽一声大地就得颤三颤，吐口唾沫就能水淹三军。但努尔哈赤做梦也没有想到，一代天骄、叱咤风云的自己竟在小小的宁远城遭遇滑铁卢，碰到了平生第一大劲敌，成为一介书生的手下败将。
这位书生便是明朝一代名将——杰出的军事家、政治家，袁崇焕，袁字元素，号自如，明万历十二年出生于广东东莞。与努尔哈赤不同，袁崇焕受过正规的儒学教育，参加过试第，获得进士学位，在兵部充职。
当时，就任明朝辽东地区军政一把手的，是靠与太监拉关系、走后门上台的高第，他颇有宦官娘娘腔的作派，对军事一窍不通，只采取消极防御策略，命令关外的所有官兵都撤到关内，实行坚壁清野，还美其名曰“三光”：人跑光、粮扔光、房烧光。而袁崇焕当时为按察佥事备兵宁前道，相当于现在的县级武装部长，在宁远城负责主管修筑和战备工作。面对上级几道金牌的调遣令，袁崇焕硬是不买账：
“我宁前道也，官此当死此，我必不去！”也就是说：我的职守就是防守宁远，要死也死在那里，决不后撤，“誓死不当缩头乌龟”。于是，袁崇焕率领万余兵民坚守宁远，而宁远也成了悬于关外的一座孤城。这是一场奇异的战斗：一方是久经沙场，创造无数奇迹的一代枭雄；一方是初出茅庐，名不见经传的文雅书生。一方是十三万大军的虎狼之师，一方是一万有余的残兵败将。但事实是，前者输了。
袁崇焕的心中并不惧怕，因为他胸有成竹，他虽没有实战经验，但熟读史书兵法，胸中自有百万雄兵。况且袁崇焕还有一件秘密法宝，那就是领先于当时世界潮流的现代化武器装备——西洋大炮，又称红夷大炮、红衣大炮。这些红夷大炮，系天启初年购自澳门葡萄牙人之手。红夷大炮本是英国海军的舰用加农炮，曾经有一艘英国东印度公司的战舰在澳门搁浅，这批舰炮遂为葡萄牙人所得，然后又高价转卖给了明朝政府。但不知什么原因，明朝方面误以为这是荷兰人的火炮，因此称它是红夷大炮。他们当时一共买了三十门，其中有一门炸了膛，十八门留在京师，其他十一门全都运到了宁远前线。这种火炮使用安全，不易发热或炸膛；射程远，威力大；特别是，它的各种瞄准设备，较明朝原来的神机火器有了很大进步。
并且袁崇焕很早就领会了兵民一体，依靠群众打人民战争的精髓。他及时地开展了军民共建，实施军民联防，官兵上一线，百姓在二线，负责后勤工作、巡逻放哨、运送火药和战时救助。
为鼓舞士气，袁崇焕还利用自己长于文采煽情的宣传优势，开展战前动员大会，号召大家忆苦思甜，当然是回忆后金军队给他们带来的苦，思念明朝政府给予自己的甜；还互表同生共死，咬破指头，写了一份誓死抗金的血书“还我河山，誓与宁远共存亡！”又郑重其事地搞起了万人签名活动，各官兵将领积极响应，纷纷在签名簿前排起长队，咬破中指，大书其名；并高呼口号“打倒努尔哈赤，打倒后金侵略者，大明王朝万岁”。稍后，袁崇焕在主席台上检阅了三军仪仗队，并发表了热情洋溢的动员报告。说到忘情之处，他竟情不自禁地当场亲自向官兵下拜。这一番动作下来，极大地激励了人心，鼓舞了士气，宁远官兵同仇敌忾，众志成城，静候努尔哈赤大军。
这时，八旗大军“于旷野布兵，南至海岸，北越广宁大路，前后如流，首尾不见”，正浩浩荡荡地向西开来。二十三日，努尔哈赤在离宁远城五里处安营，横截山海关之间的大路。年迈衰微的努尔哈赤，并没有在意这个小小的堡垒，也没有意识到自己已经被时代的步伐远远地甩在后面，依旧沉醉在旗开得胜马到成功的遐想中。
为节省体力，不战而屈人之兵，努尔哈赤这回还是使用老套路：先礼后兵。
他先是给袁崇焕写了一封劝降信：“本汗现带二十万大军前来，宁远非破不可。我一向以德服人，守城官如肯投降，本汗一定厚赏重用，否则宁远将被夷为平地。”
并四处散发传单，力求动摇军心。谁知袁崇焕并不吃这一套，回复这位大汗说：
“宁远既然是我管辖的地方，就有责任死守，怎么会投降呢？你说二十万大军是吹牛，我知道你只有十三万人，当然我也不会嫌少的，尽管放马过来吧！”
于是双方开打。后金军仍旧是人海战术，端着长矛，舞着大刀往前冲。这种集团式的作战，恰恰为大炮预备了极好的攻击目标和着弹点，简直是自投罗网。
结果可想而知，连神伟大帅努尔哈赤都不幸负伤。事后据清方统计，共折游击二员，备御二员，兵五百。无论如何，这毕竟是明军第一次孤军奋战，以少胜多，击退了后金军猛烈、顽强的进攻。拿当时兵部尚书王永光的话来说就是“辽左发难，各城望风奔溃，八年来贼始一挫，乃知中国有人矣”！袁崇焕也凭借此役闻名天下，获得明朝的铁十字勋章和高官厚禄。
宁远战事结束后，为达到前朝诸葛亮三气周瑜的效果，袁崇焕曾派遣使臣，带着礼物，前往后金营寨向努尔哈赤致歉说：“努老将军你横行霸道已很长时间了，今天败于咱小子的手中，是不是命运的安排呀！”努尔哈赤倒也颇有大将风度，备好礼物和名马回谢，请求约定再战的日期，但到最后还是无奈撤兵。
就是这样一位骁勇善战的盖世枭雄，天命十一年，在宁远遇到了生平第一个劲敌——袁崇焕，这次的败绩结束了他征战四十三年不败的神话。在这次征战中努尔哈赤身负重伤，然而，更重要的是，一颗高傲的心也在耻辱与遗憾中备受煎熬。
就在八个月之后也就是天命十一年八月十一日，努尔哈赤这位盖世枭雄在沈阳附近太子河中的船上，怀着深深的遗憾，带着同他的年号——“天命”一般的命运永远地离开了，终年68岁。对于他的死因众说纷纭，有的说是兵败得抑郁症而病死的，有的说在宁远城下中炮伤重不治而亡，有的说中炮后又加上精神受到重大打击便病伤交加而死。但是真正是怎么死的，事实早已被几百年的沧桑历史掩埋。但是不管怎么说，努尔哈赤的死，与在宁远的惨败有着直接的关系。
虽然他的人生缓缓地落下了帷幕，但是他未完的事业仍在延续。
名家回眸
努尔哈赤25岁起兵，68岁故去，44年的金戈铁马将他的人生磨砺得辉煌灿烂，这种光芒经久不灭，以至于三百多年后依然吸引着众人，尤其是西方人的眼光。许多西方学者最关注的中国古代杰出的人物是成吉思汗和努尔哈赤。其实在中国灿若星海的历史人物中，不乏秦皇汉武唐宗宋祖这样的杰出帝王，他们为什么更钟情于成吉思汗与努尔哈赤呢？对于这个问题，阎崇年先生认为：
“主要原因可能是成吉思汗与努尔哈赤都是少数民族，由少数民族入主中原，统治以汉族为主、人口众多的多民族国家，不能不说是个奇迹。同成吉思汗相比，努尔哈赤的传奇色彩似乎更浓，在中国自秦始皇以下两千多年的历史中，建立过两百年以上大一统皇朝的只有西汉、唐、明、清。大清帝国占据中国历史舞台长达268年，为自秦以来整个中国皇朝历史的八分之一。而汉高祖刘邦、唐高祖李渊、明太祖朱元璋，都是汉族，只有清太祖努尔哈赤是少数民族。
“努尔哈赤在中华文明历史上开创了一个时代，由他奠基的大清帝国，到康乾盛世时，成为当时世界上人口最众多、幅员最辽阔、经济富庶、文化繁荣、国力强盛的大帝国。努尔哈赤作为大清帝国的奠基人，作为一个新时代的开创者，对清代历史产生了原生性的影响：
既播下‘康乾盛世’的种子，也埋下了‘光宣衰世’的基因。”